Un método de detección de cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) poner en contacto una muestra de ensayo sospechosa de contener polinucleótido diana de dicho individuo con al menos un oligonucleótido que tenga una longitud de 15 a 50 nucleótidos y que tenga una identidad de al menos el 90% con un polinucleótido seleccionado del grupo que consisten en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas, donde la muestra de ensayo se selecciona del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces;

(b) detectar la presencia de polinucleótidos diana de la muestra de ensayo que se unen a dicho oligonucleótido, cuya detección indica cáncer mama

Reactivos y métodos útiles para detectar enfermedades de la mama.

Antecedentes de la invención

Esta invención se refiere en general a la detección de enfermedades de la mama. Además, la invención también se refiere a reactivos y métodos para detectar enfermedades de la mama. Más particularmente, la presente invención se refiere a reactivos tales como secuencias polinucleotídicas, y las secuencias polipeptídicas codificadas por la mismas, así como a métodos que utilizan estas secuencias. Las secuencias polinucleotídicas y polipeptídicas son útiles para detectar, diagnosticar, determinar la fase, controlar, pronosticar, formar imágenes in vivo, prevenir o tratar, o determinar la predisposición a enfermedades o afecciones de la mama, tales como el cáncer de mama.

El cáncer de mama es la forma más común de cáncer que se da en mujeres en los Estados Unidos. Se prevé que la incidencia de los cánceres de mama en los Estados Unidos será que se presentarán 180.300 casos diagnosticados y 43.900 muertes relacionadas con cáncer de mama durante 1998 (estadísticas de la Sociedad Americana del Cáncer). En todo el mundo, la incidencia del cáncer de mama ha aumentado de 700.000 en 1985 a aproximadamente 900.000 en 1990. G. N. Hortobagyi et al., CA Cancer J Clin 45: 199-226 (1995).

Los procedimientos usados para detectar, diagnostica, determinar la fase, controlar, pronosticar, formar imágenes in vivo, prevenir o tratar, o determinar la predisposición a enfermedades o afecciones de la mama, tales como cáncer de mama, son de una importancia crítica para el desenlace del paciente. Por ejemplo, los pacientes a los que se les diagnostica cáncer de mama temprano tienen una tasa de supervivencia relativa de cinco años superior al 90% en comparación con una tasa de supervivencia de aproximadamente el 20% para pacientes a los que se les diagnostican cánceres de mama metastatizados en lugares distantes. (Estadísticas de la Sociedad Americana del Cáncer). Actualmente, los mejores indicadores iniciales del cáncer de mama temprano son el examen físico de la mama y la mamografía. J. R. Harris et al. En: Cancer: Principles and Practice of Oncology, Cuarta Edición, págs. 1264-1332, Filadelfia, PA: J/B. Lippincott Co. (1993). La mamografía puede detectar un tumor de mama antes de que pueda detectarse por examen físico, pero tiene sus limitaciones. Por ejemplo, el valor predictivo de la mamografía depende de las habilidades del observador y de la calidad del mamograma. Además, del 80 al 93% de los mamogramas sospechosos son falsos positivos y del 10 al 15% de las mujeres con cáncer de mama tienen mamogramas con falsos negativos. C. J. Wright et al., Lancet 346: 29-32 (1995). Claramente son necesarios nuevos métodos de diagnóstico que sean más sensibles y específicos para detectar el cáncer de mama temprano.

Los pacientes con cáncer de mama se controlan de cerca después de la terapia inicial y durante la terapia adyuvante para determinar la respuesta a la terapia y para detectar enfermedad persistente o recidivante, o metástasis distante temprana. Los procedimientos de diagnóstico actuales para controlar el cáncer de mama incluyen la mamografía, la exploración de hueso, radiografías de tórax, el ensayo de la función hepática y ensayos para marcadores en suero. Los marcadores tumorales en suero usados más comúnmente para controlar pacientes son el antígeno carcinoembrionario (CEA) y CA 15-3. Las limitaciones del CEA incluyen la ausencia de niveles en suero elevados en aproximadamente el 40% de las mujeres con enfermedad metastásica. Además, la elevación del CEA durante la terapia adyuvante puede no estar relacionada con la aparición de recidivas sino con otros factores que no sean clínicamente importantes. El CA 15-3 también puede ser negativo en un número importante de pacientes con enfermedad progresiva y, por lo tanto, no predice la metástasis. Tanto el CEA como el CA 15-3 pueden estar elevados en afecciones benignas no malignas, dando origen a resultados falsos positivos. Por lo tanto, sería clínicamente beneficioso encontrar un marcador asociado a la mama que sea más sensible y específico en la detección de recidivas del cáncer. J. R. Harris et al., anteriormente. M. K. Schwartz, En: Cancer: Principles and Practice of Oncology, Vol. 1, Cuarta Edición, págs. 531 - 542, Filadelfia, PA: J/B. Lippincott Co. 1993.

