Identificación de antígenos asociados a tumores para diagnóstico y terapia.

Un método para diagnosticar o hacer seguimiento a una enfermedad cancerosa caracterizada por un aumento de la expresión de un antígeno asociado al tumor en comparación con el estado en un individuo sano,

cuyo método comprende detectar o determinar la cantidad

(i) de un ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado al tumor, y/o

(ii) del antígeno asociado al tumor,

en una muestra biológica,

con dicho antígeno asociado al tumor que tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico que se selecciona del grupo que consiste de:

(a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5, y

(b) un ácido nucleico que es al menos 95% idéntico al ácido nucleico de (a),

en donde el cáncer es un cáncer de próstata, un carcinoma de próstata o una metástasis de los mismos.

Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E11003887.

Solicitante: BioNTech AG.

Nacionalidad solicitante: Alemania.

Dirección: An der Goldgrube 12 55131 Mainz ALEMANIA.

Inventor/es: TURECI, OZLEM, SAHIN, UGUR, USENER,DIRK, KOSLOWSKI,MICHAEL.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C07K14/47 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C07 QUIMICA ORGANICA.C07K PEPTIDOS (péptidos que contienen β -anillos lactamas C07D; ipéptidos cíclicos que no tienen en su molécula ningún otro enlace peptídico más que los que forman su ciclo, p. ej. piperazina diones-2,5, C07D; alcaloides del cornezuelo del centeno de tipo péptido cíclico C07D 519/02;   proteínas monocelulares, enzimas C12N; procedimientos de obtención de péptidos por ingeniería genética C12N 15/00). › C07K 14/00 Péptidos con más de 20 aminoácidos; Gastrinas; Somatostatinas; Melanotropinas; Sus derivados. › de mamíferos.
  • C07K16/30 C07K […] › C07K 16/00 Inmunoglobulinas, p. ej. anticuerpos mono o policlonales. › de células tumorales.
  • C12Q1/68 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2532410_T3.pdf

 


Fragmento de la descripción:

Identificación de antígenos asociados a tumores para diagnóstico y terapia

A pesar de los enfoques interdisciplinarios y el uso exhaustivo de procedimientos terapéuticos clásicos, los cánceres todavía se encuentran entre las principales causas de muerte. Los conceptos terapéuticos más recientes tienen como objetivo la incorporación del sistema inmunitario del paciente en el concepto terapéutico global utilizando vacunas tumorales recombinantes y otras medidas específicas tales como terapia con anticuerpos. Un requisito previo para el éxito de este tipo de estrategias es el reconocimiento de antígenos específicos de tumores o asociados a tumores o epítopos por parte del sistema inmunitario del paciente cuyas funciones efectoras se mejoran mediante una intervención. Las células tumorales se diferencian biológicamente sustancialmente de sus células de origen no maligno. Estas diferencias se deben a alteraciones genéticas adquiridas durante el desarrollo del tumor y dan como resultado también, entre otras, a la formación de estructuras moleculares cualitativa o cuantitativamente alteradas en las células cancerosas. Las estructuras de este tipo asociadas a tumores que son reconocidas por el sistema inmunitario específico del huésped que alberga el tumor se denominan antígenos asociados a tumores. El reconocimiento específico de antígenos asociados a tumores implica mecanismos celulares y humorales que son dos unidades funcionalmente interconectadas: los linfocitos T, CD4+ y CD8+, reconocen los antígenos procesados presentados en las moléculas del CMH (complejo mayor de histocompatibilidad) de las clases II y I, respectivamente mientras que los linfocitos B producen moléculas de anticuerpos circulantes que se enlazan directamente a los antígenos sin procesar. La importancia clinicoterapéutica potencial de los antígenos asociados a tumores reside en el hecho de que el reconocimiento de antígenos en células neoplásicas por parte del sistema inmunitario conduce al inicio de los mecanismos efectores citotóxicos y, en presencia de linfocitos T cooperadores, puede producir la eliminación de las células cancerosas (Pardoll, Nat. Med. 4: 525-31, 1998). Por lo tanto, un objetivo principal de la inmunología tumoral es definir estas estructuras molecularmente. La naturaleza molecular de estos antígenos ha sido un enigma durante mucho tiempo. Sólo tras el desarrollo de técnicas de clonación adecuadas ha sido posible cribar las bibliotecas de expresión del ADNc de tumores de forma sistemática para antígenos asociados a tumores mediante el análisis de las estructuras objetivo de linfocitos T citotóxicos (LTC) (van der Bruggen et al., Science 254: 1643-7, 1991) o utilizando anticuerpos circulantes (Sahin et al., Curr. Opin. Immunol. 9: 709-16, 1997) como sondas. Para este fin, se prepararon bibliotecas de expresión de ADNc a partir de tejido tumoral fresco y se expresaron de forma recombinante como proteínas en sistemas adecuados. Se utilizaron inmunoefectores aislados de pacientes, principalmente clones de LTC con patrones de lisis específicos del tumor, o anticuerpos circulantes para clonar los antígenos respectivos.

