COMBINACION DE SNPS PARA DETERMINAR EL RIESGO DE SUFRIR UNA ENFERMEDAD NEUROVASCULAR.
Combinación de SNPs para determinar el riesgo de sufrir una enfermedad neurovascular.
La presente invención se refiere a la detección de una predisposición a enfermedades neurovasculares en un individuo, y en particular al ictus. La presente invención se refiere a un método y un kit para la detección del riesgo de sufrir una enfermedad neurovascular, en particular ictus, en un individuo, que comprende la detección de una combinación de al menos dos polimorfismos de nucleótido único (SNPs), seleccionados del grupo que consiste en los SNPs rs7956957, rs310585, rs2276109, rs10275136, rs5742912 y rs10947803, así como a la propia combinación, los polinucleótidos que comprenden estos SNPs y sus usos.
Tipo: Patente de Invención. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: P201031004.
Solicitante: FUNDACIO INSTITUT DE RECERCA HOSPITAL UNIVERSITARI VALL D''HEBRON.
Nacionalidad solicitante: España.
Inventor/es: MONTANER VILLALONGA,JOAN, DOMINGUES,SOPHIE, FERNANDEZ CADENAS,ISRAEL.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
PDF original: ES-2387292_A1.pdf
Fragmento de la descripción:
Los presentes inventores han decidido estudiar la prevención de enfermedades neurovasculares desde el punto de vista genético. De hecho, existe una importante implicación genética en las enfermedades neurovasculares,
descubierta en los años noventa en estudios con gemelos y estudios de agregación familiar, pero los genes responsables de esta herencia siguen siendo en gran parte sin ser determinados [3]. Por ejemplo, los estudios de análisis de ligamiento clásico o de asociación de genes
candidatos han demostrado la asociación de los genes PDE4D, ALOX5AP, ApoE, IL6, TNFa o MTHFR con los ictus isquémicos, pero la replicación de estos resultactos ha sido muy inconsistente [ 4] . Por otra parte, los estudios de asociación del genoma completo (GWAS) han revelado la
asociación de dos SNPs con ictus en el cromosoma 12p13 en población caucásica, sugiriendo un papel del gen NINJ2 [5], una asociación que ha sido contradicha posteriormente
[6] Además, un meta-análisis de GWAS en ictus isquémico en poblaciones caucásicas identificó una asociación del 20 gen ZFHX3 en el cromosoma 16q22 con ictus [7]. Los genes PRKCH y CELSR1 se han asociado también con ictus isquémico en la población japonesa [8-9], pero estos marcadores deben ser validados en nuevos estudios. En cualquier caso, todos los estudios revelaron asociaciones con un pequeño 2 5 efecto sobre la predicción global de la enfermedad. Del mismo modo, los factores de riesgo genético para el ictus hemorrágico aún no están definidos [3]. Sin embargo, la base genética de todas las enfermedades neurovasculares es probablemente idéntica ya que todos los genes candidatos 30 identificados hasta la fecha están involucrados en los procesos fisiopatológicos comunes a todas las enfermedades neurovasculares, como la inflamación, angiogénesis, fibrinólisis, coagulación, hipertensión, enfermedad coronaria, angiogénesis, el metabolismo lipídico o la
35 diabetes [3]. Además, las enfermedades neurovasculares
comparten los mismos factores de riesgo demográficos y
clínicos como la presencia de ataques isquémicos transitorios, hipertensión, dislipidemia, diabetes, fibrilación auricular, enfermedad cardiaca, angiopatía amiloide, obesidad, consumo o abuso de drogas, estilo devida sedentaria, tabaquismo, medicación, consumo de alcohol y/o antecedentes familiares [3]. Basado en el hecho que las enfermedades neurovasculares son enfermedades complejas causadas por múltiples factores genéticos y ambientales, los inventores pensaron que la combinación de varios marcadores genéticos y variables clínicas tal vez podría revelar relaciones más sólidas con la enfermedad. Los inventores han divulgado en algunas conferencias (por ejemplo, "Predecir el riesgo genético de accidente cerebrovascular isquémico: Estudio de 250 polimorfismos en 1080 casos y controles", Conferencia de Genética Humana Europea, Viena el 23/5/2009) la posibilidad de que 5 SNPs localizados en los genes NOS3, LRP, SCNN1A y MMP12 podrían estar asociados con un mayor riesgo de sufrir un accidente cerebrovascular isquémico en población española, aunque nunca se reveló la identidad de los SNPs implicados en dichos genes, ni se menciona ni sugiere utilizar estos SNPs en combinación como una herramienta de detección de riesgo de enfermedad cerebrovascular. Del mismo modo, el uso de una combinación de marcadores genéticos con factores de riesgo de enfermedad cerebrovascular con el fin de detectar personas con un elevado riesgo de ictus isquémico no se mencionó ni sugirió. Además, los inventores publicaron el artículo "KCNK17 genetic variants in ischemic stroke", en la revista Atherosclerosis ( 2 O O 9) [ 1 O] , donde se reveló que el alelo A del SNP rs10947803 en el gen KCNK17 podría ser un marcador de riesgo para el accidente cerebrovascular isquémico, con un OR de 1, 48, pero no se revelo ni se sugirió usar este SNP en asociación con otros SNPs para
