Puntuación de afinidad de unión con penalización para la rotura de la conjugación entre grupos de ligandos aromáticos.
(11/03/2020) Un método implemento por ordenador de la puntuación de afinidad de unión de una molécula de ligando propuesto por un receptor conocido, que es una proteína, método que usa un ordenador y datos almacenados en el ordenador, comprendiendo el método,
a. recibir, por uno o más ordenadores, datos que representan una o más moléculas de ligando propuesto a puntuar,
b. recibir, por uno o más ordenadores, datos que representan una estructura predicha de un complejo entre un receptor y la molécula de ligando propuesto,
c. puntuar la afinidad de unión del ligando propuesto por un método que comprende usar los datos de a. y b. en i. análisis informático de los datos de la molécula de ligando propuesto para determinar si el ligando incluye al menos un resto conjugado π que tiene múltiples geometrías…
Función de puntuación de afinidad de enlace que incluye un término de penalización.
(26/02/2020) Un procedimiento para puntuar la afinidad de enlace de una molécula de ligando propuesta para una molécula receptora, que es una proteína, usando un ordenador y bases de datos informáticas, comprendiendo el procedimiento,
a. obtener datos almacenados por ordenador que representan una estructura de ligando-receptor predicha,
b. puntuar la afinidad de enlace de ligando mediante operaciones informatizadas que incluyen:
- determinar si el receptor incluye uno o más sitios de hidratación ocupados por agua localizada y, de ser así,
- determinar
si después de acoplar un agua localizada interactúa con un átomo de ligando hidrofóbico, y si el acoplamiento del ligando en el receptor…
Función de puntuación de la afinidad de unión que incluye un factor para los entornos del grupo del anillo.
(19/03/2019) Un implementado por ordenador para cuantificar la afinidad de unión entre un ligando y una molécula de receptor, comprendiendo el método:
identificar una estructura de anillo dentro del ligando, siendo la estructura de anillo un anillo entero, un anillo condensado o una porción de un anillo o de un anillo condensado;
clasificar la estructura de anillo en base a la relación parcial de la estructura de anillo en sus entornos ambientes cuando el ligando está unido a la molécula de receptor, en el que se determina el número de contactos estrechos a diferentes distancias entre los átomos de receptor y las dos caras del anillo, se realiza…
Función de puntuación de la afinidad de unión que incluye un factor para los entornos del grupo del anillo.
(09/11/2016) Un método implementado por ordenador para cuantificar al menos un componente de afinidad de unión entre un ligando y una molécula de receptor, comprendiendo el método:
recibir datos que representan una estructura del ligando,
recibir datos que representan una estructura de la molécula de receptor,
identificar una estructura de anillo dentro del ligando, siendo la estructura de anillo un anillo entero o un anillo condensado;
clasificar la estructura de anillo en base a la relación parcial de la estructura de anillo en sus entornos ambientes cuando el ligando está unido a la molécula de receptor, en donde dichos entornos ambientes de la estructura de anillo cuando se unen a la molécula de receptor incluyen moléculas…
Métodos y sistemas para caracterizar taponamientos de partículas LCM y reología en tiempo real.
(09/07/2014) Una celda de ensayo para analizar un fluido que comprende:
una primera parte interior cónica ;
un dispositivo de posicionamiento axial posicionado a lo largo del eje de la celda de ensayo; un primer tapón cónico acoplado al dispositivo de posicionamiento axial;
en la que el primer tapón cónico es móvil dentro y fuera de la primera parte interior cónica a lo largo del eje de la celda de ensayo;
una entrada de fluido en una primera localización en la celda de ensayo;
una salida de fluido en una segunda localización en la celda de ensayo,
estando la celda de ensayo caracterizada por una escobilla acoplada al dispositivo de posicionamiento axial.
Función de puntuación predictiva para estimar la afinidad de unión.
(25/09/2013) Un método implementado por ordenador para caracterizar la interacción de un ligando propuesto con unreceptor especificado mediante el acceso a datos a partir de los que el ordenador calcula un valorrepresentativo de dicha interacción, VRI, comprendiendo dicho método puntuación por ordenador de interaccioneshidrofóbicas entre uno o más átomos del ligando y uno o más átomos del receptor ,comprendiendo dicha puntuación por ordenador al menos siguientes etapas:
a) recibir datos representativos de átomos en el ligando acoplado con el receptor;
b) actuar sobre dichos datos para identificar grupos de al menos tres átomos del ligando lipofílico conectadoscovalentemente que presentan interacción hidrofóbica con uno o más átomos del receptor lipofílico einteracciones hidrofóbicas de puntuación de dichos átomos del ligando…