Uso de la familia miR-26 como marcador predictivo del carcinoma hepatocelular y sensibilidad a la terapia.

Un método para predecir el resultado clínico de un paciente a quien se ha diagnosticado carcinoma hepatocelular(CHC) que comprende detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra de tumor de CHC que se haobtenido del paciente,

en el que una disminución de 1,5 veces o superior del nivel de expresión de miR-26 en lamuestra de tumor con respecto a un control predice una disminución de la supervivencia, predice una respuestafavorable a la terapia con interferón (IFN)-a, o ambas cosas, en el que el resultado clínico es una respuestafavorable a la terapia con interferón.

Uso de la familia miR-26 como marcador predictivo del carcinoma hepatocelular y sensibilidad a la terapia Declaración sobre la investigación patrocinada a nivel federal

La presente invención se realizó con el apoyo del gobierno con las subvenciones del Instituto Nacional del Cáncer Nº Z01 BC 010313 y Z01 BC 010876. El gobierno tiene ciertos derechos en la presente invención.

Campo técnico y aplicabilidad industrial de la invención La presente divulgación describe la identificación de miR-26 como marcador predictivo para el pronóstico de pacientes con CHC y la terapia adyuvante con interferón (IFN) -?.

Antecedentes El carcinoma hepatocelular (CHC) es uno de los tumores malignos humanos más comunes en todo el mundo, con una incidencia creciente en Estados Unidos (Parkin et al., CA Cancer J. Clin. 55 (2) : 74-108, 2005) . El CHC surge con más frecuencia en pacientes con inflamación de hígado como resultado bien de hepatitis viral causada por la infección con el virus de la hepatitis B (VHB) o el virus de la hepatitis C (VHC) , o de trastornos metabólicos o compuestos tóxicos. La hepatitis viral contribuye en más del 80 % de los casos de CHC del mundo (Thorgeirsson y Grisham, Nat. Genet. 31 (4) : 339- 3465, 2002; Budhu y Wang, J. Leukoc. Biol. 80 (6) 20: 1197-1213, 2006) . Una de las características clave del CHC es la disparidad entre géneros con una llamativa dominación masculina (es decir, es 2-6 veces más frecuente en varones que en mujeres) (El Serag y Rudolph, "Gastroenterology" 132 (7) :2557-2576,

2007) . Los experimentos de carcinogénesis in vivo clásicos también revelan una mayor susceptibilidad al CHC en los roedores macho (Ghebranious y Sell, "Hepatology" 27 (2) : 383-391, 1998; Nakatani et al., Jpn. J. Cancer Res. 92 (3) : 249- 256, 2001; Rogers et al., Cancer Res. 67 (24) : 11536-11546, 2007; Naugler et al., Science 317 (5834) : 121124, 2007) . Por otra parte, las mujeres que padecen CHC tienden a tener una mayor supervivencia que los varones que lo padecen (Ng et al., Cancer 75 (1) : 18-22, 1995; Dohmen et al., J. Gastroenterol. Hepatol. 18 (3) : 267-272, 2003; Tangkijvanich et al., World J. Gastroenterol. 10 (11) : 1547- 1550, 2004) . Estos resultados indican que la biología del tumor y el microambiente del huésped pueden diferir significativamente entre varones y mujeres.

Un estudio reciente sugiere que la disparidad entre géneros observada en el CHC se puede deber a una inducción de la interleucina-6 (IL-6) producida por células de Kupffer, que puede ser inhibida por estrógenos (Naugler et al.,

Science 317 (5834) : 121-124, 2007) . De acuerdo con esta idea, otros estudios han revelado que los niveles séricos de IL-6 se elevan mucho en varias malignidades agresivas, incluyendo el CHC, y su expresión, que puede ser producida por las células tumorales, se asocia con enfermedades metastásicas y el mal pronóstico (Ashizawa et al., Gastric Cancer 8 (2) : 124-131, 2005; Porta et al., Ann. Oncol. 19 (2) : 353- 358, 2008) . Estos estudios sugieren que las actividades procarcinogénicas de la IL-6 pueden estar reguladas por las hormonas sexuales, y los tumores con IL-6 activada pueden ser biológicamente distintos y más agresivos.

Hasta la fecha, la cirugía sigue siendo la única modalidad de tratamiento eficaz para el CHC que posibilita la curación. Sin embargo, solo aproximadamente el 10-20 % de los pacientes con CHC son actualmente aptos para una intervención quirúrgica. Además, los pacientes que reciben resecciones curativas a menudo tienen una alta 45 frecuencia de recaída. Por lo tanto, sigue existiendo la necesidad de desarrollar herramientas de diagnóstico que proporcionen una resolución suficiente en la asistencia a la estratificación de los pacientes para el pronóstico y la terapia.

