Un procedimiento para calificar el estado del cáncer ovárico en un sujeto,

que comprende:

(a)medir la cantidad de Apo A1 (apolipoproteína A1), transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4 en una muestra de suero, y

(b)correlacionar la medición con el estado del cáncer ovárico,

en el que el fragmento IAIH4 consiste en la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO: 1, y la transtiretina ?N10 es una forma truncada de prealbúmina que carece de los diez aminoácidos N-terminales, y en el que

(i)la ausencia de Apo A1, o una disminución estadísticamente significativa de la cantidad de Apo A1, en comparación con un control normal, se correlaciona con un estado del cáncer ovárico;

(ii)la ausencia de transtiretina ?N10, o una disminución estadísticamente significativa de la cantidad de transtiretina ?N10, en comparación con un control normal, se correlaciona con un estado del cáncer ovárico;

(iii)la presencia del fragmento IAIH4, o un aumento de la cantidad de fragmento IAIH4, en comparación con un control normal, se correlaciona con un estado del cáncer ovárico

Uso de biomarcadores para detectar cáncer.

Campo de la invención

La invención proporciona biomarcadores importantes en la detección del cáncer ovárico. Los marcadores se identificaron distinguiendo el perfil de proteína sérica en pacientes con cáncer ovárico respecto de los individuos sanos usando el análisis SELDI. La presente invención se refiere a los biomarcadores para un sistema y el procedimiento en el que se usan los biomarcadores para la calificación del estado del cáncer ovárico. La presente invención también identifica los biomarcadores como proteínas conocidas.

Antecedentes de la invención

El cáncer ovárico está entre las neoplasias ginecológicas más letales en los países desarrollados. Solo en los Estados Unidos, anualmente se diagnostican aproximadamente 23.000 mujeres con la enfermedad y casi 14.000 mujeres mueren debido a este. (Jamal, A., et al., CA Cancer J. Clin, 2002; 52:23-47). A pesar del avance en la terapia del cáncer, la mortalidad del cáncer ovárico ha permanecido prácticamente sin modificaciones durante las últimas dos décadas. (Id.) Debido al gradiente de supervivencia considerable en relación con la etapa en que se diagnostica la enfermedad, la detección precoz es aún el factor más importante para aumentar la supervivencia a largo plazo de las pacientes con cáncer ovárico.

El mal pronóstico del cáncer ovárico diagnosticado en etapas tardías, el costo y riesgo asociado con los procedimientos de diagnóstico confirmatorios, y su relativamente baja prevalencia en la población general en conjunto plantean requerimientos extremadamente estrictos sobre la sensibilidad y especificidad de un ensayo para ser usado en la detección del cáncer ovárico en la población general.

La identificación de los marcadores tumorales adecuados para la detección y el diagnóstico precoz del cáncer mantiene la gran promesa de mejorar la evolución clínica de los pacientes. Es de especial importancia para las pacientes que presentan síntomas vagos o que no los tienen o con tumores que son relativamente inaccesibles en el examen físico. A pesar del esfuerzo considerable dirigido a la detección precoz, no se han desarrollado ensayos de detección de bajo costo (Paley PJ., Curr Opin Oncol, 2001; 13(5):399-402) y las mujeres generalmente se presentan con la enfermedad diseminada en el momento de efectuar el diagnóstico. (Ozols RF, et al., Epithelial ovarian cancer. En: Hoskins WJ, Perez CA, Young RC, editors. Principles and Practice of Gynecologic Oncology. 3rd ed. Philadelphia: Lippincott, Williams y Wilkins; 2000. p.981-1057).