predecir el riesgo de accidente cerebrovascular. El SNP rs5742912 del gen SCNN1A fue descrito en el artículo 11 Impact of eNaC Polymorphisms on the Risk of Ischemic Cerebrovascular Events: A Multicenter Case-Control Study", en la revista Clinical Chemistr y (2005) [11], como marcador de riesgo para el accidente cerebrovascular isquémico, con un OR de 3, 26 en mujeres jóvenes homocigóticas para esta mutación. Sin embargo, no se realizó ninguna mención del uso de este SNP en asociación con otros marcadores para el diagnóstico de ictus isquémico, y ninguna mención del uso de este SNP como herramienta predictiva en asociación con otros marcadores para mejorar la detección de ictus. Varios artículos han sido publicados sobre accidentes cerebrovasculares en la población española (por ejemplo, 11 Human Vitamin K-Dependent GA86: Gene Structure, Allelic Variation and Association with Stroke", Human Mutation (2004) [12], o 11Alpha (1) -antichymotr y psin polymorphism: a risk factor for hemorrhagic stroke in normotensive subjects", Stroke (2001) [13]) . Sin embargo, no hay ninguna divulgación en estos artículos de los polimorfismos descritos en la presente invención, ni de la posibilidad de combinar varios marcadores y factores de riesgo para crear un modelo predictivo de infarto. Por último, el artículo 11Association of three-gene interaction among MTHFR, ALOX5AP and NOTCH3 with thrombotic stroke: a multicenter case-control study", Human Genetics ( 2 O O 9) [14], describe un estudio genético de accidentes cerebrovasculars isquémicos en la población China, y sugiere que tres SNPs en los genes MTHFR, ALOX5AP y NOTCH3 podrían combinarse para mejorar el pronóstico de un accidente cerebrovascular isquémico. Sin embargo, este artículo sólo llega a predecir con una OR de 3, 16 y no menciona los SNPs o genes descritos en la presente invención. En vista de los conocimientos en el estado de la técnica, es necesario dar
a conocer una nueva herramienta para determinar el riesgo de sufrir enfermedades neurovasculares, en particular ictus. Un primer objetivo de la presente invención es dar a conocer nuevos marcadores genéticos para la prevención de las enfermedades neurovasculares, en particular ictus. Un segundo objetivo de la presente invención es dar a conocer un nuevo método y un nuevo kit para determinar la probabilidad de sufrir un accidente neurovascular, en particular ictus. En respuesta a estos objetivos, los presentes inventores han encontrado sorprendentemente que una combinación de los SNPs descritos en la presente invención es... [Seguir leyendo]
Reivindicaciones:
1. Combinación de polimorfismos de nucleótido único
(SNPs) que comprende rs2276109, rs10275136, rs310585, y rs5742912, indicativa del riesgo de un individuo de sufrir una enfermedad neurovascular.
2. La combinación según la reivindicación 1, donde dicha combinación de SNPs se combina con uno o más de los SNPs rs7956957, rs10947803, rs405509, rs4934, rs2720723, rs2295778, rs7193343, rs6007897, rs4044210 y rs2200733.
3. La combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 ó 2, donde dicha combinación de polimorfismos de nucleótido único se combina con una o más variables clínicas asociadas con una enfermedad neurovascular.
4. La combinación según la reivindicación 3, donde dicha variable clínica se selecciona entre edad, sexo, tabaquismo, hipertensión, diabetes y dislipidemia.
5. Combinación de polinucleótidos aislados incluidos en genes asociados a enfermedades neurovasculares que comprenden cada uno de dichos polinucleótidos un SNP de la combinación de SNPs que comprende rs2276109, rs10275136, rs310585, y rs5742912, indicativa del riesgo de un individuo de sufrir una enfermedad neurovascular, correspondiendo dichos polinucleótidos aislados a las SEC ID N 1, 2, 3 y 6, respectivamente.
o
6. La combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4 en la que los alelos de dichos SNPs se deducen mediante pruebas genéticas o midiendo los niveles de actividad o concentración de las proteínas, o los correspondientes niveles de expresión de ARN de NOS3, SCNN1A, KCNK17, MMP12 o LRP.
7. La combinación según la reivindicación S en la que los alelos de dichos SNPs se deducen mediante pruebas genéticas o midiendo los niveles de actividad o concentración de las proteínas, o los correspondientes niveles de expresión de ARN de NOS3, SCNN1A, KCNK17, MMP12
o LRP.
