Métodos para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama.

Método in vitro para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama,

caracterizado porque dicho método comprende:

(a) determinar una medida para el nivel de expresión de CXXC5 en un tumor o una biopsia tumoral o muestra que contiene células neoplásicas de dicha paciente,

(b) clasificar dicha paciente como perteneciente o bien a un primer grupo o bien a un segundo grupo de pacientes, en el que dicho primer grupo de pacientes tiene niveles de expresión de CXXC5 menores que dicho segundo grupo de pacientes, y en el que el primer grupo de pacientes se clasifica como que tiene una probabilidad aumentada de supervivencia en comparación con dicho segundo grupo de pacientes.

Campo de la invención

La presente invención se refiere a un método in vitro para determinar un pronóstico de supervivencia para una

paciente con cáncer de mama.

Antecedentes de la invención

La identificación de genes específicamente desregulados en células tumorales podría sacar a la luz nuevos supresores tumorales y oncogenes con posibles aplicaciones clínicas en diagnóstico, pronóstico y terapéutica. En la solicitud PCT en tramitación junto con la presente del solicitante, PCT/N9/214 se describe un nuevo gen de retinoides diana, CXXC5, que codifica para un factor nuclear que se ha caracterizado funcionalmente por primera vez y se denominó RINF (factor nuclear inducible por retinoides).

Esos datos indican que RINF (CXXC5) desempeña un papel esencial durante la hematopoyesis humana in vitro. En efecto, estudios de expresión y experimentos de silenciamiento génico demuestran ambos la implicación de RINF durante la diferenciación terminal de células de leucemia mieloide (líneas celulares NB4 y HL6), pero también durante la mielopoyesis de células progenitoras hematopoyéticas normales (células CD34+ de médula ósea). De acuerdo con su papel esencial durante la diferenciación mieloide terminal y su localización en el cromosoma 5q31.3, una región delecionada a menudo en la leucemia mieloide (leucemia mieloide aguda y mielodisplasia), también se ha sugerido RINF como candidato a supresor tumoral prometedor en ese locus en algunos tumores malignos mieloides.

CXXC5 / RINF se conoce a partir de Katoh Masuko et al., Internat. J. Oncol. vol. 25, 24, págs. 1193-1199. Este documento menciona que CXXC5 es un parálogo de CXXC4, y perteneciente a una familia de proteínas implicadas en carcinogénesis y diferenciación. Sin embargo, no se da a conocer el uso de CXXC5 en la provisión de un pronóstico de una paciente con cáncer de mama.

También se conocen ejemplos para el uso de un gen marcador de diagnóstico para cáncer. Por ejemplo, Rochefort et al., Cáncer Metástasis, vol. 9, 199, págs. 321-331 dan a conocer catepsina D como marcador de diagnóstico para cáncer de mama. Sin embargo, de nuevo no se da a conocer el uso de CXXC5 en la provisión de un pronóstico de una paciente con cáncer de mama.

Dado que la expresión de RINF no se limita al tejido hematopoyético y también puede estar implicada en el desarrollo y/o la homeostasis de otros tejidos, se ha investigado la expresión de RINF en algunos tumores sólidos derivados de diferentes tejidos.

Se ha mostrado en la solicitud PCT en tramitación junto con la presente del solicitante, PCT/N9/214 que este gen podría tener una expresión desregulada en algunos tejidos malignos en comparación con sus tejidos normales de origen. En efecto, se examinó la expresión de ARNm de RINF en muestras de tumor sólido de pacientes que presentan cáncer de mama, y la expresión de RINF era significativamente mayor en tumores de mama en comparación con controles de tejidos de mama normales.

Sumario de la invención

Se ha encontrado ahora sorprendentemente que el nivel de expresión de CXXC5 se correlaciona con la supervivencia de pacientes con cáncer de mama.

Por tanto, la presente invención se refiere a métodos para determinar el pronóstico de supervivencia.

Descripción detallada de la invención

Un primer aspecto de la presente invención se refiere a un método in vitro para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama según la reivindicación 1. El método comprende:

(a) determinar una medida para el nivel de expresión de CXXC5 en un tumor, o una biopsia tumoral o muestra que contiene células neoplásicas de dicha paciente,

(b) clasificar dicha paciente como perteneciente o bien a un primer grupo o bien a un segundo grupo de pacientes, en el que dicho primer grupo de pacientes tiene niveles de expresión de CXXC5 menores que dicho segundo grupo de pacientes, y en el que el primer grupo de pacientes se clasifica como que tiene una probabilidad aumentada de supervivencia en comparación con dicho segundo grupo de pacientes.

En una realización preferida, dicha medida para el nivel de expresión de CXXC5 se determina mediante la cuantificación de la expresión de ARNm que codifica para una proteína RINF, o una cuantificación de un ácido nucleico que comprende la secuencia de SEQ ID NO 1 o SEQ ID NO 2.

En una realización preferida, el nivel de expresión de RINF se determina mediante RT-PCR cuantitativa. La RT-PCR cuantitativa puede usar sondas de hidrólisis que seleccionan como diana SEQ ID NO 1 o SEQ ID NO 2 para determinar la expresión de CXXC5, y preferiblemente dicha RT-PCR usa cebadores que amplifican los exones 3 y 4, o los exones 1 y 2 de SEQ ID NO 3.

Preferiblemente, los cebadores para la detección de SEQ ID NO 1 ó 2 son 5-tccgctgctctggagaag-3, 5-cacacgagcagtgacattgc-3 y 6-FAM-aacccaaagctgccctctcc-BBQ.

