Sondas y procedimientos para el tipado del virus de la hepatitis C usando análisis multidimensional de sondas.
Un procedimiento en tubo cerrado para determinar el tipo y la carga vírica de un virus de la hepatitis C (VHC) en una muestra,
si está presente, comprendiendo el procedimiento
a) amplificar una porción del genoma de VHC de la muestra en una reacción de RT-PCR asimétrica, produciendo de este modo al menos un amplicón;
b) determinar la carga vírica del VHC en la muestra controlando una velocidad de acumulación del amplicón y correlacionando la velocidad de acumulación de amplicón con la carga vírica, en el que el control se realiza usando una sonda de cuantificación de amplicón;
c) hibridar el amplicón con al menos una primera sonda y una segunda sonda, para formar al menos dos complejos de hibridación diana, en el que:
i) cada sonda es complementaria o parcialmente complementaria a una secuencia de nucleótidos dentro de un genoma de VHC;
ii) la secuencia de nucleótidos dentro del genoma de VHC muestra heterogeneidad de secuencia entre al menos dos tipos de VHC;
iii) complejos de hibridación que comprenden dicha primera sonda y dicha secuencia de nucleótidos tienen una propiedad de hibridación distintiva que diferencia al menos dos tipos de VHC; y
iv) complejos de hibridación que comprenden dicha segunda sonda y dicha secuencia de nucleótidos tienen una propiedad de hibridación distintiva que diferencia al menos dos tipos de VHC, en el que la propiedad de hibridación distintiva de la etapa iv) es la misma que la propiedad de hibridación distintiva de la etapa iii), y los al menos dos tipos de virus diferenciados por la primera sonda son diferentes de los al menos dos tipos de VHC diferenciados por la segunda sonda;
d) medir la propiedad de hibridación distintiva de los complejos de hibridación diana para generar un perfil de hibridación para cada complejo de hibridación;
e) comparar los perfiles de hibridación entre sí en un análisis multidimensional para generar un perfil compuesto; y
f) correlacionar dicho perfil compuesto con uno de al menos cinco tipos de VHC, en el que una asignación de un tipo de VHC se realiza considerando dichos complejos de hibridación que comprenden dicha primera sonda y dicha segunda sonda,
en el que la sonda de cuantificación de amplicón está diseñada para ser complementaria a la cadena de amplicón limitante y las sondas de tipado de VHC están diseñadas para ser complementarias a la cadena de amplicón en exceso abundante.
Tipo: Patente Europea. Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: E06013294.
Solicitante: F. HOFFMANN-LA ROCHE AG.
Nacionalidad solicitante: Suiza.
Dirección: GRENZACHERSTRASSE 124 4070 BASEL SUIZA.
Inventor/es: GUPTA, AMAR, WILL, STEPHEN GORDON.
Fecha de Publicación: .
Clasificación Internacional de Patentes:
- C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA. › C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA. › C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.
- C12Q1/70 C12Q 1/00 […] › en los que intervienen virus o bacteriófagos.
PDF original: ES-2630186_T3.pdf
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