Pronóstico de cáncer de mama.

Método para evaluar el estado de un cáncer de mama, estadificar a los pacientes de cáncer de mama o determinar un protocolo de tratamiento del paciente en una muestra biológica obtenida de un paciente,

que comprende las etapas de medir los niveles de expresión en la muestra de los genes que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO: 96-111 en la Tabla 10, en el que los niveles de expresión génica por encima o por debajo de los niveles límite predeterminados son indicativos del estado de un cáncer de mama o del estadio de un cáncer de mama.

Pronóstico de cáncer de mama Descripción CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere al pronóstico de pacientes con cáncer de mama en base a los perfiles de expresión génica de muestras biológicas de los pacientes.

ANTECEDENTES DE LA TÉCNICA

Aproximadamente el 60%-70% de los pacientes con cáncer de mama sin compromiso de los ganglios linfáticos (LNN) se curan mediante tratamiento local o regional solamente. Lancet (1998a) y Lancet (1998b) . Se han desarrollado directrices para ayudar a los médicos a seleccionar a los pacientes que deben recibir tratamiento complementario. Las recomendaciones más ampliamente utilizadas son los criterios de St. Gallen (Goldhirsch et al. (2003) ) y los criterios de consenso de los National Institutes of Health (NIH) . Eifel et al. (2001) . Estas directrices señalan al 85%-90% de los pacientes LNN como candidatos al tratamiento complementario sistémico.

Existe la necesidad de identificar específicamente el riesgo de reaparición de la enfermedad de un paciente para garantizar que recibe el tratamiento apropiado. Actualmente, existen pocas herramientas de diagnóstico disponibles para identificar a los pacientes en riesgo. Se han utilizado patrones de expresión génica para clasificar los tumores de mama en diferentes subtipos clínicamente pertinentes. Perou et al. (2000) , Sorlie et al. (2001) , Sorlie et al. (2003) , Gruvberger et al. (2001) , van't Veer et al. (2002) , van de Vijver et al. (2002) , Ahr et al. (2002) , Huang et al. (2003) , Sotiriou et al. (2003) , Woelfle et al. (2003) , Ma et al. (2003) , Ramaswamy et al. (2003) , Chang et al. (2003) , Sotiriou et al. (2003) y Hedenfalk et al. (2001) .

Actualmente, en pacientes LNN, la decisión de aplicar un tratamiento complementario después de la extirpación quirúrgica del tumor primario, y qué tipo (endocrinoterapia y/o quimioterapia) , depende en gran medida de la edad del paciente, del estado menopáusico, del tamaño del tumor, del grado de diferenciación y del estado de los receptores de hormonas esteroideas. Estos factores se tienen en cuenta en directrices tales como los criterios de St. Gallen y los criterios de consenso de los National Institutes of Health (NIH) . En base a estos criterios, más del 85%-90% de los pacientes LNN serían candidatos a recibir tratamiento complementario sistémico. Existe una clara necesidad de identificar mejor los factores pronósticos para guiar la selección de las opciones de tratamiento.

RESUMEN DE LA INVENCIÓN

Reconociendo la complejidad de la evolución de la enfermedad, los autores informan en el presente documento acerca de una completa evaluación de la expresión génica de todo el genoma para identificar marcadores pronósticos ampliamente aplicables. Ntzani et al. (2003) y Wang et al. (2004) .

La presente invención abarca un método para evaluar el estado de un cáncer de mama en una muestra biológica obtenida de un paciente con cáncer de mama tal como se define en las reivindicaciones.

La presente invención abarca un método para estadificar un cáncer de mama en una muestra biológica obtenida de un paciente con cáncer de mama tal como se define en las reivindicaciones.

La presente invención abarca un método para determinar un protocolo de tratamiento del paciente con cáncer de mama en una muestra biológica obtenida de un paciente con cáncer de mama tal como se define en las reivindicaciones.

La presente descripción proporciona un método para tratar a un paciente con cáncer de mama obteniendo una muestra biológica de un paciente con cáncer de mama; y midiendo los niveles de expresión en la muestra de genes seleccionados de entre aquellos que codifican un ARNm: correspondiente a las SEQ ID NO: 1-111; o reconocido por los conjuntos de sondas seleccionadas de entre los psids correspondientes a las SEQ ID NO: 1-111 como se muestra en la Tabla 10, en el que los niveles de expresión génica por encima o por debajo de los niveles límite predeterminados son indicativos de un alto riesgo de reaparición y; tratando al paciente con el tratamiento complementario si es un paciente de alto riesgo.

