Indicadores moleculares de pronóstico de cáncer de mama y predicción de la respuesta al tratamiento.

Un método para la determinación cuantitativa de la probabilidad de una respuesta beneficiosa en un paciente con cáncer de mama positivo para receptor de estrógenos 1 (ESR1) al tratamiento con un fármaco antiestrógeno,

que comprende determinar cuantitativamente, en una muestra biológica que comprende células de cáncer de mama obtenidas de dicho paciente, una puntuación del grupo de ESR1 que se basa en los niveles de expresión de ESR1, PGR, BCL2 y SCUBE2, o productos de expresión de los mismos, en el que dicha puntuación del grupo de ESR1 se representa como una variable continua o como intervalos de expresión y en el que se usan aumentos en dichos niveles de expresión como una indicación cuantitativa de que dicho paciente tiene una probabilidad aumentada de una respuesta beneficiosa al tratamiento con un fármaco antiestrógeno

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2005/039970.

Solicitante: GENOMIC HEALTH, INC..

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 301 PENOBSCOT DRIVE REDWOOD CITY, CA 94063 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: SHAK, STEVEN, BAKER,JOFFRE,B, BRYANT,John L, PAIK,Soonmyung.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12N15/10 SECCION C — QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12N MICROORGANISMOS O ENZIMAS; COMPOSICIONES QUE LOS CONTIENEN (biocidas, productos que repelen o atraen a los animales nocivos, o reguladores del crecimiento de los vegetales, que contienen microorganismos virus, hongos microscópicos, enzimas, productos de fermentación o sustancias obtenidas por o extraídas de microorganismos o sustancias animales A01N 63/00; preparaciones de uso médico A61K; fertilizantes C05F ); PROPAGACION,CULTIVO O CONSERVACION DE MICROORGANISMOS; TECNICAS DE MUTACION O DE INGENIERIA GENETICA; MEDIOS DE CULTIVO (medios para ensayos microbiológicos C12Q 1/00). › C12N 15/00 Técnicas de mutación o de ingeniería genética; ADN o ARN relacionado con la ingeniería genética, vectores, p. ej. plásmidos, o su aislamiento, su preparación o su purificación; Utilización de huéspedes para ello (mutantes o microorganismos modificados por ingeniería genética C12N 1/00, C12N 5/00, C12N 7/00; nuevas plantas en sí A01H; reproducción de plantas por técnicas de cultivo de tejidos A01H 4/00; nuevas razas animales en sí A01K 67/00; utilización de preparaciones medicinales que contienen material genético que es introducido en células del cuerpo humano para tratar enfermedades genéticas, terapia génica A61K 48/00; péptidos en general C07K). › Procedimientos para el aislamiento, la preparación o la purificación de ADN o ARN (preparación química de ADN o ARN C07H 21/00; preparación de polinucleótidos no estructurales a partir de microorganismos o con la ayuda de enzimas C12P 19/34).
  • C12Q1/68 C12 […] › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
  • G01N33/574 SECCION G — FISICA.G01 METROLOGIA; ENSAYOS.G01N INVESTIGACION O ANALISIS DE MATERIALES POR DETERMINACION DE SUS PROPIEDADES QUIMICAS O FISICAS (procedimientos de medida, de investigación o de análisis diferentes de los ensayos inmunológicos, en los que intervienen enzimas o microorganismos C12M, C12Q). › G01N 33/00 Investigación o análisis de materiales por métodos específicos no cubiertos por los grupos G01N 1/00 - G01N 31/00. › para el cáncer.

PDF original: ES-2384107_T3.pdf

 


Fragmento de la descripción:

Indicadores moleculares de pronóstico de cáncer de mama y predicción de la respuesta al tratamiento

Campo de la invención

La presente invención se refiere a indicadores moleculares cuantitativos que pueden guiar decisiones clínicas en el cáncer de mama, tal como cáncer de mama negativo para ganglios linfáticos, positivo para receptor de estrógenos (ESR1) . En particular, la invención se refiere a determinados genes, cuya expresión variada indica la probabilidad de recurrencia del cáncer de mama resecado de forma quirúrgica en pacientes que no se tratan con un agente terapéutico de manera adyuvante. Además, la invención se refiere al uso de la medición cuantitativa de la expresión de determinados genes, incluyendo el gen ESR1, que se miden como una variable continua, para determinar (a) la probabilidad de una respuesta beneficiosa al agente terapéutico antiestrógeno, tal como tamoxifeno; y (b) la magnitud potencial de la respuesta beneficiosa a la quimioterapia.

