POLINUCLEOTIDOS PARA LA AMPLIFICACION Y DETECCION DE CHLAMYDIA TRACHOMATIS Y NEISSERIA GONORRHOEAE.
Una composición que comprende un primer polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº:
1, SEC ID Nº: 2 o SEC ID Nº: 3 y unos segundos polinucleótidos que consisten en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº: 4
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2003/035525.
Solicitante: ABBOTT LABORATORIES.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: D-377/AP6A-1 100 ABBOTT PARK ROAD,ABBOTT PARK, IL 60064-6008.
Inventor/es: MARSHALL, RONALD, L., PABICH, EDWARD, K., YU, HONG.
Fecha de Publicación: .
Fecha Concesión Europea: 28 de Abril de 2010.
Clasificación Internacional de Patentes:
- C07H21/04 QUIMICA; METALURGIA. › C07 QUIMICA ORGANICA. › C07H AZUCARES; SUS DERIVADOS; NUCLEOSIDOS; NUCLEOTIDOS; ACIDOS NUCLEICOS (derivados de ácidos aldónicos o sacáricos C07C, C07D; ácidos aldónicos, ácidos sacáricos C07C 59/105, C07C 59/285; cianohidrinas C07C 255/16; glicales C07D; compuestos de constitución indeterminada C07G; polisacáridos, sus derivados C08B; ADN o ARN concerniente a la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos o su aislamiento, preparación o purificación C12N 15/00; industria del azúcar C13). › C07H 21/00 Compuestos que contienen al menos dos unidades mononucleótido que tienen cada una grupos fosfato o polifosfato distintos unidos a los radicales sacárido de los grupos nucleósido, p. ej. ácidos nucleicos. › con desoxirribosilo como radical sacárido.
- C12Q1/68M10B
Clasificación PCT:
- C07H21/04 C07H 21/00 […] › con desoxirribosilo como radical sacárido.
- C12P19/34 C […] › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12P PROCESOS DE FERMENTACION O PROCESOS QUE UTILIZAN ENZIMAS PARA LA SINTESIS DE UN COMPUESTO QUIMICO DADO O DE UNA COMPOSICION DADA, O PARA LA SEPARACION DE ISOMEROS OPTICOS A PARTIR DE UNA MEZCLA RACEMICA. › C12P 19/00 Preparación de compuestos que contienen radicales sacárido (ácido cetoaldónico C12P 7/58). › Polinucleótidos, p. ej. ácidos nucleicos, oligorribonucleótidos.
- C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
Clasificación antigua:
Fragmento de la descripción:
Polinucleótidos para la amplificación y detección de Chlamydia trachomatis y Neisseria gonorrhoeae.
Campo de la invención
La presente invención se refiere a Chlamydia trachomatis. En particular la invención se refiere a composiciones de polinucleótidos y métodos para amplificar y detectar Chlamydia trachomatis.
Antecedentes de la invención
Chlamydia trachonzantis (C. trachomatis o CT) es un agente causante de enfermedades transmitidas sexualmente comunes. CT causa linfogranuloma venéreo, diversas patologías inflamatorias de los sistemas urogenitales del hombre y la mujer y tracoma, una enfermedad crónica que afecta a 500 millones de personas y puede llevar a la ceguera. Cuando no se diagnostica precozmente y se trata con la terapia adecuada, la uretritis y la cervicitis inducida por CT pueden llevar a una variedad de inflamaciones crónicas, tales como, por ejemplo, vaginitis, salpingitis e inflamación pélvica que pueden resultar en esterilidad y embarazo extrauterino. Además, los recién nacidos de madres infectadas pueden contraer infecciones pulmonares y/u oculares durante el parto.
Teniendo en cuenta el impacto que tienen estos organismos, los ensayos diagnósticos específicos y rápidos son de suma importancia. El diagnóstico basado en el crecimiento selectivo de bacterias patogénicas ha sido el patrón, pero el cultivo de células consume mucho tiempo y el crecimiento in vitro de muchos aislados clínicos es difícil. La infección con bacterias tiene como resultado la formación de una variedad anticuerpos con serogrupo, especificidad de especie, subespecie, serovariedad (serotipo) y auxotipo. Se ha usado el suero de pacientes con infecciones del tracto genital para diagnosticar infección por CT, sin embargo los ensayos basados en marcadores serológicos son no cuantitativos por naturaleza y están sujetos a dificultades en la interpretación. Por ejemplo, los títulos de anticuerpos pueden ser indetectables en infecciones agudas (falso negativo), pueden persistir en individuos no infectados con una historia pasada de infección (falso positivo), pueden producir una indicación de falso positivo debido a la presencia de especies que interaccionan de manera cruzada (por ejemplo infección respiratoria causada por diferentes especies de Clamidia) o pueden no desarrollarse en absoluto (falso negativo) dependiendo de otros factores (Ngeow, 1996, Ann Acad Med, Singapur 25:300; Black et al., 1991, J Clin Microbiol 29:1312). Por estas razones, la serología sola no es adecuada para el diagnóstico de las infecciones por CT.
