Genotipado a base de secuencias en base a ensayos de ligación a oligonucleótidos.

Procedimiento para la determinación de una secuencia de nucleótidos diana en una muestra que comprende las etapas de:



(a) proporcionar para cada secuencia de nucleótidos diana (T) una primera sonda (P1) y una segunda sonda (P2), en el que la primera sonda comprende una primera sección específica de diana (TS1) y una primera sección etiqueta (TAG1) que es no complementaria a la secuencia de nucleótidos diana y que comprende opcionalmente una primera secuencia de unión a cebador (PBS1), en el que la primera sección etiqueta comprende una primera secuencia de reconocimiento (RE1) para una primera endonucleasa de restricción;

en el que la segunda sonda comprende una segunda sección específica de diana (TS2) y una segunda sección etiqueta (TAG2) que es no complementaria a la secuencia de nucleótidos diana y que comprende una segunda secuencia de unión a cebador (PBS2) opcional, en el que la segunda sección etiqueta comprende una segunda secuencia de reconocimiento (RE2) para una segunda endonucleasa de restricción;

(b) permitir que la primera y segunda sección específica de diana de la respectiva primera y segunda sonda se hibriden con la secuencia diana;

(c) ligar la primera y segunda sonda cuando las secciones específicas de diana respectivas de las sondas se hibridan con secciones esencialmente adyacentes en la secuencia diana para proporcionar sondas ligadas (LP);

(d) opcionalmente amplificar las sondas ligadas con un primer cebador opcional y/o un segundo cebador opcional para proporcionar amplicones (A);

(e) restringir las sondas ligadas o amplicones con la primera y/o segunda endonucleasa de restricción para proporcionar sondas ligadas restringidas (RLP) o amplicones restringidos (RA), ligar un primer y/o un segundo adaptador que contiene un identificador de base adaptador (AD ID1, AD ID2) a las sondas ligadas restringidas (RLP) o amplicones restringidos (RA);

(f) someter las sondas ligadas restringidas (RLP) ligadas a adaptador o amplicones restringidos (RA) ligados a adaptador a tecnología de secuenciación de alto rendimiento para determinar al menos parte de la secuencia de nucleótidos de las sondas ligadas restringidas o amplicones restringidos

(g) identificar la presencia, ausencia o cantidad de la secuencia de nucleótidos diana en la muestra.

Tipo: Patente Internacional (Tratado de Cooperación de Patentes). Resumen de patente/invención. Número de Solicitud: PCT/NL2012/050493.

Solicitante: KEYGENE N.V..

Nacionalidad solicitante: Países Bajos.

Dirección: P.O. BOX 216 6700 AE WAGENINGEN PAISES BAJOS.

Inventor/es: VAN EIJK,MICHAEL,JOSEPHUS,THERESIA, HOGERS,RENE,CORNELIS,JOSEPHUS.

Fecha de Publicación: .

Clasificación Internacional de Patentes:

  • C12Q1/68 QUIMICA; METALURGIA.C12 BIOQUIMICA; CERVEZA; BEBIDAS ALCOHOLICAS; VINO; VINAGRE; MICROBIOLOGIA; ENZIMOLOGIA; TECNICAS DE MUTACION O DE GENETICA.C12Q PROCESOS DE MEDIDA, INVESTIGACION O ANALISIS EN LOS QUE INTERVIENEN ENZIMAS, ÁCIDOS NUCLEICOS O MICROORGANISMOS (ensayos inmunológicos G01N 33/53 ); COMPOSICIONES O PAPELES REACTIVOS PARA ESTE FIN; PROCESOS PARA PREPARAR ESTAS COMPOSICIONES; PROCESOS DE CONTROL SENSIBLES A LAS CONDICIONES DEL MEDIO EN LOS PROCESOS MICROBIOLOGICOS O ENZIMOLOGICOS. › C12Q 1/00 Procesos de medida, investigación o análisis en los que intervienen enzimas, ácidos nucleicos o microorganismos (aparatos de medida, investigación o análisis con medios de medida o detección de las condiciones del medio, p. ej. contadores de colonias, C12M 1/34 ); Composiciones para este fin; Procesos para preparar estas composiciones. › en los que intervienen ácidos nucleicos.

PDF original: ES-2556580_T3.pdf

 

Genotipado a base de secuencias en base a ensayos de ligación a oligonucleótidos.

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