Resumen de la divulgación Los microARN (miR) son pequeñas moléculas de ARN, de cadena simple, que regulan la expresión génica. En la presente memoria, se divulga que la expresión de microR-26 (miR-26) se reduce en el tejido tumoral del CHC con respecto al tejido no canceroso, y un bajo nivel de miR-26 se asocia con un mal resultado clínico. También se divulga en la presente memoria que hay una correlación entre el bajo nivel de expresión de miR-26 y una respuesta 55 favorable a la terapia con interferón (IFN) -? en pacientes con CHC. Por lo tanto, en la presente memoria, se proporciona un método de predicción del resultado clínico de un paciente a quien se ha diagnosticado CHC que comprende detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra de tumor de CHC obtenida del paciente, en el que una disminución en el nivel de expresión de miR-26 en la muestra de tumor en relación con un control predice una disminución de la supervivencia, una respuesta favorable a la terapia con IFN-? o ambas cosas.

También se proporciona un método de selección de un paciente a quien se ha diagnosticado CHC como candidato para la terapia de IFN-?, que comprende detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra de tumor CHC obtenida del paciente, en el que la disminución en el nivel de expresión de miR-26 en la muestra de tumor en relación con un control indica que el paciente es un candidato para la terapia con IFN-?.

Se proporciona además un método de tratamiento de un paciente a quien se ha diagnosticado CHC, que comprende (i) detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra tumoral obtenida del paciente; (ii) comparar el nivel de expresión de miR-26 de la muestra tumoral con el de un control; y (iii) seleccionar un método de tratamiento para el paciente, en el que el tratamiento comprende terapia de IFN-? solo si el paciente tiene una disminución de 1, 5 veces o superior del nivel de expresión de miR-26 en la muestra tumoral en relación con el control.

En algunas realizaciones de los métodos proporcionados en la presente memoria, el control es una muestra de tejido no canceroso obtenida del paciente. En otras realizaciones, el control es una muestra de hígado de un sujeto sano o un valor de referencia.

Se proporciona además un método de identificación de un agente terapéutico para el tratamiento del CHC que comprende detectar agentes candidatos in vitro para seleccionar un agente que aumente la expresión de miR-26 en células de CHC, identificando de este modo un agente para el tratamiento del CHC. En algunas realizaciones, la detección comprende poner en contacto los agentes candidatos con las células de CHC. Los agentes candidatos pueden ser cualquier tipo de molécula, incluyendo, pero sin limitación, citocinas o moléculas pequeñas.

Las anteriores y otras características y ventajas de la divulgación serán más evidentes a partir de la siguiente descripción detallada de varias realizaciones que se presenta con referencia a las figuras adjuntas.

Breve descripción de las figuras

El archivo de la patente o solicitud puede contener una o más figuras realizadas en color y/o una o más fotografías. Las copias de la presente publicación de patente o de la solicitud de patente con la/s figura/s a color y/o fotografía/s serán proporcionadas por la Oficina de Patentes previa solicitud y pago de la tasa necesaria.

Figuras 1A -1D: expresión de miR-26 en tejidos y tumores hepáticos de varones y mujeres.

Figura 1A: los niveles de expresión de miR-26a-1 en tejidos hepáticos no cancerosos de mujeres (n = 30) y de varones (n = 194) , determinados mediante el análisis de micromatrices. Se usó una prueba t de Student para muestras no relacionadas.

Figura 1B: los niveles relativos de expresión de miR-26a de casos de mujeres (n = 26) y casos G1 y G2 de varones de la misma edad (n = 56) se determinaron mediante qRT-PCR. Se usaron pruebas t de Student para muestras no relacionadas.

Figura 1C: las comparaciones de los niveles relativos de miR-26a-1 entre 224 tejidos NT y T relacionados cuando son dicotomizados por el estado de miR-26 en los tumores. Se usaron pruebas t de Student para muestras relacionadas: p < 0, 001 del grupo de bajo nivel de miR-26-1; p = 0, 23 del grupo de alto nivel de miR-26-1. Los datos de las Figuras 1A-1C se expresan como la expresión relativa al log 2 normalizada con respecto a una combinación de hígado normal libre de enfermedad (n = 8) .