El marcador tumoral mejor caracterizado, CA125, es negativo en aproximadamente 30-40% de los carcinomas de ovarios de etapa I y sus niveles están elevados en una variedad de enfermedades benignas. (Meyer T, et al., Br J Cancer, 2000;82 (9):1535-8; Buamah P., J Surg Oncol, 2000;75(4):264-5; Tuxen MK, et al., Cancer Treat Rev, 1995;21(3):215-45). Su utilización como herramienta de identificación basada en la población para la detección y diagnóstico precoz del cáncer ovárico está dificultada por su baja sensibilidad y especificidad. (MacDonald ND, et al., Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol, 1999;82(2):155-7; Jacobs I, et al., Hum Reprod, 1989;4(1):1-12; Shih I-M, et al., Tumor markers in ovarian cancer. En: Diamandis EP, Fritsche, H., Lilja, H., Chan, D.W., a Schwartz, M., editor. Tumor markers physiology, pathobiology, technology and clinical applications. Philadelphia: AACC Press; en prensa). Si bien más recientemente se ha usado la ecografía pélvica y vaginal para identificar pacientes de alto riesgo, ninguna de estas técnicas tiene la sensibilidad y especificidad suficientes para ser aplicadas en la población general. (MacDonald ND, et al., supra). Recientes esfuerzos para usar CA125 en combinación con marcadores tumorales adicionales (Woolas RP XF, et al., JNatl Cancer Inst, 1993;85 (21):1748-51; Woolas RP, et al., Gynecol Oncol, 1995;59 (1):111-6; Zhang Z, et al., Gynecol Oncol, 1999;73(1):56-61; Zhang Z, et al., Use of Multiple Markers to Detect Stage I Epithelial Ovarian Cancer: Neural Network Analysis Improves Performance. American Society of Clinical Oncology 2001; Annual Meeting, Abstract) en un modelo de cáncer de riesgo longitudinal (Skates SJ, et al., Cancer, 1995; 76(10 Suppl):2004-10), y en tándem con ultrasonido como una prueba de segunda línea (Jacobs I DA, et al., Br Med J, 1993;306(6884):1030-34; Menon U TA, et al., British Journal of Obstetrics y Gynecology, 2000;107(2):165-69) han demostrado resultados promisorios para aumentar la especificidad de la prueba global, lo cual es crítico para una enfermedad tal como el cáncer ovárico que posee una prevalencia relativamente baja.

Debido al pésimo pronóstico del cáncer ovárico en etapa tardía, es de consenso general que un médico aceptará una prueba con un valor predictivo positivo mínimo del 10%. (Bast, R.C., et al., Cancer Tratamiento y Research, 2002; 107: 61-97). Si se extiende esto a la población general, una prueba de detección general debería requerir una sensibilidad mayor del 70% y una especificidad del 99,6%. En la actualidad, ninguno de los marcadores serológicos existentes, tales como CA125, CA72-4, o M-CSF, da individualmente tal desempeño. (Bast, R.C., et al., Int J Biol Marcadores, 1998; 13:179-87).

WO 02/37112 describe un procedimiento para el diagnóstico, pronóstico y control del cáncer ovárico en un sujeto mediante la detección de hK10 en una muestra del sujeto, tal como una muestra de suero o un extracto de tejido tumoral. hK10 se puede medir usando un reactivo que detecta o se une a hK10, tal como los anticuerpos específicamente reactivos con hK10 o con una parte de ellos.

Bergman, Ann-Charlotte et al., Identification of gel-separated tumor marker proteins by mass spectrometry Electrophoresis 2000, 21, 679-686 describe que la electroforesis en gel en dos dimensiones con posterior análisis por espectrometría de masa se aplicó para estudiar las diferencias de la expresión de proteína entre los tumores sólidos benignos y malignos de células humanas de mamas, pulmón y ovario. Las identificaciones de proteína en los tumores ováricos malignos incluyen proteína de unión al ácido retinoico II así como galectina-1 y apolipoproteína A1 y anexina IV.

Vlahou, Antonia et al., SELDI protein profiling in ovarian cancer diagnosis, Proceedings of the American Association for Cancer Research, vol. 43, March 2002, 36, sugieren al chip de proteína de SELDI (ionización/desorción láser potenciada por superficie) como una herramienta diagnóstica adyuvante para el cáncer ovárico.

En consecuencia, existe una necesidad crítica de nuevos marcadores que, en forma individual o en combinación con otros marcadores o modalidades diagnósticas, proporcionen la sensibilidad y especificidad requeridas para la detección precoz del cáncer ovárico. (Bast RC et al., Early detection of ovarian cancer: promise and reality. Ovarian cancer: ISIS Medical Media Ltd., Oxford, UK; 2001. en prensa). Sin una prueba de detección aceptable, la detección precoz aún es el factor más crítico para aumentar la supervivencia a largo plazo de los pacientes con cáncer ovárico.

Por consiguiente, es deseable contar con un procedimiento confiable y preciso para determinar el estado del cáncer ovárico en los pacientes, cuyos resultados se pueden usar posteriormente para manejar el tratamiento del sujeto.

