Marcadores de expresión génica para predecir la respuesta a la quimioterapia.

Un método para determinar si un nivel de un transcrito de ARN está asociado con una respuesta beneficiosa a un tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano,

comprendiendo el método:

determinar el nivel de un transcrito de ARN en una muestra biológica que comprende células de cáncer de mama obtenidas antes de la quimioterapia de un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer de mama, donde el transcrito de ARN es el transcrito de ARN de BAG1;

normalizar el nivel del transcrito de ARN de BAG1 frente a un nivel de al menos un ARN de referencia para obtener un nivel de expresión normalizado de BAG1;

comparar el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto con un nivel de expresión normalizado de BAG1 en muestras de pacientes con cáncer de mama de referencia obtenidas antes de la quimioterapia a partir de pacientes con cáncer de mama tratados con quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano; y determinar que el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto está asociado con una menor probabilidad de respuesta beneficiosa al tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano si el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto está aumentado en comparación con el nivel de expresión normalizado de BAG1 en las muestras de pacientes con cáncer de mama de referencia obtenidas a partir de pacientes que presentaron una respuesta beneficiosa al tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano.

Marcadores de expresión génica para predecir la respuesta a la quimioterapia Antecedentes de la invención Campo de la invención La presente invención proporciona conjuntos de genes cuya expresión es importante en el pronóstico del cáncer. En particular, la invención proporciona información de expresión génica útil para predecir si los pacientes con cáncer tienen probabilidad de presentar una respuesta de tratamiento beneficiosa a la quimioterapia.

Descripción de la técnica relacionada Los oncólogos tienen varias opciones de tratamiento disponibles, incluyendo diferentes combinaciones de fármacos quimioterapéuticos que están caracterizadas como el “estándar de atención” y varios fármacos que no llevan en la etiqueta una indicación para un cáncer particular, pero que han demostrado ser eficaces en ese cáncer. La mayor probabilidad de obtener un buen resultado del tratamiento requiere que los pacientes se asignen al tratamiento óptimo disponible para el cáncer en cuestión, y que esta asignación se haga tan rápido como sea posible después del diagnóstico. En particular, es importante determinar la probabilidad de la respuesta del paciente a la quimioterapia del “estándar de atención” porque ciertos fármacos quimioterapéuticos tales como las antraciclinas y los taxanos tienen una eficacia limitada y son tóxicos. De esta forma, la identificación de pacientes con más o menos probabilidad de respuesta podría aumentar el efecto beneficioso neto que ofrecen estos fármacos, y reducir la morbilidad neta y la toxicidad, mediante una selección más inteligente de los pacientes.

Actualmente, las pruebas de diagnóstico utilizadas en la práctica clínica son de un solo analito, y por lo tanto no capturan el valor potencial de las relaciones conocidas entre docenas de marcadores diferentes. Además, las pruebas de diagnóstico con frecuencia no son cuantitativas al estar basadas en inmunohistoquímica. Este método con frecuencia produce diferentes resultados en diferentes laboratorios, en parte porque los reactivos no están estandarizados y en parte porque las interpretaciones son subjetivas y no pueden cuantificarse fácilmente. A menudo no se han usado pruebas basadas en el ARN debido a los problemas de la degradación del ARN a lo largo del tiempo y al hecho de que es difícil obtener muestras recientes de tejido de los pacientes para el análisis. El tejido incluido en bloques de parafina y fijado es más fácil de obtener y se han establecido métodos para detectar el ARN en tejido fijado. Sin embargo, estos métodos típicamente no permiten el estudio de grandes cantidades de genes (ADN o ARN) a partir de pequeñas cantidades de material. De esta manera, tradicionalmente rara vez se ha usado el tejido fijado para otra cosa que no sea la detección inmunohistoquímica de proteínas.