Figura 1D: niveles de expresión de miR-26a-1 en los tumores, determinados mediante el análisis de micromatrices, y los resultados de supervivencia. Se usó una prueba de rangos logarítmicos y el nivel de expresión medio como punto de corte. La baja expresión de miR-26 (n = 106) se clasificó como el percentil 50 inferior (con una reducción 45 media de 2, 69 veces en T en comparación con NT) . La alta expresión de miR-26 (n = 111) se clasificó como el percentil 50 superior (con una reducción... [Seguir leyendo]

1. Un método para predecir el resultado clínico de un paciente a quien se ha diagnosticado carcinoma hepatocelular (CHC) que comprende detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra de tumor de CHC que se ha obtenido del paciente, en el que una disminución de 1, 5 veces o superior del nivel de expresión de miR-26 en la muestra de tumor con respecto a un control predice una disminución de la supervivencia, predice una respuesta favorable a la terapia con interferón (IFN) -?, o ambas cosas, en el que el resultado clínico es una respuesta favorable a la terapia con interferón.

2. El método de la reivindicación 1, en el que miR-26 es miR-26a-1, miR-26a-2, miR-26b o una combinación de los mismos.

3. El método de la reivindicación 1 o de la reivindicación 2, en el que el control es una muestra de tejido no canceroso que se ha obtenido del paciente, una muestra de hígado de un sujeto sano o un valor de referencia. 15

4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1-3, en el que la expresión de miR-26 en la muestra de tumor es disminuida al menos 2 veces, al menos 2, 5 veces, al menos 3 veces, al menos 3, 5 veces o al menos 4 veces.

5. Un método de selección de un paciente a quien se ha diagnosticado CHC como un candidato para la terapia de

IFN-?, que comprende detectar el nivel de expresión de miR-26 en una muestra de tumor de CHC obtenida del paciente, en el que la disminución de 1, 5 veces o superior del nivel de expresión de miR-26 en la muestra de tumor en relación con un control indica que el paciente es un candidato para la terapia con IFN-?.

6. El método de la reivindicación 5, en el que miR-26 es miR-26a-1, miR-26a-2, miR-26b, precursores de los 25 mismos, variaciones alélicas y una combinación de los mismos.

7. El método de la reivindicación 5 o de la reivindicación 6, en el que el control es una muestra de tejido no canceroso que se ha obtenido del paciente, una muestra de hígado de un sujeto sano o un valor de referencia.

8. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 5-7, en el que la expresión de miR-26 en la muestra de tumor es disminuida al menos 2 veces, al menos 2, 5 veces, al menos 3 veces, al menos 3, 5 veces o al menos 4 veces.

miR-26a-1 alto

Tabla 1 A. Características clínicas de los sujetos

Variable clínica Cohorte 1 (n = 241) Cohorte 2 (n = 135) Valor de p

Género

Mujer 30 14

Varón 211 111 0, 87a

Sin datos 0 10

Edad-años

Mediana (intervalo) 50 (13-83) 50 (20-77) 0, 29b

Alanina transaminasa (ALT)

Normal (: 50 U/l) 145 107

Anómala (> 50U/l) 96 16 < 0, 001a

Sin datos 0 12

VHB

Negativo 16 6

Positivo 224 118 0, 64a

Sin datos 1 11

Tamaño del tumor-cm

: 3 88 46

> 3 153 78 0, 91a

Sin datos 0 11

Multinodular

No 214 107

Sí 27 17 0, 50a

Sin datos 0 11

Cirrosis

No 17 16

Sí 223 108 0, 08a

Sin datos 1 11

Fase TNM

I 97 81

II 90 29

lll-IV 54 14 < 0, 001c

Sin datos 0 11

Fetoproteína alfa (AFP)

Negativa (: 20ng/ml) 77 49

Positiva (> 20ng/ml) 162 75 0, 20a

Sin datos 2 11

Terapia adyuvante**

Sí 39 72

No 202 63 < 0, 001a

Supervivencia-meses

Mediana (intervalo) >60 (2-67) 67 (2-82) 0, 89d

*aprueba exacta de Fisher; bprueba t de Student para muestras no relacionadas; c prueba del Chi cuadrado; dprueba de rangos logarítmicos. ** Cohorte 1: Quimioembolización transarterial (TACE) (n = 34) ; Quimioterapia (n = 3) ; IFN? (n = 1) ; terapia con células asesinas activadas por linfocina (LAK) (n = 1) ; Cohorte 2: IFN? (n = 72) .