Las infecciones bacterianas pueden ser diagnosticadas también mediante la detección de secuencias de ácidos nucleicos particulares del organismo de infección. Dependiendo de la secuencia de ácidos nucleicos que se seleccione para la detección, un ensayo diagnóstico puede ser específico para un género entero, más de un género, una especie o subespecie, un auxotipo, una serovariedad (serotipo), una cepa u otro subconjunto de organismos. Esta selectividad se puede explotar en el desarrollo de ensayos diagnósticos fiables simples para las especies de patógenos bacterianos de C. trachomatis.
El documento EP 0 630 971 A describe cebadores de oligonucleótidos y sondas para la detección de C. trachomatis que incluyen GGGATTCCTG TAACAACAAG que se usa como un cebador directo, CCTCTTCCCC AGAACAATAA GAACAC que se usa como un cebador inverso, y CATAGCACTA TAGAACTCTG CAAGCC que se usa como sonda de detección, un método de detección de C. trachomatis en una muestra mediante amplificación por PCR con el uso de cebadores y sondas, y composiciones y kits de PCR que contienen estos oligonucleótidos.
Esta información antecedente se proporciona con el fin de dar a conocer información que el solicitante considera que es de posible relevancia para la presente invención. No se prevé necesariamente la admisión, ni debe interpretarse, que nada de la información precedente constituya una técnica previa en contra de la presente invención.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona reactivos de polinucleótidos útiles para la detección de Chlamydia trachomatis. En particular, la presente invención proporciona cebadores y sondas para los procedimientos de amplificación y detección de los ácidos nucleicos, que detectan específicamente y con sensibilidad diversas subespecies o serotipos y auxotipos de C. trachomatis.
La presente invención proporciona composiciones que comprenden un primer polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC Nº: 1, SEC ID Nº: 2, SEC ID Nº: 3 y un segundo polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº:4.
La presente invención también proporciona un juego de cebadores/sondas seleccionado de los juegos de cebadores/sondas que consisten en:
Juego de Cebadores y Sondas 1 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 2 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 3 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 4 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 5 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 6 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 7 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 7;
Juego de Cebadores y Sondas 8 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 7 y
Juego de Cebadores y Sondas 9 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 7.
La presente invención además proporciona un método de detección de Chlamydia trachomatis en una muestra de ensayo, comprendiendo dicho método:
Además, la presente invención proporciona un kit que comprende:
Reivindicaciones:
1. Una composición que comprende un primer polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº: 1, SEC ID Nº: 2 o SEC ID Nº: 3 y unos segundos polinucleótidos que consisten en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº: 4.
2. La composición de la reivindicación 1 que comprende un primer polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº: 2 y un segundo polinucleótido que consiste en la secuencia de ácidos nucleicos de la SEC ID Nº: 4.
3. Un juego de cebadores/sondas seleccionado de los juegos de cebadores/sondas que consisten en:
Juego de Cebadores y Sondas 1 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 2 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 3 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 5;
Juego de Cebadores y Sondas 4 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 5 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 6 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 6;
Juego de Cebadores y Sondas 7 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 7;
Juego de Cebadores y Sondas 8 que consiste en las SEC ID Nº: 2, 4 y 7 y
Juego de Cebadores y Sondas 9 que consiste en las SEC ID Nº: 3, 4 y 7.
4. El juego de cebadores/sondas de la reivindicación 3, en la que el juego de cebadores/sondas es el juego de Cebadores y Sondas 4 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 6.
5. Un método para la detección de Chlamydia trachomatis en una muestra de ensayo, comprendiendo dicho método:
6. El método de la reivindicación 5, en el que el juego de cebadores/sondas es el Juego de Cebadores y Sondas 4 que consiste en las SEC ID Nº: 1, 4 y 6.
7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 5 y 6 en las que dicha mezcla de reacción además comprende un polinucleótido diana control y una sonda polinucleotídica control.
8. Un kit que comprende:
9. Un kit de acuerdo con la reivindicación 8 que comprende:
10. Un cebador que tiene una secuencia que consiste en la SEC ID Nº: 4.
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