Diagnosis de cáncer de mama, y otros tipos de cáncer, de tipo basal primario y metastásico.

Un método de clasificación teranóstica, que proporciona información relativa al diagnóstico,

el pronóstico y la optimización del tratamiento de un tumor de cáncer de mama, método que comprende:

- determinar un estatus de expresión de ER, PR y HER2 de una muestra de tumor de cáncer de mama;

- detectar un nivel de expresión de FOXC1 a partir de la muestra de tumor de cáncer de mama;

- comparar el nivel de expresión de FOXC1 con un nivel de corte predeterminado; y

- clasificar la muestra de tumor de cáncer de mama como perteneciente a un subtipo de tumor de cáncer de mama híbrido de tipo basal/triple negativo teranóstico cuando el estatus de expresión de ER es negativo (ER-), el estatus de expresión de PR es negativo (PR-), el estatus de expresión de HER2 es negativo (HER2-) y el nivel de expresión de FOXC1 es superior a un nivel de corte predeterminado, donde el nivel de corte predeterminado se determina mediante un nivel de percentil 90 de los niveles de expresión de FOXC1 correspondientes a un conjunto de datos de tumores de cáncer de mama, comprendiendo el conjunto de datos todos los subtipos de cáncer de mama.

Diagnosis de cáncer de mama, y otros tipos de cáncer, de tipo basal primario y metastásico

Reivindicación de prioridad

La presente solicitud reivindica prioridad sobre la Solicitud de Patente Provisional de EE.UU. nº 61/231.984, presentada el 6 de agosto de 2009. 5

Antecedentes La diversidad de alteraciones moleculares, composiciones celulares y resultados clínicos en el cáncer supone un importante reto en el tratamiento del cáncer en relación a proporcionar información diagnóstica, prognóstica y predictiva precisa. Habitualmente los tumores se describen histopatológicamente usando el sistema tumor-nodo-metástasis (TNM) . Este sistema, que usa el tamaño del tumor, la presencia o la ausencia de tumor en nodos 10 linfáticos regionales, y la presencia o la ausencia de metástasis distante, asigna un estadio al tumor según describe el "American Joint Committee on Cancer" (AJCC) . El estadio asignado se usa como base para el pronóstico y para la selección de la terapia apropiada. Sin embargo, dicha estrategia presenta muchas limitaciones. Tumores que tienen un estadio TNM similar y una apariencia histopatológica similar pueden exhibir una variabilidad significativa en términos de evolución clínica y respuesta a la terapia. Por ejemplo, algunos tumores son muy agresivos mientras 15 que otros no lo son. Algunos tumores responden fácilmente a la terapia hormonal o a la quimioterapia mientras que otros se muestran resistentes.

El uso de biomarcadores ha proporcionado una estrategia adicional para dividir determinados tipos de tumor en subclases. Por ejemplo, un factor considerado en el pronóstico y en las decisiones de tratamiento para el cáncer de mama es la presencia o la ausencia del receptor de estrógenos (ER, del inglés "estrogen receptor") en muestras 20 tumorales. Los cánceres de mama positivos en ER típicamente responden mucho más fácilmente a terapias hormonales, tales como tamoxifeno, que los tumores negativos en ER. Aunque útil, este biomarcador proporciona información solo para un subconjunto específico de cánceres de mama, no abordando el resto de subconjuntos.

La determinación del perfil de expresión de genes ha tenido éxito en delinear subtipos moleculares intrínsecos de cáncer de mama específicos (Perou et al. 2000) . Esto representa un avance significativo en la comprensión del 25 cáncer de mama, el cáncer más comúnmente diagnosticado en mujeres en todo el mundo (Landis et al., 1999) y una enfermedad que ha demostrado ser bastante heterogénea en términos de presentación clínica y características. Ahora se ha descubierto que grupos de pacientes de cáncer de mama con diferencias distintivas en sus perfiles pronósticos tienen perfiles biológicos y/o moleculares igualmente distintos para ayudar a explicar sus resultados clínicos asociados. Esto ofrece una oportunidad tremenda de desarrollo de terapias personalizadas dirigidas a una 30 biología tumoral específica asociada a un subtipo molecular específico de cáncer de mama. Un subtipo molecular particular que ha cosechado un interés considerable es el cáncer de mama de tipo basal (BLBC, del inglés "basal-like breast cáncer") .