Figura 4A - Tabla 1

Tabla complementaria 1. Características clínicas de dos ensayos clínicos independientes

Ensayo con IFN Validación del IFN

Variable clínica (Cohorte 2) (Cohorte 3) Valor de p

(n = 135) (n = 79)

Género

Mujer 14 14

Varón 111 65 0, 21a

Sin datos 10 0

Edad-años

Mediana (intervalo) 50 (20-77) 52 (24-75) 0, 23b

Alanina transaminasa (ALT)

Normal (: 50 U/l) 107 44

Anómala (> 50U/l) 16 35 < 0, 001a

Sin datos 12 0

VHB

Negativo 6 9

Positivo 118 70 0, 10a

Sin datos 11 0

Tamaño del tumor-cm

: 3 46 22

> 3 78 57 0, 22a

Sin datos 11 0

Multinodular

No 107 63

Sí 17 16 0, 25a

Sin datos 11 0

Cirrosis

No 16 0

Sí 108 0 NDc

Sin datos 11 79

Fase TNM

I 81 7

II 29 34

III-IV 14 38 < 0, 001d

Sin datos 11 0

Negativa (: 20ng/ml) 49 33

Positiva (> 20ng/ml) 75 46 0, 77a

Sin datos 11 0

Sí 72 39

No 63 40 0, 67e

Supervivencia-meses

Mediana (intervalo) 67 (2-82) > 60 (5-60) 0, 06e

*aprueba exacta de Fisher; bprueba t de Student para muestras no relacionadas; cno disponible; dprueba del Chi cuadrado; eprueba de rangos logarítmicos.

Figura 4B - Tabla complementaria 1

Tabla complementaria 2. Características clínicas de los casos usados para buscar microARN relacionados con el género

Valor de Valor de Valor de Valor de p b

Variable clínica mujeres3 (n = 30) varones G1 (n = 31) varones G2 (n = 31) Mujeres frente a Mujeres frente a Varones G1 frente a

varones G1 varones G2 varones G2

Edad-años

Mediana 52 52 52

Intervalo 25-72 26-71 27-71 0, 93c 0, 93c 1, 00c

Anómala 6 11 13 0, 26 0, 10 0, 80

Tamaño del tumor-cm

: 3 16 9 10

> 3 14 22 21 0, 07 0, 12 1, 00

No 25 27 26

Sí 5 4 5 0, 73 1, 00 1, 00

Fase TNM

I 15 14 13

II 11 7 9

III 4 10 9 0, 18e 0, 33e 0, 84e

AFPf

Negativo 9 14 6

Positivo 20 17 25 0, 30 0, 38 0, 06

Sin datos 1 0 0

aCada valor representa el número de pacientes. bPrueba exacta de Fisher. cPrueba t de Student para muestras no relacionadas. dNormal: < 50 (U/l) ; anómalo > 50 (U/l) . ePrueba del Chi cuadrado. fNegativo: <20 (ng/ml) ; Positivo >20 (ng/ml) . gPrueba de rangos logarítmicos.

Figura 4C - Tabla complementaria 2

Tabla 2. Análisis de regresión de Cox univariante y multivariante de los niveles de expresión de miR-26 y la supervivencia global en sujetos con HCCa

