Un polinucleótido infeccioso que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identi-dad con la secuencia de la Figura 1A y una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes al nucleótido 2062 hasta el nucleótido 3864 de la secuencia de la Figura 1A.

Virus PRRS, clones infecciosos, mutantes de los mismos, y métodos de utilización.

Datos de la solicitud continuada

Esta solicitud reivindica el beneficio de la Solicitud Provisional de los EE.UU. nº. de Serie 60/694.021, presentada el 24 de junio de 2005.

Antecedentes

El virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino (PRRSV) es el agente causal de una enfermedad caracterizada por trastornos respiratorios en los cerdos jóvenes e insuficiencia reproductiva en las marranas (Benfield et al.,

J. Vet. Diagn. Invest., 4:127-133 (1992) ; Collins et al., J. Vet. Diagn. Invest., 4:117-126 (1992) ; Wensvoort et al., Vet. Q., 13:121-130 (1991) ) y es actualmente endémico en la mayoría de los países. Este síndrome fue reconocido por primera vez como una "enfermedad misteriosa del cerdo" en los Estados Unidos en 1987 y se descubrió en Europa en 1990. Las dos cepas virales prototipo (Lelystad VR-2332) difieren en la secuencia de nucleótidos aproximadamente en un 40% y representan dos genotipos distintos, a los que se hace referencia como cepas Europea (EU o Tipo 1, Lelystad; Meulenberg et al., Virology, 192:62-72 (1993) ) y Norteamericana (NA o Tipo 2, VR-2332; Nelsen et al., J. Virol., 73:270-80 (1999) ) (Fang et al., Virus Res., 100:229-235 (2004) ; Mardassi et al., J. Gen. Virol., 75:681-5 (1994) ; Meng et al., Arch. Virol., 140:745-55 (1995) ; Ropp et al., J. Virol., 78:3684-3703 (2004) ) . Se ha hecho referencia también a la enfermedad como síndrome de Wabash, enfermedad misteriosa del cerdo, síndrome reproductivo y respiratorio porcino, plaga de los cerdos, síndrome de aborto epidémico y respiratorio porcino, enfermedad de aborto azul, enfermedad azul del oído, aborto azul y aborto tardío epidémico porcino. La enfermedad se caracteriza por insuficiencia reproductiva en las marranas preñadas y problemas respiratorios en los cerdos de todas las edades. La enfermedad tiene un impacto negativo importante en la industria porcina.

PRRSV es un virus de RNA envuelto de sentido positivo perteneciente a la familia Arteriviridae perteneciente al orden Nidovirales (Cavanagh, Arch. Virol., 142:629:633 (1997) ) . EL genoma de PRRSV varía de 15, 1 a 15, 5 kb de longitud (Meulenberg et al., Virology, 192:62-72 (1993) ; Nelsen et al., J. Virol., 73:270-80 (1999) ) . El primer 75% del genoma codifica la poliproteína replicasa esencial para la replicación del virus y está constituido por dos grandes marcos de lectura abiertos (ORFs) (1a y 1b) que son procesados cotraduccionalmente en proteínas más pequeñas por proteasas viralmente codificadas (Snijder et al., J. Gen. Virol., 79: 961-79 (1998) ) . Las proteínas estructurales están codificadas por siete ORFs aguas abajo y son traducidas por una serie anidada co-terminal 3' de mRNAs subgenómicos (sgmRNA) (Meulenberg et al., Virology, 192:62-72 (1993) ; Pattnaik et al., Cell, 69:1011-1020 (1992) ) . En la cepa VR-2332, la región codificante del genoma (15411 bases) está flanqueada por regiones 5' y 3' no traducidas de 189 y 151 nucleótidos, respectivamente.

La cepa VR-2332 de PRRSV ha sido bien caracterizada en términos de su secuencia genómica completa (Pattnaik et al., Cell, 69:1011-1020 (1992) ) , la capacidad de PRRSV para producir constitutivamente especies de RNA subgenómicas defectuosas denominadas heteróclitos (en latín: formas poco comunes) (Yuan et al., Virology, 275:158169 (2000) ) ; Yuan et al., Virus Research, 105:75-87 (2004) ) , y sus propiedades de crecimiento tanto in vitro como in vivo (Murtaugh et al., Vet. Immunol. Immunopathol., 102:105-349 (2004) ) . Adicionalmente, un clon infeccioso de este genoma de 15, 4 kb de NA PRRSV ha sido producido y examinado en cuanto a su capacidad para causar enfermedad en los cerdos (pVR-HN; Nielsen et al., J. Virol., 77:3702-3711 (2003) ) .

PRRSV continúa causando pérdidas económicas importantes en todo el mundo. Se dispone de vacunas, pero las mismas están basadas en una sola cepa de PRRSV, y existen pruebas de que las cepas de PRRSV varían a los niveles antigénico y genético. Adicionalmente, desde que el virus fue identificado en Europa y en los Estados Unidos, han continuado surgiendo nuevos fenotipos de la enfermedad.

Sumario de la invención

Informes previos habían sugerido que las deleciones y/o mutaciones de cualquier cepa del virus PRRS eran en muchos casos extremadamente perjudiciales para el crecimiento del virus. Específicamente, laboratorios individuales habían realizado mutaciones en el extremo 3' del virus, el virus resultante era inestable y volvía rápidamente a la secuencia de tipo salvaje, o crecía muy deficientemente o no crecía en absoluto (Lee et al., Virol., 331:47-62 (2005) ; Choi et al., J. Virol., 80:723-736 (2006) ; Lee et al., Virolog., 346:238-250 (2005) ) . Así, en la comparación de las secuencias de nucleótidos de la cepa europea (genotipo Tipo 1) y VR-2332 (genotipo Tipo 2) , no se sabía dónde realizar mutaciones en VR-2332 nsp2 que no fueran extremadamente perjudiciales.

