Métodos y sistemas para predecir respuesta de células frente a un agente terapéutico.

Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método para tratar un paciente que tiene un tumor neoplásico,

comprendiendo dicho método administrar el anticuerpo anti-ErbB3 al paciente si el nivel de ErbB3 fosforilado(pErbB3) en una muestra del tumor obtenido a partir del paciente se determina que no es menor de 0,064 pg/μg deproteína total.

Métodos y sistemas para predecir respuesta de células frente a un agente terapéutico Antecedentes de la invención Se han realizado avances considerables en el desarrollo de terapias dirigidas para el tratamiento de cáncer y otras enfermedades. Tales terapias dirigidas incluyen anticuerpos monoclonales que se unen a antígenos que se expresan específicamente o de forma preferente en células tumorales y fármacos de molécula pequeña que 10 interfieren específicamente con componentes específicos de rutas de señalización activas en células tumorales. Por ejemplo, cetuximab (Erbitux®) es un anticuerpo monoclonal que se dirige al receptor del factor del crecimiento epidérmico (EGFR, también conocido como ErbB1 o HER1) que se expresa en al menos determinados cánceres de colon y cánceres de cabeza y cuello. También, por ejemplo, imatinib (Gleevec®) es una molécula pequeña que se dirige a la tirosina quinasa BCR-Abl, que se expresa y actúa como un factor oncogénico, en determinadas leucemias mieloides crónicas y es una variante anormal de una proteína celular benigna. Aunque tales terapias dirigidas han demostrado ser eficaces en algunos pacientes, el índice de respuesta nunca es del 100%. Por ejemplo, el índice de respuesta promedio para monoterapia de cetuximab es únicamente aproximadamente el 15-20% de pacientes, incluso cuando se sabe que los tumores expresan ErbB1 (EGFR) . Por tanto, la expresión simple de ErbB1 (el antígeno al que se dirige el anticuerpo cetuximab) en un tumor no garantiza la sensibilidad a cetuximab.

Por lo tanto, aunque las terapias dirigidas son muy prometedoras, el índice de respuesta variable de los pacientes a tales terapias, combinado con los efectos secundarios asociados con tales terapias y el coste típico elevado de tales terapias, indica que los métodos para tratar pacientes que implican la predicción de cuáles pacientes son propensos a responder al tratamiento terapéutico y la administración del tratamiento únicamente a los pacientes que se predice que responderán son altamente deseables. Un enfoque que se ha tomado ha sido tratar de identificar marcadores genéticos (por ejemplo, mutaciones o alelos) que se correlacionan con la sensibilidad a la terapia. En este enfoque, se determina el genotipo de una muestra de un paciente antes del tratamiento para determinar si el paciente porta un marcador o marcadores genéticos que son indicativos de sensibilidad a terapia. Otro enfoque que se ha adoptado es tratar de identificar biomarcadores de proteína que se correlacionan con sensibilidad a terapia. En este enfoque,

la expresión de proteína se determina en una muestra a partir del paciente antes del tratamiento para determinar si el paciente expresa uno más biomarcadores de proteína que son indicativos de sensibilidad a terapia.

Ambos enfoques mencionados anteriormente se pueden considerar enfoques de marcador “directo”, donde la presencia (o ausencia o nivel de expresión) del marcador o marcadores (por ejemplo, BCR-Abl o ErbB1) que se está 35 midiendo directamente se ha demostrado que se correlaciona con la sensibilidad o la no sensibilidad a la terapia. Además, ambos de estos enfoques dependen del uso de marcadores que son suficientemente estables en células de forma que los mismos se pueden medir o cuantificar de forma fiable en una muestra que se ha aislado a partir del paciente. Considerando que puede haber un lapso de tiempo considerable entre el momento en el que una muestra se aísla a partir de un paciente y el momento en el que el marcador o marcadores se miden en la muestra, tales enfoques de marcador “directo” descritos anteriormente típicamente requieren el uso de marcadores genéticos o de proteína que no estén sujetos a degradación o alteración a lo largo del tiempo cuando las muestras se someten a procesamiento y manipulación convencional. Aunque se han identificado tales marcadores “directos” estables que son predictivos de sensibilidad a determinados agentes terapéuticos, no está claro si tales marcadores se pueden identificar para todos los agentes terapéuticos.

Se cree que los tumores se impulsan a crecer por una serie de rutas de señalización activadas por ligando, que habitualmente se activan por ligandos que se unen a sus receptores afines, induciendo la fosforilación del propio receptor así como también de quinasas cadena abajo, conduciendo a fosforilación adicional de componentes cadena abajo de la ruta. Estas quinasas desencadenen la supervivencia y proliferación celular. Por consiguiente, la 50 activación de la ruta de señalización conduce a alteración de componentes intracelulares, en particular fosforilación de proteína. La firma de fosforilación de los receptores expresados en tejido tumoral puede ayudar a identificar las rutas principales que impulsan la progresión de un tumor particular. Sin embargo, las fosfoproteínas pueden ser muy lábiles y la fosforilación puede disiparse rápidamente después de cirugía si la muestra de tejido no se congela inmediatamente y rápidamente (o, en algunos casos, si no se fija en formalina) . Además, incluso cuando es posible 55 medir de forma fiable los niveles de una o más fosfoproteínas en una muestra de un tumor particular, el valor predictivo de la presencia o ausencia de cualquier fosfoproteína particular con respecto a la eficacia del tratamiento de un tumor de este tipo con cualquier agente terapéutico particular generalmente se desconoce. Por lo tanto, aunque los perfiles de fosfoproteína contienen información importante acerca de las rutas que impulsan la progresión tumoral, tales perfiles de fosfoproteína actualmente no se usan ampliamente como biomarcadores para 60 predecir la sensibilidad a tratamiento terapéutico.

