Método de pronóstico de tumores neuroblásticos.

La presente invención se refiere a un método de pronóstico de tumores neuroblásticos mediante el genotipado en conjunto de tres variantes genéticas del gen del receptor sensor de calcio,

en particular mediante el genotipado de la combinación alélica: rs1801725-rs1042636-rs1801726, y al uso de dicha combinación alélica como factor predictivo de tumores neuroblásticos.

Método de pronóstico de tumores neuroblásticos

Campo de la invención

La presente invención pertenece al campo del pronóstico de tumores. En concreto, se refiere a un método de pronóstico de tumores neuroblásticos basado en el análisis de tres variantes genéticas del gen del receptor sensor de calcio (CASR) .

Antecedentes de la invención

Se conocen como tumores del desarrollo aquellos que se manifiestan principalmente durante la edad pediátrica o que únicamente se manifiestan en esta etapa. Por esta razón a veces se les denomina también tumores pediátricos. En el contexto de la presente invención se utilizan indistintamente el término tumor del desarrollo o tumor pediátrico.

Los tumores neuroblásticos (TN) son tumores del desarrollo que se originan a partir de células precursoras del sistema nervioso periférico e incluyen a los neuroblastomas (NB) , ganglioneuroblastomas (GNB) y ganglioneuromas (GN) . Se trata de un grupo de tumores muy heterogéneo desde el punto de vista clínico, histológico, genético y biológico. Su presentación clínica incluye un variado espectro que abarca la regresión espontánea, el crecimiento exclusivamente loco-regional y la proliferación agresiva local acompañada de diseminación metastásica.

Las bases biológicas responsables de la diversidad clínica de los TN se conocen sólo parcialmente. Entre ellas, destacan las alteraciones de la ploidía, las translocaciones desequilibradas, las deleciones o ganancias de regiones cromosómicas recurrentes y la amplificación del oncogén MYCN. Estas alteraciones no sólo son cruciales para entender el comportamiento biológico de los TN, sino que se utilizan para determinar el pronóstico de los TN. Establecer el pronóstico de estos tumores es crítico puesto que de ello depende la selección de la estrategia terapéutica a seguir. Así, los tumores loco-regionales (estadios 1, 2 y 3) sin amplificación de MYCN pueden ser tributarios sólo de resección quirúrgica, los tumores con capacidad para involucionar (estadio 4s) pueden no requerir quimioterapia o sólo un mínimo tratamiento que induzca su desaparición, mientras que los NB metastásicos (estadio 4) son tratados con un complejo abordaje que incluye quimioterapia, cirugía, radioterapia, megaterapia seguida de trasplante autólogo de precursores hematopoyéticos, inmunoterapia y terapias inductoras de diferenciación. Así pues, es necesario establecer con la mayor precisión posible el pronóstico de un TN en el momento de su diagnóstico con el fin de escoger adecuadamente su tratamiento.

El gen humano CASR se localiza en la región cromosómica 3q13.3-21. Está compuesto por 6 exones codificantes y dos exones 1 alternativos y no codificantes. CASR es un receptor acoplado a proteínas G (GPCR) . En concreto, forma parte de la subfamilia C de los GPCR, junto a ocho receptores del glutamato, dos receptores GABA-B, algunos receptores del gusto y el sensor de aminoácidos GPRC6A. Esta subfamilia de receptores detecta señales de iones, aminoácidos y nutrientes, entre otros, y las transmiten al medio intracelular. Todos ellos comparten una estructura similar que se compone de un gran dominio extracelular amino-terminal, siete hélices transmembrana y una cola intracelular carboxilo-terminal. En el caso de CASR, el lugar ortostérico donde tiene lugar la interacción directa con el calcio se halla en el dominio extracelular.

Se han descrito más de 450 polimorfismos de nucleótido simple en el gen CASR. Un polimorfismo de nucleótido simple (SNP, Single Nucleotide Polymorphism) , también llamado variante genética, es una variación en la secuencia del ADN que afecta a una sola base (adenina (A) , timina (T) , citosina (C) o guanina (G) ) de una secuencia del genoma. Una de estas variaciones genéticas debe darse al menos en un 1% de la población para ser considerada como un SNP. Si no alcanza el 1% se considera una mutación puntual. Los SNPs descritos en el gen CASR se hallan divididos en tres bloques de haplotipos, coincidiendo con la región reguladora 5’, la región codificante y el dominio regulador 3’.

Tres SNPs localizados en el exón 7 de CASR (rs1801725, rs1042636 y rs1801726) se hallan representados en la población general de manera significativa. Codifican cambios de aminoácido en el extremo carboxilo-terminal del receptor, dominio de la proteína responsable de la transducción de señal al interior de la célula. El SNP más común en caucásicos, c.2956G>T (descrito como alelo ancestral>alelo minoritario) , produce la sustitución de una alanina (A) por una serina (S) en el aminoácido 986 de la proteína CASR (rs1801725) . Los otros dos, c.2968A>G (alelo ancestral>alelo minoritario) y c.3031C>G (alelo ancestral> alelo minoritario) , codifican, respectivamente, la sustitución de una arginina (R) por una glicina (G) en la posición 990 de la proteína CASR (rs1042636) y de una glutamina (Q) por glutamato (E) en el aminoácido 1011 de la proteína CASR (rs1801726) . Estos SNPs, además de encontrarse en proporciones distintas en las diferentes etnias, han sido relacionados con variaciones en los niveles plasmáticos de Ca2+. También se ha estudiado si existe asociación entre estas variantes genéticas y la susceptibilidad a desarrollar carcinoma colorectal, aunque los datos son contradictorios, ya que algunos estudios encuentran dicha asociación con las variantes de alguno de estos alelos, mientras que otros no (Bacsi K, et al.