Sin embargo, la alineación de las secuencias genómicas completas de los nuevos virus PRRS Tipo 2 con VR-2332 comenzó a proporcionar ideas en cuanto a dónde podrían producirse mutantes viables. La mutagénesis de deleción ulterior demostró que la región entre los aminoácidos 324-813 de nsp2 no era necesaria para crecimiento in vitro.

La presente invención proporciona un polinucleótido infeccioso que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de la Figura 1A y una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes al nucleótido 2062 hasta el nucleótido 3864 de la secuencia de la Figura 1A. Se proporciona también un polinucleótido infeccioso que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2 y una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes al nucleótido 2061 hasta el nucleótido 354 de la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2. El polinucleótido puede estar presente en un vector, en una partícula de virus, presente en una célula, o una combinación de los mismos. Cuando está presente en un vector, un promotor de RNA-polimerasa puede estar enlazado operativamente al polinucleótido. El polinucleótido puede ser un RNA. El polinucleótido puede incluir dos o más deleciones, y cada deleción puede ser independientemente de al menos 57 nucleótidos consecutivos. El polinucleótido puede incluir adicionalmente un polinucleótido exógeno presente en la deleción, y el polinucleótido exógeno puede codificar un polipéptido, tal como un marcador detectable.

La presente invención proporciona también un polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de la Figura 1A y al menos una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes a los nucleótidos 2062 a 3864 de la secuencia de la Figura 1A, y en donde el polinucleótido se replica y produce partículas infecciosas de virus cuando se introduce en una célula. Se proporciona también un polinucleótido que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2 y al menos una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes a los nucleótidos 2061 a 3545 de la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2, en donde el polinucleótido se replica y produce partículas infecciosas de virus cuando se introduce en una célula. El polinucleótido puede estar presente en un vector, en una partícula de virus, presente en una célula, o una combinación de los mismos. Cuando está presente en un vector, puede estar enlazado operativamente al polinucleótido un promotor de RNA-polimerasa. El polinucleótido puede ser un RNA. …El polinucleótido puede incluir dos o más deleciones, y cada deleción puede ser independientemente de al menos 57 nucleótidos consecutivos. El polinucleótido puede incluir adicionalmente un polinucleótido exógeno presente en la deleción, y el polinucleótido exógeno puede codificar un polipéptido, tal como un marcador detectable.

Se proporciona también por la presente invención un polinucleótido infeccioso que comprende la secuencia de nucleótidos de Figura 1E, Figura 1F, Figura 1G, Figura 1H, Figura 1I, Figura 1J, Figura 1K, Figura 1L o Figura 1M, y un polipéptido nsp2 codificado por un polinucleótido infeccioso que comprende la secuencia de nucleótidos de Figura 1G, Figura 1H, Figura 1I, Figura 1J, Figura 1K, Figura 1L o Figura 1M.

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1. Un polinucleótido infeccioso que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de la Figura 1A y una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes al nucleótido 2062 hasta el nucleótido 3864 de la secuencia de la Figura 1A.

2. El polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, en donde el polinucleótido se replica y produce partículas infecciosas de virus cuando se introduce en una célula.

3. El polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 1, que comprende adicionalmente una secuencia de vector que se replica en una célula hospedadora procariota.

4. Un polinucleótido infeccioso que comprende una secuencia de nucleótidos que tiene al menos 88% de identidad con la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2 y una deleción de al menos 57 nucleótidos consecutivos correspondientes al nucleótido 2061 hasta el nucleótido 3545 de la secuencia de GenBank nº. de acceso M96262.2.

5. El polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 4, en donde el polinucleótido se replica y produce partículas infecciosas de virus cuando se introduce en una célula.

6. El polinucleótido de acuerdo con la reivindicación 4, que comprende adicionalmente una secuencia de vector que se replica en una célula hospedadora procariota.

7. Un vector que comprende el polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 4 ó 5.

8. El polinucleótido de acuerdo con las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5 ó 6, en donde el polinucleótido comprende dos o más deleciones, y en donde cada deleción es independientemente de al menos 57 nucleótidos consecutivos.

9. Una partícula de virus que comprende el polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 4 ó 5.

10. El polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 4, ó 5 en donde el polinucleótido es un polinucleótido de RNA.

11. Una célula que comprende el polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5, ó 6.

12. El polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5, ó 6, en donde un promotor de RNA-polimerasa está enlazado operativamente al polinucleótido.

13. El polinucleótido de las reivindicaciones 1, 2, 3, 4, 5, ó 6, en donde el polinucleótido comprende adicionalmente un polinucleótido exógeno presente en la deleción.

14. El polinucleótido de la reivindicación 13 en donde el polinucleótido exógeno codifica un marcador detectable.

15. Un polinucleótido infeccioso que comprende la secuencia de nucleótidos de Figura 1E, Figura 1F, Figura 1G, Figura 1H, Figura 1I, Figura 1J, Figura 1K, Figura 1L o Figura 1M.

16. Un polipéptido nsp2 codificado por un polinucleótido infeccioso que comprende la secuencia de nucleótidos de Figura 1G, Figura 1H, Figura 1I, Figura 1J, Figura 1K, Figura 1L o Figura 1M.

T7conductor/3' 4300 (4, 6 kb)

VR1509/3' FIN (4, 3 KB)

casquete 5'

Falso

RNA genómico

Heteróclitos

casquete 5'

Figura 11

Figura 12 Figura 12 continuación