Por consiguiente, se necesitan métodos nuevos para determinar los niveles de diversas fosfoproteínas y de uso de tales niveles y otras características de células tumorales para predecir la sensibilidad de tumores individuales frente a agentes terapéuticos particulares para mejorar la eficacia terapéutica y de coste de terapias contra el cáncer.

Sumario de la invención En el presente documento se proporcionan métodos para predecir la sensibilidad de células, en particular células neoplásicas tales como células tumorales (por ejemplo, células de tumores benignos o células de tumores malignos) 5 y células malignas que no son células tumorales, frente a agentes terapéuticos y métodos para tratar pacientes que tienen tales tumores con agentes terapéuticos.

La invención proporciona un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método para tratar un paciente que tiene un tumor neoplásico, comprendiendo dicho método administrar el anticuerpo anti-ErbB3 al paciente si el nivel de ErbB3 fosforilado (pErbB3) en una muestra del tumor obtenida a partir del paciente se determina que no es menor de 0, 064 pg/!g de proteína total.

En determinadas realizaciones, el tumor es un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con la reivindicación 1, donde el tumor es un tumor maligno de un órgano seleccionado entre colon, pulmón, recto, vesícula 15 biliar, cerebro, médula espinal, mama, riñón, páncreas, estómago, hígado, hueso, piel, bazo, ovario, testículo, próstata y músculo.

El anticuerpo anti-ErbB3 puede comprender al menos uno de:

(i) un anticuerpo que tiene las secuencias de región variable de cadena pesada (VH) y región variable de cadena ligera (VL) como se muestra en SEC ID Nº: 1 y 2, respectivamente o un anticuerpo que tiene las secuencias de CDR de VH yVL mostradas en SEC ID Nº: 7-9 y 10-12, respectivamente;

(ii) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH yVL mostradas en SEC ID Nº: 3 y 4, respectivamente o un

anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 13-15 y 16-18, 25 respectivamente;

(iii) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH yVL mostradas en SEC ID Nº: 5 y 6, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 19-21 y 22-24, respectivamente;

(iv) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH yVL mostradas en SEC ID Nº: 25 y 26, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 27-29 y 30-32, respectivamente; y

(v) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH yVL mostradas en SEC ID Nº: 33 y 34, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 35-37 y 38-40, respectivamente,

Preferentemente el anticuerpo anti-ErbB3 comprende un anticuerpo que tiene las secuencias de región variable de cadena pesada (VH) y de región variable de cadena ligera (VL) mostradas en SEC ID Nº: 1 y 2, respectivamente... [Seguir leyendo]

1. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método para tratar un paciente que tiene un tumor neoplásico, comprendiendo dicho método administrar el anticuerpo anti-ErbB3 al paciente si el nivel de ErbB3 fosforilado (pErbB3) en una muestra del tumor obtenido a partir del paciente se determina que no es menor de 0, 064 pg/!g de proteína total.

2. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con la reivindicación 1, donde el tumor es un tumor maligno de un órgano seleccionado entre colon, pulmón, recto, vesícula biliar, cerebro, médula espinal, mama, riñón, páncreas, estómago, hígado, hueso, piel, bazo, ovario, testículo, próstata y músculo.

3. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, donde el anticuerpo anti-ErbB3 comprende al menos uno de:

(i) un anticuerpo que tiene las secuencias de región variable de cadena pesada (VH) y región variable de cadena ligera (VL) mostradas en SEC ID Nº: 1 y 2, respectivamente o un anticuerpo que tiene las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 7-9 y 10-12, respectivamente;

(ii) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 3 y 4, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 13-15 y 16-18, respectivamente;

(iii) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 5 y 6, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 19-21 .

2. 24, respectivamente;

(iv) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 25 y 26, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº.

2. 29 .

3. 32, respectivamente; y

(v) un anticuerpo que tiene las secuencias de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 33 y 34, respectivamente o un anticuerpo que comprende las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº.

3. 37 .

3. 40, respectivamente.

4. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, donde el anticuerpo anti-ErbB3 comprende un anticuerpo que tiene las secuencias de región variable de cadena pesada (VH) y región variable de cadena ligera (VL) mostradas en SEC ID Nº: 1 y 2, respectivamente o un anticuerpo que tiene las secuencias de CDR de VH y VL mostradas en SEC ID Nº: 7-9 y 10-12, respectivamente.

5. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 08 pg/!g de proteína total.

6. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 096 pg/!g de proteína total.

7. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 122 pg/!g de proteína total.

8. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 128 pg/!g de proteína total.

9. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 144 pg/!g de proteína total.

10. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, donde el nivel de pErbB3 en la muestra se determina que es no menor de 0, 16 pg/!g de proteína total.

11. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 donde el tumor es un tumor maligno de mama.

12. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 donde el tumor es un tumor maligno de colon.

13. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 donde el tumor es un tumor maligno de pulmón.

14. Un anticuerpo anti-ErbB3 para su uso en un método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10 donde el tumor es un tumor maligno de recto o páncreas.