Métodos para el diagnóstico del cáncer en base a genes OBCAM y NTM.

Un método de diagnóstico del cáncer en un paciente que comprende los pasos de poner en contacto unamuestra que contiene ácido nucleico del paciente con

(a) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen OBCAM,

o un alelo mutante del mismo, o unácido nucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o suscomplementos; o

(b) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen NTM, o un alelo mutante del mismo, o un ácidonucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de NTM, o un alelo mutante del mismo, o suscomplementos; o

(c) ambos (a) y (b).

Métodos para el diagnóstico del cáncer en base a genes OBCAM y NTM

0001 La presente invención se refiere al cáncer y en particular a los cánceres de ovario y colorrectal.

0002 El cáncer es una enfermedad seria y una importante causa de muerte. Aunque ha habido avances en el diagnóstico y tratamiento de ciertos cánceres en años recientes, todavía hay una necesidad de mejoras en el diagnóstico y tratamiento.

0003 El cáncer es una enfermedad genética y en muchos casos implica mutaciones en uno o más genes. Se cree que hay alrededor de 30-40, 000 genes en el genoma humano pero sólo un puñado de estos genes han demostrado estar implicados en el cáncer. Aunque se conjetura que muchos genes más que han sido identificados en la actualidad se encontrarán implicados en el cáncer, el progreso en esta área ha sido lento a pesar de la disponibilidad de técnicas de análisis molecular. Esto es debido a la estructura y función variada de los genes que han sido identificados a la fecha que sugiere que los genes del cáncer pueden tomar muchas formas y tienen muchas funciones diferentes.

0004 El cáncer de ovario es la causa más frecuente de muerte por tumores ginecológicos malignos en el mundo occidental, con una incidencia de 5, 500 nuevos casos cada año en Inglaterra y Gales. Es la cuarta causa más común de mortalidad por cáncer en mujeres estadounidenses. La mayoría de pacientes con cáncer epitelial de ovario presentan en una etapa avanzada de la enfermedad. En consecuencia, la tasa de supervivencia a los 5 años es sólo 30% después de cirugía y quimioterapia adecuada a pesar de la introducción de nuevos fármacos tales como platino y taxol (Advanced Ovarian Cancer Trialists Group (1991) BMJ 303, 884-893;. Ozols (1995) Semin Oncol 22, 61-66) . Sin embargo, los pacientes que tienen la enfermedad de etapa I (confinada a los ovarios) van mejor con tasa de supervivencia de 5 años del 70%. Por lo tanto es deseable tener técnicas para detectar el cáncer antes de la metástasis para tener un impacto significtivo en la supervivencia.

0005 El cáncer epitelial de ovario constituye el 70-80% del cáncer de ovario y abarca un amplio espectro de lesiones, que va desde tumores benignos localizados y neoplasias de potencial maligno límite a adenocarcinomas invasivos. Histológicamente, los cánceres epiteliales de ovario comunes se clasifican en varios tipos, esto es, tumores serosos, mucinosos, endometrioides, de células claras, epiteliales mixtos y no diferenciados. La heterogeneidad de subtipos histológicos refleja el potencial metaplásico de la superficie del epitelio ovárico Mulleriano, que comparte un origen embriológico común con el peritoneo y el resto del sistema uro-genital. Tumores de células germinales, de los cordones sexuales/estromas y sarcomas representan el resto de los cánceres ováricos. La histogénesis y características biológicas del cáncer epitelial de ovario no son bien entendidas lo mismo que las alteraciones genéticas moleculares que pueden contribuir al desarrollo de tales tumores o su progresión. Los factores epidemiológicos relacionados a la ovulación parecen ser importantes, por lo que las células epiteliales de ovario se someten a varias tandas de división y crecimiento proliferativo para curar la herida en la superficie epitelial. Esto lleva al desarrollo de quistes epiteliales de inclusión y tumores malignos francos pueden derivarse de ellos (Fathalla (1971) Lancet 2, 163) .

0006 Una revisión de detección de cáncer de ovario se da en Bel et al (1998) Health Technology Assessment 2, 1

50.

