Función de puntuación de la afinidad de unión que incluye un factor para los entornos del grupo del anillo.

Un método implementado por ordenador para cuantificar al menos un componente de afinidad de unión entre un ligando y una molécula de receptor,

comprendiendo el método:

recibir datos que representan una estructura del ligando,

recibir datos que representan una estructura de la molécula de receptor,

identificar una estructura de anillo dentro del ligando, siendo la estructura de anillo un anillo entero o un anillo condensado;

clasificar la estructura de anillo en base a la relación parcial de la estructura de anillo en sus entornos ambientes cuando el ligando está unido a la molécula de receptor, en donde dichos entornos ambientes de la estructura de anillo cuando se unen a la molécula de receptor incluyen moléculas de agua;

en donde la estructura de anillo está asignada a una de las siguientes clasificaciones: a) enterrada; b) expuesta a disolvente; o c) expuesta a disolvente en una superficie;

en donde determinar la clasificación se basa en:

i) un cálculo del grado de envoltura de cada uno de los átomos de no hidrógeno de la estructura de anillo por átomos no hidrógeno del receptor; y

ii) el uso de un parámetro que corresponde a un cierto número de moléculas de agua en una primera envuelta de la estructura de anillo, o en una segunda envuelta de la estructura de anillo o en una combinación de la primera envuelta y la segunda envuelta; y

cuantificar al menos un componente de la afinidad de unión entre el ligando y la molécula de receptor en base a la clasificación de la estructura de anillo, en donde dicha cuantificación comprende calcular una afinidad de unión inicial y luego ajustar la afinidad de unión inicial por un factor obtenido en base a la clasificación de la estructura de anillo.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/US2008/063364.

Solicitante: SCHRÖDINGER, LLC.

Nacionalidad solicitante: Estados Unidos de América.

Dirección: 120 WEST FORTY-FIFTH STREET 29TH FLOOR, TOWER 45 NEW YORK, NY 10036-4041 ESTADOS UNIDOS DE AMERICA.

Inventor/es: FRIESNER,RICHARD A, MURPHY,ROBERT.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • G06F19/00 SECCION G — FISICA.G06 COMPUTO; CALCULO; CONTEO.G06F TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS (computadores en los que una parte del cálculo se efectúa hidráulica o neumáticamente G06D, ópticamente G06E; sistemas de computadores basados en modelos de cálculo específicos G06N). › Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas (G06F 17/00  tiene preferencia; sistema o métodos de procesamiento de datos especialmente adaptados para propósitos administrativos, comerciales, financieros, de gestión, supervisión o predicción G06Q).

PDF original: ES-2615179_T3.pdf

 

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