Sistema y método para corregir errores de extensión de cebadores en datos de secuencias de ácidos nucleicos.
Un método para corregir un error asociado con la sincronía fásica de datos de secuencia generados a partir de una población de copias sustancialmente idénticas de una molécula de ácido nucleico molde,
que comprende:
a) detectar una señal generada de la población de copias sustancialmente idénticas de una molécula de ácido nucleico molde en respuesta a la incorporación de uno o más nucleótidos en una reacción de secuenciación por síntesis;
b) generar un valor de señal numérico "q" para la intensidad de señal detectada;
c) repetir las etapas a)-b) para cada flujo de tipos;
d) corregir los valores de señal numéricos "q" para el error de sincronía fásica "CAFIE" empleando un primer parámetro representativo del componente de extensión incompleta "λ" del error de sincronía fásica, y un segundo parámetro representativo del componente de adelantamiento "ε" del error de sincronía fásica, en el que un valor para el primer parámetro, "λ", y un valor para el segundo parámetro, "ε", se calculan realizando una búsqueda del mejor ajuste con una ecuación de matriz:
p(n+1) ≥ [M-1 (p'(n) , ε, λ)] * q
en la que M representa la matriz del modelo de cartografiado de CAFIE,
de modo que [M-1 (p', ε, λ)] es la matriz inversa;
p' ≥ sgn(p), en la que p' es el código binario de p,
n es la iteración del flujo,
y p(1) - q se emplea como la semilla;
para cada uno del primer parámetro "λ" y el segundo parámetro "ε", y
en el que los valores de señal numéricos "q" se vuelven a invertir para producir un valor de señal teórico "p" empleando la ecuación de matriz.
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2007/004187.
Solicitante: 454 LIFE SCIENCES CORPORATION.
Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.
Dirección: 20 COMMERCIAL STREET BRANFORD CT 06405 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.
Inventor/es: SIMPSON, JOHN, CHEN,YI-JU, MCDADE,KEITH.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- G06F19/22
PDF original: ES-2626620_T3.pdf
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