En años recientes se han definido una multiplicidad de antígenos en diferentes neoplasias mediante estos enfoques.

Sin embargo, las sondas utilizadas para la identificación de antígenos en los métodos clásicos son inmunoefectores (anticuerpos circulantes o clones de LTC) de pacientes que por regla general ya presentan un cáncer avanzado. Una cantidad de datos indican que los tumores pueden conducir, por ejemplo, a la tolerancia y la anergia de los linfocitos T, y que, durante el trascurso de la enfermedad, especialmente aquellas especificidades que podrían provocar un reconocimiento inmunitario eficaz se pierden del repertorio inmunoefector. Los estudios actuales con pacientes aún no han producido ninguna evidencia sólida de una acción real de los antígenos asociados a tumores previamente encontrados y utilizados. Por lo tanto, no se puede descartar que las proteínas que provocan respuestas inmunitarias espontáneas sean las estructuras objetivo incorrectas.

Un objetivo de la presente invención fue proporcionar estructuras objetivo para diagnóstico y terapia de cánceres.

Este objetivo se consigue mediante el contenido de las reivindicaciones.

De acuerdo con la invención, se identifican los genes que se expresan de forma selectiva o aberrante en células tumorales y, por consiguiente, proporcionan antígenos asociados a tumores. Estos genes y/o sus productos genéticos y/o los derivados y/o los fragmentos de los mismos son útiles como estructuras objetivo para los enfoques terapéuticos y de diagnóstico.

Los antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención tienen una secuencia de aminoácidos codificada por un ácido nucleico que se selecciona del grupo que consiste en (a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5 y (b) un ácido nucleico que es al menos 95% idéntico al ácido nucleico de (a). El antígeno asociado al tumor identificado de acuerdo con la invención comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NOs: 6, 51, 52, 53, 54, 55, y 57 del listado de secuencias.

La presente invención se refiere en general al uso de antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención o de ácidos nucleicos que codifican para los antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención para el diagnóstico y/o seguimiento de las enfermedades neoplásicas. Esto también puede implicar el uso de una combinación de dos o más de estos antígenos y/o ácidos nucleicos en una realización también en combinación con

antígenos asociados a tumores diferentes de aquellos identificados de acuerdo con la invención y/o ácidos nucleicos que codifican para los mismos.

Especialmente adecuado para el diagnóstico y/o el seguimiento es una parte de los antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención que corresponde a la porción no transmembrana, en particular, la porción extracelular de los antígenos asociados al tumor o que está compuesta de los mismos. Por lo tanto, se prefiere una parte de los antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención que corresponde a la porción no transmembrana, en particular, la porción extracelular de los antígenos asociados al tumor o que está compuesta de los mismos, o una parte correspondiente de los ácidos nucleicos que codifican para los antígenos asociados al tumor identificados de acuerdo con la invención para el diagnóstico y/o seguimiento. Del mismo modo, se prefiere el uso de anticuerpos que están dirigidos contra una parte de los antígenos asociados a tumores identificados de acuerdo con la invención que corresponden a la porción no transmembrana, en particular, la porción extracelular de los antígenos asociados a tumores o que está compuesta de los mismos.

Las enfermedades preferidas para el diagnóstico son aquellas en las que el antígeno asociado al tumor identificado de acuerdo con la invención se expresa selectivamente o se expresa de forma anormal.

El empalme alterado de un gen puede dar lugar a una secuencia de transcripción alterada (variante de empalme). La traducción de una variante de empalme en la región de su secuencia alterada resulta en una proteína alterada que puede ser claramente diferente en la estructura y la función de la proteína original. Las variantes de empalme asociadas al tumor pueden producir transcriptos asociados a tumores y proteínas/antígenos asociados a tumores. Estos pueden ser utilizados como marcadores moleculares, tanto para la detección de células tumorales como para el enfoque terapéutico de los tumores. La detección de células tumorales en una muestra de un paciente puede llevarse a cabo, por ejemplo, después de la extracción de los ácidos nucleicos mediante amplificación por PCR con oligonucleótidos de empalme específicos de la variante.

