Biomarcadores para el tratamiento anti-TNF en colitis ulcerosa y trastornos relacionados.

Un procedimiento para predecir la idoneidad de tratamiento con terapia anti-TNFα

para un trastorno relacionado mediado por TNFα en un sujeto, que comprende:

a) preparar una muestra de ácidos nucleicos de un espécimen obtenido del sujeto; y

b) ensayar dicha muestra con un panel de segmentos de ácidos nucleicos marcados que se hibridan con BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; SEC ID Nº:118) y tx82a04.x1 (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº:123), en el que la regulación por disminución de dichos genes se correlaciona con eficacia terapéutica para el tratamiento de un trastorno inflamatorio gastrointestinal.

Biomarcadores para el tratamiento anti-TNF en colitis ulcerosa y trastornos relacionados

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La invención se refiere a la identificación de perfiles de expresión y los ácidos nucleicos indicativos de trastornos mediados por TNF tales como colitis ulcerosa, y al uso de tales perfiles de expresión y ácidos nucleicos en el diagnóstico de colitis ulcerosa y enfermedades relacionadas. La invención se refiere además a procedimientos para identificar, usar y probar agentes y/o dianas candidatos que modulan colitis ulcerosa.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

El tratamiento de colitis ulcerosa con agentes biológicos presenta varios retos. El determinar qué población de pacientes a estudiar, predecir qué sujetos responderán a un tratamiento y qué sujetos perderán sensibilidad tras el tratamiento son cuestiones que tienen un impacto significativo en el tratamiento y el diseño del estudio clínico. Los biomarcadores pueden ser útiles en responder estas cuestiones.

Los biomarcadores se definen como una característica que se mide y evalúa objetivamente como un indicador de procesos biológicos normales, procedimientos patógenos o respuestas farmacológicas a una intervención terapéutica (Biomarkers Working Group, 2001, abajo) . La definición de un biomarcador se ha definido recientemente adicionalmente como proteínas en las que un cambio en la expresión puede correlacionarse con un elevado riesgo de enfermedad o progresión, o predictivo de una respuesta de una enfermedad a un tratamiento dado.

El factor de necrosis tumoral alfa (TNFa) es una citocina importante en la respuesta inmunitaria innata, que proporciona defensa del huésped inmediata contra organismos invasores antes de la activación del sistema inmunitario adaptativo. TNFa se expresa como un precursor transmembrana que experimenta procesamiento proteolítico para formar un trímero soluble. La unión de tanto las formas unidas a membrana como solubles de TNF a sus receptores, TNFRSF1A y TNFRSF1B (también conocidos como TNFR1 y TNFR2, respectivamente) , inicia la expresión de varias otras citocinas pro-inflamatorias y marcadores inflamatorios generales. TNFa es un mediador conocido de muchas enfermedades inflamatorias mediadas por inmunidad crónica.

Hay muchos antagonistas de TNFa biológicos, tales como infliximab (Remicade®) , golimumab (Simponi®) , adalimumab (Humira®) y etanercept (Enbrel®) , que han sido autorizados para uso en pacientes. El mecanismo primario es reducir los niveles de TNF en la circulación, reduciéndose así la inflamación global y mejorando los signos clínicos de enfermedad, sin causar inmunosupresión sistémica en el paciente. Se ha mostrado hasta la fecha que es eficaz en el tratamiento de artritis reumatoide (AR) , artritis psoriásica (PsA) , enfermedad de Crohn (EC) , colitis ulcerosa (CU) , psoriasis y espondilitis anquilosante.

La colitis ulcerosa (CU) es una enfermedad inflamatoria del intestino episódica del colon. La patogénesis de la CU depende de una interacción entre factores genéticos, respuesta inmunitaria, infección microbiana y factores medioambientales, produciendo una respuesta anormal a bacterias comúnmente encontradas en el tubo gastrointestinal. La expresión génica no solo controla la evolución global de la enfermedad, sino que también refleja los procedimientos que subyacen a la expresión clínica de enfermedad activa y enfermedad en remisión.

Los actuales tratamientos de CU incluyen agentes antiinflamatorios, inmunomoduladores y agentes de factores de necrosis antitumoral a (TNFa) , que incluyen infliximab. El infliximab induce y mantiene la respuesta clínica y la remisión clínica en pacientes con CU como se demuestra en los ensayos ACT 1 y ACT 2.

Aunque ninguno de estos agentes anti-TNFa ha sido autorizado para tratar colitis ulcerosa, el TNFa participa en muchos aspectos de trastornos inflamatorios gastrointestinales. Sin embargo, hay diferencias individuales en respuesta a terapia anti-TNF y algunos pacientes pueden no recibir beneficio terapéutico. Se ha supuesto que las múltiples variaciones genéticas pueden desempeñar una función clave en la variada respuesta.