En los últimos años, varios grupos han publicado estudios relacionados con la clasificación de diversos tipos de cáncer mediante el análisis de la expresión génica en micromatrices (véase, por ejemplo, Golub et al., Science 286: 531-537 (1999) ; Bhattacharjae et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 98: 13790-13795 (2001) ; Chen-Hsiang et al., Bioinformatics 17 (Supl. 1) : S316-S322 (2001) ; Ramaswamy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 98: 15149-15154 (2001) ) . También se han presentado ciertas clasificaciones de cánceres de mama humanos basadas en patrones de expresión génica (Martin et al., Cancer Res. 60: 2232-2238 (2000) ; West et al., Proc. Natl. Acad. Sci. Estados Unidos 98: 11462-11467 (2001) ; Sorlie et al., Proc. Natl. Acad Sci. Estados Unidos 98: 10869-10874 (2001) ; Yan et al., Cancer Res. 61: 8375-8380 (2001) ) . Sin embargo, estos estudios principalmente se centran en mejorar y refinar la clasificación ya establecida de diversos tipos de cáncer, incluyendo el cáncer de mama, y generalmente no proporcionan nuevas perspectivas a las relaciones de los genes expresados de forma diferencial, y no asocian los hallazgos a las estrategias de tratamiento para mejorar los resultados clínicos de la terapia para el cáncer.

Aunque la biología molecular moderna y la bioquímica han revelado cientos de genes cuyas actividades influyen en el comportamiento de las células tumorales, su estado de diferenciación y su sensibilidad o resistencia a ciertos fármacos terapéuticos, con pocas excepciones, el estado de estos genes no se ha explotado para la toma rutinaria de decisiones clínicas sobre los tratamientos con fármacos. Una excepción importante es el uso de la expresión de la proteína del receptor de estrógenos (ER) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes para el tratamiento con fármacos antiestrogénicos, tales como el tamoxifeno. Otro ejemplo excepcional es el uso de la expresión de la proteína ErbB2 (Her2) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes con el fármaco antagonista de Her2 Herceptin® (Genentech, Inc., South San Francisco, CA) .

A pesar de los recientes avances, el desafío del tratamiento del cáncer sigue siendo dirigir los regímenes de tratamiento específicos a tipos de tumores patogénicamente distintos, y finalmente personalizar el tratamiento del tumor para maximizar el resultado. Por lo tanto, existe la necesidad de pruebas que proporcionen simultáneamente una información predictiva sobre las respuestas de los pacientes a la diversidad de opciones de tratamiento. Esto ocurre particularmente en el caso del cáncer de mama, cuya biología se entiende poco. Es evidente que la clasificación del cáncer de mama en algunos subgrupos, tales como el subgrupo positivo para ErbB2, y subgrupos caracterizados por una expresión génica baja o ausente del receptor de estrógenos (ER) y unos pocos factores de transcripción adicionales (Perou et al., Nature 406: 747-752 (2000) ) , no refleja la heterogeneidad celular y molecular

del cáncer de mama y no permite el diseño de estrategias de tratamiento que maximicen la respuesta de los pacientes.

El cáncer de mama es el tipo más común de cáncer entre las mujeres en los Estados Unidos y es la causa principal de muertes por cáncer entre las mujeres de 40 a 59 años de edad. Por lo tanto, existe una necesidad particularmente grande de una prueba de cáncer de mama validada clínicamente que sea predictiva de la respuesta de la paciente a la quimioterapia.

Ding et al. (2000) Proceedings of the American Association for Cancer Research 41, 404, proponen que la resistencia multifármaco en células cervicales humanas está asociada con una mayor expresión de las proteínas antiapoptóticas BAG-1 y BCL-XL y una actividad reducida de la caspasa 3.

Kitada et al. (1998) Blood 91, 3379-89 desvelan la expresión de proteínas que regulan la apoptosis en la leucemia linfocítica crónica y correlaciones con quimiorrespuestas in vitro e in vivo.

El documento WO 2004/111603 desvela marcadores de expresión génica para predecir la respuesta a la quimioterapia.

Muss et al. (1994) desvela la expresión de c-erbB-2 y la respuesta a una terapia adyuvante en mujeres con cáncer de mama incipiente positivo para ganglios (Muss et al. (1994) N. Eng. J. Med. 330, 1260-6) .