8. La combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1-4 ó 6, donde la enfermedad neurovascular es el ictus.
9. La combinación según la reivindicación 5 ó 7, donde la enfermedad neurovascular es el ictus.
10. Un método para la determinación de una predisposición genética a las enfermedades neurovasculares de un individuo, que comprende la detección de los alelos de la combinación de SNPs que comprende rs2276109, rs10275136, rs310585, y rs5742912 en una muestra de ácido nucleico aislado de un individuo.
11. El método según la reivindicación 10, donde se detectan un alelo A para rs310585, un alelo G para rs2276109, un alelo C para rs10275136, o un alelo T para
rs5742912. 12. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 u 11, donde la muestra de ácido nucleico comprende ADN. 13. El método según cualquiera de lasreivindicaciones 10-12, donde la muestra de ácido nucleico comprende ARN.
14. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10-13, donde dichos SNPs se detectan por hibridación de una sonda de ácido nucleico o secuencia de oligonucleótido, o mediante marcadores radiactivos, enzimáticos, luminosos o fluorescentes.
15. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10-14, donde dicha combinación de SNPs se combina con una o más variables clínicas asociadas con enfermedades neurovasculares.
16. El método según la reivindicación 15, donde dichas variables clínicas se seleccionan entre edad, sexo, tabaquismo, hipertensión, diabetes y dislipidemia.
17. -El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 16, donde dicha combinación de SNPs
se combina con uno o más de los SNPs rs7956957, rs10947803, rs405509, rs4934, rs2720723, rs2295778, rs7193343, rs6007897, rs4044210 y rs2200733. 18. El método según cualquiera de lasreivindicaciones 10 a 17, en el que los alelos de dichos SNPs se deducen mediante pruebas genéticas o midiendo los niveles de actividad o concentración de las proteínas, o los correspondientes niveles de expresión de ARN de NOS3, SCNN1A, KCNK17, MMP12 y/o LRP.
19. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 18, que comprende además la
comparación de la combinación de alelos obtenida para un individuo con la combinación de alelos obtenida para otro individuo afectado por una enfermedad neurovascular y la detección de la predisposición genética a una enfermedad neurovascular si el individuo a ser analizado presenta la misma carga genética que el individuo afectado
20. El método según la reivindicación 19, donde el otro individuo tiene una relación familiar con el
individuo a analizar. 21. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 20, donde dicha enfermedad neurovascular es el ictus.22. Un kit para determinar el riesgo de un individuo de sufrir dicha enfermedad neurovascular que comprende,
(a) Sondas que permiten detectar los alelos de la combinación de SNPs que comprende rs2276109, rs10275136, rs310585, y rs5742912.
(b) Instrucciones para usar el kit y determinar el riesgo del individuo de sufrir una enfermedad neurovascular teniendo en cuenta la combinación de SNPs presentada.
23. El kit según la reivindicación 22, donde una o más sondas están marcadas.
24. El kit según cualquiera de las reivindicaciones 22 ó 23, que incluye un reactivo para detectar el marcador.
25. El kit según cualquiera de las reivindicaciones 22 a 24, donde dicha combinación de SNPs se combina con variables clínicas asociadas con una enfermedad neurovascular.
26. El kit según la reivindicación 25, donde las variables clínicas se seleccionan entre edad, sexo, tabaquismo, hipertensión, diabetes y dislipidemia.
27. El kit según las reivindicaciones 22 a 26, donde dicha combinación de SNPs se combina con uno o más de los SNPs rs7956957, rs10947803, rs405509, rs4934, rs2720723, rs2295778, rs7193343, rs6007897, rs4044210 y rs2200733.
28. El kit según las reivindicaciones 22 a 27, donde los alelas de dichos SNPs se deducen mediante pruebas genéticas o midiendo los niveles de actividad o concentración de las proteínas, o los correspondientes niveles de expresión de ARN de NOS3, SCNN1A, KCNK17, MMP12 y/o LRP.
29. El kit según cualquiera de las reivindicaciones 22 a 28, donde dicha enfermedad neurovascular es el ictus.
30. El uso de la combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9 en un kit para determinar el riesgo de un individuo de sufrir una enfermedad neurovascular.
31. El uso de la combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, como herramienta de prueba genética para enfermedades neurovasculares.
32. El uso según las reivindicaciones 30 ó 31, donde dicha enfermedad neurovascular es el ictus.
33. La combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, donde dicho individuo pertenece a la población mediterránea.
34. La combinación según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, donde dicho individuo pertenece a
la población española.
35. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 21, donde dicho individuo pertenece a la población mediterránea.
.
36. El método según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 21, donde dicho individuo pertenece a la población española.
37. El kit según cualquiera de las reivindicaciones 22 a 29, donde dicho individuo pertenece a la población 10 mediterránea.
38. El kit según cualquiera de las reivindicaciones 22 a 29, donde dicho individuo pertenece a la población española.
39. El uso según cualquiera de las reivindicaciones 15 30 a 32, donde dicho individuo pertenece a la población mediterránea.
40. El uso según cualquiera de las reivindicaciones 30 a 32, donde dicho individuo pertenece a la población española.
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