Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o líneas incluidas en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza.

Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o líneas incluidas en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza.

La presente invención se refiere a un método eficaz para afirmar con elevada fiabilidad que un ejemplar es de la raza de Lidia, para saber a qué casta, encaste o línea pertenece, y para conocer qué proporción de su genoma tiene origen en diferentes castas/encastes o líneas reconocidos en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia del RD 60/2001 del Ministerio del Interior y cuáles son éstos. El método comprende caracterizar en la muestra problema determinadas secuencias de ADN correspondientes a marcadores (microsatélites), comparar la fórmula genética obtenida con una base de datos específica y original, y calcular la probabilidad de asignación de cada muestra a cada población de referencia, o la proporción de representación en el genoma de la muestra problema de cada casta, encaste o línea.

Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o líneas incluidas en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza

SECTOR DE LA TÉCNICA

La presente invención se encuadra en el sector de la Genética Animal. Más concretamente se encuadra en la utilización de métodos genéticos para asignar ejemplares bovinos a la raza de Lidia y, dentro de ésta, a las distintas castas, encastes, y líneas de la raza.

ANTECENDENTES Y ESTADO DE LA TÉCNICA

La raza de Lidia es una de las razas bovinas más singulares por su histórico aislamiento reproductivo y especialización hacia caracteres de comportamiento relacionados con agresividad, lo que ha dado lugar a una población actual con reducida Posibilidad de Intercambio (Exchangeability, en su terminología inglesa) tanto genético como ecológico. El intercambio genético se refiere a la existencia de flujo de genes, lo cual puede ser medido mediante el análisis del comportamiento de la frecuencia de alelos en determinados marcadores de ADN, mientras que el intercambio ecológico se refiere a la diferenciación a través de los procesos de deriva genética o selección. La aplicación de estos criterios asigna una especial singularidad a la raza de lidia: es la única que se cría en un medio extensivo mediterráneo para un objetivo, la lidia, por lo que es la única raza bovina seleccionada por caracteres de comportamiento.

El flujo de genes entre esta raza y cualquier otra de la especie bovina es, como se ha demostrado en varias publicaciones científicas (Cañón, Tupac- Yupanqui, et al., 2008; Cortés, Tupac-Yupanqui, et al., 2008, Cortés, Tupac-

Yupanqui, et al., 2011), muy inferior al flujo de genes entre dos razas bovinas, cualesquiera que éstas sean. La especial estructura genética de esta raza, consecuencia de un sistema de cría a lo largo de los últimos 250 años, ha conformado un conjunto de líneas, y castas o encastes claramente divergentes, no sólo cuando observamos caracteres morfológicos, también cuando lo hacemos sobre caracteres de comportamiento.

En la formación de estas castas/encastes o líneas ha podido intervenir un reducido número de reproductores ("efecto fundador" por el que los animales que han llegado a nuestros días de un encaste proceden de pocos animales de la ganadería fundadora) o habiendo intervenido un número relativamente elevado de reproductores durante su constitución, en algún momento se ha utilizado profusamente un toro "especial" (raceador) que ha tenido una importante contribución en la conformación genética actual de esa casta/encaste o línea. Además, a lo largo de la historia de algunas ganaderías han podido influir hechos como particiones de ganaderías, epidemias, estragos de la Guerra Civil Española, o decisiones drásticas en la selección que las han llevado al borde de la extinción (cuello de botella). Ambos fenómenos, efecto fundador y cuellos de botella, llevan a una reducción del tamaño efectivo y aumento, por lo tanto, de la deriva genética, la cual junto con la selección practicada para unas características tan diferentes al resto de razas bovinas la hacen difícilmente intercambiable con cualquier otra raza. Estos fenómenos tienen unas consecuencias genéticas que pueden ser detectadas mediante el análisis de marcadores de ADN.

Aunque sin seguir un procedimiento con base científica objetiva y cuantificable, esta división de la raza de Lidia en subpoblaciones está oficialmente reconocida mediante un procedimiento administrativo a través de una Real decreto: RD 60/2001 (B.O.E. de 13 de febrero de 2001) del Ministerio del Interior sobre el "Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia", en el que se reconoce la existencia en dicha raza de castas, encastes y líneas (Tabla 1). De esta forma, el ANEXO de dicho RD es una

reglamentación por la que se establecen los criterios básicos de determinación del prototipo racial del bovino de lidia, y en su artículo 3 {Prototipo racial por encastes) se establece la clasificación que figura en la Tabla 1 por castas, encastes y líneas, utilizando como criterios aspectos 5 morfológicos tales como "ejemplares de gran alzada, con cabeza y cuellos largos, mirada muy expresiva....", que carecen de la precisión necesaria para establecer asignaciones con suficiente precisión.