Variable cínica Proporción de riesgo (IC del 95 %b) Valor de p

ANÁLISIS UNIVARIANTEc

miARN-26a (bajo frente a alto) 2, 3 (1, 1-5, 0) 0, 03

miARN-26b (bajo frente a alto) 2, 3 (1, 1-4, 9) 0, 04

Edad 1, 0 (1, 0-1, 0) 0, 41

Género (Varón frente a mujer) 1, 4 (0, 6-3, 7) 0, 47

AFP (> 20ng/ml frente a < 20ng/ml) 1, 2 (0, 6-2, 5) 0, 58

Cirrosis (sí frente a no) 0, 7 (0, 3-1, 8) 0, 46

ALT (> 50 U/l frente a < 50 U/l) 1, 2 (0, 5-2, 8) 0, 73

Tamaño del tumor (> 3 cm frente a < 3 cm) 1, 2 (0, 6-2, 4) 0, 56

Encapsulación del tumor (no frente a sí) 1, 3 (0, 7-2, 7) 0, 39

Multinodular (sí frente a no) 1, 1 (0, 5-2, 7) 0, 81

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 2 (1, 2-4, 3) 0, 02

ANÁLISIS MULTIVARIANTE para miR-26a

miARN-26 (bajo frente a alto) 2, 2 (1, 0-4, 7) 0, 05

Fase TNM (ll-lll frente a I) 1, 9 (1, 0-3, 9) 0, 05

Género (varón frente a mujer) 1, 1 (0, 4-2, 8) 0, 88

ANÁLISIS MULTIVARIANTE para miR-26b

miARN-26 (bajo frente a alto) 2, 2 (1, 1-4, 9) 0, 04

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 1 (1, 1-4, 2) 0, 03

Género (varón frente a mujer) 1, 0 (0, 4-2, 6) 0, 99

aEl análisis se realizó sobre los casos de control (n = 60) (cohorte 2) dicotomizados en el grupo de bajo nivel de miR-26a/b y el grupo de alto nivel de miR-26a/b; bIC del 95 %, intervalo de confianza del 95 %; cAnálisis univariante de regresión de riesgos proporcionales de Cox; dAnálisis multivariante de regresión de riesgos proporcionales de Cox; los valores significativos de p (< 0, 05) están destacados en negrita.

Figura 5A - Tabla 2

Tabla 3. Análisis de regresión de Cox univariante y multivariante de la terapia con interferón y la supervivencia global al cáncer en sujetos con expresión baja de miR-26a

Variable clínica Proporción de riesgo (IC del 95 %b) Valor de p

Casos con expresión baja de miR-26a (n = 59)

ANÁLISIS UNIVARIANTEc

Tratamiento (IFN frente al Control) 0, 2 (0, 1-0, 6) 0, 003

Edad 1, 0 (1, 0-1, 0) 0, 64

Género (varón frente a mujer) 1, 3 (0, 4-3, 7) 0, 65

AFP (> 20 ng/ml frente a < 20 ng/ml) 1, 8 (0, 8-4, 1) 0, 15

Cirrosis (sí frente a no) 0, 7 (0, 3-2, 1) 0, 57

ALT (> 50 U/l frente a < 50 U/l) 1, 1 (0, 4-3, 0) 0, 79

Tamaño del tumor (> 3 cm frente a < 3 cm) 1, 7 (0, 8-3, 6) 0, 15

Encapsulación del tumor (no frente a sí) 1, 8 (0, 9-3, 6) 0, 12

Multinodular (sí frente a no) 0, 9 (0, 3-2, 3) 0, 82

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 7 (1, 3-5, 5) 0, 005

ANÁLISIS MULTIVARIANTEd

Tratamiento (IFN frente al Control) 0, 3 (0, 1-0, 7) 0, 005

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 4 (1, 2-4, 9) 0, 02

Género (varón frente a mujer) 1, 4 (0, 5-4, 0) 0, 55

Casos con expresión baja de miR-26b (n = 58)

ANÁLISIS UNIVARIANTE

Tratamiento (IFN frente al Control) 0, 4 (0, 2-0, 9) 0, 04

Edad 1, 0 (1, 0-1, 0) 0, 82

Género (varón frente a mujer) 1, 4 (0, 4-4, 7) 0, 57

AFP (> 20 ng/ml frente a < 20 ng/ml) 1, 9 (0, 9-4, 0) 0, 10

Cirrosis (sí frente a no) 0, 7 (0, 3-1, 8) 0, 43

ALT (> 50 U/l frente a < 50 U/l) 1, 9 (0, 8-4, 6) 0, 17

Tamaño del tumor (> 3 cm frente a < 3 cm) 2, 0 (1, 0-4, 3) 0, 06

Encapsulación del tumor (no frente a sí) 1, 6 (0, 8-3, 1) 0, 20

Multinodular (sí frente a no) 1, 1 (0, 4-2, 6) 0, 87

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 7 (1, 4-5, 3) 0, 004

ANÁLISIS MULTIVARIANTE

Tratamiento (IFN frente al Control) 0, 4 (0, 2-0, 9) 0, 04

Fase TNM (ll-lll frente a I) 2, 6 (1, 3-5, 1) 0, 007

Género (varón frente a mujer) 1, 5 (0, 5-5, 1) 0, 48

aEl análisis se realizó sobre los casos con baja expresión de miR-26 de la cohorte 2; bIC del 95 %, intervalo de confianza del 95 %; cAnálisis univariante de regresión de riesgos proporcionales de Cox; dAnálisis multivariante de regresión de riesgos proporcionales de Cox; los valores significativos de p (< 0, 05) están destacados en negrita.