Otra etapa importante en el tratamiento del cáncer de mama es determinar la fase de la enfermedad del paciente, debido a que la determinación de la fase tiene un valor pronóstico potencial y proporciona criterios para diseñar una terapia óptima. Actualmente, la determinación de la fase patológica del cáncer de mama es preferible sobre la determinación de la fase clínica debido a que la primera proporciona un pronóstico más preciso. J. R. Harris et al., anteriormente. Por otro lado, la determinación de la fase clínica se preferiría cuando fuera al menos tan precisa como la determinación de la fase patológica, ya que no depende de un procedimiento invasivo para obtener tejido para su evaluación patológica. La determinación de la fase del cáncer de mama podría mejorarse detectando nuevos marcadores en suero u orina que podrían diferenciar entre diferentes fases de invasión. Dichos marcadores podrían ser ARNm o marcadores proteicos expresados por células que se originan del tumor primario en la mama pero residen en la sangre, médula ósea o ganglios linfáticos y podrían servir como indicadores sensibles para la metástasis en estos órganos distales. Por ejemplo, se han detectado antígenos proteicos específicos y ARNm asociados con células epiteliales de mama por técnicas de inmunohistoquímica y RT-PCR, respectivamente, en médula ósea, ganglios linfáticos y sangre de pacientes con cáncer de mama que sugieren metástasis. K. Pantel et al., Onkologie 18: 394-401 (1995). Dichos procedimientos de diagnóstico también podrían incluir ensayos inmunológicos basados en la aparición de diversos marcadores de enfermedad en muestras de ensayo tales como sangre, plasma, suero u orina obtenidos por procedimientos mínimamente invasivos que son detectables por procedimientos inmunológicos. Estos procedimientos de diagnóstico proporcionarían información para ayudar al médico en el tratamiento del paciente con enfermedad de la mama, con un coste reducido para el paciente. Existen marcadores tales como el antígeno prostático específico (PSA) y la gonadotropina coriónica humana (hCG) y se usan clínicamente para explorar pacientes para cáncer de próstata y cáncer testicular, respectivamente. Por ejemplo, el PSA se secreta normalmente por la próstata a altos niveles en el líquido seminal pero está presente a muy bajos niveles en la sangre de hombres con próstatas normales. Se usan niveles elevados de proteína PSA en suero en la detección temprana del cáncer de próstata o enfermedad en hombres asintomáticos. Véase, por ejemplo, G. E. Hanks et al., En: Cancer: Principles and Practice of Oncology, Vol. 1, Cuarta Edición, págs. 1073-1113, Filadelfia, PA: J. B. Lippincott Co. 1993. M. K. Schwartz et al., En: Cancer: Principles and Practice of Oncology, Vol. 1, Cuarta Edición, págs. 531-542, Filadelfia, PA: J. B. Lippincott Co. 1993. Asimismo, el tratamiento de las enfermedades de la mama podría mejorarse mediante el uso de nuevos marcadores que se expresen de forma normal en la mama pero se encuentren en cantidades elevadas en un compartimento corporal inapropiado como resultado de la enfermedad de la mama.

Además, nuevos marcadores que pudieran predecir el comportamiento biológico de los cánceres de mama tempranos también serían de un valor importante. Los cánceres de mama tempranos que amenazan o amenazarán la vida del paciente son más clínicamente importantes que los que no suponen o no supondrán una amenaza, G. E. Hanks, anteriormente. Dichos marcadores son necesarios para predecir qué pacientes con ganglios linfáticos histológicamente negativos sufrirán recidivas de cáncer y también predecir qué casos de carcinoma ductal in situ se desarrollarán hacia carcinoma de mama invasivo. Marcadores de pronóstico más precisos permitirían al clínico identificar con precisión cánceres tempranos localizados en la mama que progresarán y metastatizarán si no se tratan de forma agresiva. Además, la ausencia de un marcador para un cáncer agresivo en el paciente podría evitar al paciente un tratamiento costoso y no beneficioso. J. R. Harris et al., anteriormente. E. R. Frykberg et al., Cancer 74: 350-361 (1994).

