Nuevos métodos de evolución de proteínas.

Un método de mapeo de polipéptidos mutantes formados a partir de un polipéptido plantilla,

el método comprende:

a. la generación de uno de:

I. n-1 conjuntos separados de polipéptidos mutantes del polipéptido plantilla, en el que n es el número de aminoácidos en el polipéptido plantilla, cada conjunto comprende polipéptidos mutantes que tienen un número X de residuos de aminoácidos predeterminados diferentes en una única posición predeterminada del polipéptido plantilla; en el que cada conjunto de polipéptidos mutantes se diferencia del polipéptido plantilla sólo en la única posición predeterminada; y el número de polipéptidos mutantes diferentes generados es equivalente a (n-1) x X, en el que X representa los 19 residuos de aminoácidos de origen natural que no están presentes en una posición dada del polipéptido plantilla;

II. n conjuntos separados de anticuerpos mutantes del polipéptido plantilla que es un anticuerpo plantilla que tiene por lo menos una región determinante de complementariedad en la que n es el número de aminoácidos en la por lo menos una región determinante de complementariedad, cada dicho conjunto comprende anticuerpos mutantes que tienen un número X de residuos de aminoácidos predeterminados diferentes en una única posición predeterminada de la por lo menos una región determinante de complementariedad; en el que cada uno de dicho conjunto de anticuerpos mutantes se diferencia del anticuerpo plantilla sólo en la única posición predeterminada; y el número de anticuerpos mutantes diferentes generados es equivalente a n x X, en el que X representa los 19 residuos de aminoácidos de origen natural que no están presentes en una posición dada del polipéptido plantilla;

III. n-1 o n-2 en el caso en el que el residuo inicial sea metionina, polipéptidos mutantes separados del polipéptido plantilla, en el que n es el número de aminoácidos en el polipéptido plantilla, en el que cada polipéptido mutante se diferencia del polipéptido plantilla en que un aminoácido se elimina en sólo una única posición predeterminada; y

IV. 20 x (n-1) polipéptidos mutantes separados del polipéptido plantilla, en el que n es el número de aminoácidos en el polipéptido plantilla, en el que cada polipéptido mutante se diferencia del polipéptido plantilla en que ha insertado después de una posición específica en el polipéptido plantilla sólo uno de cada uno de los 20 aminoácidos de origen natural;

b. el ensayo de cada polipéptido mutante en los pasos I, III o IV, o cada anticuerpo mutante en el paso II, para por lo menos una propiedad, característica o actividad predeterminada;

c. para cada polipéptido mutante generado en los pasos I, III o IV, o cada anticuerpo mutante generado en el paso II la identificación de cualquier cambio en dicha propiedad, característica o actividad en relación con el polipéptido plantilla; y

d. la creación de un mapa funcional que se utiliza para identificar (a) las posiciones y las mutaciones que no afectan a dicha propiedad, característica o actividad del polipéptido o anticuerpo mutante en comparación con el polipéptido plantilla; (b) sitios completamente mutables en comparación con el polipéptido plantilla; y (c) las posiciones y las mutaciones que dan como resultado un polipéptido mutante con una mejora de dicha propiedad, característica o actividad en comparación con el polipéptido plantilla,

en el que la mejora se selecciona de la reducción de la agregación de proteína-proteína, la mejora de la estabilidad de proteínas, el incremento de la solubilidad de proteínas, el incremento de la estabilidad del pH de proteínas, el incremento de la estabilidad de la temperatura de proteínas, el incremento de la estabilidad del solvente de proteínas, el incremento de la selectividad, la disminución de la selectividad, la introducción de sitios de glicosilación, la introducción de sitios de conjugación, la reducción de la inmunogenicidad, la mejora de la expresión de proteínas, el incremento de la afinidad por el antígeno, la disminución de la afinidad por el antígeno, un cambio en la afinidad de unión, un cambio en la inmunogenicidad, un cambio en la actividad catalítica, la optimización del pH, y la mejora de la especificidad.