Effects of the lactase 13910 C/T and calcium-sensor receptor A986S G/T gene polymorphisms on the incidence and recurrence of colorectal cancer in Hungarian population. BMC Cancer 2008;8:317; Peters U, et al. Association of genetic variants in the calcium-sensing receptor with risk of colorectal adenoma. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2004;12:2181-6; Dong LM, et al. Genetic variation in calcium-sensing receptor and risk of colon cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2008; 17:2755-65) .

Durante muchos años, la clasificación de riesgo de los TN previa a la estratificación del tratamiento ha incluido criterios clínicos (edad al diagnóstico y estadiaje) , criterios histológicos (clasificación anatomo-patológica) y el estado de amplificación del oncogén MYCN como único parámetro genético-biológico. Recientemente, se ha añadido a esta estratificación el análisis del contenido total de ADN (ploidía) , así como el estado alélico de las regiones cromosómicas 1p, 17q y 11q. Sin embargo, el análisis de estas alteraciones no está disponible en todos los hospitales del mundo que diagnostican y tratan tumores del desarrollo. Pero incluso cuando lo están, en algunos casos no puede establecerse con precisión si se trata de tumores favorables o desfavorables biológicamente, con el consecuente riesgo de que los pacientes reciban un tratamiento inadecuado por exceso o por defecto. Además, las pruebas necesarias para analizar dichos parámetros son laboriosas, caras y precisan de personal experimentado tanto para realizarlas como para interpretarlas. Más aún, para poder llevarlas a cabo es preciso disponer de muestras del tumor de alta calidad y en distintos formatos, algo no siempre posible. Sigue existiendo, por tanto, la necesidad de identificar un método de pronóstico de tumores neuroblásticos de fácil aplicación y de bajo coste económico para que pueda ser realizado en un mayor número de ámbitos clínicos.

Los autores de la presente invención describen un método de pronóstico de TN que comprende el genotipado de un conjunto de únicamente tres SNPs del gen CASR. Dicho método se aplica a muestras de sangre periférica e incluso frotis bucales lo que le convierte en un método de rápida y fácil aplicación, además de ser un método de interpretación sencilla, fácilmente reproducible y de bajo coste económico.

Objeto de la invención

La presente invención tiene por objeto un método de pronóstico de un paciente afecto de un tumor neuroblástico que comprende genotipar la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 del gen CASR en una muestra biológica aislada del paciente, y donde el haplotipo rs1801725-rs1042636-rs1801726 caracterizado porque el rs1801725 es una T, el rs1042636 es una A y el rs1801726 es una C, se asocia con un riesgo de muerte y de eventos (recaída, progresión, muerte) mayor que si tuviera otro haplotipo.

Asimismo, es objeto de la invención, el uso de la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 como factor predictivo de pronóstico de un tumor neuroblástico.

Breve... [Seguir leyendo]

1. Método de pronóstico de un paciente afecto de un tumor neuroblástico que comprende genotipar la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 del gen CASR en una muestra biológica aislada del

paciente, donde el haplotipo correspondiente a la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 está caracterizado porque el rs1801725 es una T, el rs1042636 es una A y el rs1801726 es una C y se asocia con un riesgo de muerte y de eventos mayor que si tuviera otro haplotipo.

2. Método, según la reivindicación 1, donde la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 T-A-C se 10 asocia con un riesgo de muerte y de eventos al menos dos veces mayor que si tuviera otro haplotipo.

3. Método, según la reivindicación 1 ó 2, donde la muestra biológica empleada es sangre periférica.

4. Método, según la reivindicación 1 ó 2, donde la muestra biológica empleada es un frotis bucal. 15

5. Método, según la reivindicación 1 ó 2, donde la muestra biológica empleada es tejido tumoral.

6. Método, según una cualquiera de las reivindicaciones 1-5, donde el genotipado de la combinación alélica

rs1801725-rs1042636-rs1801726 se lleva a cabo mediante la técnica Taqman. 20

7. Uso de la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 como factor predictivo de pronóstico de un tumor neuroblástico.

8. Uso según la reivindicación anterior donde la combinación alélica rs1801725-rs1042636-rs1801726 es T-A-C. 25

9. Uso según una cualquiera de las reivindicaciones 7 u 8 como factor predictivo de pronóstico de un neuroblastoma.

Supervivencia acum

1, 0

0, 8

0, 6

0, 4

0, 2

0, 0

Estadio (1, 2, 3, 4s=0; 4=1) 010-censurado1-censurado

60 80 100 120

Seguimiento (meses)

FIG. 1

Supervivencia acum

1, 0

0, 8

0, 6

0, 4

0, 2

0, 0

MYCN (NA=0, A=1) 010-censurado1-censurado

0 20 40 60 80 100 120

Seguimiento (meses)

FIG. 2

Supervivencia acum

1, 0

0, 8

0, 6

0, 4

0, 2

0, 0

rs1801725_1010-censurado1-censurado

0 20 40 60 80 100 120

Seguimiento (meses)

FIG. 3

Supervivencia acum

1, 0

0, 8

0, 6

0, 4

0, 2

0, 0

GACTACGAC-censuradoTAC-censurado

0 20 40 60 80 100 120

Seguimiento (meses)

FIG. 4