Métodos, sistemas y software para la identificación de biomoléculas funcionales.

Un método implementado por ordenador para predecir si las secuencias de polipéptidos objetivos hipotéticos se tienen o pueden tener al menos una propiedad funcional deseada,

comprendiendo el método:

(A) La identificación de uno o más motivos comunes a dos o más miembros de una población de secuencia de polipéptidos variantes usando un programa de ordenador, en el que las variantes de secuencia de polipéptido son variantes en el orden y la identidad de residuos de aminoácidos, en el que el motivo es un patrón de aminoácidos, y en el que un subconjunto de la población de secuencia de polipéptidos variantes comprende al menos una propiedad funcional deseada y un subconjunto de la población de secuencia de polipéptidos variantes carece de al menos una propiedad funcional deseada, para producir un conjunto de datos con motivos que comprende los motivos identificados en cada uno de los subgrupos de la población de variantes de secuencias de polipéptido;

(B) La correlación de al menos un motivo a partir de los datos con motivos establecidos con el que al menos una propiedad funcional deseada para producir una función de puntuación de motivo, puntuando al menos un motivo de acuerdo con una frecuencia de ocurrencia en cada subconjunto de la población de secuencia de polipéptidos variantes o de acuerdo con a una frecuencia de ausencia de cada subconjunto de la población de la secuencia de polipéptido variantes , en el que la función de puntuación de motivo es capaz de predecir si las secuencias de polipéptidos objetivos hipotéticos se tienen o pueden tener la al menos una propiedad funcional deseada; y

(C) La anotación de secuencias de polipéptidos objetivos hipotéticos, utilizando la función de puntuación de motivo para predecir si las secuencias hipotéticas de polipéptido de objetivo se tienen o pueden tener al menos una propiedad funcional deseada.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E10181159.

Solicitante: CODEXIS MAYFLOWER HOLDINGS, LLC.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 200 Penobscot Drive Redwood City, CA 94063 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: GUSTAFSSON, CLAES, GOVINDARAJAN,SRIDHAR, EMIG,ROBIN, FOX,RICHARD JOHN, ROY,AJOY, MINSHULL, JEREMY, DAVIS,S. CHRISTOPHER, COX,ANTHONY, PATTEN,PHIL, CASTLE, LINDA, A., SIEHL,DANIEL L, GORTON,REBECCA LYNNE, CHEN,TEDDY.

Fecha de Publicación: 23 de Marzo de 2016.

Clasificación Internacional de Patentes:

C12N15/09 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN; PROPAGACION, CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Tecnología del ADN recombinante.
G01N33/48 FISICA. › G01 METROLOGIA; ENSAYOS. › G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › Material biológico, p. ej. sangre, orina (G01N 33/02, G01N 33/26, G01N 33/44, G01N 33/46 tienen prioridad ); Hemocitómetros (cómputo de glóbulos repartidos sobre una superficie por barrido óptico de la superficie G06M 11/02).
G01N33/50 G01N 33/00 […] › Análisis químico de material biológico, p. ej. de sangre o de orina; Ensayos mediante métodos en los que interviene la formación de uniones bioespecíficas con grupos coordinadores; Ensayos inmunológicos (procedimientos de medida o ensayos diferentes de los procedimientos inmunológicos en los que intervienen enzimas o microorganismos, composiciones o papeles reactivos a este efecto, procedimientos para preparar estas composiciones, procedimientos de control sensibles a las condiciones del medio en los procedimientos microbiológicos o enzimáticos C12Q).
G01N33/53 G01N 33/00 […] › Ensayos inmunológicos; Ensayos en los que interviene la formación de uniones bioespecíficas; Materiales a este efecto.
G06F19/00
G06F19/18

PDF original: ES-2564570_T3.pdf

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