Métodos para la determinación de alelos y de ploidía.

Un método para la determinación de un estado de ploidía de por lo menos un cromosoma en un individuo objetivo,

comprendiendo este método:

obtener datos genéticos del individuo objetivo y de uno o más individuos relacionados utilizando un medio para medir datos genéticos, donde el medio se selecciona de un grupo que comprende sondas de inversión molecular, microarrays de genotipado, un ensayo de genotipado, hibridación de fluorescencia in situ (FISH), secuenciación, otras plataformas de genotipado de alto rendimiento, y combinaciones de lo anterior, y donde los datos genéticos son las respuestas medidas en varios loci de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) en por lo menos un cromosoma, comprendiendo el o los individuos relacionados mencionados uno o ambos progenitores del individuo objetivo;

crear un conjunto de por lo menos una hipótesis de estado de ploidía para por lo menos un cromosoma del individuo objetivo, donde cada una de las hipótesis del estado de ploidía es un posible estado de ploidía de por lo menos un cromosoma, donde 0, 1, o 2 copias del cromosoma proceden de cada progenitor;

utilizar dos o más técnicas especializadas que son algoritmos aplicados sobre los datos genéticos obtenidos para determinar, para cada técnica especializada utilizada, una probabilidad estadística de cada hipótesis de estado de ploidía en el conjunto, considerando los datos genéticos obtenidos, donde las técnicas especializadas se seleccionan de entre:

la técnica de la presencia de homólogos, técnica que utiliza datos genéticos obtenidos de ambos progenitores, donde uno de los progenitores es heterocigoto en un SNP, y el otro es homocigoto en ese SNP, donde la técnica de presencia de homólogos comprende:

1 ajustar por fases los datos genéticos obtenidos de los progenitores y calcular los umbrales de ruido por cromosoma;

2 segmentar por lo menos un cromosoma;

3 calcular las tasas de pérdidas de SNP por segmento para los genotipos parentales de interés;

4 calcular las tasas de pérdidas de SNP para cada progenitor en por lo menos un cromosoma y las probabilidades de hipótesis en cada segmento;

5 combinar las probabilidades en los segmentos de cromosoma de producir una probabilidad de datos, dada la hipótesis de cadena parental para cromosomas completos; y

6 comprobar las determinaciones no válidas y calcular una probabilidad para cada hipótesis de estado de ploidía;

la técnica de permutación, técnica que compara la relación entre distribuciones de los datos genéticos obtenidos del individuo objetivo para distintos genotipos parentales utilizando un algoritmo estadístico para determinar la probabilidad de cada hipótesis de estado de ploidía, considerando los datos genéticos obtenidos; y la técnica de la presencia parental, que detecta, independientemente para cada progenitor, para un cromosoma determinado, si hay o no contribución del genoma de ese progenitor, basado en distancias entre conjuntos de genotipos parentales en el punto más amplio en las curvas de función de distribución acumulativa, que representa gráficamente las distribuciones observadas de los datos genéticos obtenidos para distintos genotipos parentales, y asigna probabilidades a cada hipótesis de estado de ploidía calculando un resumen estadístico para cada progenitor y comparando con modelos de datos para casos en los que un cromosoma parental está presente, y casos en los que no está presente un cromosoma parental;

combinar para cada hipótesis de estado de ploidía, las probabilidades estadísticas determinadas por las dos o más técnicas especializadas, para determinar probabilidades estadísticas combinadas; y

determinar el estado de ploidía para por lo menos un cromosoma en el individuo objetivo, basado en las probabilidades estadísticas combinadas de cada una de las hipótesis de estado de ploidía, donde el estado de ploidía con la mayor probabilidad estadística combinada se determina que es el estado de ploidía de por lo menos un cromosoma.