Procedimientos para la clasificación in vitro de carcinoma hepatocelular.
Procedimiento de clasificación in vitro de un tumor de HCC en 6 subgrupos a partir de una muestra de hígado HCC de un sujeto que sufre HCC,
que comprende:
a) determinar un perfil de expresión que comprende o que consiste en:
(i) la siguiente combinación de 16 genes: RAB1A, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, G0S2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1, o
(ii) la siguiente combinación de 24 genes: ALDH1L1, CD24, CD74, CFHR3, CYP4F12, DNAJA3, DSCR1, EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ10159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2, PLXNB1, RAB1A, RHOQ, SLC27A5, SLPI, SMARCE1, STRA13;
b) calcular a partir de dicho perfil de expresión 6 distancias de subgrupo; y
c) clasificar dicho tumor HCC en el subgrupo para el cual la distancia de subgrupo es la más baja, en el que los 6 subgrupos G1, G2, G3, G4, G5 y G6 están definidos por la presencia (+) o ausencia (-) de características clínicas y genéticas descritas en la siguiente Tabla 2:**Fórmula**
G1 G2 G
Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/EP2006/069175.
Solicitante: INSTITUT NATIONAL DE LA SANTE ET DE LA RECHERCHE MEDICALE (INSERM).
Nacionalidad solicitante: Francia.
Dirección: 101, RUE DE TOLBIAC 75013 PARIS FRANCIA.
Inventor/es: ZUCMAN-ROSSI,JESSICA, DE REYNIES,AURÉLIEN, RICKMAN,DAVID, BOYAULT,SANDRINE.
Fecha de Publicación: .
PDF original: ES-2535049_T3.pdf
Fragmento de la descripción:
Procedimientos para la clasificación in vitro de carcinoma hepatocelular.
La presente invención se refiere a procedimientos para la clasificación in vitro de carcinoma hepatocelular (HCC). Los presentes procedimientos están basados en la determinación del perfil de expresión de combinaciones de genes particulares.
El carcinoma hepatocelular (HCC) es uno de los tumores sólidos más frecuentes en todo el mundo y representa la tercera causa de mortalidad entre las muertes por cáncer (Bosch. F.X., et al. Semin Liver Dis 19, 271-85 (1999)). Su frecuencia es particularmente elevada en Asia y África debido a la elevada frecuencia de las infecciones por hepatitis vírica y a la exposición a Aflatoxina B1 (AFB1). Durante los últimos 1 años, la incidencia de HCC ha aumentado notablemente en el Reino Unido, Francia y los Estados-Unidos (Taylor-Robinson, S.D. et al. Bmj 319, 64 (1999); Deuffic, S. et al. Lancet 351, 214-5 (1998). El-Serag, H.B. & Masón, A.C. N Engl J Med 34, 745-5 (1999)). Este aumento está relacionado con el aumento de las infecciones por hepatitis C virales.
La cirrosis hepática de cualquier origen y los nodulos regenerativos displásticos han sido considerados durante mucho tiempo como precursores probables de HCC debido a su frecuente asociación con la ocurrencia de HCC (Edmondson, H.A. & Peters, R.L. Semin Roentgenol 18, 75-83 (1983); Thorgeirsson, S.S. & Grisham, J.W. Nat Genet 31, 339-46 (22)). Del mismo modo que en otros tumores sólidos, un gran número de alteraciones genéticas se acumulan durante el proceso carcinogénico. Algunas de estas alteraciones genéticas son específicas de factores etiológicos de HCC, en particular de la infección por HBV que puede inducir inestabilidad cromosómica (Aoki, H., et al. Proc Nati Acad Sci USA 93, 73-4 (1996)) o mutagénesis insercional (Brechot, C. Gastroenterology 127, S56-61 (24)). Las demás alteraciones asociadas específicamente con factores de riesgo son la mutación R249S del gen TP53 en HCCs expuestos a Aflatoxina B1 (Bressac, B. et al, Proc Nati Acad Sci USA 87, 1973-7 (199)), mutaciones de KRAS2 observadas en HCCs asociados a cloruro de vinilo (Weihrauch, M. et al. BrJ Cáncer 84, 982-9 (21)) y mutaciones de TCF1 asociadas con adenomas hepatocelulares (Bluteau, O. et al. Nat Genet 32, 312-5 (22)). De entre las alteraciones genéticas no relacionadas con factores de riesgo de HCC, estudios de alelotipos de microsatélites y de hibridación genómicas comparativa (CGH) han demostrado aberraciones cromosómicas recurrentes. Los brazos cromosómicos frecuentemente delecionados son el 17p, 8p, 16q, 16p, 4q, 9p, 13q, 1p y 6q mientras que las ganancias más frecuentes se encuentran en los cromosomas 1 q, 7q, 8q y 17q (Boige, V. et al. Cáncer Res 57, 1986-9 (1997); Wong, N. et al. Clin Cáncer Res 6, 4-9 (2); Guan, X.Y. et al. Genes Chromosomes Cáncer 29, 11-6 (2)). El HCC es, por lo tanto, un grupo heterogéneo de tumores que difieren en los factores de riesgo y alteraciones genéticas.