Cebadores para la detección de rpP2 son 5-atgcgctacgtcgcc-3, 5-ttaatcaaaaaggccaaatcccat-3 y Cy5-agctgaatggaaaaaacattgaagacgtc-BBQ.

El nivel de expresión de CXXC5 puede determinarse basándose en la expresión relativa de CXXC5 normalizada con respecto a la expresión del gen rpP2.

Preferiblemente, la amplificación por PCR se lleva a cabo mediante una desnaturalización inicial a 95°C durante 5 min, y luego las muestras se hacen pasar por 44 ciclos de las siguientes condiciones: desnaturalización durante 1 segundos a 95°C y elongación durante 2 segundos a 55°C.

En una realización adicional, el nivel de expresión de CXXC5 se determina de manera inmunoquímica basándose en un anticuerpo. Dicho anticuerpo puede ser un anticuerpo policlonal, y es más preferiblemente un anticuerpo monoclonal. Preferiblemente, dicho anticuerpo interacciona con un epítopo de una protema o secuencia de proteína de SEQ ID NO 3, y más preferiblemente dicho anticuerpo interacciona con los aminoácidos 45-48 de SEQ ID NO 3.

En una realización adicional, la expresión de CXXC5 se mide mediante un alineamiento de ADN o ARN.

Se identifica un método que comprende además una etapa (c);

(c) clasificar dicha paciente como perteneciente o bien a un primer grupo o bien a un segundo grupo de pacientes, en el que dicho primer grupo de pacientes que tiene niveles de expresión de CXXC5 menores que el nivel de referencia se clasifica como que tiene una probabilidad aumentada de supervivencia en comparación con dicho segundo grupo de pacientes que tiene niveles de expresión de CXXC5 mayores que el nivel de referencia.

Un aspecto adicional se refiere a un método para monitorizar la eficacia de un ciclo de tratamiento para una paciente con cáncer de mama, en el que dicho método comprende:

(a) determinar a nivel de expresión de CXXC5 en una muestra biológica de dicha paciente antes del tratamiento, y

(b) determinar el nivel de expresión de CXXC5 en una muestra que contiene células neoplásicas de dicha paciente tras el tratamiento, mediante lo cual la comparación del nivel de expresión de CXXC5 antes del tratamiento con el nivel de expresión de CXXC5 tras el tratamiento indica la eficacia de dicho tratamiento, en el que una disminución en el nivel de expresión de RINF tras el tratamiento indica que el tratamiento es eficaz frente a dicho cáncer de mama.

Otro aspecto se refiere a un uso según cualquiera de las reivindicaciones de método, en el que se usa al menos un elemento de detección para CXXC5 en un kit para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama.

Un aspecto adicional se refiere a un kit para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama, caracterizado porque dicho kit comprende compuestos que pueden detectar el nivel de expresión de CXXC5 en una muestra biológica.

A continuación se indican realizaciones preferibles para los aspectos anteriores (independientemente para cada aspecto):

- dicha muestra biológica es un tumor, o una biopsia tumoral o muestra que contiene células neoplásicas.

- dicha medida para el nivel de expresión de CXXC5 se determina mediante la cuantificación de la expresión de ARNm que codifica para una proteína CXXC5, o una cuantificación de un ácido nucleico que comprende la secuencia de SEQ ID NO 1 o SEQ ID NO 2, o un fragmento funcional o variante del mismo, o una secuencia de ADN aislada funclonalmente equivalente que puede hlbrldarse con el mismo.

- el nivel de expresión de CXXC5 con relación a dicho nivel de referencia se usa para determinado un ciclo de tratamiento apropiado para dicha paciente.

- el nivel de expresión de CXXC5 se determina mediante RT-PCR cuantitativa. Más preferiblemente, dicha RT-PCR... [Seguir leyendo]

1. Método in vitro para determinar un pronóstico de supervivencia para una paciente con cáncer de mama, caracterizado porque dicho método comprende:

(a) determinar una medida para el nivel de expresión de CXXC5 en un tumor o una biopsia tumoral o muestra que contiene células neoplásicas de dicha paciente,

(b) clasificar dicha paciente como perteneciente o bien a un primer grupo o bien a un segundo grupo de

pacientes, en el que dicho primer grupo de pacientes tiene niveles de expresión de CXXC5 menores que

dicho segundo grupo de pacientes, y en el que el primer grupo de pacientes se clasifica como que tiene una probabilidad aumentada de supervivencia en comparación con dicho segundo grupo de pacientes.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dicha medida para el nivel de expresión de CXXC5 se

determina mediante la cuantificación de la expresión de ARNm que codifica para una proteína CXXC5.

3. Método según la reivindicación 2, en el que dicha medida para el nivel de expresión de CXXC5 se determina mediante la cuantificación de ARNm que comprende la secuencia de SEQ ID NO 1 o SEQ ID NO 2.

4. Método según la reivindicación 1, en el que el nivel de expresión de CXXC5 se determina mediante RT- PCR cuantitativa.

5. Método según la reivindicación 4, en el que dicha RT-PCR usa cebadores que amplifican los exones 3 y 4,

o los exones 1 y 2 de SEQ ID NO 3.

6. Método según la reivindicación 1, en el que el nivel de expresión de CXXC5 se determina de manera inmunoquímica mediante un anticuerpo.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en el que la expresión de CXXC5 se mide

mediante un alineamiento de ADN o ARN.