Como se describe aquí a continuación, todos los sistemas de detección que dependen de la secuencia son adecuados para la detección. Estos son, aparte de la PCR, por ejemplo sistemas de chips/microarreglos de genes, transferencias tipo Northern, ensayos de protección de la ARNasa (RDA) y otros. Todos los sistemas de detección tienen en común que la detección se basa en una hibridación específica con al menos una secuencia de ácido nucleico específica de la variante de empalme. Sin embargo, las células tumorales también se pueden detectar mediante anticuerpos que reconocen un epítopo específico codificado por la variante de empalme. Dichos anticuerpos se pueden preparar mediante el uso de péptidos... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Un método para diagnosticar o hacer seguimiento a una enfermedad cancerosa caracterizada por un aumento de la expresión de un antígeno asociado al tumor en comparación con el estado en un individuo sano, cuyo método comprende detectar o determinar la cantidad

(i) de un ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado al tumor, y/o

(ii) del antígeno asociado al tumor,

en una muestra biológica,

con dicho antígeno asociado al tumor que tiene una secuencia codificada por un ácido nucleico que se selecciona del grupo que consiste de:

(a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5, y

(b) un ácido nucleico que es al menos 95% idéntico al ácido nucleico de (a),

en donde el cáncer es un cáncer de próstata, un carcinoma de próstata o una metástasis de los mismos.

2. El método como el reivindicado en la reivindicación 1, en el que dicho seguimiento de dicha enfermedad comprende la determinación de la regresión, el curso o el inicio de dicha enfermedad en una muestra de un paciente que tiene dicha enfermedad o se sospecha que puede padecer dicha enfermedad.

3. Un anticuerpo que se enlaza específicamente a una proteína o polipéptido, siendo dicha proteína o polipéptido codificada por un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5, en la que se acopla el anticuerpo a un agente de diagnóstico, para uso en un método de diagnóstico o seguimiento de una enfermedad cancerosa caracterizada por un aumento de la expresión de un antígeno asociado al tumor en comparación con el estado en un individuo sano, cuyo método comprende la administración de dicho anticuerpo,

teniendo dicho antígeno asociado al tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico que se selecciona entre el grupo que consiste de:

(a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5,

(b) un ácido nucleico que es al menos 95% idéntico al ácido nucleico de (a),

en donde el cáncer es un cáncer de próstata, un carcinoma de próstata o una metástasis de los mismos.

4. El anticuerpo para el uso de acuerdo con la reivindicación 3, en el que el anticuerpo es un anticuerpo monoclonal, quimérico o humanizado, o es un fragmento de un anticuerpo, dicho fragmento se enlaza específicamente a la proteína de acuerdo con la reivindicación 3.

5. El método como se reivindica en la reivindicación 1 o 2, o el anticuerpo para su uso de acuerdo con la reivindicación 3 o 4, en el que dicha proteína o polipéptido o dicho antígeno asociado al tumor comprende una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste de las SEQ ID NOs: 6, 51,52, 53, 54, 55, 56 y 57.

6. Uso de un kit para el diagnóstico de una enfermedad cancerosa en una muestra obtenida de un paciente, siendo dicha enfermedad cancerosa caracterizada por un aumento de la expresión de un antígeno asociado al tumor en comparación con el estado en un individuo sano, cuyo kit comprende agentes para detectar o determinar la cantidad

(i) de un ácido nucleico que codifica para el antígeno asociado al tumor, y/o

(ii) del antígeno asociado al tumor,

teniendo dicho antígeno asociado al tumor una secuencia codificada por un ácido nucleico que se selecciona entre el grupo que consiste de:

(a) un ácido nucleico que comprende una secuencia de ácido nucleico de acuerdo con la SEQ ID NO: 5, y

(b) un ácido nucleico que es al menos 95% idéntico al ácido nucleico de (a),

en donde el cáncer es un cáncer de próstata, un carcinoma de próstata o una metástasis de los mismos y en donde dicho agente para detectar o determinar la cantidad de dicho ácido nucleico es una sonda de oligo o polinucleótido o un cebador que comprende una secuencia de 10-30 nucleótidos contiguos de dicho ácido nucleico, y

en donde dicho agente para detectar o determinar la cantidad de dicho antígeno asociado al tumor es un anticuerpo que se enlaza específicamente al antígeno asociado al tumor.


 

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