Esto impone una necesidad de una clasificación de tumores HCC más precisa, fiable y fácil de llevar a cabo. De hecho, es por ejemplo muy difícil buscar terapias eficaces contra tumores muy heterogéneos. Por el contrario, una clasificación de HCC fiable permitiría estudiar cada subgrupo por separado y encontrar nuevas terapias dirigidas para cada subgrupo. Una prueba de clasificación fiable y fácil de llevar a cabo permitiría entonces elegir para cada paciente un tratamiento adaptado.
En particular, el pronóstico del HCC también es muy heterogéneo. Actualmente, el principal tratamiento para HCC es la eliminación quirúrgica del tumor de HCC, que puede o no estar seguida por quimioterapia adyuvante. La quimioterapia puede ser muy cansina y dolorosa para los pacientes pero es necesaria en caso de HCC con poco pronóstico. Por lo tanto, una clasificación y un procedimiento de pronóstico de tumores de HCC sería de de gran ayuda para decidir si se debe o no administrar una terapia adyuvante a un paciente de HCC.
La heterogeneidad del HCC es bien conocida para el experto en la materia, y se han realizado bastantes esfuerzos para clasificar mejor y/o pronosticar los tumores HCC en la técnica anterior.
Por ejemplo, recientemente varios grupos han intentado clasificar los tumores de HCC mediante análisis de transcriptoma global. Algunos de ellos describen alteraciones de los perfiles de expresión significantes entre HCC derivados de HBV y de HCV respectivamente (Okabe et al. Cáncer Res. 21 Mar 1;61(5):2129-37; lizuka et al. Cáncer Res. 22 Jul 15;62(14):3939:44).
Otros describen una clasificación de HCC en dos o tres subgrupos basada en varias características histológicas (Chung et al. Mol Cells. 22 Dec 31; 14(3):382-7; Chen et al. Mol Bio Cell. 22 Jun; 13(6): 1929-39; WO 24/9163) o en la probabilidad de supervivencia (Lee et al. Hepatology 24 Sep;4(3):667-76).
Los inventores, en particular, han mostrado anteriormente que las alteraciones genéticas están de hecho estrechamente relacionadas con las características clínicas del HCC definiendo dos grupos de HCC (Legoix, P. et al. Oncogene 18, 444-6 (1999); Laurent-Puig, P. et al. Gastroenterology 12, 1763-73 (21)). El primer tipo de HCC se asoció no solamente con un elevado nivel de inestabilidad cromosómica y mutaciones de TP53 y AXIN1 frecuentes, sino que también se relacionó estrechamente con infecciones por HBV y con un mal pronóstico. A la inversa, de tumores HCC del segundo subgrupo son estables cromosómicamente, con una elevada incidencia de alteraciones que activan las (3-cateninas y no están asociados con infecciones virales.
Con respecto al pronóstico, varios grupos han descrito genes implicados en invasión vascular (Chen et al. Mol Bio Cell. 22 Jun; 13(6): 1929-39; Qin et al. J Cáncer Res Clin Oncol. 24 Sep;13(9):497-513) o metástasis (Qin et al. J Cáncer Res Clin Oncol. 24 Sep;13(9):497-513; Ye et al. Nat Med. 23 Apr; 9(4):416-23).