Aunque publicado por primera vez hace más de 20 años en base a la detección inmunohistoquímica (IHC) de citoqueratinas (CK) basales, este subtipo volvió a cobrar relevancia después de que un análisis transcriptómico de 35 cáncer de mama confirmara su existencia como entidad molecular diferenciada dentro del cáncer de mama. Aunque difiere sustancialmente de otros subtipos moleculares delineados en términos de su constitución molecular, la razón por la cual ha atraído la atención de biólogos y médicos que trabajan con cáncer por igual subyace en el uniformemente mal pronóstico y en la carencia de opciones terapéuticas dirigidas. El BLBC presenta un solapamiento significativo con el cáncer de mama "triple-negativo" - una entidad patológica definida en base a la 40 ausencia de biomarcadores de cáncer de mama bien conocidos, receptor de estrógeno (ER) , receptor de progesterona (PR) y receptor-2 de factor de crecimiento epidérmico humano (HER2) . Se estima que entre el 60% y el 90% de los cánceres de mama triple-negativo son BLBC. Sin embargo, BLBC no es sinónimo de cáncer de mama triple-negativo. Las pacientes con BLBC a menudo son más jóvenes, y tienen mayor probabilidad de ser descendientes afroamericanas (Carey et al. 2006; Ihemelandu et al. 2007; Ihemelandu et al. 2008) , tienen mayor 45 probabilidad de tener una mutación BRCA1 positiva (Rakha et al. 2009) , frecuentemente desarrollan una enfermedad metastásica distante en el cerebro y/o el pulmón a los 3-5 años de la presentación inicial (Wang et al. 2005) y tienen una baja supervivencia global (Carey et al. 2005) . De hecho, el desarrollo de enfermedad metastásica distante y la posterior muerte parecen ser independientes del estatus nodal de presentación inicial, ya que la mayoría de las pacientes dan negativo en nodos linfáticos en el momento de su diagnóstico inicial (Dent et al. 2007) . 50

En la actualidad los biomarcadores más efectivos en la práctica clínica rutinaria son los biomarcadores teranósticos. Los biomarcadores teranósticos proporcionan información relativa a la diagnosis (determinación del subtipo biológico de cáncer) , la prognosis (determinación del resultado clínico) y la predicción terapéutica (determinación de la eficacia terapéutica) . Los biomarcadores teranósticos son principalmente funcionalmente centrales y pivotales en el entramado de biomoléculas que controlan la biología de su subtipo biológico específico. Por tanto, la terapia dirigida 55 hacia un biomarcador teranóstico tiene un efecto profundo sobre los resultados clínicos.

En el cáncer de mama, un ejemplo de biomarcador teranóstico es el ER. Éste diagnostica con precisión pacientes de cáncer de mama "luminales" (positivos en ER) , pronostica con precisión su evolución y predice su respuesta favorable al tamoxifeno, un fármaco dirigido específicamente a ER. Antes de la introducción de la terapia de tamoxifeno, los pacientes de cáncer de mama positivos en ER presentaban una prognosis mala. Su prognosis mejoró drásticamente cuando la terapia con tamoxifeno se hizo estándar para dichos pacientes. Por tanto, el 5 componente más importante de un biomarcador teranóstico es la diagnosis que ofrece. Puesto que con la diagnosis viene la predicción de la eficacia terapéutica, que finalmente determina el pronóstico del paciente. Aunque el pronóstico puede cambiar dependiendo de avances en la terapia, la diagnosis de un subtipo biológico, y por tanto de su (s) diana (s) terapéutica (s) , seguirá inmutable. Además, el pronóstico ofrecido por un biomarcador teranóstico es más preciso que el ofrecido por un biomarcador no teranóstico. Esto es debido a que los biomarcadores teranósticos 10 predicen resultados clínicos que son muy específicos de la biología del subtipo de cáncer. Por ejemplo, el estatus de positivo en ER refleja muy específicamente el pronóstico favorable actual asociado solo al subtipo luminal, ya que tiene en cuenta el tratamiento específico de subtipo con terapia anti-ER (p.ej., tamoxifeno) . Por lo tanto, los biomarcadores teranósticos ofrecen una prognosis superior.