Sumario de la invención

La presente invención proporciona procedimientos sensibles y rápidos y kits que son útiles para determinar el estado del cáncer ovárico mediante la medición de estos marcadores. La medición de estos marcadores en las muestras de pacientes proporciona información que los diagnosticadores pueden correlacionar con un probable diagnóstico de cáncer humano o con un diagnóstico negativo (por ejemplo, normal o libre de enfermedad). Los marcadores se caracterizan por peso molecular y/o por sus propias identidades de proteína. Los marcadores se pueden separar de otras proteínas en una muestra por medio de una variedad de técnicas de fraccionamiento, por ejemplo, separación cromatográfica acoplada con espectrometría de masa, captura de proteína usando anticuerpos inmovilizados o por inmunoensayos tradicionales. En realizaciones preferidas, el procedimiento de resolución involucra espectrometría de masa ionización/desorción láser potenciada por superficie ("SELDI"), en el que la superficie de la sonda de espectrometría de masa comprende adsorbentes...

1. Un procedimiento para calificar el estado del cáncer ovárico en un sujeto, que comprende:

2. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el estado del cáncer ovárico se selecciona del grupo que consiste en el sujeto con riesgo de cáncer, la presencia o ausencia de enfermedad, la etapa de la enfermedad y la efectividad del tratamiento de la enfermedad.

3. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, que además comprende medir al menos un biomarcador conocido en una muestra del sujeto y correlacionar la medición del biomarcador conocido y la medición de Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4 con el estado del cáncer ovárico, en el que el biomarcador conocido se selecciona de CA125, CA125 II, CA15-3, CA19-9, CA72-4, CA 195, inhibidor de tripsina asociado al tumor (TATI), CEA, fosfatasa alcalina placentaria (PLAP), Sialil TN, galactosiltransferasa, factor estimulante de colonias de macrófagos (M-CSF, CSF-1), ácido lisofosfatídico (LPA), componente de 110 kD del dominio extracelular del receptor del factor de crecimiento epidérmico (p110EGFR), calicreínas del tejido, por ejemplo calicreína 6 y calicreína 10 (NES-1), prostasina, HE4, creatina quinasa B (CKB), LASA, HER-2/neu, péptido de gonadotrofina urinaria, Dianon NB 70/K, antígeno peptídico del tejido (TPA), osteopontina y haptoglobina, y variantes de proteína (por ejemplo, formas de escisión, isoformas) de los marcadores.

4. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la medición comprende: (a) proveer una muestra de sangre o un derivado de sangre de un sujeto; (b) fraccionar proteínas de la muestra en una resina de intercambio iónico y recolectar fracciones que contienen ApoA1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4; y (c) capturar Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4 de las fracciones sobre una superficie de un sustrato que comprende reactivos de captura que se unen a los biomarcadores proteicos.

5. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 4, en el que el sustrato es una sonda de SELDI que comprende una superficie de cobre IMAC y en el que los biomarcadores proteicos se detectan por SELDI.

6. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 4, en el que el sustrato es una sonda de SELDI que comprende reactivos de afinidad bioespecíficos que se unen a Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4 y en el que los biomarcadores proteicos se detectan por SELDI.

7. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 4, en el que el sustrato es una placa de microtitulación que comprende reactivos de afinidad bioespecíficos que se unen a Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4 y los biomarcadores proteicos se detectan por inmunoensayo.

8. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que al menos un biomarcador se mide utilizando una matriz de biochip.

9. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 8, en el que la matriz de biochip es una matriz de chip de proteína.

10. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 8, en el que la matriz de biochip es una matriz de ácido nucleico.

11. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 8, en el que al menos un biomarcador se inmoviliza en la matriz de biochip.

12. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que los biomarcadores proteicos se miden por SELDI.

13. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que los biomarcadores proteicos se miden por inmunoensayo.

14. El procedimiento de acuerdo con la reivindicación 1, en el que la correlación se realiza con un algoritmo de clasificación de programas de computación.

15. Un kit que comprende: (a) un reactivo de captura o reactivos de captura que se une(n) a Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4, y (b) un recipiente que comprende Apo A1, transtiretina ?N10 y fragmento IAIH4, en el que el fragmento IAIH4 consiste en la secuencia de aminoácidos de la SEQ ID NO:1, y la transtiretina ?N10 es una forma truncada de prealbúmina que carece de los diez aminoácidos N-terminales.

16. El kit de acuerdo con la reivindicación 15, en el que el reactivo de captura es una sonda de SELDI.

17. El kit de acuerdo con la reivindicación 15, que además comprende un reactivo de captura que se une a CA125.