0007 Los cambios genéticos en el tumor son críticos para el desarrollo del cáncer. Muchas regiones cromosómicas (los cromosomas 3, 5, 6, 8, 11, 13, 17, 18, 22, y X) han sido implicados en contener genes supresores de tumores implicados en la progresión tumoral de cáncer de ovario esporádico, pero solo el gen p53 (brazo del cromosoma 17p) se encontró que con frecuencia mutaba (Shelling et al (1995) Br. J. Cáncer 72, 521-527) . El gen BRCA1 (brazo del cromosoma 17q) y el gen BRCA2 (brazo del cromosoma 13q) aislados en 1994 y 1996 respectivamente, están mutados en una proporción de pacientes con cáncer de mama/ovario familiar (Ford & Easton (1995) Br. J. Cancer 72, 805-812) . El cáncer de ovario familiar sólo representa el 5-10% de todos los tumores ováricos. En tumores de pacientes con cáncer de ovario esporádico, solo cinco mutaciones en el gen BRCA1 y cuatro en el gen BRCA2 han sido informados (Takahashi et al (1995) Cancer Res. 55, 2998-3002; Takahashi et al (1996) Cancer Res. 56, 27382741) sugiriendo que son raros en el cáncer de ovario esporádico. Las mutaciones en los genes de reparación de errores de emparejamiento se han informado con una frecuencia del 10% (Tangi et al (1996) Cancer Res. 56, 25012505; Fujita et al (1995) Int. J. Cancer 64, 361-366; Orth et al (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 9495-9499) . Así los genes que pueden ser más críticos en la progresión del tumor en el cáncer de ovario esporádico no han sido aún totalmente caracterizados.

0008 WO 96/05306, WO 96/05307 y WO 96/05308 se refieren a métodos y materiales usados para aislar y detectar un gen (BRCA1) que predispone al cáncer de mama y ovario humano, algunos de cuyos alelos mutantes se alega que causan susceptibilidad al cáncer, en particular cáncer de mama y ovario.

0009 Se ha sugerido que la actividad supresora del tumor está codificada en el cromosoma 11 (Tanaka et al (1991) Nature 349, 340-342; Rimessi et al (1994) Oncogene 9, 3467-3474; Satoh et al (1993) Mol. Carcinogenesis 7, 157164; Yoshida et al (1994) Mol. Carcinogenesis 9, 114-121; Gabra et al (1996) Int. J. Oncol. 8, 625-631; Gabra et al (1996) Cancer Res. 56, 950-954; Gabra et al (1995) Br. J. Cancer 72, 367-375; EP 0 727 486; Gabra et al (1998) Proc. AACR 39, Abstract #4236; y Gabra et al (1998) Br J. Cancer 78, Poster P185) , pero ninguno de estos documentos identifican al gen (es) candidato.

0010 Los tumores colorrectales del intestino grueso son una causa frecuente de mortalidad por cáncer humano en el mundo occidental con aproximadamente 19, 000 muertes en el Reino Unido por año.

0011 La mayoría de los cánceres de colon y recto son adenocarcinomas (Jass y Morson (1987) J. Clin. Pathol. 40, 1016-1023; Morson (1974) Proc. R. Soc. Med. 67, 451-457) . La bibliografía sigue dividida sobre los verdaderos orígenes de los carcinomas colorrectales y se ha propuesto que los carcinomas pueden surgir tanto desde dentro de los neoplasmas benignos existentes (denominados adenomas) , en lo que se denomina la secuencia adenoma a carcinoma (Muto et al (1975) Cancer 30, 2251-2270) , o por áreas de displasia generalizada (de novo) sin una etapa adenomatosa. Si bien es probable que algunos cánceres colorrectales se originen en los adenomas, la mayoría de adenomas no parecen progresar al carcinoma y de hecho incluso pueden retroceder (Knoernschild (1963) Surg. Forum XIV 137-138) . Si bien la evidencia respecto al ambiente, dieta, edad y sexo sugieren que éstos son todos factores de riesgo para el cáncer colorrectal, la falta de confirmación de la participación de estos factores en todos los casos sugiere una base genética subyacente para la formación del tumor colorrectal. La mayoría de cánceres colorrectales no están asociados con claros síndromes hereditarios aunque existen formas hereditarias, incluyendo Poliposis Familiar Intestinal (FPC) , síndrome de Gardner, cáncer colorrectal sin poliposis hereditario (HNPCC) y síndrome de Turcot.

0012 Varios oncogenes y genes supresores de tumores han demostrado jugar un papel definido en la tumorigénesis colorrectal, mientras que en otros loci una correlación entre LOH y el cáncer colorrectal no está tan bien definido, sobre todo, se encontró que el gen Barx2 es un supresor de tumor candidato en la región 11q24-q25 LOH implicada en el cáncer de ovario y colorrectal (WO 00/77252) .