Por consiguiente, hay una necesidad de identificar y caracterizar nuevos marcadores de genes de suero o plasma útiles en desarrollar procedimientos para diagnosticar y tratar trastornos inflamatorios inmunomediados, tales como colitis ulcerosa, además de otras enfermedades y afecciones, y un procedimiento para predecir cómo respondería un paciente a una intervención terapéutica. En general ya se conocen paneles de marcadores (por ejemplo, documento WO 2008/028044) .

RESUMEN DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere a un procedimiento o kit para diagnosticar y/o tratar colitis ulcerosa y/o enfermedades o trastornos relacionados y/o predecir la idoneidad de agentes candidatos para el tratamiento. La presente invención incluye el descubrimiento de genes particulares de interés que tienen niveles de expresión modificados en pacientes sensibles a tratamiento para colitis ulcerosa (eficaz en reducir los síntomas de colitis ulcerosa) frente a pacientes no sensibles al tratamiento o pacientes tratados con placebo. Los niveles de expresión modificados constituyen un perfil que puede servir de perfil de biomarcador predictivo de sensibilidad de un paciente a tratamiento y/o proporcionar vías de dosificación preferidas.

1. La materia desvelada en el presente documento se refiere a la asociación genética de un conjunto de genes (y expresión de aquellos genes) que están regulados por incremento o por disminución con terapia anti-TNF en sujetos que tienen un trastorno inflamatorio gastrointestinal, tal como colitis ulcerosa. Los genes regulados por incremento o por disminución incluyen BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; SEC ID Nº: 118) y un gen (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº: 123) , que opcionalmente comprende además C5AR1 (acc. de GenBank nº NM001736; SEC ID Nº: 119) , FOLR1 (acc. de GenBank nº U81501; SEC ID Nº: 142) y/o OSM (acc. de GenBank nº A1079327; SEC ID Nº: 173) , y que opcionalmente comprende además un gen presentado en la Figura 7 (por ejemplo, SEC ID Nº: 110 a 203) . Los perfiles de expresión de estos genes pueden medirse usando una o más sondas de ácido nucleico seleccionadas del grupo que consiste en SEC ID Nº: 1 a 109.

El sujeto presenta una respuesta terapéutica a al menos un agente anti-TNFa (por ejemplo, infliximab, golimumab, Enbrel™, Humira™, u otro fármaco biológico anti-TNF o de molécula pequeña) , en el que el sujeto ha sido diagnosticado con colitis ulcerosa u otro trastorno gastrointestinal tal como, pero no se limita a, enfermedad de Crohn, trastorno inflamatorio del intestino y similares, que incluyen formas leves, moderadas, graves, pediátricas o adultas, además de otras formas tales como, pero no se limitan a, formas resistentes a esteroides, metotrexato o AINE de trastornos gastrointestinales.

En una realización, la presente invención usa un panel de genes en un procedimiento de evaluación de la eficacia de agentes candidatos para el tratamiento de colitis ulcerosa o trastornos relacionados, por ejemplo, en momentos de tiempo tempranos de tratamiento en los que la eficacia del tratamiento puede no ser medible por síntomas o características de enfermedad tradicionales.

En una realización particular, la presente invención comprende un procedimiento de predecir la idoneidad de un tratamiento para colitis ulcerosa basándose en el patrón de expresión génica de uno o más genes que constituyen el perfil antes del tratamiento.

Además, la presente invención comprende un procedimiento de identificación de sujetos con colitis ulcerosa y/o enfermedades o trastornos relacionados que son candidatos para el tratamiento con un agente terapéutico particular evaluando su perfil de expresión de uno o más de estos SNP de receptores de TNF del panel.

En otra realización, el perfil de genes relacionado con colitis ulcerosa se usa para crear un procedimiento basado en matrices para fines de pronóstico o diagnóstico, comprendiendo el procedimiento:

a) preparar una muestra de ácidos nucleicos de un espécimen obtenido del sujeto; y b) poner en contacto la muestra con un panel de segmentos de ácidos nucleicos (por ejemplo, SEC ID Nº: 1-109) que comprende una porción de un gen BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; SEC ID Nº: 118) y tx82a04.x1 (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº: 123) , que opcionalmente comprende además C5AR1 (acc. de GenBank nº NM001736; SEC ID Nº: 119) , FOLR1 (acc. de GenBank nº U81501; SEC ID Nº: 142) y OSM (acc. de GenBank nº A1079327; SEC ID Nº: 173) , que opcionalmente comprende además un gen enumerado... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para predecir la idoneidad de tratamiento con terapia anti-TNFa para un trastorno relacionado mediado por TNFa en un sujeto, que comprende:

a) preparar una muestra de ácidos nucleicos de un espécimen obtenido del sujeto; y

b) ensayar dicha muestra con un panel de segmentos de ácidos nucleicos marcados que se hibridan con BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; SEC ID Nº:118) y tx82a04.x1 (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº:123) , en el que la regulación por disminución de dichos genes se correlaciona con eficacia terapéutica para el tratamiento de un trastorno inflamatorio gastrointestinal.

2. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicho ensayo comprende además ensayar una hibridación de ácido nucleico con un miembro seleccionado del grupo que consiste en C5AR1 (acc. de GenBank nº NM001736; SEC ID Nº: 119) , FOLR1 (acc. de GenBank nº U81501; SEC ID Nº: 142) y OSM (acc. de GenBank nº A1079327; SEC ID Nº: 173) .

3. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicho ensayo comprende además ensayar la hibridación de ácido nucleico con un gen seleccionado de SEC ID Nº: 110 a 203.

4. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha terapia anti-TNFa está seleccionada del grupo que consiste en infliximab, golimumab, Enbrel™ y Humira™.

5. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicho trastorno inflamatorio gastrointestinal está seleccionado del grupo que consiste en enfermedad de Crohn, enfermedad inflamatoria del intestino y colitis ulcerosa.

6. Un procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicho trastorno inflamatorio gastrointestinal está seleccionado del grupo que consiste en formas leves, moderadas, graves, pediátricas y adultas.

7. El procedimiento de la reivindicación 4, en el que el anticuerpo anti-TNFa es golimumab o infliximab y el trastorno relacionado mediado por TNFa es colitis ulcerosa.

8. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el perfil de expresión de los genes se mide usando una o más sondas de ácido nucleico seleccionadas del grupo que consiste en SEC ID Nº: 1 a 109.

9. Un procedimiento según la reivindicación 1 que es un procedimiento de prueba basado en matrices para predecir la idoneidad del tratamiento con una terapia anti-TNFa para un trastorno relacionado mediado por TNFa en un paciente, que comprende:

a) preparar una mezcla de ácidos nucleicos de un espécimen obtenido del paciente;

b) ensayar dicha muestra con un panel de sondas de ácido nucleico marcadas que se hibridan con BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; SEC ID Nº: 118) y tx82a04.x1 (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº:123) , en el que dichas sondas comprenden SEC ID Nº: 37, y SEC ID Nº: 41, en el que la regulación por disminución de dichos genes se correlaciona con eficacia terapéutica para el tratamiento de un trastorno inflamatorio gastrointestinal.

10. Un procedimiento según la reivindicación 9, en el que dicho ensayo comprende además ensayar C5AR1 (acc. de GenBank nº NM001736; SEC ID Nº: 119) , FOLR1 (acc. de GenBank nº U81501; SEC ID Nº: 142) u OSM (acc. de GenBank nº A1079327; SEC ID Nº: 173) .

11. Un procedimiento según la reivindicación 9, en el que dicho ensayo comprende además ensayar uno de los genes de SEC ID Nº.

11. 203

12. Un procedimiento según la reivindicación 9, en el que dicha terapia anti-TNFa está seleccionada del grupo que consiste en infliximab, golimumab, Enbrel™ y Humira ™, u otro fármaco biológico anti-TNF o de molécula pequeña.

13. Uso de un kit que comprende oligonucleótidos o oligonucleótidos complementarios a un polinucleótido que codifica un gen marcador o la hebra complementaria del mismo y células que expresan los genes marcadores, en el que los genes marcadores están seleccionados del grupo que consiste en las secuencias de nucleótidos que codifican una porción de BCL6 (acc. de GenBank nº AW264036; ; SEC ID Nº: 118) y tx82a04.x1 (acc. de GenBank nº AI689210; SEC ID Nº: 123) , en el procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1-12.

14. El uso según la reivindicación 13, en el que dichos genes marcadores comprenden además C5AR1 (acc. de GenBank nº NM001736; SEC ID Nº: 119) , FOLR1 (acc. de GenBank nº U81501; SEC ID Nº: 142) u OSM (acc. de GenBank nº A1079327; SEC ID Nº: 173) .

15. El uso según la reivindicación 14, en el que dichos genes marcadores comprenden además un gen enumerado en SEC ID Nº.

11. 203 y dichos oligonucleótidos comprenden una sonda de una cualquiera de SEC ID Nº 1-109.

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