Otros han identificado grupos de genes que permiten un pronóstico de recaída (Kurokawa et al. J Hepatol. 24 Aug; 41(2):284-91; lizuka et al. Lancet. 23 Mar 15; 361 (9261 ):923-9; WO 25/1715) y/o de supervivencia (Lee et al. Hepatology. 24 Sep; 4(3):667-76; WO 25/1715).
Okabe et al. "Genome-wide Analysis of Gene Expression in Human Hepatocellular Carcinomas Using cDNA Microarray: Identification of Genes Involved in Viral Carcinogenesis and Tumor Progression", Cáncer Research. Vol. 61, p. 2129-2137 (21) divulga perfiles de expresión de genes que distinguen HCCs positivos para HVB y para HVC y diferentes fenotipos de tumores.
Sin embargo, una clasificación de los tumores HCC en dos o incluso tres subgrupos, basada solamente en características histológicas o genéticas, no es probable que refleje de forma precisa la gran heterogeneidad de HCC. Además, existe todavía una necesidad de una prueba de pronóstico simple y fácil de realizar.
Para seguir investigando correlaciones genotipo-fenotipo en HCC, identificando vías y/o procesos biológicos desregulados en dichos tumores heterogéneos y encontrar nuevos factores de pronóstico, los inventores han llevado a cabo de este modo un análisis exhaustivo a nivel clínico, genético y transcriptómico de una amplia serie de 123 tumores.
A pesar de que la mayoría de estudios previos sólo fueron capaces de subdividir los tumores de HCC en dos subgrupos, los inventores hallaron sorprendentemente que los tumores HCC se agrupaban de hecho en 6 subgrupos distintos, estrechamente asociados con varias alteraciones clínicas y genéticas. También determinaron un predictor de diagnóstico de 16 genes y un predictor de pertenencia a clase de 24 genes así como una firma de 5 genes que predice el pronóstico de un paciente independientemente del subgrupo de HCC y que obtiene mejores resultados que los marcadores de pronóstico clínicos comunes.
Más precisamente, los inventores han definido 6 subgrupos o clases de HCC distintos (de ahora en adelante denominados G1 a G6). Estos 6 subgrupos se definieron mediante un análisis no supervisado del análisis transcriptómico global de 57 HCC, 3 adenomas hepatocelulares y 5 muestras de tejidos no tumorales agrupados utilizando micromatrices Affymetrix HG-U133A GeneChip. Los 6 subgrupos están muy asociados con factores clínicos y genéticos, tal como se muestra en la siguiente Tabla 1 y se resume en la Figura 1.
Tabla 1. Características clínicas v genéticas asociados con subarupos de HCC
| Hibridaciones Affymetrix (57 HCC) | QRT-PCR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Set de validación (63 HCC) | Set completo (19 HCC) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| G1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| HBV bajo número de... [Seguir leyendo]
Reivindicaciones:1. Procedimiento de clasificación in vitro de un tumor de HCC en 6 subgrupos a partir de una muestra de hígado HCC de un sujeto que sufre HCC, que comprende: a) determinar un perfil de expresión que comprende o que consiste en: (i) la siguiente combinación de 16 genes: RABIA, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, GS2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1, o (ii) la siguiente combinación de 24 genes: ALDH1L1, CD24, CD74, CFHR3, CYP4F12, DNAJA3, DSCR1, EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ1159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2, PLXNB1, RABIA, RHOQ, SLC27A5, SLPI, SMARCE1, STRA13; b) calcular a partir de dicho perfil de expresión 6 distancias de subgrupo; y c) clasificar dicho tumor HCC en el subgrupo para el cual la distancia de subgrupo es la más baja, en el que los 6 subgrupos G1, G2, G3, G4, G5 y G6 están definidos por la presencia (+) o ausencia (-) de características clínicas y genéticas descritas en la siguiente Tabla 2:
2. Procedimiento según la reivindicación 1, en el que el perfil de expresión se determina a nivel de ácido nucleico. 3. Procedimiento según las reivindicaciones 1 o 2, en el que el perfil de expresión consiste en la siguiente combinación de 16 genes: RABIA, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, GS2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1. 4. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que el perfil de expresión se determina a nivel de ácido nucleico utilizando PCR cuantitativa. 5. Procedimiento según la reivindicación 4, en el que el perfil de expresión consiste en la siguiente combinación de 16 genes: RABIA, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, GS2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1, y el en que cada distancia de una muestra: a una clasek se calcula utilizando la siguiente formula: Distancia (muestra,,clase k) X =1..1< (ACt(muestra¡, gent) - fl(clasek, gent))2 <7(gent) en la que para cada genty clasek, los valores de p(clasek, gent) y o(gent) están en un intervalo de 1% alrededor de los valores que se muestran en la siguiente Tabla 5.
