Procedimientos para la síntesis de ácidos nucleicos funcionalizados.

Un proceso para la preparación de fosforotiotriésteres de estructura IIIc que comprende las etapas de:

i) hacer reaccionar un H-fosfonato de estructura lc con un reactivo de sililación para proporcionar un sililoxifosfonato;

ii) hacer reaccionar el sililoxifosfonato con un reactivo de bis(tiosulfonato) de estructura IVc para proporcionar un fosforotiotriéster que comprende un grupo tiosulfonato de estructura Vc;

iii) hacer reaccionar el fosforotiotriéster que comprende un grupo tiosulfonato de estructura Vc con un nucleófilo de estructura VIc para proporcionar los fosforotriotriésteres de estructura IIIc;

en la que,

el H-fosfonato de estructura lc tiene la siguiente estructura:**Fórmula**

en la que,

W se selecciona independientemente de O, S, NH o CH2;

R3 es -OH, -SH, -NRdRd, -N3, halógeno, hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y1-, alquenilo-Y1-, alquinilo-Y1-, arilo-Y1-, heteroarilo-Y1-, -P(O)(Re)2,, -HP(O)(Re), -ORa o -SRc;

Y1 es O, NRd, S o Se;

Ra es un grupo bloqueante;

Rc es un grupo bloqueante;

cada instancia de Rd es independientemente hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, acilo, sililo sustituido, carbamato, -P(O)(Re)2 o -HP(O)(Re);

cada instancia de Re es independientemente hidrógeno, alquilo, arilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y2-, alquenilo- Y2-, alquinilo-Y2-, arilo-Y2- o heteroarilo-Y2-, o un catión que es Na+1, Li+1 o K+1;

cada instancia de R4 es independientemente hidrógeno, -OH, -SH, -NRdRd, -N3, halógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y1-, alquenilo-Y1-, alquinilo-Y1-, arilo-Y1-, heteroarilo-Y1-, -ORb o -SRc, y Rb es un grupo bloqueante;

cada instancia de Ba es independientemente una adenina, citosina, guanina, timina, uracilo o base nitrogenada modificada, bloqueada o no bloqueada;

Y2 es O, S o NRd en la que Rd es hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, acilo, sililo sustituido o carbamato; R5 es hidrógeno, un grupo bloqueante, un resto de unión conectado a un soporte sólido o un resto de unión conectado a un ácido nucleico; y

n es entre 1 y aproximadamente 200; y

el reactivo de bis(tiosulfonato) de estructura IVc tiene la siguiente estructura:**Fórmula**

en la que,

X es alquileno, alquenileno, arileno o heteroarileno;

cada R6 es independientemente alquilo, cicloalquilo, arilo o heteroarilo;

el nucleófilo de estructura VIc tiene la siguiente estructura:

R7-SH, en la que R7 se selecciona de alquilo, alquenilo, arilo, heterociclo, aminoalquilo o (heterociclo)alquilo;

y los fosforotiotriésteres de estructura IIIc tienen la siguiente estructura:**Fórmula**

en la que,

W se selecciona independientemente de O, S, NH o CH2;

R es R7-S-S-X-;

R7 es alquilo, alquenilo, arilo, heterociclo, aminoalquilo o (heterociclo)alquilo;

X es alquileno, alquenileno, arileno o heteroarileno;

R3 es -OH, -SH, -NRdRd, -N3, halógeno, hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y1-, alquenilo-Y1-, alquinilo-Y1-, arilo-Y1-, heteroarilo-Y1-, -P(O)(Re)2,, -HP(O)(Re), -ORa o -SRc;

Y1 es O, NRd, S o Se;

Ra es un grupo bloqueante;

Rc es un grupo bloqueante;

cada instancia de Rd es independientemente hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, acilo, sililo sustituido, carbamato, -P(O)(Re)2 o -HP(O)(Re);

cada instancia de Re es independientemente hidrógeno, alquilo, arilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y2-, alquenilo- Y2-, alquinilo-Y2-, arilo-Y2- o heteroarilo-Y2-, o un catión que es Na+1, Li+1 o K+1;

cada instancia de R4 es independientemente hidrógeno, -OH, -SH, -NRdRd, -N3, halógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, alquilo-Y1-, alquenilo-Y1-, alquinilo-Y1-, arilo-Y1-, heteroarilo-Y1-, -ORb o -SRc, y Rb es un grupo bloqueante;

cada instancia de Ba es independientemente una adenina, citosina, guanina, timina, uracilo o base nitrogenada modificada, bloqueada o no bloqueada;

Y2 es O, S o NRd en la que Rd es hidrógeno, alquilo, alquenilo, alquinilo, arilo, acilo, sililo sustituido o carbamato;

R5 es hidrógeno, un grupo bloqueante, un resto de unión conectado a un soporte sólido o un resto de unión conectado a un ácido nucleico;

n es entre 1 y aproximadamente 200; y

en la que los enlaces de fósforo del H-fosfonato de estructura Ic, el fosforotiotriéster que comprende un grupo tiosulfonato de estructura Vc, y los fosforotiotriésteres de estructura IIIc pueden comprender opcionalmente enlaces de fósforo no estereoaleatorios.