Proceso de secuenciación.

Un método para la generación de las secuencias de al menos una molécula de ácido nucleico de molde objetivo individual que comprende:

a) proporcionar al menos una muestra de moléculas de ácidos nucleicos que comprende al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde objetivo;

b) introducir una primera etiqueta molecular en un extremo de cada una de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde objetivo y una segunda etiqueta molecular en el otro extremo de cada una de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde objetivo para proporcionar al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde etiquetadas, en las que cada molécula de ácido nucleico de molde etiquetada está etiquetada con una única primera etiqueta molecular y una única segunda etiqueta molecular;

c) amplificar las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde etiquetadas para proporcionar múltiples copias de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde etiquetadas;

d) secuenciar las regiones de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde etiquetadas que comprenden la primera etiqueta molecular y la segunda etiqueta molecular; y

e) reconstruir una secuencia consenso para al menos una de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde objetivo en el que la etapa e) comprende

(i) identificar los agregados de las secuencias de las regiones de las múltiples copias de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde etiquetadas que es probable que se correspondan con la misma molécula de ácido nucleico de molde objetivo mediante la asignación de unas secuencias que comprenden unas primeras secuencias de etiqueta molecular que son homólogas entre sí y unas segundas secuencias de etiqueta molecular que son homólogas entre sí al mismo agregado;

(ii) seleccionar al menos un agregado de secuencias en el que las secuencias de los agregados seleccionados comprenden una primera etiqueta molecular y una segunda etiqueta molecular que están más habitualmente asociadas entre sí que con una primera etiqueta molecular o una segunda etiqueta molecular diferente;

(iii) reconstruir una secuencia consenso de una primera molécula de ácido nucleico de molde objetivo mediante la alineación de las secuencias de las al menos dos moléculas de ácidos nucleicos de molde en el agregado seleccionado en la etapa (ii) y definir una secuencia consenso a partir de estas secuencias; y

(iv) llevar a cabo las etapas (ii) hasta (iii) con respecto a una segunda molécula de ácido nucleico de molde y/o a una adicional.