Figura 5B - Tabla 3

Tabla complementaria 3. Ocho microARN relacionados con el género miARN Ubicación Valor de p Valor de p de Intensidades Intensidades Expresión relacionado genómica paramétrico permutación medias en medias en en mujeres con el género mujeres varones Sin CHC

miR-321a -0, 001 0, 003 4585 2618 supra miR-26a-1 3p22.3 0, 01 0, 01 19879 14417 supra miR-10b 2q31.1 0, 02 0, 02 735 535 supra miR-125b-1 11q24.1 0, 02 0, 02 4211 2838 supra miR-99b 19q13.41 0, 04 0, 04 2628 2071 supra miR-325 Xq21.1 0, 05 0, 06 1885 1146 supra miR-342 14q32.2 0, 04 0, 03 306 373 infra CHC

miR-129-2 11p11.2 0, 007 0, 004 893 1179 infra amiR-321 se indica como un fragmento de Arg-ARNt.

Figura 6A - Tabla complementaria 3

Figura 6B - Tabla 4: Lista de las 20 primeras redes de genes del análisis de vías INGENUITYTM

ID Genes de la vía Puntuación* Nº de Genes Funciones principales

1 14-3-3, ACLY, CPOX, CTDP1, Ciclina B, DAXX, DNM1, GAPDH, GML, HK3, HUWE1, IRF5, dímero Jnk, LRDD, MED22, MED28, Ndpk, NELF, NME1, NME2, PDCD2, PIN1, PKMYT1, ARN polimerasa II, RPS6KA1, Rsk, SFN, SNCAIP, STRAP, TBXAS1, TP53, TP53BP1, TTC5, ZBTB17, ZNF74 2 9 Cancer, señalización e interacción entre células, función celular y mantenimiento

2 AP3D1, ARRB1, ATP5E, ATP5I, ATP6V1D, Calmodulina, CCT6A, CD3EAP, CDC34, Ck2, DIRAS3, ENO1, actina F, G6PD, ATPasa de dos sectores transportadora de H+, IL1A, INA, Insulina, MAP6, MRPS10, peptidilprolilo isomerasa, PPIA, PTPRZ1, homólogo de Ras, RHOT2, RPS2, SFRS1 SFRS11, SHROOM3, SNRP70, STK11, SUGT1, TALDO1, UBA52, WNT2 0 8 Cancer, ciclo celular, metabolismo de hidratos de carbono

3 BCL3, BCR, BRE, C5AR1, CCL8, CDH22, DIABLO ERC1, glutationa peroxidasa, GMFB, GRB7, Ikb, IKK. IL1, IL17A, LDHA, LY96, MTPN, NFATC2, NFkB, NOL14, NUP62, PNPT1, RBCK1, RIPK3, S100P, SAP30, SLC2A6, Sod, receptor Tnf , TNFRSF14, TRAF1, TRAF2, TRIB3 8 7 Muerte celular, expresión génica, metabolismo de hidratos de carbono

Figura 6B - Tabla 4: Lista de las 20 primeras redes de genes del análisis de vías INGENUITYTM

ID Genes de la vía Puntuación* Nº de Genes Funciones principales

4 Actina, proteína adaptadora 2, ALG5, ATP13A2, ATPasa, BCAR1, BHLHB3, BRUNOL4, Caspasa, CENTD2, Ciclina A, DDX11, DDX39, E2f, EID1, GARNL1, HIST1H2AG, Histona h3, HNRPK, KEAP1, KHDRBS1, MCM2, MCM5, PFDN4, PFDN5, PI3K, Rb, RUVBL1, RUVBL2, SYNCRIP, SYT3, TCF3, TGM2, THOC1, THOC2 6 6 Expresión génica, modificación de ARN posterior a la transcripción, transporte molecular

5 Akt, ALDOA, ATXN2L, Cbp/p300, CHFR, DGKZ, EPO, estrógeno Esrl, ETV6, FAM14A, FAM89B, dímero GC-GCR, HMGB1, IL12RB2, INPP5E, JAK, MPL, N-cor, NCOR2, NOSIP, NR0B1, factor nuclear 1, OGG1, PGR, PRMT2, PTPRF, PTPRS (incluye EG:5802) , STAT, STAT2, STAT5a/b, receptor de hormona tiroidea, TYK2, TYR03, UCN, WDR1 4 5 Crecimiento y proliferación celular, desarrollo y función de sistema inmune y linfático, morfología de tejidos

6 ADM, fosfatasa alcalina, Ap1, ARHGEF6, BIN1, BMP2K, CAD, CCL4, CD37, CD209, CSNK1E, Dinamina, ECE1, ELK1, ETV5, Fgf, FGF4, FGF12, JUN/JUNB/JUND, LDL, Mapk, MAX, MHC Clase II, MSC, MXD3, NPC2, PLC gamma, PSMC3IP, SCARB2, SLA.SPRY1, SYK, Tgf beta, VAV, WIPF1 2 4 Función y mantenimiento celular, compromiso celular, desarrollo y función del sistem inmune y linfático