Descripción de la técnica relacionada

Estudios de expresión génica Los oncólogos disponen de varias opciones de tratamiento, incluyendo diferentes combinaciones de fármacos quimioterápicos que están caracterizados como "de referencia", y varios fármacos que no tienen especificaciones declaradas para el tratamiento de un cáncer particular, pero para los que existe evidencia de eficacia en este cáncer. La mayor probabilidad de buen desenlace del tratamiento requiere que se identifiquen los pacientes con mayor riesgo de enfermedad metastásica y se asignen al tratamiento contra el cáncer óptimo disponible. En particular, es importante determinar la probabilidad de la respuesta del paciente a los fármacos terapéuticos "de referencia", tales como ciclofosfamida, metotrexato, 5-fluorouracilo, antraciclinas, taxanos y fármacos antiestrógenos, tal como tamoxifeno, porque tienen eficacia limitada y un espectro de efectos secundarios a menudo graves. La identificación de pacientes que tienen la mayor o menor probabilidad de necesitar y responder a los fármacos disponibles podría, por tanto, aumentar el beneficio neto que estos fármacos ofrecen, y disminuir la morbilidad y toxicidad netas, mediante una selección de pacientes más inteligente.

Actualmente, las pruebas de diagnóstico usadas en la práctica clínica son analitos individuales, y por tanto no capturan el valor potencial de las relaciones conocidas entre docenas de diferentes marcadores. Además, las pruebas de diagnóstico a menudo se basan en la inmunohistoquímica, que no es cuantitativa. La inmunohistoquímica a menudo produce diferentes resultados en diferentes laboratorios, en parte debido a que no están normalizados los reactivos, y en parte debido a que las interpretaciones son subjetivas. Las pruebas basadas en ARN, aunque cuantitativas de manera potencialmente alta, no se han usado debido a la percepción de que el ARN se destruye en muestras tumorales tal como se preparan de manera rutinaria, concretamente fijadas en formalina y embebidas en parafina (FPE) , y debido a que es inconveniente obtener y almacenar muestras de tejido nuevo de pacientes para su análisis.

Durante las últimas dos décadas, la biología molecular y la bioquímica han revelado centenas de genes cuyas actividades influyen en el comportamiento de las células tumorales, su estado de diferenciación, y su sensibilidad o resistencia a determinados fármacos terapéuticos. Sin embargo, con pocas excepciones, no se ha aprovechado el estado de estos genes con el fin de tomar de manera rutinaria decisiones clínicas sobre los tratamientos con fármacos. En los últimos años, varios grupos han publicado estudios sobre la clasificación de diversos tipos de cánceres mediante análisis de la expresión génica en micromatrices de miles de genes (véase, por ejemplo Golub et al., Science 286:531-537 (1999) ; Bhattacharjae et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:13790-13795 (2001) ; Chen-Hsiang et al., Bioinformatics 17 (Supl. 1) :S316-S322 (2001) ; Ramaswamy et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:15149-15154 (2001) ; Martin et al., Cancer Res. 60:2232-2238 (2000) ; West et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:11462-114 (2001) ; Sorlie et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98:10869-10874 (2001) ; Yan et al., Cancer Res. 61:8375-8380 (2001) ) . Sin embargo, estos estudios aún no han producido pruebas usadas de manera rutinaria en la práctica clínica, en gran parte debido a que las micromatrices requieren ARN de tejido nuevo o congelado y tales muestras no se presentan en cantidad suficiente para permitir la validación clínica de las firmas moleculares identificadas.