0013 Los IgLONs (LAMP inmunoglobulina, OBCAM y Neurotrimin) son una familia de moléculas de adhesión de células que contienen dominio inmunoglobulina (Ig) , parte de la SuperFamilia de proteínas que contienen dominio Ig (IgSF) . Los IgLONs consisten de LAMP (Proteína de Membrana Asociada al Sistema Límbico) , OBCAM/OPCML (Molécula de Adhesión Celular de Unión de Opiáceos, previamente llamada OP55A) , y Neurotrimin (NTM o HNT en humanos, o CEPU-1 en pollitos) . Recientemente, se ha demostrado que la familia IgLON incluye neurotractin de rata (kilon – Vástagos de LON es el homólogo de pollo) . Los IgLONs son todas proteínas extracelulares, y no son en si mismas proteínas transmembrana o de hecho incluso directamente en contacto con la membrana celular. En cambio, están atados a la membrana celular través de un anclaje GPI... [Seguir leyendo]

1. Un método de diagnóstico del cáncer en un paciente que comprende los pasos de poner en contacto una muestra que contiene ácido nucleico del paciente con

(a) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(b) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen NTM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de NTM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(c) ambos (a) y (b) .

2. Un método de predicción de las perspectivas relativas de un resultado particular de un cáncer en un paciente que comprende los pasos de poner en contacto una muestra que contiene ácido nucleico del paciente con

(a) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(b) un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al gen NTM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida de forma selectiva al ADNc de NTM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(c) ambos (a) y (b) .

3. Un método para determinar la progresión de una enfermedad cancerosa en un paciente que comprende los pasos de poner en contacto una muestra que contiene ácido nucleico del paciente donde el gen OBCAM del paciente se ha perdido o inactivado con un ácido nucleico que selectivamente hibrida al gen NTM o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que selectivamente hibrida al ADNc de NTM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos.

4. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones de 1 a 3 en el que se determina si el nucleótido correspondiente al nucleótido 334 como se numera en la Figura 7 en el ácido nucleico del paciente es el mismo que en la Figura 7 o no.

5. Un método según la Reivindicación 4 en el que la determinación implica un ácido nucleico según la Reivindicación 40.

6. Un método de diagnostico de cáncer en un paciente que comprende los pasos de determinar el grado de metilación del gen OBCAM o NTM en una muestra que contiene el gen OBCAM o NTM del paciente; y comparar el nivel de metilación del gen OBCAM o NTM de la muestra del paciente con el nivel de metilación en una muestra de control; en el que si la muestra del paciente tiene un grado mayor de metilación del gen OBCAM o NTM comparada con la muestra de control esto es indicativo de cáncer.

7. Un método de predicción de la perspectiva relativa de un resultado particular de un paciente de cáncer que comprende los pasos de

(i) determinar el grado de metilación del gen OBCAM o NTM en una muestra que contiene el gen OBCAM o NTM del paciente:

(ii) comparar el nivel de metilación del gen OBCAM o NTM de la muestra del paciente con el nivel de la metilación en una muestra de control; y

(iii) si la muestra del paciente tiene un grado mayor de metilación del gen OBCAM o NTM en comparación con la muestra de control esto es indicativo de una menor probabilidad de un resultado exitoso.

8. Un método para determinar la progresión de una enfermedad cancerosa en un paciente que comprende los pasos de

(i) determinar el grado de metilación del gen NTM en una muestra del paciente que contiene el gen NTM del paciente;

(ii) comparar el nivel de metilación del gen NTM de la muestra del paciente con el nivel de metilación en una muestra de control;

y si el nivel de metilación de NTM está aumentado en comparación con la muestra de control esto es indicativo de una progresión en la enfermedad.

9. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 6 a 8 en el que se analiza la metilación de la isla CpG de OBCAM o NTM.

10. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes en el que el cáncer o tumor es un cáncer o tumor de ovario o un cáncer o tumor de colon.

11. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 1-2 donde el ácido nucleico es contactado con un ácido nucleico según la opción (a) y el cáncer es cáncer de ovario.

12. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 1-2 donde el ácido nucleico es contactado con un ácido nucleico según la opción (b) y el cáncer es cáncer colorrectal.

13. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde la muestra es una muestra del tejido en el que se sospecha cáncer o en el que el cáncer puede ser o ha sido hallado.

14. Un método según las Reivindicaciones 1 a 11 donde la muestra es una muestra de ovario y el cáncer es cáncer de ovario.

15. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones de 1 a 9, 12 o 13 donde la muestra es una muestra de colon y el cáncer es cáncer colorrectal.

16. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que selectivamente hibrida al ADN de dicho gen OBCAM o NTM o dicha secuencia ADNc de OBCAM o NTM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos, comprende además una etiqueta detectable.

17. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que selectivamente hibrida como se dijo es monocatenario.

18. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que selectivamente hibrida como se dijo tiene menos de 10000 pares de bases cuando el ácido nucleico es bicatenario o de bases cuando el ácido nucleico es monocatenario.

19. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que selectivamente hibrida como se dijo tiene menos de 1000 pares de bases cuando el ácido nucleico es bicatenario o de bases cuando el ácido nucleico es monocatenario.

20. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que hibrida como se dijo tiene de 10 a 100 pares de bases cuando el ácido nucleico es bicatenario o de bases cuando el ácido nucleico es monocatenario.

21. Un método según cualquiera de las reivindicaciones precedentes donde el ácido nucleico que hibrida como se dijo tiene de 15 a 30 pares de bases cuando el ácido nucleico es bicatenario o de bases cuando el ácido nucleico es monocatenario.

22. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 1 o 2 donde el ácido nucleico que hibrida como se dijo comprende una porción de ADNc de OBCAM.

23. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 1 o 2 donde el ácido nucleico que hibrida como se dijo comprende una porción de ADNc de NTM.

24. Un método según la Reivindicación 22 o 23 donde la porción es una porción monocatenaria.

25. Un método según la Reivindicación 24 donde dicha porción es capaz de amplificar una porción del gen OBCAM

o el gen NTM o el ADNc o ARNm de OBCAM o el ADNc o ARNm de NTM en una reacción de amplificación de ácido nucleico.

26. Un método de diagnóstico de cáncer en un paciente que comprende los pasos de

(i) determinar en una muestra que contiene proteína derivada del paciente

(a) la cantidad o actividad del polipéptido OBCAM; o

(b) la cantidad o actividad del polipéptido NTM; o

(c) ambos (a) y (b) ; y

(ii) comparar:

(a) la cantidad o actividad del polipéptido OBCAM de la muestra del paciente con la cantidad o actividad respectiva del polipéptido OBCAM de una muestra de control; o

(b) la cantidad o actividad del polipéptido NTM de la muestra del paciente con la cantidad respectiva o actividad del polipéptido NTM de una muestra de control; o

(c) ambos (a) y (b) ; en el que si la muestra del paciente tiene una menor actividad o cantidad del polipéptido OBCAM y/o NTM en comparación con la muestra de control, esto es indicativo de cáncer.

27. Un método de predicción de las perspectivas relativas de un resultado particular de un cáncer en un paciente que comprende los pasos de

(i) determinar en una muestra que contiene proteína derivada del paciente

(a) la cantidad o actividad del polipéptido OBCAM; o

(b) la cantidad o actividad del polipéptido NTM; o

(c) ambos (a) y (b) ; y

(ii) comparar:

(a) la cantidad o actividad del polipéptido OBCAM de la muestra del paciente con la cantidad o actividad respectiva del polipéptido OBCAM de una muestra de control; o

(b) la cantidad o actividad del polipéptido NTM de la muestra del paciente con la cantidad respectiva o actividad del polipéptido NTM de una muestra de control; o

(c) ambos (a) y (b) ; donde

si la muestra del paciente tiene una menor actividad o cantidad del polipéptido OBCAM y/o NTM en comparación con la muestra de control, esto es indicativo de un resultado menos favorable.

28. Un método de diagnosticar cáncer en un paciente que comprende los pasos de

(i) determinar en una muestra que contiene proteína derivada del paciente

(a) la secuencia del polipéptido OBCAM; o

(b) la secuencia del polipéptido NTM; o

(c) ambos (a) y (b) ; y

(ii) determinar la presencia de diferencias entre

(a) dicha secuencia del polipéptido OBCAM y la secuencia del polipéptido OBCAM de tipo salvaje; o

(b) dicha secuencia del polipéptido NTM y la secuencia del polipéptido NTM de tipo salvaje; o

(c) ambos (a) y (b) ; donde

si la secuencia del polipéptido OBCAM y/o NTM en la muestra del paciente es diferente a la secuencia del polipéptido OBCAM o NTM de tipo salvaje, respectivamente, esto es indicativo de cáncer.

29. Un método de predicción de las perspectivas relativas de un resultado particular de un cáncer en un paciente que comprende los pasos de

(i) determinar en una muestra que contiene proteína derivada del paciente

(a) la secuencia del polipéptido OBCAM; o

(b) la secuencia del polipéptido NTM; o

(c) ambos (a) y (b) ; y

(ii) determinar la presencia de diferencias entre

(a) dicha secuencia del polipéptido OBCAM y la secuencia del polipéptido OBCAM de tipo salvaje; o

(b) dicha secuencia del polipéptido NTM y la secuencia del polipéptido NTM de tipo salvaje; o

(c) ambos (a) y (b) ; donde

si la secuencia del polipéptido OBCAM y/o NTM en la muestra del paciente es diferente a la secuencia del polipéptido OBCAM o NTM de tipo salvaje respectivamente, esto es indicativo de un resultado menos favorable.

30. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26 a 29 donde el cáncer es cáncer de ovario o cáncer colorrectal.

31. Un método según cualquiera de la Reivindicaciones 26 a 30 en el que la muestra es una muestra del tejido en el que se sospecha cáncer o en el que el cáncer puede ser o ha sido hallado.

32. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26 a 30 en el que la muestra es una muestra de ovario y el cáncer es cáncer de ovario.

33. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26 a 30 en el que la muestra es una muestra de colon y el cáncer es cáncer colorrectal.

34. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26, 27 y 30 a 33 en el que la cantidad del polipéptido OBCAM se determina usando una molécula que se une selectivamente al polipéptido OBCAM.

35. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26, 27 y 30 a 33 en el que la cantidad del polipéptido NTM se determina usando una molécula que se une selectivamente al polipéptido NTM.

36. Un método según la Reivindicación 34 o 35 en el que la molécula que se une selectivamente al polipéptido OBCAM o NTM es un anticuerpo anti-OBCAM o anti-NTM.

37. Un método según la Reivindicación 36 en el que el anticuerpo OBCAM reacciona con un polipéptido OBCAM mutante, donde dicho OBCAM mutante es un mutante encontrado en una célula cancerosa, por ejemplo con una arginina en el residuo 95 como se numera en la Figura 7 en vez de una prolina, y/o donde dicho OBCAM mutante comprende una secuencia insertada de aminoácidos mostrada en la Figura 9, y

donde dicho anticuerpo no reacciona con el polipéptido OBCAM de tipo salvaje.

38. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 34 a 37 en el que la molécula que se une selectivamente a OBCAM o NTM comprende una etiqueta detectable.

39. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 26, 27 y 30 a 33 en el que la cantidad del polipéptido OBCAM o NTM se determina mediante ensayo o detección de la actividad del polipéptido OBCAM o NTM.

40. El uso de un ácido nucleico que hibrida selectivamente a:

(a) el gen OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida selectivamente al ADNc de OBCAM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(b) el gen NTM, o un alelo mutante del mismo, o un ácido nucleico que hibrida selectivamente al ADNc de NTM, o un alelo mutante del mismo, o sus complementos; o

(c) ambos (a) y (b)

en la fabricación de un reactivo para diagnosticar cáncer.

41. Uso de una molécula que se une selectivamente a:

(a) polipéptido OBCAM; o

(b) polipéptido NTM

en la fabricación de un reactivo para el diagnóstico del cáncer.

42. Uso de un ácido nucleico según la Reivindicación 40 en un método para diagnosticar cáncer.

43. Uso de una molécula que se une selectivamente a:

(a) polipéptido OBCAM; o

(b) polipéptido NTM

en un método de diagnóstico de cáncer.

44. Un uso según una cualquiera de las reivindicaciones 41 o 43 en el que la molécula se une selectivamente a un polipéptido OBCAM en el que la prolina en el residuo 95 como se numera en la Figura 7 es una arginina.

45. Uso de un ácido nucleico que hibrida selectivamente al gen OBCAM o NTM o un ácido nucleico que hibrida 5 selectivamente al ADNc de OBCAM o NTM en la fabricación de un medicamento para tratar cáncer.

46. Un ácido nucleico que hibrida selectivamente al gen OBCAM o NTM o un ácido nucleico que hibrida selectivamente al ADNc de OBCAM o NTM para su uso en el tratamiento del cáncer.

47. Uso del polipéptido OBCAM o NTM o una fusión del mismo, o una molécula de ácido nucleico que codifica dicho polipéptido OBCAM o NTM o fusión del mismo, en la fabricación de un medicamento para tratar el cáncer.

48. Un polipéptido OBCAM o NTM o una fusión del mismo, o una molécula de ácido nucleico que codifica dicho polipéptido OBCAM o NTM o fusión del mismo, para su uso en tratar el cáncer.

49. Un uso según la Reivindicación 40 en el que el gen o ácido nucleico es un alelo mutante de OBCAM con una guanina en el nucleótido 334 como se numera en la Figura 7 en lugar de una citosina.

50. Un método según cualquiera de las Reivindicaciones 1 a 13 o 16 a 25 en el que la muestra es sangre.