7 B2M, BCL7B, CD3, DUB, EEF2, GPR109B, Gsk3, Hexocinasa, HK1, Ige, IGHG1, IL10, JUN, KLRC3, MAFK, Mek, MHC Clase I, MYB, Nfat, NMB, Rap1, Ras, RASSF5, RELB, RIT1, SAMD4A, SCRIB, SIT1, Sos, SPI1, TCR, TYROBP, USP11, USP22, USP33 0 3 Desarrollo y función del sistem inmune y linfático, morfología de tejidos, trastorno del desarrollo

8 ADA, Adenilato ciclasa, ARF5, CACNG2, CALCB, Calpaína, CaMKII, CAPN3, CAPN10, COROIB, Creb, ERK1/2, proteína G beta, GLMN, GNAO1, GNB5, GRM3, HSF2, Integrina, ITGAM, KPNB1, MAG, MMP1, PDGF BB, Pka, Pkc (s) , PLC, Pld, PP2A, PPP2R5B, RPS6KB1, SLC32A1, SNAP23, SNRPA, SYNE1 8 2 Metabolismo de aminoácidos, ciclo celular, señalización e interacción de célula a célula

9 ADRB1, fosfotransferasa aceptora de grupos alcohol, AMPK, proteína/s de calcineurina, CUL5, ARN polimerasa dirigida a ADN, EWSR1, FZR1, GRK4, GTF2A2, HCFC1, Hsp70, Hsp90, Jnk, LDB3, LIMK1, Mek1/2, MYOZ3, Nos, NOS1, P38 MAPK, p70 S6k, Pak, PAK2, Pdgf, POLR1D, POLR2A, POLR2E, Rac, RRM2, SETD1A, TFIIA, TK1, TOM1, Ubiquitina 2 9 Comportamiento, metabolismo de aminoácidos, cáncer

10 ADCYAP1, ANKRD11, BET1L, beta estradiol, CPLX2, CREB1, ESRRA, FAM 105A, FHL5, GALNT7, GOSR1, HEXIM1, HEXIM2, NADH2 deshidrogenasa (ubiquinona) , NAPB, NAPG, NCOA1, NC.OA2, NDUFA3, NDUFA7, 7 6 Expresión génica, muerte celular, desarrollo y función de tejidos conjuntivos

Figura 6B - Tabla 4: Lista de las 20 primeras redes de genes del análisis de vías INGENUITYTM

ID Genes de la vía Puntuación* Nº de Genes Funciones principales

NDUFA10, NDUFC1, NDUFC2, NDUFS6, NDUFV3, fosfato, PRPF31, REST, SNAP25, Snare, TRIM9, TSPAN14, UIIRF1BP1, UQCR

11 ACPP, beta-estradiol, C11ORFlO, CFD, CHST3, CHST12, CHST13, GSTM3, HES1, HS3ST2, HS3ST5, FIS3ST6, HS3ST3A1, HS3ST3B1, HS3ST4, LAGE3, LHFPL2, MMD, MX2, NUDT1, PFKL, PPRC1, RBM15, SAPS2, SMP2A, sulfotransferasa, SULT1A2, SULT1A4, SULT1B1, SULT1C2, SULT1C3, SULT1C4, SULT4A1, TMEM37, LIST 6 5 Metabolismo de hidratos de carbono, bioquímica de moléculas pequeñas, metabolismo de aminoácidos

12 ANAPC11, AOAH, BUB1, DNAJA2, DNAJB1, DNAJB5, ENC1, FKBP15, GBP5, GCLM, HSPA9, peróxido de hidrógeno, IF16, IFNB1, LILRA2, LILRB3, LRRC47, MRPL20, NFE2L2, OSGIN1, PFDN5, PRDX6, PSMD, PSMD1, PSMD2, PSMD5, PSMD7, PSMD9, PSMD12, RAE1, RPL5, SNCA, UQCRFS1, UQCRH, XAF1 6 5 Cáncer, muerte celular, compromiso celular

13 ARHGEF2, C200RF117, CDC45L, CDCA7L, CTSL2, CYFIP2, EXOSC1, EXOSC2, EXOSC3, EXOSC4, EXOSC5, EXOSC7, EXOSC8, EXOSC9, FXC1, GAS 1, IFI202B, INSR, MAP4, MARK4, MNT. MXI1, MYBBP1A, MYC, NOL5A, NUDC, PLEKHF1, PRL2C2, RPL32, RPS13, RPS20, RPS15A, STRA13, SURF6, XRN1 4 4 Modificación de ARN posterior a la transcripción, ciclo cellar, desarrollo y función del tejido conjuntivo