En los últimos tres años, se ha hecho posible obtener un perfil de la expresión génica de cientos de genes en tejido fijado en formalina, embebido en parafina (FPE) usando la tecnología de RT-PCR. Se han descrito métodos que son altamente sensibles, precisos y reproducibles (Cronin et al., Am. J. Pathol. 164:35-42 (2004) ) . Debido a que miles de muestras de tejido clínico FPE archivados existen con registros clínicos asociados, tales como supervivencia, historia de tratamiento con fármacos, etc., la capacidad para someter a ensayo ahora de forma cuantitativa la expresión génica en este tipo de tejido permite estudios clínicos rápidos que relacionan la expresión de determinados genes con el pronóstico del paciente y la probabilidad de respuesta a los tratamientos. El uso de datos generados mediante estudios clínicos pasados permite resultados rápidos debido a que los acontecimientos clínicos son históricos. Por el contrario, por ejemplo, si se desea llevar a cabo un estudio de supervivencia en pacientes con cáncer recién incluidos, generalmente sería necesario esperar muchos años para determinar que se han producido un número de muertes estadísticamente suficiente.

Pronóstico y predicción de cáncer de mama El cáncer de mama es el tipo más común de cáncer entre mujeres en los Estados Unidos, y es la causa principal de muertes por cáncer entre mujeres de 40 - 59 años de edad.

En la actualidad sólo se usan clínicamente de manera rutinaria pocas pruebas moleculares en el cáncer de mama. Los ensayos inmunohistoquímicos para determinar proteínas de receptor de estrógenos (ESR1) y receptor de progesterona (PGR) se usan como base para la selección de pacientes para el tratamiento con fármacos antiestrógenos, tales como tamoxifeno (TAM) . Además, se usan inmunohistoquímica o hibridación in situ fluorescente de ErbB2 (Her2) (que miden la proteína y el ADN, respectivamente) para seleccionar pacientes con los fármacos antagonistas de Her2, tales como trastuzumab (Herceptin®; Genentech, Lie, South San Francisco, CA) .

Debido a que las pruebas actuales para el pronóstico y para la predicción de la respuesta a la quimioterapia son inadecuadas, las estrategias de tratamiento contra el cáncer de mama varían entre los oncólogos (Schott y Hayes, J. Clin. Oncol. PMID 15505274 (2004) ; Hayes, Breast 12:543-9 (2003) ) . Generalmente, los pacientes negativos para ganglios linfáticos cuyos tumores se halla que son positivos para ESR1 se tratan con un fármaco antiestrógeno, tal como TAM, y los pacientes cuyos tumores se halla que son negativos para ESR1 se tratan con quimioterapia. A menudo, a los pacientes positivos para ESR1 también se les prescribe quimioterapia además de terapia con antiestrógeno, aceptando los efectos secundarios tóxicos de la quimioterapia con el fin de disminuir modestamente el riesgo de recurrencia del cáncer. Las toxicidades incluyen, neuropatía, náuseas y otros síntomas gastrointestinales, pérdida del cabello y deterioro cognitivo. Se ha de temer la recurrencia debido a que el cáncer de mama recurrente es habitualmente metastásico y poco sensible al tratamiento. Claramente existe una necesidad de identificar a aquellos pacientes que corren un riesgo sustancial de recurrencia (es decir, proporcionar información de pronóstico) y es probable que respondan a la quimioterapia (es decir, proporcionar información predictiva) . Igualmente, existe una necesidad de identificar a aquellos pacientes que no corren un riesgo significativo de recurrencia o que no es probable que respondan a la quimioterapia, puesto que a estos pacientes se les debe evitar la exposición innecesaria a estos fármacos tóxicos.

Los factores pronóstico difieren de los factores predictivos de tratamiento en el cáncer de mama. Los factores pronóstico son aquellas variables relacionadas con la historia natural del cáncer de mama, que influyen en las tasas de recurrencia y el desenlace de los pacientes una vez que han desarrollado cáncer de mama. Los parámetros clínicos que se han asociado con un peor pronóstico... [Seguir leyendo]

 


Reivindicaciones:

