Polimorfismos genéticos combinados de LDLR e IL28B para la predicción de la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con el virus de la hepatitis C.

El uso de los polimorfismos genéticos rs2738456, rs2738457, rs2569540,

rs2738459, rs2738460, rs2l16898, y rs6413504 del gen LDLR, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC.

Polimorfismos genéticos combinados de LDLR e IL28B para la predicción de la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con el virus de la hepatitis C.

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se encuentra dentro de la medicina y la biología molecular, y se refiere a un método de obtención de datos útiles para predecir la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina, de la infección por el virus de la hepatitis C (VHC), y en concreto, al empleo del gen del receptor de las lipoproteínas de baja densidad (LDLR). La predicción a priori, con datos genéticos, de los pacientes con mayor probabilidad de curación permitiría una mejor selección de los mismos, con el consecuente ahorro económico y mejora de la calidad de vida de dichos pacientes.

ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN

El ciclo de replicación viral está afectado por el colesterol y la biosíntesis de ácidos grasos. La infección con VHC incrementa la biosíntesis lipídica y su almacenamiento en los hepatocitos, contribuyendo a la esteatosis asociada a VHC, hipobetalipoproteinemia y resistencia a la insulina. La inhibición de la producción de colesterol por medio del bloqueo de la HMG-CoA reductasa o de la 3 beta-hidroxiesteroide-delta 7-reductasa induce una marcada reducción en los niveles de ARN de VHC in vitro.

El ensamblado del virus VHC está estrechamente enlazado con la síntesis de lipoproteínas de muy baja densidad (VLDL) y su vía secretora. Las partículas de VHC en suero se complejan con VLDL; aunque la estructura molecular exacta no es conocida, datos indirectos sugieren que VHC puede esconderse en el núcleo lipídico de VLDL, haciendo al VHC indetectable a anticuerpos y complemento del suero. Esta asociación con VLDL permite al virus unirse a células diana a través de los receptores de lipoproteínas, después del procesamiento parcial por la lipoproteín-lipasa hepática, la cual hidroliza los triglicéridos en la VLDL dando lugar a IDL y LDL. Datos clínicos y experimentales sugieren que el receptor LDL (LDLR) es una molécula de acoplamiento o un co-receptor para VHC:

1) El nivel de ARN de VHC en hepatocitos primarios se relaciona con la expresión de ARNm de LDLR y la eficiencia en la captación de LDL.

2) LDLR soluble puede inhibir la infectividad de VHC.

3) Los niveles plasmáticos más elevados de LDL están asociados con la respuesta virológica sostenida (RVS) después del tratamiento con interferón pegilado (Peg-IFN) más ribavirina (RBV), probablemente debido al bloqueo competitivo de la entrada de VHC.

4) Los polimorfismos en LDLR, los cuales están asociados con los niveles plasmáticos de LDL, tienen un impacto sinérgico en la probabilidad de lograr RVS con Peg-IFN y RBV en pacientes infectados con los genotipos virales 1-4, así como en la cinética viral después del tratamiento.

Sin embargo se mantienen algunas discrepancias. De esta manera, los experimentos `tiempo de adición con un anticuerpo monoclonal contra LDLR revela que LDLR tiene un mayor papel en las fases de post-entrada del ciclo de vida viral, probablemente incrementando la captación, un factor esencial para la replicación del VHC. Adicionalmente, cambios en la distribución intracelular del colesterol de la membrana plasmática a la red membranosa puede interrumpir las balsas de superficie lipídica rica en colesterol, llevando a la represión de la vía de señalización JAK-STAT regulada por interferón. En el caso del virus

West Nile, la adición exógena de colesterol puede rescatar la señalización por interferón y restringir la replicación viral.

Cuatro estudios anteriores revelaron datos con respecto a la evolución clínica del VHC y de los polimorfismos genéticos de LDLR, no obstante, el papel de los polimorfismos genéticos en el metabolismo del colesterol, en la replicación del VHC, no está claro. Las principales ventajas de la presente invención están en la profundidad de los análisis genéticos de los genes más esenciales de las vías de transporte del colesterol, un denso reportaje de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNPs) en los genes LDLR, y el hecho de que no existen estudios previos que hayan estudiado una asociación de LDLR con el pretratamiento VL (carga viral). La identificación de los factores críticos del hospedador que modulan la replicación y la propagación del VHC, tiene el potencial de llegar a ser una nueva diana para medicamentos antivirales, centrada en la inhibición de la maquinaria celular destruido por la replicación viral.

El tratamiento de interferón pegilado más ribavirina presenta fuertes efectos secundario, y además tiene un coste medio de unos 8-10.000 euros por paciente. Sin embargo, la tasa media de curación alcanza sólo el 50-60% de los pacientes. Por ello, la predicción a priori, con datos genéticos, de los pacientes con mayor probabilidad de curación permitiría una mejor selección de los mismos; con el consecuente ahorro económico y mejora de la calidad de vida de dichos pacientes.

Es necesario, por tanto, encontrar un método y un kit de predicción de respuesta al tratamiento Peg-IFN y RBV.

DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN

Los autores de la presente invención han evaluado la asociación de polimorfismos en genes de la síntesis del colesterol, así como de sus vías de transporte, en la respuesta viral sostenida pos-tratamiento y la carga viral del VHC.

La presente invención proporciona un método de obtención de datos útiles para predecir o pronosticar la respuesta viral sostenida (RVS) después del tratamiento con interferón pegilado más ribavirina del VHC. Los autores de la presente invención han encontrado un biomarcador útil para predecir la respuesta al tratamiento de la hepatitis C.