La situación actual de muchos de estas castas, encastes o líneas incluidos en 10 el ANEXO del RD 60/2001 sobre prototipo racial de la raza bovina de lidia, objetivamente identificabas mediante herramientas moleculares de ADN, se podrían clasificar como en peligro de extinción, utilizando criterios tradicionales de clasificación del riesgo de extinción de las poblaciones, como los utilizados por la FAO (Food and Agriculture Organization of the United 15 Nations) (Tabla 1).

TABLA 1

Prototipo racial por encastes (Artículo 3 del RD 60/2001de 26 de enero)

De acuerdo con la normativa del Libro Genealógico de la Raza Bovina de Lidia, para que un animal inscrito en el Libro Genealógico pueda ser considerado como reproductor, debe inscribirse en el Registro Definitivo. Para ello el ganadero debe solicitar a la asociación a la que pertenezca su

inscripción en el Registro Definitivo, reuniendo los criterios necesarios para su inscripción a juicio de la asociación a que pertenezca. Los criterios mínimos para dicha inscripción son que sean seleccionados y aprobados por el ganadero como reproductores con su criterio personal de selección.

Aceptada oficialmente la existencia de una estratificación en la raza de Lidia (RD 60/2001), y existiendo criterios objetivos para definir muchas de dichas subpoblaciones como en grave riesgo de extinción, sería de gran utilidad disponer de un procedimiento o método que permita asignar a un ejemplar como perteneciente a alguna de las oficialmente reconocidas subpoblaciones de dicha raza, de tal forma que actuaciones futuras encaminadas a favorecer la conservación de castas o encastes se dediquen a los ejemplares o ganaderías que cumplan la condición de pertenencia genética a dichas casta o encastes meritorias de dichas actuaciones de conservación.

Por otro lado, muchas ganaderías actuales, que son el resultado de mezclas de castas, encastes o líneas, tienen dificultades para dirigir el futuro genético de las mismas hacia alguna de las castas, encastes o líneas de elección, resultando la selección basada en los criterios morfológicos del RD 60/2001 poco eficiente por la reducida capacidad predictiva de dichos criterios.

No se conoce ninguna patente que describa un método objetivo informatizado para realizar la asignación de ejemplares a la raza de Lidia, y dentro de ella a las diferentes castas/encastes o líneas oficialmente reconocidas.

Existe, por lo tanto, la necesidad de un método para realizar asignaciones de ejemplares a las diferentes castas y encastes definidos en la raza de Lidia, que permita garantizar el origen genético de un ejemplar o conjunto de ejemplares en una ganadería con el fin de poder participar en posibles futuros programas de conservación del patrimonio genético de la raza de Lidia.

El objeto de la presente invención es definir un método objetivo y eficaz tanto para garantizar aspectos de trazabilidad de los ejemplares, como para garantizar el origen genético de los mismos.

DESCRIPCION DE LA INVENCION

Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o líneas incluidas en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza.

General

El método de la invención permite realizar la asignación de ejemplares y productos de la especie bovina a la raza de Lidia y a castas/encastes o líneas apoyada en una base de datos específica y original. Este método es eficaz para poder afirmar con fiabilidad que un ejemplar bovino es de raza de Lidia o está cruzado, así como para saber a qué casta, encaste o línea pertenece un ejemplar de la raza de Lidia, o qué proporción de su composición genética proviene de diferentes orígenes genéticos. El método comprende caracterizar determinadas secuencias de ADN pertenecientes a marcadores genéticos, denominados microsatélites, en la muestra problema, comparar la "firma" o huella genética obtenida con una base de datos de referencia, y calcular la probabilidad de asignación de la muestra a las diferentes poblaciones de referencia, o la proporción de representación en el genoma de la muestra problema de cada casta, encaste o línea, mediante programas y equipos informáticos.