Sjöström et al. (2002) desvela un estudio del valor predictivo de bc1-2, bax, bc1-xL, bag-1, fas, y fasL para la respuesta a la quimioterapia en el cáncer de mama avanzado (Sjöström et al. (2002) Clin. Cancer Res. 8, 811-6) .

Sumario de la invención De acuerdo con un aspecto de la presente invención, se proporciona un método para determinar si un nivel de transcrito de ARN está asociado con una respuesta beneficiosa a un tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano como se especifica en la reivindicación 1.

El cáncer de mama puede ser, por ejemplo, un cáncer de mama invasivo o un cáncer de mama en estadio II o estadio III.

En una realización particular, la quimioterapia es una quimioterapia adyuvante.

En otra realización, la quimioterapia es una quimioterapia neoadyuvante.

La quimioterapia puede comprender, por ejemplo, la administración de docetaxel y/o paclitaxel y/o doxorrubicina.

La muestra biológica puede ser, por ejemplo, una muestra de tejido que comprende células cancerosas, donde el tejido puede estar fijado, incluido en parafina, estar fresco o estar congelado.

El nivel de expresión de dicho transcrito o transcritos de ARN de pronóstico puede determinarse, por ejemplo, por RT-PCR o cualquier otro método basado en PCR, inmunohistoquímica, técnicas de proteómica o cualquier otro método conocido en la técnica o su combinación.

Breve descripción de los dibujos La Figura 1 muestra la relación entre la puntuación de recurrencia (RS) y la probabilidad de respuesta de los pacientes a... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar si un nivel de un transcrito de ARN está asociado con una respuesta beneficiosa a un tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano, comprendiendo el método:

determinar el nivel de un transcrito de ARN en una muestra biológica que comprende células de cáncer de mama obtenidas antes de la quimioterapia de un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer de mama, donde el transcrito de ARN es el transcrito de ARN de BAG1; normalizar el nivel del transcrito de ARN de BAG1 frente a un nivel de al menos un ARN de referencia para obtener un nivel de expresión normalizado de BAG1; comparar el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto con un nivel de expresión normalizado de BAG1 en muestras de pacientes con cáncer de mama de referencia obtenidas antes de la quimioterapia a partir de pacientes con cáncer de mama tratados con quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano; y determinar que el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto está asociado con una menor probabilidad de respuesta beneficiosa al tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano si el nivel de expresión normalizado de BAG1 del sujeto está aumentado en comparación con el nivel de expresión normalizado de BAG1 en las muestras de pacientes con cáncer de mama de referencia obtenidas a partir de pacientes que presentaron una respuesta beneficiosa al tratamiento de quimioterapia que comprende una antraciclina y un taxano.

2. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha quimioterapia es quimioterapia adyuvante o quimioterapia neoadyuvante.

3. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicho taxano es docetaxel o paclitaxel.

4. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha antraciclina es doxorrubicina.

5. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicho cáncer de mama es un cáncer de mama invasivo.

6. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicho cáncer de mama es un cáncer de mama en estadio II o en estadio III.

7. Un método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que dicha quimioterapia comprende además la administración de un agente anticanceroso adicional.

8. Un método de acuerdo con la reivindicación 7, en el que dicho agente anticanceroso adicional es un inhibidor de la topoisomerasa.

9. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, en el que dicha muestra biológica está fijada, incluida en parafina, o es reciente o congelada.

10. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, en el que dicho ARN se aísla a partir de un espécimen de tejido de cáncer de mama incluido en parafina y fijado de dicho sujeto.

11. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, en el que la respuesta beneficiosa es una respuesta clínica completa.

12. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, en el que la respuesta beneficiosa es una respuesta patológica completa.

13. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, en el que el nivel de expresión de dicho transcrito de ARN se determina por reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR) .

14. Un método de acuerdo con cualquier reivindicación anterior, que comprende además determinar el nivel de un trascrito de ARN de GRB7, HER2, EstR1, PR, Bcl2, CEGP1, SURV, Ki67, MYBL2, CCNB1, STK15, CTSL2, STMY3, CD68, GSTM1, y BAG1, o sus productos de expresión.