Por tanto, un primer aspecto de la invención se refiere al uso de los polimorfismos del gen LDLR para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC.

Otro aspecto de la invención se refiere al uso de cualquiera de los polimorfismos (SNPs) que se seleccionan de entre; rs2738456, rs2738457, rs2569540, rs2738459, rs2738460, rs2116898, rs1433099, rs6413504, o cualquiera de sus combinaciones, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC. Una realización preferida se refiere al uso simultáneo de los polimorfismos (SNPs) rs2738456, rs2738457, rs2569540, rs2738459, rs2738460,

rs2116898, rs1433099 y rs6413504 para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC.

En otra realización preferida de este aspecto de la invención, la respuesta al tratamiento es la respuesta virológica sostenida (RVS).

En otra realización preferida de este aspecto de la invención, el genotipo del VHC se selecciona de entre: genotipo 1, genotipo 2, genotipo 3, genotipo 4, o cualquiera de sus combinaciones.

El gen LDLR se localiza en el brazo pequeño del cromosoma 19, y contiene 18 exones codificando los seis dominios funcionales de la proteína madura: péptido señal, dominio de unión del ligando, factor tipo precursor de crecimiento epidermal (EGF), dominios transmembrana y citoplasmático.

La terapia antiviral va dirigida básicamente a lograr unos objetivos virológicos, bioquímicos e histológicos. La evaluación de la respuesta al tratamiento, se basa en el efecto del mismo sobre el estado virológico, no sólo al terminar el tratamiento sino, lo que es más importante, en su seguimiento después de finalizado el mismo. Tal y como se entiende en esta memoria, se denomina "respuesta virológica sostenida" o "respuesta viral sostenida" (RVS) la negativización de la viremia (ARN viral negativo mediante técnicas de reacción en cadena de la polimerasa -PCR-) que se mantiene al menos 24 semanas después de finalizado el tratamiento; o dicho de otra manera, la ausencia en el suero del ARN-VHC a los 6 meses de finalizado el tratamiento.

La negativización de la viremia al final del tratamiento, con reaparición del ARN una vez terminado el mismo, define la "respuesta virológica con recaída". La ausencia de negativización de la viremia al final del tratamiento define la "no respuesta virológica" al tratamiento.

El "interferón alfa" (IFN-a) es una citocina inmunomoduladora que posee actividad antiviral, propiedades antiangiogénicas y antiproliferativas. El IFN-Peg se obtiene mediante la unión fisicoquímica de polietilenglicol (PEG) al interferón alfa (peginterferón a-2a y a-2b) recombinante, lo que aumentan su permanencia en la sangre requiriendo menor frecuencia de inyecciones.

Actualmente...

1.- El uso de los polimorfismos genéticos: rs2738456, rs2738457, rs2569540, rs2738459, rs2738460, rs2116898, rs1433099 y rs6413504 del gen LDLR, para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC.

2.- El uso de los polimorfismos genéticos del gen LDLR según la reivindicación anterior, donde la respuesta al tratamiento es la respuesta virológica sostenida (RVS).

3.- El uso de los polimorfismos genéticos del gen LDLR según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, donde el VHC es de los genotipos que se seleccionan de entre: genotipo 1, genotipo 2, genotipo 3, genotipo 4, o cualquiera de sus combinaciones.

4.- Un método de obtención de datos útiles para predecir o pronosticar la respuesta al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina en pacientes infectados con VHC, que comprende:

a) obtener una muestra biológica aislada de un individuo, y

b) detectar los polimorfismos genéticos: rs2738456, rs2738457, rs2569540, rs2738459, rs2738460, rs2116898, rs1433099 y rs6413504 del gen LDLR, en la muestra biológica aislada de (a).

5.- El método de obtención de datos útiles según la reivindicación anterior, donde la respuesta al tratamiento es la respuesta virológica sostenida del VHC.

6.- El método de obtención de datos útiles según cualquiera de las reivindicaciones 4-5, que además comprende medir la carga viral del VHC en un individuo.

7.- El método de obtención de datos útiles según cualquiera de las reivindicaciones 4-6, que además comprende determinar los polimorfismo del gen IL28B.

8.- El método de obtención de datos útiles según la reivindicación anterior, donde los polimorfismo del gen IL28B son el rs12979860 y/o rs8099917.

9.- El método según cualquiera de las reivindicaciones 5-8, donde el VHC es de los genotipos que se seleccionan de entre: genotipo 1, genotipo 2, genotipo 3, genotipo 4, o cualquiera de sus combinaciones.

10.- El método según cualquiera de las reivindicaciones 5-9, donde la determinación de los polimorfismos se realiza mediante PCR.

11.- Un kit o dispositivo que comprende una o varias secuencias nucleotídicas necesarias para detectar los polimorfismos del gen LDLR.

12.- El kit o dispositivo según la reivindicación anterior, donde los polimorfismos del gen LDLR son rs2738456, rs2738457, rs2569540, rs2738459, rs2738460, rs2116898, rs1433099 y rs6413504.

13.- El kit o dispositivo según la reivindicación anterior, que además comprende una o varias secuencias nucleotídicas necesarias para detectar los polimorfismos del gen IL28B.

14.- El kit o dispositivo según la reivindicación anterior donde los polimorfismos del gen IL28B son el rs12979860 y el rs8099917

15.- El uso de un kit o dispositivo según cualquiera de las reivindicaciones 11-14, para predecir o pronosticar la respuesta, en pacientes infectados con VHC, al tratamiento con interferón pegilado más ribavirina.