Sistema y método para corregir errores de extensión de cebadores en datos de secuencias de ácidos nucleicos.
(29/03/2017) Un método para corregir un error asociado con la sincronía fásica de datos de secuencia generados a partir de una población de copias sustancialmente idénticas de una molécula de ácido nucleico molde, que comprende:
a) detectar una señal generada de la población de copias sustancialmente idénticas de una molécula de ácido nucleico molde en respuesta a la incorporación de uno o más nucleótidos en una reacción de secuenciación por síntesis;
b) generar un valor de señal numérico "q" para la intensidad de señal detectada;
c) repetir las etapas a)-b) para cada flujo de tipos;
d) corregir los valores de señal numéricos "q" para el error de sincronía fásica "CAFIE" empleando un primer parámetro representativo del componente de extensión incompleta "λ" del error de sincronía fásica, y un segundo parámetro representativo…
Amplificación de ácido nucleico con emulsión de flujo continuo.
(29/11/2013) Método para amplificar material genético que comprende:
(i) emulsionar un fluido acuoso que comprende una mezcla de reacción de PCR y una pluralidad de perlassuspendidas en un flujo continuo de aceite para crear una pluralidad de microrreactores acuososencapsulados en un flujo continuo de aceite,
en el que una pluralidad de los microrreactores incluyen cada uno una o más especies de molde de ácidonucleico y una perla individual que puede capturar un molde de ácido nucleico y reactivos suficientes paraamplificar el número de copias de una o más especies del molde de ácido nucleico,
y en el que emulsionar comprende bombear un aceite de emulsión y el fluido que comprende la mezcla dereacción de PCR y las perlas suspendidas en un emulsificador de flujo…
Métodos para determinar variantes de secuencias usando secuenciación ultraprofunda.
(27/05/2013) Un método para la detección de variantes de secuencia que tienen una frecuencia de menos de 5% en una población de ácidos nucleicos, comprendiendo el método las etapas de:
(a) amplificar un segmento de polinucleótido común a dicha población de ácido nucleico con un par de cebadores de ácidos nucleicos para PCR que definen un locus para producir una primera población de amplicones comprendiendo cada amplicón dicho segmento de polinucleótido;
(b) liberar la primera población de amplicones en microrreactores acuosos en una emulsión de agua-en-aceite de manera que una pluralidad de los microrreactores acuosos comprende un único amplicón de la primera población de amplicones, una única perla, y disolución de reacción de amplificación que contiene los reactivos necesarios para realizar la amplificación de ácido nucleico;
(c)…
Método de amplificación y secuenciamiento de ácidos nucleicos.
(26/09/2012) Un método para secuenciar ácidos nucleicos que comprende:
(a) fragmentar moléculas de ácido nucleico plantilla grandes para generar una pluralidad de ácidos nucleicosfragmentados;
(b) suministrar una población de los ácidos nucleicos fragmentados de cadena sencilla a un sistema (array) de almenos 10.000 cámaras de reacción sobre una superficie plana, en donde una pluralidad de los pocillos nocomprende más de una partícula y un único ácido nucleico fragmentado de cadena sencilla;
(c) amplificar los ácidos nucleicos fragmentados de cadena sencilla en las cámaras de reacción, en donde unapluralidad de copias amplificadas de los ácidos nucleicos fragmentados de cadena sencilla son inmovilizadossobre partículas; y
(d) llevar a cabo una reacción de secuenciamiento simultáneamente en una pluralidad de las…
Dispositivos en forma de matriz de micropocillos recubiertos con películas delgadas.
(08/08/2012) Un dispositivo en forma de matriz que comprende:
un sustrato de placa de fibra óptica que incluye una superficie plana superior o de arriba que incluye numerosascámaras de reacción grabadas químicamente y una superficie inferior o del fondo pulida, ópticamente conductora yplana;
en el que cada cámara de reacción incluye una superficie interior del fondo y una superficie interior de la paredlateral;
en el que al menos la superficie interior de la pared lateral de sustancialmente todas las cámaras de reacción y lasuperficie superior están recubiertas con un recubrimiento de película delgada transparente, el cual es ópticamentetransparente,…
Amplificación de ácidos nucleicos en emulsión en perlas.
(21/05/2012) Un metodo para enriquecer un amplicón, que comprende:
(a) distribuir una solución que comprende una pluralidad de perlas y una pluralidad de especies de moleculas de acido nucleico de molde, en una pluralidad de gotitas de emulsión acuosa en una fase oleosa termoestable;
en el que un primer subconjunto de las gotitas comprenden una o mas de las perlas y una o mas de las especies de acido nucleico de molde encapsuladas en ellas, y un segundo subconjunto de las gotitas comprenden una o mas de las perlas sin ninguna de las especies de moleculas de acido nucleico de molde encapsuladas en ellas;
(b) amplificar las…
APARATO Y PROCEDIMIENTO PARA LA SECUENCIACION DE ACIDOS NUCLEICOS.
(07/12/2010) Matriz para secuenciar un ácido nucleico, que comprende: una oblea cavitada de fibras ópticas formadas a partir de un haz de una pluralidad de fibras ópticas individuales, presentando cada fibra óptica individual un diámetro de entre 3 y 100 µm, comprendiendo la oblea una superficie superior y una superficie inferior, comprendiendo la superficie superior más de 400.000 cámaras de reacción, en la que las cámaras de reacción se encuentran grabadas en la superficie superior de la oblea cavitada de fibras ópticas y en el que el grosor de la oblea entre la superficie superior y la superficie inferior presenta un grosor de entre 0,5 mm y 5,0 mm; en el que la profundidad de cada cámara de reacción se encuentra comprendida entre una mitad del diámetro…