Composiciones y procedimientos para la detección de Mycobacterium tuberculosis farmacorresistente.

Un procedimiento para detectar Mycobacterium tuberculosis (MTB) resistente a la rifampicina (MTB-RIF) y/o MTB resistente a la isoniazida (MTB-INH) en una muestra,

comprendiendo el procedimiento un ensayo de reacción en cadena de la polimerasa ultrarrápida múltiple que comprende:

- realizar una etapa de amplificación que comprende poner en contacto la muestra con al menos un conjunto de cebadores para rpoB, un conjunto de cebadores para inhA y un conjunto de cebadores para katG para producir uno o más productos de amplificación si algún ácido nucleico diana de rpoB, inhA y katG está presente en la muestra;

- realizar una etapa de hibridación que comprende poner en contacto dicho uno o más productos de amplificación con una pluralidad de sondas detectables para rpoB, una pluralidad de sondas detectables para inhA y una pluralidad de sondas detectables para katG, que comprenden al menos:

- 17 sondas para rpoB para la detección de uno o más de los 17 polimorfismos mononucleotídicos SNP que confieren resistencia a la rifampicina a MTB;

- 3 sondas para inhA para la detección de uno o más de los 3 SNP que confieren resistencia a la isoniazida a MTB; y

- 4 sondas para katG para la detección de uno o más de los 4 SNP que confieren resistencia a la isoniazida a MTB; y

detectar la presencia o ausencia de dichos uno o más productos de amplificación, en el que la presencia de dichos uno o más productos de amplificación es indicativa de la presencia de MTB-RIF y/o MTB-INH en la muestra y en el que la ausencia de dichos uno o más productos de amplificación es indicativa de la ausencia de MTB-RIF y/o MTB-INH en la muestra;

en el que dicha pluralidad de sondas para rpoB comprende sondas de hidrólisis para la detección de cada uno de los 17 SNP que confieren resistencia a la rifampicina a MTB, que comprenden rpoB 531L, rpoB 531W, rpoB 526L, rpoB 526Y, rpoB 526D, rpoB 526N, rpoB 513L, rpoB 513K, rpoB 513P, rpoB 522L, rpoB 522Q, rpoB 522W, rpoB 516V, rpoB 516Y, rpoB 533P, rpoB 511P y rpoB 526R;

en el que dicha pluralidad de sondas para inhA comprende sondas de hidrólisis para la detección de cada uno de los 3 SNP que confieren resistencia a la isoniazida a MTB, que comprenden inhA-15T, inhA-8A e inhA-8C;

en el que dicha pluralidad de sondas para katG comprende sondas de hidrólisis para la detección de cada uno de los 4 SNP que confieren resistencia a la isoniazida a MTB, que comprenden katG 315I, katG 315N, katG 315T y katG 315T2; y

en el que:

- las sondas para rpoB comprenden una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 1-289 y 437-438, o un complemento de las mismas;

- las sondas para inhA comprenden una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 344-409 y 436, o un complemento de las mismas; y

- las sondas para katG comprenden una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 290-343 y 434-435, o un complemento de las mismas.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/EP2015/080484.

Solicitante: F. HOFFMANN-LA ROCHE AG.

Inventor/es: JOHNSON,JENNY A, MEHTA,ROCHAK, YUEN,ANDY.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/689

PDF original: ES-2784654_T3.pdf

 

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