PROCEDIMIENTOS Y COMPOSICIONES PARA PREDECIR LA RESPUESTA A WARFARINA.

Procedimientos y composiciones para predecir la respuesta a warfarina Esta solicitud fue respaldada en parte por la beca del Program for Genomic Applications (PGA) del NHLBI (U01 HL66682), la beca del Program for Genomic Applications (PGA) U01 HL66682, la beca NIII General Medical Sciences GM068797 y la beca del Center for Ecogenetics and Environmental Health patrocinada por UW NIEHS, NIEHS P30ES07033. El gobierno tiene determinados derechos en la invención. Campo de la invención La presente invención se refiere a procedimientos y composiciones para predecir respuestas a fármacos. En particular, la presente invención proporciona procedimientos y composiciones para determinar dosis individualizadas de warfarina basándose en la presencia o ausencia de polimorfismos en el gen VKORC1. La presente invención proporciona además procedimientos y composiciones para determinar dosificaciones individuales de warfarina basándose en el nivel de expresión del gen VKORC1. Antecedentes de la invención Cada año se extienden más de 3.000 millones de recetas sólo en Estados Unidos, evitando o tratando eficazmente enfermedades en cientos de miles de personas. Pero las medicaciones con receta también pueden provocar efectos tóxicos potentes en un paciente. Estos efectos se llaman reacciones adversas a fármacos (RAF). Las reacciones adversas a fármacos pueden provocar daños graves y/o incluso la muerte. Las diferencias en las formas en que los individuos utilizan y eliminan los fármacos de sus organismos son una de las causas más importantes de las RAF. Las diferencias en el metabolismo también hacen que las dosis de fármacos sean menos eficaces de lo deseado en algunos individuos. Más de 106.000 estadounidenses mueren - tres veces los que mueren en accidentes de coche - y otros 2,1 millones sufren daños graves cada año debido a reacciones adversas a fármacos. Las RAF son la cuarta causa principal de muerte para los estadounidenses. Sólo las enfermedades cardiacas, el cáncer y la apoplejía causan más muertes cada año. El siete por ciento de todos los pacientes hospitalarios se ven afectados RAF graves o fatales. Más de dos tercios de todas las RAF se producen fuera de los hospitales. Las reacciones adversas a fármacos son una causa de muerte, discapacidad y consumo de recursos grave, común y cada vez más frecuente. Se calcula que las anomalías relacionadas con fármacos suponen casi el 10 por ciento de todos los ingresos hospitalarios. Se estima que la morbilidad y mortalidad en EE. UU. cuesta de 76.600 a 136.000 millones de dólares estadounidenses anualmente. La mayoría de los fármacos con receta se prescriben actualmente en dosis estándar en un procedimiento "de talla única". No obstante, este procedimiento "de talla única" no considera importantes las diferencias genéticas que dan a los distintos individuos capacidades totalmente distintas para metabolizar y obtener beneficios de un fármaco concreto. Las diferencias genéticas pueden estar influenciadas por la raza o la etnia, pero también pueden ser muy impredecibles sin identificar la genómica correlacionada. Lo que se necesita son procedimientos mejorados para predecir la respuesta de un individuo a un fármaco dado o una dosificación en particular de un fármaco. Sumario La presente divulgación se refiere a procedimientos y composiciones para predecir respuestas a fármacos. En particular, la presente divulgación proporciona procedimientos y composiciones para determinar dosificaciones individualizadas de warfarina basándose en la presencia o ausencia de polimorfismos en el gen VKORC1. La presente divulgación proporciona además procedimientos y composiciones para determinar dosificaciones individuales de warfarina basándose en el nivel de expresión del gen VKORC1. En consecuencia, en algunas realizaciones, la presente divulgación proporciona composiciones, kits y procedimientos para determinar el nivel de la presencia de polimorfismos y/o expresión génica de VKORC1 (por ejemplo, midiendo la expresión del ARNm o la proteína de VKORC1) y correlacionando los niveles de expresión y/o polimorfismos con las dosificaciones de warfarina. En consecuencia, en algunas realizaciones, la presente divulgación proporciona un procedimiento que