Secuencias Cy.5 de virus adeno-asociados (AAV), vectores que las contienen y uso de las mismas.

Un virus adenoasociado (AAV) que comprende una cápside de AAV que comprende AAVcy.

5 vp1 que comprende aminoácidos 1 a 728 de SEQ ID Núm. 103 o una secuencia que es al menos un 95% idéntica con la misma; y un minigén que tiene repeticiones terminales invertidas (ITRs) de AAV y un gen heterólogo enlazado operativamente a secuencias reguladoras que dirigen su expresión en una célula anfitrión.

Secuencias Cy.5 de virus adeno-asociados (AAV) , vectores que las contienen y uso de las mismas.

Antecedentes de la invención Un virus adeno-asociado (AAV) , un miembro de la familia Parvovirus, es un pequeño virus icosaédrico, sin envoltura, con genomas de ADN lineal de cadena simple de 4, 7 kilobases (kb) a 6 kb. El AAV está asignado al género, Dependovirus, dado que el virus fue descubierto como contaminante en poblaciones purificadas de adenovirus. El ciclo de vida del AAV incluye una fase latente en la que los genomas de AAV, tras la infección, son el sitio específicamente integrado en los cromosomas anfitrión, y una fase infecciosa en la que, a continuación de la infección de adenovirus o bien de virus de herpes simplex, los genomas integrados son posteriormente rescatados, replicados y empaquetados en virus infecciosos. Las propiedades de no patogenicidad, amplia gama de infectividad de anfitrión, incluyendo las células no divisoras, y la potencial integración cromosómica específica del sitio, hacen que el AAV sea una herramienta atractiva para transferencia de gen.

Estudios recientes sugieren que los vectores de AAV pueden ser el vehículo preferido para terapia de gen. Hasta la fecha, se han aislado 6 serotipos diferentes de AAVs procedentes de humanos o de primates no humanos (NHP) , y han sido bien caracterizados. Entre ellos, el serotipo 2 humano es el primer AAV que fue desarrollado como vector de transferencia de gen; éste ha sido usado ampliamente para experimentos de transferencia de gen eficiente en diferentes tejidos objetivo y modelos de animales. Los ensayos clínicos de la aplicación experimental de vectores basados en AAV2 a algunos modelos de enfermedades humanas, están en curso, e incluyen enfermedades tales como fibrosis quística y hemofilia B.

Lo que resulta deseable son construcciones basadas en AAV para suministro de gen.

Sumario de la invención La invención proporciona nuevas secuencias Cy.5 de AAV, vectores que las contienen, y métodos de uso de las mismas, según se define en las reivindicaciones anexas.

Estos y otros aspectos de la invención resultarán fácilmente evidentes a partir de la descripción detallada que sigue de la invención.

Breve descripción de los dibujos Las Figuras 1A a 1AAAR proporcionan un alineamiento de las secuencias de ácido nucleico que codifican al menos las proteínas cap para los serotipos de AAV. Se proporcionan las secuencias de longitud completa que las ITRs, la región rep y la región de cápside, para el nuevo serotipo 7 de AAV [SEQ ID Núm. 1] y para los AAV1 [SEQ ID Núm. 6], AAV2 [SEQ ID Núm. 7] y AAV3 [SEQ ID Núm. 8] previamente publicados. Los serotipos AAV novedosos de AAV8 [SEQ ID Núm. 4] y AAV9 [SEQ ID Núm. 5] son el objeto de solicitudes presentadas simultáneamente. Los otros clones novedosos de la invención proporcionados en este alineamiento incluyen: 42-2 [SEQ ID Núm. 9], 42-8 [SEQ ID Núm. 27], 42-15 [SEQ ID Núm. 28], 42-5b [SEQ ID Núm. 29], 42-1b [SEQ ID Núm. 30]; 42-13 [SEQ ID Núm. 31], 42-3a [SEQ ID Núm. 32], 42-4 [SEQ ID Núm. 33], 42-5a [SEQ ID Núm. 34], 42-10 [SEQ ID Núm. 35], 42-3b [SEQ ID Núm. 36], 42-11 [SEQ ID Núm. 37], 42-6b [SEQ ID Núm. 38], 43-1 [SEQ ID Núm. 39], 43-5 [SEQ ID Núm. 40], 43-12 [SEQ ID Núm. 41], 43-20 [SEQ ID Núm. 42], 43-21 [SEQ ID Núm. 43], 43-23 [SEQ ID Núm. 44], 43-25 [SEQ ID Núm. 45], 44.1 [SEQ ID Núm. 47], 44.5 [SEQ ID Núm. 47], 223.10 [SEQ ID Núm. 48], 223.2 [SEQ ID Núm. 49], 223.4 [SEQ ID Núm. 50], 223.5 [SEQ ID Núm. 51], 223.6 [SEQ ID Núm. 52], 223.7 [SEQ ID Núm. 53], A3.4 [SEQ ID Núm. 54], A3.5 [SEQ ID Núm. 55], A3.7 [SEQ ID Núm. 56], A3.3 [SEQ ID Núm. 57], 42.12 [SEQ ID Núm. 58], 44.2 [SEQ ID Núm. 59]. Las secuencias de nucleótido de las regiones de signatura de AAV10 [SEQ ID Núm. 117], AAV11 [SEQ ID Núm. 118] y AAV12 [SEQ ID Núm. 119] se proporcionan en esta Figura. Se muestran puntos de referencia críticos en las estructuras de los genomas de AAV. Los huecos se han señalado mediante puntos. La ITR 3’ de AAV1 [SEQ ID Núm. 6] se ha mostrado con la misma configuración que en las secuencias publicadas. TRS representa el sitio de resolución terminal. Obsérvese que AAV7 es el único AAV informado que utiliza GTG como codón de iniciación para VP3.