14 5-hidroxitriptamina, 5-hidroxitriptófano, APBB2, CAMK1, CIB2, DNAJC3, FKBP2, FKBP7, FKBP10, FKBP11, FKBP14, FKBP1B, GORASP2, GPNMB. HNF1A, HNMT, IL6, MIA2, PBSN, PDIA2, PIM1, PPIB, PRL, RAB27B, RAB33B, RABAC1, REG1A, RP9, SBN02, SLC4A2, SPCS3, TMED10, TUBA1B, UNCI3D, XBP1 4 4 Transporte molecular, bioquímica de moléculas pequeñas, cáncer

15 ACOT7, APEX 1, ARL4A, ARNT2, CALB2, CCNG2, CCS, CHD2, CNDP2, FAM50A, FKBP3, G6PD2, GAK, GREM2, GSTA3, HGF, HGFAC, HIF1A, IGF2, IL13RA2, IRS2, KLK1B9, KLK1B22, KRT5, PCSK4, PNRC1, progesterona, RAB20, REG1B, RNF103, SMUG1, SPSB1, STAT3, TSSK2, ZNF592 4 4 Cáncer, movimiento celular, enfermedad gastrointestinal

16 ADAMTS7, ARSB, ARSC2, ARSD, ARSE, ARSF, ARSG, ARSH, ARSI, ARSJ, ARSK, Aril-sulfatasa, B4GALT3, CDKN2A, GCM1, GTSE1, HRAS, ING1, MIF, NANOG, NSUN5C, OTP, RECQL4, RPL39, S100B, SELPLG, SULF2, TIMM13, TOPORS, TP53, TPP1, TTC1, ZMAT3, Zn2+, ZNF408 4 4 Compromiso celular, cáncer, morfología tumoral

Figura 6B - Tabla 4: Lista de las 20 primeras redes de genes del análisis de vías INGENUITYTM

ID Genes de la vía Puntuación* Nº de Genes Funciones principales

17 AP2A1, ARL4C, ATP, BATF3, BCKDK, C140RF153, C90RF86, CASP3, CD40LG, CEBPA, CHKB, DDX21, Etanolamina cinasa, ETNK1, GRSF1, IL2, INCENP, KIF2A, KLRB1, LST1, MAGEA3, MRPS12, MT1H, MT2A, PDCD1LG2, RNASE3, SERPINB1, SPINK7, SWAP70, TBCD, TNFRSF13C, TUBA3C, TUBB2A, TUBG1 4 4 Cáncer, enfermedad infecciosa, crecimiento y proliferación celular

18 Aminoácidos, APP, BTK, CDC2L2, CHAT, CLSTN1, CPM, DAPK3, DGUOK, DPYSL2, DUSP7, DYNC1I1, FANCC, FER, FPRL1, FYB, HOMER 1, IBTK, ICMT, KIF5A, KIF5B, KIF5C, KLC1, KLC2, LILRA6, MAPK8IP2, MAPK8IP3, MPZL1, PHKG2, PHLDA2, PPME1, PTPN11, SPTAN1, ST8SIA1, TXK 3 3 Metabolismo de aminoácidos, modificación posterior a la traducción, bioquímica de moléculas pequeñas

19 ARHGAP10, ARHGAP26, BCLAF1, Ck2, DEDD, DEDD2, DSG2, EGF, EIF5, EIF4A2, EIF4E, EIE4G3, GLE1, GTP, MYCBPAP, NOL3, NUP155, NUPL2, PLEKHG5, POP1, POP4, POP7, PXN, RAB11B, REPS1, RHOA, RHPN2, RND2, RPP21, RPP30, RPP38, RPP40, SAFB2, TCOF1, UBOX5 3 3 Síntesis de proteínas, señalización celular, replicación, recombinación y reparación del ADN

20 AATF, BUB3, BUB1, C170RF49, CDKN1A, CHMP4A, CHMP4B, CHMP4C, CPSF3, CSTF2, EAF1, ELL. ELL2, F2, HSPA9, IL32, LRSAM1, MET, MGRN1, MLL, NCBP2, NCBP1, PDCD6IP, SPSB2, SRM, STAMBP. SYMPK, TSG101, TUBG2, UBE2S. VPS24, VPS28, VPS37C, VPS4A, ZNF205 3 3 Modificación del ARN posterior a la transcripción, desarrollo celular, enfermedad hematológica

Figura 6B - Tabla 4