Las tecnologías de obtención del perfil genómico completo, tales como la determinación del perfil de expresión 15 génica (transcriptómica) , han expandido enormemente nuestro conocimiento de los genes y las rutas genéticas asociadas con el desarrollo y la progresión del cáncer. En base a este conocimiento, varios ensayos prognósticos multigén comercializados han entrado en el complejo panorama en expansión del mercado de diagnosis in vitro de cáncer (IVD, del inglés "in vitro diagnostics") . Estos ensayos contienen muchos genes, de los cuales solo algunos tienen realmente una importancia funcional crítica para la supervivencia y el mantenimiento del fenotipo maligno. 20 Dichos ensayos son incapaces de ofrecer una comprensión refinada de la biología subyacente de un subtipo específico. En otras palabras, la principal desventaja de dichos ensayos prognósticos multigén es que no son teranósticos. No proporcionan una diagnosis de un subtipo biológico específico, y por tanto no ofrecen información con respecto al tratamiento específico de subtipo. Como resultado, el valor prognóstico que ofrecen es tan solo una aproximación entre los múltiples subtipos. Esto es lo contrario con un biomarcador teranóstico, cuyo valor 25 prognóstico deriva de un único subtipo, y por tanto es más certero y preciso.

Por lo tanto, el descubrimiento y la elucidación de biomarcadores teranósticos para BLBC y otros cánceres son importantes para mejorar la clasificación de tumores y el tratamiento... [Seguir leyendo]

1. Un método de clasificación teranóstica, que proporciona información relativa al diagnóstico, el pronóstico y la optimización del tratamiento de un tumor de cáncer de mama, método que comprende:

- determinar un estatus de expresión de ER, PR y HER2 de una muestra de tumor de cáncer de mama;

- detectar un nivel de expresión de FOXC1 a partir de la muestra de tumor de cáncer de mama; 5

- comparar el nivel de expresión de FOXC1 con un nivel de corte predeterminado; y - clasificar la muestra de tumor de cáncer de mama como perteneciente a un subtipo de tumor de cáncer de mama híbrido de tipo basal/triple negativo teranóstico cuando el estatus de expresión de ER es negativo (ER-) , el estatus de expresión de PR es negativo (PR-) , el estatus de expresión de HER2 es negativo (HER2-) y el nivel de expresión de FOXC1 es superior a un nivel de corte predeterminado, donde el nivel de corte predeterminado 10 se determina mediante un nivel de percentil 90 de los niveles de expresión de FOXC1 correspondientes a un conjunto de datos de tumores de cáncer de mama, comprendiendo el conjunto de datos todos los subtipos de cáncer de mama.

2. Un método para predecir un pronóstico de un cáncer de mama de tipo basal, método que comprende:

- detectar un nivel de expresión de FOXC1 en una muestra de tumor de cáncer de mama; 15

- comparar el nivel de expresión de FOXC1 con un nivel de corte predeterminado; y - predecir un mal pronóstico del cáncer de mama de tipo basal si el nivel de expresión de FOXC1 es superior al nivel de corte predeterminado, donde el nivel de corte predeterminado se determina mediante un nivel de percentil 90 de los niveles de expresión de FOXC1 correspondientes a un conjunto de datos de tumores de cáncer de mama, comprendiendo el conjunto de datos todos los subtipos de cáncer de mama. 20

3. El método de la reivindicación 1 ó 2, donde la muestra de tumor de cáncer de mama es una muestra embebida en parafina y fijada con formalina (FFPE) .

4. El método de la reivindicación 3, donde el nivel de expresión de FOXC1 se determina mediante reacción en cadena de polimerasa de transcriptasa inversa cuantitativa (qRT-PCR) o mediante un ensayo Quantigene® FFPE.

5. El método de la reivindicación 2, donde el pronóstico es supervivencia global o supervivencia libre de recurrencia. 25

6. El método de la reivindicación 2, donde el pronóstico es una propensión a desarrollar una metástasis distante o un tiempo para metástasis distante.

7. El método de la reivindicación 6 donde la metástasis distante es metástasis cerebral.

8. El método de la reivindicación 2, donde el pronóstico es una propensión a resistencia a una terapia dirigida contra el cáncer. 30

9. El método de la reivindicación 8, donde la terapia dirigida es una sustancia que inhibe la expresión y/o la actividad de HER2.

10. El método de la reivindicación 9, donde la sustancia es trastuzumab (Herceptin®) .

11. El método de la reivindicación 8, donde la terapia dirigida es una sustancia que inhibe la expresión y/o la actividad de ER. 35

12. El método de la reivindicación 11, donde la sustancia es tamoxifeno o un inhibidor de aromatasa.