El método de la presente invención permite, por lo tanto, certificar la composición genética tanto de animales in vivo como... [Seguir leyendo]

1. Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o líneas incluidas en el Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza, que comprende:

a) Analizar una muestra de un animal o de un producto de un animal que contenga material genético, mediante la obtención en las muestras problema de las 24 secuencias de ADN de marcadores del tipo microsatélite definidas por las secuencias de los cebadores (SEQ ID NO: 1 a SEQ ID NO: 48), realizándose la separación de los fragmentos generados por PCR y su clasificación alélica, obteniéndose su genotipo para los 24 marcadores, utilizando como parámetro la longitud de los fragmentos medidos en pares de bases (pb).

b) Comparar el genotipo obtenido en a) con los perfiles genéticos poblacionales obtenidos para la población bovina de Lidia global y precisando su pertenencia a las castas, encastes o líneas de referencia (Miura; Pablo-Romero; Casta Navarra; Concha y Sierra; Veragua; Murube- Urquijo; Contreras; Saltillo; Buendía; Graciliano Pérez-Tabernero; Coquilla; Albaserrada; Urcola; Gamero-Cívico; Pedrajas; Conde de la Corte; Atanasio Fernández; Lisardo Sánchez; Juan Pedro Domecq; Marqués de Domecq; Osborne; Núñez; Torrestrella; Hidalgo Barquero; Vega-Villar; Villamarta; Antonio Pérez; Cuadri; Baltasar Ibán; José Marzal; Braganza; Araúz de Robles; María Montalvo; Manuel Arranz; Félix Gómez).

c) Asignar a la muestra los coeficientes de pertenencia a cada una de las castas/encastes o líneas genéticas de la raza de Lidia incluidas como poblaciones de referencia en el análisis, en función del parecido genético obtenido de la comparación del paso b) entre la muestra problema y los diferentes perfiles genéticos poblacionales.

Listado de Secuencias

<110> universidad Complutense de Madrid; unión de criadores de Lidia; Asociación de Ganaderías de Lidia

<120> Método para conocer la proporción que de las diferentes castas/encastes o lineas incluidas en el

Prototipo Racial de la Raza Bovina de Lidia hay en animales o muestras de animales de dicha raza

<160> 48

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OFICINA ESPAÑOLA DE PATENTES Y MARCAS

ESPAÑA

N.° solicitud:

Fecha de presentación de la solicitud: 22.03.2013 Fecha de prioridad:

INFORME SOBRE EL ESTADO DE LA TECNICA

© Intel.: C12Q1/68 (2006.01)

DOCUMENTOS RELEVANTES

Categoría

Documentos citados

Reivindicaciones

afectadas

X

CAÑÓN, J. et al., `Genetic variation within the Lidia bovine breed, ANIMAL GENETICS, 2008, Vol. 39, No. 4, páginas 439-445, ISSN: 0268-9146, Materiales y Métodos, Tabla S1; Resultados y Discusión.

MARTÍNEZ, A.M. et al., `Genetic footprints of Iberian cattle in America 500 years after the arrival of Columbus, PLOS ONE, 2012, Vol. 7, No.11, página e49066, ISSN: 1932-6203 (electronic), todo el documento.

CAÑÓN, J. et al., `Relative breed contributions to neutral genetic diversity of a comprehensive representation of Iberian native cattle., ANIMAL, 2011, Vol. 5, No. 9, páginas 1323-1334, todo el documento.

MARTÍN-BURRIEL, I. et al., `Genetic diversity, structure, and breed relationships in Iberian cattle, JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, 2011, Vol. 89, No. 4, páginas 893-906, ISSN 0021-8812, todo el documento.

BICALHO, H.M. et al., `Determination of ancestral proportions in synthetic bovine breeds using commonly employed microsatellite markers, GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, 2006, Vol. 5, No.3, páginas 432-437, ISSN: 1676-5680 (print), todo el documento.

FAO (2011). `Molecular genetic characterization of animal genetic resources. FAO Animal Production and Health Guidelines [on line], No 9. Roma. Food & Agriculture Organization of the United Nations (FAO) [recuperado el 05.06.2013], Recuperado de internet:

<URL: http://www.fao.org/docrep/014/i2413e/i2413e00.pdf >, Apéndice 7, páginas 68-69.

PRITCHARD, J.K. et al., `Inference of population structure using multilocus genotype data, GENETICS, 2000, Vol. 155, No. 2, páginas 945-959, ISSN: 0016-6731, todo el documento

Categoría de los documentos citados X: de particular relevancia

Y: de particular relevancia combinado con otro/s de la misma categoría A: refleja el estado de la técnica

O: referido a divulgación no escrita P: publicado entre la fecha de prioridad y la de presentación de la solicitud

E: documento anterior, pero publicado después de la fecha