Composiciones y métodos para la evaluación cuantitativa de la densidad del complejo de ADN-proteína.

Un método de determinación de una densidad de un primer epítopo de una histona central en un locus genómico en la cromatina de una célula,

comprendiendo el método:

preparar una colección de nucleosomas naturales de la cromatina, en el que la colección comprende nucleosomas que comprenden, cada uno, la histona central y una secuencia de nucleótidos del nucleosoma indicativa del locus genómico y al menos un nucleosoma que comprende la histona central que tiene el primer epítopo;

añadir un patrón a la colección para crear una colección dopada; en el que el patrón comprende un nucleosoma reconstituido que comprende

(i) una histona patrón o fragmento de histona patrón que tiene el primer epítopo y

(ii) una molécula patrón que comprende un polinucleótido bicatenario que tiene una secuencia de nucleótidos patrón que se une a una molécula de código de barras que comprende una secuencia de código de barras, seleccionándose la molécula de código de barras del grupo que consiste en una molécula de secuencia de código de barras de nucleótidos, una secuencia de ácido nucleico bloqueado y una secuencia de ADN; en el que la histona patrón o fragmento de histona patrón y la secuencia de nucleótidos patrón, forman una asociación estable de proteína-ADN;

añadir un primer reactivo de afinidad dirigido al primer epítopo y seleccionado del grupo que consiste en un anticuerpo, un monocuerpo, un aptámero, un Fab y un péptido de unión, a la colección dopada, para capturar una cantidad de nucleosomas naturales y el patrón que comprende el primer epítopo;

determinar una abundancia genómica relativa para el primer epítopo comparando la cantidad de una secuencia de nucleótidos dada asociada con los nucleosomas naturales capturados que comprenden el primer epítopo y la cantidad de una secuencia de nucleótidos dada asociada con el nucleosoma natural en una cantidad introducida de la colección dopada; determinar una eficacia de captura de patrón para el primer epítopo comparando la cantidad de una secuencia de código de barras asociada con el patrón capturado y la cantidad de una secuencia de nucleótidos dada asociada con el patrón en una cantidad introducida de la colección dopada; y

determinar la densidad del primer epítopo de la histona central en el locus genómico comparando la abundancia genómica relativa respecto a la eficacia de captura de patrón;

en el que dicho primer epítopo es una modificación postraduccional o una isoforma proteínica.