Las Figuras 2A a 2F son un alineamiento de las secuencias de aminoácido de proteínas de las proteínas de cápside de vp1 de serotipos 1 de AAV [SEQ ID Núm. 64], AAV2 [SEQ ID Núm. 70], AAV3 [SEQ ID Núm. 71], AAV4 [SEQ ID Núm. 63], AAV5 [SEQ ID Núm. 114] y AAV6 [SEQ ID Núm. 65] anteriormente publicados y las nuevas secuencias de la invención, incluyendo: C1 [SEQ ID Núm. 60], C2 [SEQ ID Núm. 61], C5 [SEQ ID Núm. 62], A3-3 [SEQ ID Núm. 66], A3-7 [SEQ ID Núm. 67], A3-4 [S·EQ ID Núm. 68], A3-5 [SEQ ID Núm. 69], 3.3b [SEQ ID Núm. 62], 223.4 [SEQ ID Núm. 73], 223-5 [SEQ ID Núm. 74], 223-10 [SEQ ID Núm. 75], 223-2 [SEQ ID Núm. 76], 223-7 [SEQ ID Núm. 77], 223-6 [SEQ ID Núm. 78], 44-1 [SEQ ID Núm. 79], 44-5 [SEQ ID Núm. 80], 44-2 [SEQ ID Núm. 81], 42-15 [SEQ ID Núm. 84], 42-8 [SEQ ID Núm. 85], 42-13 [SEQ ID Núm. 86], 42-3A [SEQ ID Núm. 87], 42-4 [SEQ ID Núm. 88], 42-5A [SEQ ID Núm. 89], 42-1B [SEQ ID Núm. 90], 42-5B [SEQ ID Núm. 91], 43-1 [SEQ ID Núm. 92], 43-12 [SEQ ID Núm.

93], 43-5 [SEQ ID Núm. 94], 43-21 [SEQ ID Núm. 96], 43-25 [SEQ ID Núm. 97], 43-20 [SE! ID Núm. 99], 24.1 [SEQ ID Núm. 101], 42.2 [SEQ ID Núm. 102], 7.2 [SEQ ID Núm. 103], 27.3 [SEQ ID Núm. 104], 16.3 [SEQ ID Núm. 105],

42.10 [SEQ ID Núm. 106], 42-3B [SEQ ID Núm. 107], 42-11 [SEQ ID Núm. 108], F1 [SEQ ID Núm. 109], F5 [SEQ ID Núm. 110], F3 [SEQ ID Núm. 111], 42-6B [SEQ ID Núm. 112], 42-12 [SEQ ID Núm. 113]. Nuevos serotipos AAV8 [SEQ ID Núm. 95] y AAV9 [SEQ ID Núm. 100] son el objeto de solicitudes de patentes depositadas simultáneamente.

Las Figuras 3A a 3C proporcionan las secuencias de aminoácido de las proteínas rep de AAV7 [SEQ ID Núm. 3].

Descripción detallada de la invención La invención se refiere a secuencias de ácido nucleico identificadas de acuerdo con los métodos que se describen en la presente memoria. Un virus adeno-asociado de ese tipo es un serotipo novedoso, denominado en la presente memoria serotipo 7 (AAV7) . Otros serotipos novedosos de virus adeno-asociados proporcionados en la presente memoria incluyen AAV10, AAV11 y AAV12. Incluso otros serotipos novedosos de AAV identificados conforme a los métodos descritos en la presente memoria, son proporcionados en la presente descripción. Véase el “Listado de Figuras y Secuencias”, que se incorpora aquí por referencia.