La presente descripción proporciona un método para realizar la validación cruzada de un perfil de expresión génica pronóstico para pacientes con cáncer de mama obteniendo datos de expresión génica a partir de un número estadísticamente significativo de muestras biológicas de pacientes; aleatorizando el orden de las muestras; dejando fuera los datos de aproximadamente el 10%-50% de las muestras; calculando, para las muestras restantes, el factor de interés en todas las variables y seleccionando las variables que satisfagan un límite del valor p (p) ; seleccionando las variables que se ajustan a un modelo de predicción utilizando una búsqueda hacia adelante y evaluando el error de aprendizaje hasta que dé con una tasa de error predeterminada; ensayando el modelo de predicción en el 10%-50% de las muestras dejadas fuera; repitiendo las etapas c., -g. con un nuevo conjunto de muestras retiradas; y

siguiendo con las etapas c) -g) hasta haber ensayado el 100% de las muestras, y registrar el rendimiento de la clasificación.

La presente descripción proporciona un método para validar independientemente un perfil de expresión génica pronóstico para pacientes con cáncer de mama obteniendo datos de expresión génica a partir de un número estadísticamente significativo de muestras biológicas de pacientes; normalizando las variabilidades de partida en los datos de expresión génica; calculando el factor de interés en todas las variables que se han seleccionado con anterioridad; y ensayando el modelo de predicción en la muestra, y registrar el rendimiento de la clasificación.

La presente descripción proporciona un método para generar una Puntuación de Riesgo de Recidiva para permitir el pronóstico de los pacientes con cáncer de mama obteniendo datos de expresión génica a partir de un número estadísticamente significativo de muestras biológicas de pacientes; aplicando el análisis de regresión de Cox univariante a los datos para obtener los genes seleccionados; aplicando los niveles de expresión ponderados a los genes seleccionados con coeficientes estándar de Cox para obtener un modelo de predicción que puede aplicarse como Puntuación de Riesgo de Recidiva.

La presente descripción proporciona un método para generar un informe del paciente con pronóstico de cáncer de mama obteniendo una muestra biológica del paciente; midiendo la expresión génica de la muestra; aplicando una Puntuación de Riesgo de Recidiva a los resultados de la etapa b.; y utilizando los resultados obtenidos en la etapa c. para generar el informe y los informes de pacientes generados de este modo.

La presente invención abarca el uso de una composición que comprende un conjunto de sondas que consiste en: las SEQ ID NO: 96-111 en la Tabla 10 en un método de diagnóstico según se define en las reivindicaciones.

La presente invención abarca el uso de un kit para llevar a cabo un ensayo para determinar el pronóstico de cáncer de mama en una muestra biológica que contiene: materiales para detectar secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes seleccionados de entre aquellos que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO: 1-111 en la Tabla 10.

La presente descripción proporciona artículos para evaluar el estado de un cáncer de mama que contienen: materiales para detectar secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes seleccionados de entre aquellos que codifican un ARNm: correspondiente a las SEQ ID NO: 96-111; o reconocido por los conjuntos de sondas correspondientes a las SEQ ID NO: 96-111 como se muestra en la Tabla 10.

La presente descripción proporciona una cartera de diagnóstico/pronóstico que contiene secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes seleccionados de entre aquellos que codifican un ARNm: correspondiente a las SEQ ID NO: 1-111; o reconocido por los conjuntos de sondas seleccionadas de entre los psids correspondientes a las SEQ ID NO: 1-111 como se muestra en la Tabla 10, en la que la combinación es suficiente para caracterizar el estado de un cáncer de mama o el riesgo de recidiva en una muestra biológica.

BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS

La Figura 1 representa el perfil para la selección de muestras para el análisis y el análisis de algoritmos de agrupamiento no supervisado de los datos de expresión génica para 286 pacientes con cáncer de mama sin compromiso de los ganglios linfáticos (LNN) . (A) . Diagrama... [Seguir leyendo]

1. Método para evaluar el estado de un cáncer de mama, estadificar a los pacientes de cáncer de mama o determinar un protocolo de tratamiento del paciente en una muestra biológica obtenida de un paciente, que comprende las etapas de medir los niveles de expresión en la muestra de los genes que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

9. 111 en la Tabla 10, en el que los niveles de expresión génica por encima o por debajo de los niveles límite predeterminados son indicativos del estado de un cáncer de mama o del estadio de un cáncer de mama.

2. Método según la reivindicación 1 en el que la etapa corresponde a la clasificación mediante el sistema TNM o a pacientes con perfiles de expresión génica similares.

3. Método según la reivindicación 1 que comprende adicionalmente medir los niveles de expresión de genes seleccionados del grupo que consiste en aquellos que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

3. 95 en la Tabla 10, en el que los niveles de expresión génica por encima o por debajo de los niveles límite predeterminados son indicativos del estado de un cáncer de mama o del estadio de un cáncer de mama; particularmente en el que el método proporciona un pronóstico para los pacientes ER positivo o ER negativo.

