Detección de ácidos nucleicos.

Un método para determinar la presencia o ausencia de un polinucleótido diana en una muestra,

comprendiendo el método:

proporcionar un oligonucleótido cebador que comprende

un primer componente de cebador que termina en el extremo 5' del oligonucleótido y es capaz de hibridarse con una primera porción de una cadena del polinucleótido diana mediante el emparejamiento de bases complementarias, y

un segundo componente de cebador que termina en el extremo 3' del oligonucleótido y es capaz de hibridarse con una segunda porción de la cadena de polinucleótido diana mediante el emparejamiento de bases complementarias;

poner en contacto una muestra que comprende potencialmente el polinucleótido diana con el oligonucleótido cebador en condiciones adecuadas para la hibridación del primer componente de cebador y el segundo componente de cebador con la cadena polinucleotídica diana para formar de este modo un dúplex bicatenario, en el que al menos una cadena de una sección intermedia del dúplex comprende una secuencia de al menos cuatro nucleótidos que permanece sin hibridar con una cadena opuesta de la sección intermedia debido a la ausencia de una secuencia de nucleótidos en la cadena opuesta de la sección intermedia que comparte la complementariedad de pares de bases con la secuencia de al menos cuatro nucleótidos,

poner en contacto la muestra con una enzima polimerasa capaz de usar la cadena polinucleotídica diana como plantilla para extender la longitud del oligonucleótido cebador del dúplex y generar de ese modo un amplicón que comprende un componente interno intermedio con respecto al primer y segundo componentes terminales, en el que

el primer componente terminal del amplicón es capaz de hibridarse por emparejamiento de bases complementarias con dicha primera porción de la cadena polinucleotídica diana,

el segundo componente terminal del amplicón es capaz de hibridarse por emparejamiento de bases complementarias con dicha segunda porción de la cadena polinucleotídica diana, y

dicha hibridación del primer y segundo componentes terminales del amplicón con la cadena polinucleotídica diana posiciona el componente interno del amplicón para oponerse a una secuencia intermedia de nucleótidos en la cadena polinucleotídica diana localizada entre la primera y segunda porciones de la cadena polinucleotídica diana que no comparte la complementariedad de pares de bases con el componente interno; y

detectar si se genera el amplicón, en donde la detección del amplicón indica la presencia del polinucleótido diana en la muestra, y el fallo en la detección del amplicón indica la ausencia del polinucleótido diana en la muestra.