Por lo tanto, sería ventajoso proporcionar métodos y reactivos específicos...

1. Un método de detección de cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) poner en contacto una muestra de ensayo sospechosa de contener polinucleótido diana de dicho individuo con al menos un oligonucleótido que tenga una longitud de 15 a 50 nucleótidos y que tenga una identidad de al menos el 90% con un polinucleótido seleccionado del grupo que consisten en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas, donde la muestra de ensayo se selecciona del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces;

(b) detectar la presencia de polinucleótidos diana de la muestra de ensayo que se unen a dicho oligonucleótido, cuya detección indica cáncer mama.

2. Un método para detectar cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) realizar una transcripción inversa en una muestra de ensayo sospechosa de contener ARNm diana de dicho individuo usando al menos un cebador para producir ADNc, donde la muestra de ensayo se selecciona del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces;

(b) amplificar al ADNc obtenido de la etapa (a) usando oligonucleótidos como cebadores sentido y antisentido para obtener un amplicón; y

(c) detectar la presencia de dicho amplicón, cuya detección indica cáncer de mama, donde los oligonucleótidos cebadores utilizados en las etapas (a) y (b) tienen una longitud de 15 a 50 nucleótidos y tienen una identidad de al meno el 90% con una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas.

3. Un método de detección de cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) poner en contacto una muestra de ensayo sospechosa de contener un polinucleótido diana de dicho individuo con al menos un oligonucleótido como cebador sentido y con al menos un oligonucleótido como cebador antisentido y amplificar para obtener un producto de reacción de primera fase, donde la muestra de ensayo se seleccionada del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces;

(b) poner en contacto dicho producto de reacción de primera fase con al menos otro oligonucleótido para obtener un producto de reacción de segunda fase con la condición de que el otro oligonucleótido se localice 3' a los oligonucleótidos utilizados en la etapa (a) y sea complementario a dicho producto de reacción de primera fase; y

(c) detectar dicho producto de reacción de segunda fase como un indicio de la presencia del polinucleótido diana, cuya detección indica cáncer de mama, donde los oligonucleótidos utilizados en las etapas (a) y (b) tienen una longitud de 15 a 50 nucleótidos y tienen una identidad de al menos el 90% con una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas.

4. Un kit de ensayo útil para detectar un polinucleótido en una muestra de ensayo, cuya detección indica cáncer de mama, comprendiendo dicho kit de ensayo un recipiente que contiene al menos un polinucleótido que tiene una longitud de 15 a 50 nucleótidos y que tiene una identidad de al menos el 90% con una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas.

5. Un polinucleótido purificado, en el que dicho polinucleótido se selecciona del grupo que consiste en:

un polinucleótido que tiene una longitud desde 15 nucleótidos hasta el número de nucleótidos en una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas y que tiene una identidad de al menos el 90% con dicha secuencia complementaria de la misma.

6. Un sistema de expresión recombinante que comprende una secuencia de ácido nucleico que incluye una fase de lectura abierta unida operativamente a una secuencia de control compatible con un huésped deseado, en el que dicha secuencia de ácido nucleico tiene una longitud desde 15 nucleótidos hasta el número de nucleótidos en una secuencia seleccionada del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9 y complementarias de las mismas y tiene una identidad de al menos el 80% con dicha secuencia o complementaria de la misma.

7. Un polipéptido que tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

8. Un anticuerpo que se une específicamente a al menos un epítopo de una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

9. Un kit de ensayo para determinar la presencia de un antígeno o anticuerpo en una muestra de ensayo, comprendiendo dicho kit un recipiente que contiene un polipéptido que tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

10. Un kit de ensayo para determinar la presencia de un antígeno en una muestra de ensayo, comprendiendo dicho kit un recipiente que contiene un anticuerpo de la reivindicación 8.