1. Un método para la determinación cuantitativa de la probabilidad de una respuesta beneficiosa en un paciente con cáncer de mama positivo para receptor de estrógenos 1 (ESR1) al tratamiento con un fármaco antiestrógeno, que comprende determinar cuantitativamente, en una muestra biológica que comprende células de cáncer de mama obtenidas de dicho paciente, una puntuación del grupo de ESR1 que se basa en los niveles de expresión de ESR1, PGR, BCL2 y SCUBE2, o productos de expresión de los mismos, en el que dicha puntuación del grupo de ESR1 se representa como una variable continua o como intervalos de expresión y en el que se usan aumentos en dichos niveles de expresión como una indicación cuantitativa de que dicho paciente tiene una probabilidad aumentada de una respuesta beneficiosa al tratamiento con un fármaco antiestrógeno

2. Un método según la reivindicación 1, en el que el fármaco antiestrógeno se selecciona del grupo que consiste en tamoxifeno, toremifeno, anastrozol y acetato de megasterol.

3. Un método según la reivindicación 1, en el que el fármaco antiestrógeno es un antagonista de la unión de estrógenos al receptor de estrógenos.

4. Un método según la reivindicación 2 ó 3, en el que el fármaco antiestrógeno es tamoxifeno.

5. Un método según la reivindicación 2, en el que el fármaco antiestrógeno es anastrozol.

6. Un método según la reivindicación 1, que comprende además la etapa de preparar un informe para dicho paciente, que incluye una recomendación acerca de si dicho paciente debe recibir el tratamiento con dicho fármaco antiestrógeno solo, quimioterapia sola o quimioterapia más fármaco antiestrógeno.

7. Un método según la reivindicación 6, en el que dicho tratamiento con antiestrógeno solo, quimioterapia sola o quimioterapia más antiestrógeno se recomienda consultando un gráfico o una tabla a lo largo de uno de cuyos ejes se presenta el nivel de expresión de ESR1, o bien como una variable continua o bien en intervalos de expresión de ESR1, y a lo largo de cuyo otro eje se presenta la probabilidad de recurrencia de cáncer, o bien como una variable continua o bien en intervalos de riesgo.

8. Un método según la reivindicación 7, en el que dichos intervalos de expresión de ESR1 son terciles dentro de una población de valores de ESR1 de pacientes con cáncer de mama, y se dividen en intervalos de ESR1 bajo, intermedio y alto.

9. Un método según la reivindicación 8, en el que dichos intervalos de riesgo son intervalos de riesgo bajo, intermedio y alto.

10. Un método según la reivindicación 9, en el que a dichos pacientes en los intervalos de ESR1 alto y de riesgo bajo se les recomienda el tratamiento con un fármaco antiestrógeno solo.

11. Un método según la reivindicación 9, en el que a dichos pacientes en los intervalos de ESR1 bajo y de riesgo alto se les recomienda el tratamiento con quimioterapia sola.

12. Un método según la reivindicación 9, en el que a dichos pacientes en los intervalos de ESR1 intermedio y de riesgo alto se les recomienda tanto el tratamiento con fármaco antiestrógeno como el tratamiento con quimioterapia.

13. Un método según la reivindicación 1, en el que dicha variable es el nivel de expresión del transcrito de ARN de ESR1, o su producto de expresión.

14. Un método según la reivindicación 1, que comprende además la etapa de determinar una puntuación de recurrencia para dicho paciente, que predice la probabilidad de recurrencia de cáncer en el sujeto.

15. Un método según la reivindicación 14, en el que el fármaco antiestrógeno se selecciona del grupo que consiste en tamoxifeno, toremifeno, anastrozol y acetato de megasterol.

16. Un método según la reivindicación 14, en el que el fármaco antiestrógeno es un antagonista de la unión de estrógenos al receptor de estrógenos.

17. Un método según la reivindicación 15 ó 16, en el que el fármaco antiestrógeno es tamoxifeno.

18. Un método según la reivindicación 15, en el que el fármaco antiestrógeno es anastrozol.

19. Un método según la reivindicación 14, que comprende además la etapa de preparar un informe para dicho paciente, que incluye una recomendación acerca de si dicho paciente debe recibir tratamiento con dicho fármaco antiestrógeno solo, quimioterapia sola o quimioterapia más fármaco antiestrógeno.

 

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