Puntuación de afinidad de unión con penalización para la rotura de la conjugación entre grupos de ligandos aromáticos.

Un método implemento por ordenador de la puntuación de afinidad de unión de una molécula de ligando propuesto por un receptor conocido,

que es una proteína, método que usa un ordenador y datos almacenados en el ordenador, comprendiendo el método,

a. recibir, por uno o más ordenadores, datos que representan una o más moléculas de ligando propuesto a puntuar,

b. recibir, por uno o más ordenadores, datos que representan una estructura predicha de un complejo entre un receptor y la molécula de ligando propuesto,

c. puntuar la afinidad de unión del ligando propuesto por un método que comprende usar los datos de a. y b. en i. análisis informático de los datos de la molécula de ligando propuesto para determinar si el ligando incluye al menos un resto conjugado π que tiene múltiples geometrías posibles, estando una de las geometrías caracterizada por menos deslocalización de electrones a través del resto conjugado π que la deslocalización de electrones que caracteriza otra de las geometrías,

ii. análisis informático de la estructura ligando-receptor predicha que incluye determinar si el ligando en la estructura de ligando-receptor adopta la geometría caracterizada por menos deslocalización,

iii. si es así, incluir en la puntuación una penalización para la reducida deslocalización de electrones en los restos conjugados π, en donde la magnitud de la penalización es una cantidad que refleja la reducción de la deslocalización de electrones entre la configuración del ligando propuesto cuando se compleja con el receptor y la deslocalización de una configuración sin complejar, más deslocalizada, del ligando propuesto,

en cuya etapa c. i. incluye determinar si el ligando incluye una o más trayectorias de enlace giratorio que conectan dos restos químicos que son capaces de la significativa deslocalización de electrones π entre los grupos a través del enlace giratorio.