11. Un método para producir un polipéptido, comprendiendo dicho método incubar células huésped que se han transfectado con un vector de expresión que contiene una secuencia polinucleotídica que codifica un polipéptido, en el que dicho polipéptido comprende una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

12. Un método para detectar cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) poner en contacto una muestra de ensayo sospechosa de contener antígeno diana de dicho individuo con una molécula de unión específica que se une a al menos a un epítopo de un antígeno seleccionado del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27, SECUENCIA ID Nº 28, y fragmentos de las mismas que tienen al menos 15-20 aminoácidos, donde dicho contacto se realiza durante un tiempo y en condiciones suficientes para la formación de complejos de molécula de unión/antígeno, donde la muestra de ensayo se selecciona del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces; y

(b) detectar la presencia de dichos complejos como un indicio de la presencia de dicho antígeno diana, cuya detección indica cáncer de mama.

13. Un método para detectar cáncer de mama en un individuo, comprendiendo dicho método:

(a) poner en contacto una muestra de ensayo sospechosa de contener anticuerpos diana de dicho individuo con un polipéptido que contiene al menos un epítopo de una secuencia de aminoácidos que tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28 y donde además dicho contacto se realiza durante un tiempo y en condiciones suficientes para permitir que se formen complejos de antígeno/anticuerpo, donde la muestra de ensayo se selecciona del grupo que consiste en sangre completa, suero, plasma, líquido cefalorraquídeo, esputo, lavado bronquial, aspirados bronquiales, orina, fluidos linfáticos, secreciones externas de los tractos respiratorio, intestinal y genitourinario, lágrimas, saliva y heces; y

(b) detectar la presencia de dichos complejos como un indicio de la presencia de anticuerpos diana, cuya detección indica cáncer de mama.

14. Una célula transfectada con una secuencia de ácido nucleico que codifica al menos un epítopo, donde dicha secuencia de ácido nucleico se selecciona del grupo que consiste en las SECUENCIAS ID Nº 1-9, complementarias de las mismas y fragmentos de dichas secuencias que tienen al menos 15 nucleótidos.

15. Uso de un polipéptido inmunogénico aislado para fabricar una preparación para su administración a un individuo en una cantidad suficiente para generar una respuesta inmune para producir anticuerpos para tratar el cáncer de mama, donde dicho polipéptido inmunogénico comprende al menos un epítopo y tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

16. Uso de un plásmido para fabricar una preparación para su administración a un individuo para producir anticuerpos para tratar el cáncer de mama, en el que dicho plásmido comprende una secuencia que codifica al menos un epítopo de un polipéptido que tiene una secuencia de aminoácidos seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27, SECUENCIA ID Nº 28, y fragmentos de las mismas que tienen al menos 15-20 aminoácidos.

17. Uso de un polipéptido inmunogénico aislado para fabricar una preparación para su administración a un individuo en una cantidad suficiente para generar una respuesta inmune para producir anticuerpos para el diagnóstico in vivo de cáncer de mama, después de la inyección de dichos anticuerpos en un paciente, en el que dicho polipéptido inmunogénico comprende al menos un epítopo y tiene al menos 15-20 aminoácidos y una identidad de al menos el 85% con una secuencia seleccionada del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27 y SECUENCIA ID Nº 28.

18. Uso de un plásmido para fabricar una preparación para su administración a un individuo para producir anticuerpos para el diagnóstico in vivo de cáncer de mama, después de una inyección de dichos anticuerpos en un paciente, donde dicho plásmido comprende una secuencia que codifica al menos un epítopo de un polipéptido seleccionado del grupo que consiste en la SECUENCIA ID Nº 24, SECUENCIA ID Nº 25, SECUENCIA ID Nº 26, SECUENCIA ID Nº 27, SECUENCIA ID Nº 28 y fragmentos de las mismas que tienen al menos 15-20 aminoácidos.

19. Uso de un anticuerpo de la reivindicación 8 para la fabricación de una preparación para tratar el cáncer de mama por inyección de dicha preparación a un paciente sospechoso de tener cáncer de mama.

20. Uso de un anticuerpo de la reivindicación 8 para fabricar una preparación para el diagnóstico in vivo de cáncer de mama después de la inyección de dicha preparación en un paciente sospechoso de tener cáncer de mama.