4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que la muestra se prepara mediante un método seleccionado del grupo que consiste en la preparación de tejido en bruto (preferentemente obtenido a partir de una pieza quirúrgica o de una biopsia) y la microdisección por captura con láser.

5. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3 que comprende adicionalmente:

(a) medir el nivel de expresión de al menos un gen que codifica un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

11. 132 en la Tabla 10; o

(b) medir el nivel de expresión de al menos un gen expresado constitutivamente en la muestra; o

(c) determinar el estado del receptor de estrógeno (ER) de la muestra; particularmente en el que el estado ER se determina (i) midiendo el nivel de expresión de al menos un gen indicativo del estado ER o midiendo la presencia de ER en la muestra o en el que la presencia de ER se mide mediante inmunohistoquímica o (ii) midiendo el nivel de expresión de al menos un gen indicativo del estado ER o midiendo la presencia de ER en la muestra o en el que la presencia de ER se mide mediante inmunohistoquímica.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que

(a) la muestra se obtiene de un tumor primario; o

(b) el patrón de expresión de los genes se compara con un patrón de expresión indicativo de un paciente recidivante; particularmente en el que la comparación de los patrones de expresión se lleva a cabo con los métodos de reconocimiento de patrones; más particularmente en el que los métodos de reconocimiento de patrones incluyen el uso de un análisis de riesgos proporcionales de Cox.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3 en el que

(a) los niveles límite predeterminados son una sobreexpresión o subexpresión al menos 1, 5 veces mayor en la muestra con respecto a las células benignas o al tejido normal; o

(b) los niveles límite predeterminados tienen al menos una sobreexpresión con un valor p estadísticamente significativo en la muestra que tiene células metastásicas con respecto a las células benignas o al tejido normal, particularmente en el que el valor p es inferior a 0, 05; o

(c) la expresión génica se mide en una micromatriz o matriz génica, particularmente en el que (i) la micromatriz es una matriz de ADNc o una matriz de oligonucleótidos o (ii) la micromatriz o matriz génica comprende adicionalmente uno o más reactivos de control interno; o

(d) en el que la expresión génica se determina mediante la amplificación de ácidos nucleicos llevada a cabo mediante una reacción en cadena de la polimerasa (PCR) de ARN extraído de la muestra; particularmente en el que dicha PCR es una reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) , que opcionalmente comprende además uno o más reactivos de control interno.

8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que la expresión génica se detecta

(a) midiendo o detectando una proteína codificada por el gen, particularmente en el que la proteína es detectada por un anticuerpo específico para la proteína; o

(b) midiendo una característica del gen, particularmente en el que la característica medida está seleccionada del grupo que consiste en la amplificación, metilación, mutación y variación alélica de ADN.

9. Uso de una composición que comprende un conjunto de sondas que consiste en sondas para detectar los genes identificados por las SEQ ID NO.

9. 111 en la Tabla 10 en un método según cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 3.

10. Uso de un kit para llevar a cabo un ensayo para determinar el pronóstico de cáncer de mama en una muestra biológica en el que el kit comprende materiales para detectar secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

9. 111 en la Tabla 10, en el que el kit opcionalmente comprende además materiales para detectar secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes seleccionados del grupo que consiste en aquellos que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

3. 95 en la Tabla 10, que opcionalmente comprende además i. reactivos para llevar a cabo un análisis de micromatrices; o ii. un medio a través del cual se ensayan dichas secuencias de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos.

11. Micromatriz o matriz génica para llevar a cabo el método según las reivindicaciones 1 ó 3; que consiste en secuencias aisladas de ácido nucleico, sus complementos, o porciones de los mismos de una combinación de genes que codifican un ARNm identificado por las SEQ ID NO.

9. 111 en la Tabla 10 y opcionalmente uno o más reactivos de control interno; en el que la combinación es suficiente para caracterizar el estado de un cáncer de mama o el riesgo de recidiva en una muestra biológica;

12. Micromatriz o matriz génica según la reivindicación 11; en la que (i) la medición o caracterización es una sobreexpresión o subexpresión al menos 1, 5 veces mayor; o (ii) la medición proporciona una sobreexpresión o subexpresión con un valor p estadísticamente significativo.

13. Micromatriz o matriz génica según la reivindicación 11 ó 12

(a) en la que el valor p es inferior a 0, 05 o en la que la micromatriz comprende una matriz de ADNc o una matriz de oligonucleótidos; y/o (b) que comprende una matriz de ADNc o una matriz de oligonucleótidos.