comprende las etapas de: proporcionar una muestra de un sujeto; y determinar el haplotipo VKORC1 del sujeto, el genotipo PNS, o PNS en desequilibrio de ligamiento con cualquier PNS de diagnóstico. En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además la etapa de determinar la dosis óptima de warfarina para el sujeto basándose en el haplotipo VKORC1 del sujeto (por ejemplo, haplotipos H1, H2, H7, H8 o H9). En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además la etapa de determinar el genotipo CYP2C9 del sujeto. En algunas realizaciones, determinar el genotipo VKORC1 del sujeto comprende el uso de un ensayo de detección a base de ácidos nucleicos (por ejemplo, un ensayo de secuenciación o un ensayo de hibridación). En algunas realizaciones, el procedimiento comprende además la etapa de determinar el tipo de clado del sujeto (por ejemplo, tipos de clado AA, AB o BB). En otras realizaciones, la presente divulgación proporciona un procedimiento que comprende las etapas de 2 E05804256 01-12-2011   proporcionar una muestra de un sujeto; detectar el genotipo de un polimorfismo de nucleótido simple en una o más posiciones de la SEQ ID NO: 1 (por ejemplo, las posiciones 381, 3673, 5808, 6484, 6853, 7566 y 9041 o cualquier polimorfismo en desequilibrio de ligamiento con estos sitios); y determinar la dosificación óptima de warfarina para el sujeto basándose en dicho genotipo del polimorfismo de nucleótido simple. En algunas realizaciones, determinar el genotipo VKORC1 del sujeto comprende el uso de un ensayo de detección basado en ácidos nucleicos (por ejemplo, un ensayo de secuenciación o un ensayo de hibridación). La presente divulgación proporciona además un kit para determinar la dosis óptima para un sujeto para un fármaco coagulante de la sangre (por ejemplo, warfarina), que comprende: un ensayo de detección, donde el ensayo de detección es capaz de detectar específicamente el haplotipo VKORC1 del sujeto (por ejemplo, haplotipos H1, H2, H7, H8, o H9); e instrucciones para determinar la dosificación óptima de warfarina para el sujeto. En algunas realizaciones, el kit comprende además reactivos para determinar el genotipo CYP2C9 del sujeto. En algunas realizaciones, el ensayo de detección es un ensayo de detección basado en ácidos nucleicos (por ejemplo, un ensayo de secuenciación o un ensayo de hibridación). En algunas realizaciones, el kit comprende además instrucciones para determinar el tipo de clado del sujeto (por ejemplo, tipos de clado AA, AB o BB). En realizaciones adicionales, la presente divulgación proporciona un procedimiento que comprende: proporcionar una muestra de un sujeto; y determinar el nivel de expresión de VKORC1 del sujeto para determinar su capacidad de respuesta al tratamiento con warfarina. En algunas realizaciones, el procedimiento comprendía además la etapa de determinar la dosis óptima de warfarina para el sujeto basándose en el nivel de expresión de VKORC1 del sujeto. En determinadas realizaciones, el procedimiento comprende además la etapa de determinar el genotipo CYP2C9 de dicho sujeto. En algunas realizaciones determinar el nivel de expresión de VKORC1 del sujeto comprende determinar la cantidad de ARNm de VKORC1 expresada por dicho sujeto (por ejemplo, usando un ensayo de RT-PCR cuantitativa o un ensayo de hibridación de ácidos nucleicos). En otras realizaciones, determinar el nivel de expresión de VKORC1 del sujeto comprende determinar la cantidad de polipéptido de VKORC1 expresada por el sujeto (por ejemplo, exponiendo la muestra a un anticuerpo que se una específicamente al polipéptido de VKORC1). La presente divulgación proporciona además un kit para determinar la dosificación óptima de warfarina, que comprende: reactivos para realizar un ensayo de detección, donde el ensayo de detección está configurado para detectar específicamente el nivel de expresión de VKORC1 del sujeto; e instrucciones para determinar la dosificación óptima de warfarina para el sujeto. En algunas realizaciones, los reactivos comprenden reactivos para determinar la cantidad de ARNm de VKORC1 expresada por el sujeto (por ejemplo, reactivos para un ensayo de RT- PCR o un ensayo de hibridación de ácidos nucleicos). En otras realizaciones, los reactivos comprenden reactivos para determinar la cantidad de polipéptido de VKORC1 expresada por el sujeto (por ejemplo, un anticuerpo que se una específicamente al polipéptido de VKORC1). En algunas realizaciones, el kit comprende además reactivos para determinar el genotipo CYP2C9 de dicho sujeto. Descripción de las figuras La Figura 1 muestra el efecto de los clados genealógicos... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para determinar una dosis de warfarina óptima para un sujeto humano, comprendiendo dicho procedimiento: determinar, en una molécula de ácido nucleico correspondiente a la SEQ ID NO: 1, que es de una muestra obtenida de un sujeto humano, el genotipo en las posiciones de nucleótidos 381 y/o 3673; e identificar la dosis de warfarina óptima para el sujeto basándose en dicha determinación. 2. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha determinación comprende: secuenciar la molécula de ácido nucleico al menos en la posición 381 para determinar el nucleótido de la posición 381. 3. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha determinación comprende: secuenciar la molécula de ácido nucleico al menos en la posición 3673 para determinar el nucleótido de la posición 3673. 4. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha determinación comprende: detectar, en un ensayo de hibridación, una capacidad de la molécula de ácido nucleico para hibridar con una sonda de oligonucleótidos. 5. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que dicha determinación comprende: detectar, en un ensayo basado en PCR, una capacidad de cebadores de oligonucleótidos de amplificar la molécula de ácido nucleico. 6. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nucleótido de la posición 381 es citosina o timina. 7. El procedimiento según la reivindicación 1, en el que el nucleótido de la posición 3673 es adenosina o guanina. 8. Un procedimiento para predecir la respuesta de un sujeto humano a warfarina, que comprende: determinar, en una molécula de ácido nucleico correspondiente a la SEQ ID NO: 1, que es de una muestra obtenida de un sujeto humano, el genotipo en las posiciones de nucleótidos 381 y/o 3673; y predecir la respuesta a warfarina de un sujeto humano basándose en dicha determinación. 9. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que dicha determinación comprende: secuenciar la molécula de ácido nucleico al menos en la posición 381 para determinar el nucleótido de la posición 381. 10. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que dicha determinación comprende: secuenciar la molécula de ácido nucleico al menos en la posición 3673 para determinar el nucleótido de la posición 3673. 11. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que dicha determinación comprende: detectar, en un ensayo de hibridación, una capacidad de la molécula de ácido nucleico para hibridar con una sonda de oligonucleótidos. 12. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que dicha determinación comprende: detectar, en un ensayo basado en PCR, una capacidad de cebadores de oligonucleótidos de amplificar la molécula de ácido nucleico. 13. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que el nucleótido de la posición 381 es citosina o timina. 14. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que el nucleótido de la posición 3673 es adenosina o guanina. 15. El procedimiento según la reivindicación 8, en el que dicha determinación comprende determinar el genotipo en las posiciones de nucleótidos 381, 3673, 6484, 6853 y 7566. 16. Un kit para identificar una dosis de warfarina óptima para un sujeto humano, comprendiendo dicho kit: E05804256 01-12-2011 un ensayo de detección para determinar en una molécula de ácido nucleico correspondiente a la SEQ ID NO: 1, que es de una muestra de un sujeto humano, el nucleótido de una o más posiciones seleccionadas del grupo que consiste en 381 y 3673; e 24   instrucciones para correlacionar los resultados del ensayo de detección con la dosis de warfarina óptima para el sujeto. 17. El kit según la reivindicación 16, en el que dicho ensayo de detección comprende reactivos adecuados para amplificar la molécula de ácido nucleico. E05804256 01-12-2011   26 E05804256 01-12-2011   27 E05804256 01-12-2011   28 E05804256 01-12-2011   29 E05804256 01-12-2011   E05804256 01-12-2011   31 E05804256 01-12-2011   32 E05804256 01-12-2011