Composiciones y métodos para la detección patógenos respiratorios usando sondas de ácido nucleico y subconjuntos de gránulos.

Un método de cribado de una muestra para una multiplicidad de patógenos respiratorios para detectar un patógeno particular en un método de amplificación en fase sólida,

comprendiendo el método:

(a) aislar el ácido nucleico de la muestra, cuyo ácido nucleico supuestamente comprende ácido nucleico de dos o más patógenos respiratorios;

(b) someter el ácido nucleico a amplificación en presencia de un conjunto de gránulos que tiene subconjuntos de gránulos a los que se inmovilizan las sondas de oligonucleótidos con dos o más combinaciones de pares de cebadores que comprenden cebadores directos seleccionados del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 1 a 16, 33 y 35 y cebadores inversos correspondientes seleccionados del grupo que consiste en SEQ ID NOs: 17 a 32, 34 y 36, respectivamente, en donde los pares de cebadores dirigen la amplificación de una región de ácido nucleico de un patógeno respiratorio y en donde se captura el amplicón mediante la hibridación a dicho conjunto de gránulos, en donde las sondas de oligonucleótidos son complementarias a una región de un amplicón generado por amplificación utilizando las combinaciones de pares de cebadores y las sondas correspondientes se seleccionan de 2 o más de las siguientes secuencias (SEQ ID NO: 54, 76, 79, 82, 85, 88, 91, 94, 97, 100, 101, 104, 107, 108, 111, 114, 117, 120, 123, 126); y en el que un miembro de cada par de cebadores comprende un primer marcador ópticamente detectable que se incorpora en un amplicón resultante después de la amplificación; y en donde dicho conjunto de gránulos tiene subconjuntos de gránulos, siendo cada subconjunto homogéneo con respecto al tamaño del gránulo y, opcionalmente, la intensidad de un segundo marcador ópticamente detectable, creando de este modo un conjunto de gránulos heterogéneo basado en el tamaño y/o la intensidad del segundo marcador detectable y en donde el número de subconjuntos corresponde a la cantidad de patógenos respiratorios que se van a cribar;

(c) determinar a cuál de los gránulos se ha unido un amplicón sobre la base de la intensidad del primer marcador detectable y, cuando los amplicones están unidos a múltiples subconjuntos de gránulos, distinguir entre los subconjuntos múltiples de gránulos en función del tamaño del gránulo; en donde la unión de un amplicón a un subconjunto particular de gránulos es indicativa de la presencia de un patógeno respiratorio particular en la muestra.