6. Procedimiento según las reivindicaciones 1 o 2, en el que el perfil de expresión consiste en la siguiente combinación de 24 genes: ALDH1L1, CD24, CD74, CFHR3, CYP4F12, DNAJA3, DSCR1, EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ1159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2, PLXNB1, RABIA, RHOQ, SLC27A5 SLPI SMARCE1 STRA13. 7. Procedimiento según la reivindicación 6, en el que el perfil de expresión se determina a nivel de ácido nucleico utilizando una micromatriz de ácidos nucleicos. 8. Procedimiento según la reivindicación 7, en el que el perfil de expresión consiste en la siguiente combinación de 24 genes: ALDH1L1, CD24, CD74, CFHR3, CYP4F12, DNAJA3, DSCR1, EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ1159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2, PLXNB1, RABIA, RHOQ, SLC27A5, SLPI, SMARCE1, STRA13, y en el que cada distancia de una muestra¡ a una clasek se calcula utilizando la siguiente formula: Distancia (muestraí,clase¡c) = J'/c(gent,clasek))2 - + 1,791759 '(I (.y(muestra¡,gent) - fijgen,)) <J(gent) xc(gent, clase^) (V) en la que para cada gent y clasek, los valores c(gent, clasek), p(gent) y o(gent) están en un intervalo de 1% alrededor de los valores que se muestran en la siguiente Tabla 6:
9. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que la muestra de hígado HCC es una biopsia de hígado HCC o una extirpación quirúrgica de tumor de HCC. 1. Kit para la clasificación in vitro de un tumor de HCC en 6 subgrupos G1, G2, G3, G4, G5 y G6 a partir de una muestra de hígado HCC de un sujeto que sufre HCC, que consiste en reactivos para la determinación de un perfil de expresión que consiste en: (i) la siguiente combinación de 16 genes: RAB1A, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, GS2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1, o (¡i) la siguiente combinación de 24 genes: ALDH1L1, CD24, CD74, CFHR3, CYP4F12 DNAJA3 DSCR1 EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ1159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2 PLXNBl RABIA RHOQ, SLC27A5, SLPI, SMARCE1, STRA13, en el que los 6 subgrupos G1, G2, G3, G4, G5 y G6 están definidos por la presencia (+) o ausencia (-) de características clínicas y genéticas descritas en la siguiente Tabla 2:
11. Kit según la reivindicación 1, en el que dichos reactivos se seleccionan de entre cebadores de amplificación, sondas nucleicas y micromatrices de ácidos nucleicos. 12. Kit según la reivindicación 1, que consiste en reactivos para la determinación de un perfil de expresión que consiste en la siguiente combinación de 16 genes: RABIA, REG3A, NRAS, RAMP3, MERTK, PIR, EPHA1, LAMA3, GS2, HN1, PAK2, AFP, CYP2C9, CDH2, HAMP, y SAE1, en el que dichos reactivos comprenden cebadores de amplificación, y opcionalmente sondas nucleicas útiles para un análisis por PCR cuantitativa de dicha expresión de genes. 13. Kit según la reivindicación 1, que consiste en reactivos para la determinación de un perfil de expresión que 2 consiste en la siguiente combinación de 24 genes: ALDFI1L1, CD24, CD74, CFFIR3, CYP4F12, DNAJA3, DSCR1, EPHA1, EPHB4, FAAH, FGFR2, FLJ1159, GLT8D1, HAL, MATN2, MRPS7, PAK2, PLXNB1, RABIA, RHOQ, SLC27A5, SLPI, SMARCE1, STRA13, en el que dichos reactivos comprenden una micromatriz de ácidos nucleicos. 14. Kit según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, que comprende además instrucciones para realizar el 25 procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9.
Utilizamos cookies para mejorar nuestros servicios y mostrarle publicidad relevante. Si continua navegando, consideramos que acepta su uso. Puede obtener más información aquí. .
|