También se proporcionan fragmentos de esas secuencias de AAV. Entre los fragmentos de AAV particularmente deseables están las proteínas cap, incluyendo las vp1, vp2, vp3, las regiones hipervariables, las proteínas rep incluyendo las rep 78, rep 68, rep 52, y rep 40, y las secuencias que codifican esas proteínas. Cada uno de esos fragmentos puede ser utilizado fácilmente en una diversidad de sistemas de vector y de células anfitrión. Tales fragmentos pueden ser usados solos, en combinación con otras secuencias o fragmentos de AAV, o en combinación con elementos de otras secuencias virales de AAV o de no AAV. En una realización particularmente deseable, un vector contiene las secuencias cap y/o rep de AAV de la invención.

Según se describe en la presente memoria, los alineamientos se realizan usando cualquiera de una diversidad de Programas de Alineamiento de Secuencia Múltiples disponibles pública o comercialmente, tal como el “Clustal W”, accesibles a través de Servidores Web por Internet. Alternativamente, se usan también las utilidades Vector NTI. También existe un número de algoritmos conocidos en el estado de la técnica que pueden ser usados para medir la identidad de secuencia de nucleótido, incluyendo los contenidos en los programas descritos con anterioridad. Según otro ejemplo, las secuencias de polinucleótido pueden ser comparadas usando Fasta, un programa den GCG Versión 6.1. Fasta proporciona identidad de alineamientos y porcentaje de secuencia de las regiones de mejor solapamiento entre las secuencias de consulta y de búsqueda. Por ejemplo, el porcentaje de identidad de secuencia entre secuencias de ácido nucleico puede ser determinado usando Fasta con sus parámetros por defecto (un tamaño de palabra de 6 y el factor NOPAM para la matriz de puntuación) según se proporciona en GCG Versión 6.1. Se encuentran disponibles programas similares para secuencias de aminoácido, por ejemplo el programa “Clustal X”. Generalmente, se utiliza cualquiera de esos programas en configuraciones por defecto, aunque un experto en la materia puede modificar esas configuraciones según se precise. Alternativamente,... [Seguir leyendo]

1. Un virus adenoasociado (AAV) que comprende una cápside de AAV que comprende AAVcy.5 vp1 que comprende aminoácidos 1 a 728 de SEQ ID Núm. 103 o una secuencia que es al menos un 95% idéntica con la misma; y un minigén que tiene repeticiones terminales invertidas (ITRs) de AAV y un gen heterólogo enlazado operativamente a secuencias reguladoras que dirigen su expresión en una célula anfitrión.

2. El AAV según la reivindicación 1, en el que la proteína AAVcy.5 vp1 comprende la secuencia de aminoácidos 1 a 728 de SEQ ID Núm. 103.

3. El AAV según la reivindicación 1, en el que las ITRs son del AAV2.

4. Una proteína de cápside aislada que comprende una proteína AAVcy.5 seleccionada en el grupo consistente en:

proteína de cápside vp1, aminoácidos (aa) 1 a 728 de SEQ ID Núm. 103;

proteína de cápside vp2, aa 138 a 728 de SEQ ID Núm. 103, y

proteína de cápside vp3, aa 197 a 728 de SEQ ID Núm. 103.

5. Un virus adenoasociado (AAV) que comprende una cápside de AAV que comprende al menos AAVcy.5 vp3 que comprende la secuencia de aa de 197 a 728 de SEQ ID Núm. 103 o una secuencia al menos un 95% idéntica con la misma; y un minigén que tiene repeticiones terminales invertidas (ITRs) de AAV y un gen heterólogo enlazado operativamente a secuencias reguladoras que dirigen su expresión en una célula anfitrión.

6. El AAV según la reivindicación 5, en el que la proteína de AAVcy.5 vp3 comprende la secuencia de aminoácidos 197 a 728 de SEQ ID Núm. 103.

7. Una molécula de ácido nucleico aislada que codifica una proteína según la reivindicación 4.

8. Una molécula de ácido nucleico aislada según la reivindicación 7, en la que dicha molécula es un plásmido.

9. Una molécula de ácido nucleico aislada según cualquiera de las reivindicaciones 7 u 8, en la que dicha molécula comprende además un gen rep de AAV funcional.

10. Un método de generación de un virus adenoasociado (AAV) recombinante que comprende una cápside de serotipo de AAV, que comprende las etapas de cultivar un célula anfitrión que contiene: (a) un molécula según la reivindicación 7, que codifica una cápside de virus adenoasociado; (b) un gen rep funcional; (c) un minigén que comprende repeticiones terminales invertidas (ITRs) de AAV y un transgén; y (d) funciones auxiliareis suficientes para permitir el empaquetamiento del minigén en la proteína de cápside de AAV.

11. Una célula anfitrión transfectada con un virus adenoasociado según cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 5 ó 6, o una molécula de ácido nucleico aislada según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9.

12. Una composición que comprende un AAV según cualquiera de las reivindicaciones 1, 2, 3, 5 ó 6, y un portador fisiológicamente compatible.

13. Una composición que comprende una molécula según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9 y un portador fisiológicamente compatible.