SENP1 como marcador para el cáncer.

Un método de detección de la expresión de SENP1 en una muestra biológica,

comprendiendo el método, determinar la cantidad de SENP1 y de TERT o TERC en una muestra biológica obtenida de un individuo que tiene o que se sospecha que tiene cáncer de colon.

SENP1 como marcador para el cáncer

Campo de la invención La presente invención proporciona métodos de detección de células cancerosas detectando la cantidad de SENP1 y/o de telomerasa en una muestra.

Antecedentes de la invención La mayoría de las células en el organismo humano adulto normal no se dividen. Sin embargo, las células cancerosas escapan de la regulación del crecimiento y se dividen de manera incontrolada. Para ello, deben copiar sus cromosomas incluyendo los extremos de estos cromosomas, denominados telómeros. La activación de la enzima telomerasa, que añade secuencias teloméricas a los extremos cromosómicos (revisado en Collins, K., Curr. Opin Cell Biol. 12 (2000) 378-383) , puede superar esta senescencia. Véase, Bodnar, A.G., et al., Science 279 (1998) 349-352; revisado en De Lange, T., Science 279 (1998) 334-335) . Las líneas celulares con telomerasa activa se transforman en inmortalizadas. In vivo, células previamente senescentes con telomerasa activa se convierten en tumores. La actividad telomerasa se ha detectado básicamente en todos los tipos principales de cáncer (Shay, J.W. y Bacchetti, S., Eur. J Cancer, 33 (1997) 787-791; Cong, Y.S., et al., Microbiol. Mol. Biol. Rev. 66 (2002) 407-425) . Hanahan y Weinberg señalaron la expresión de la subunidad catalítica de la telomerasa como uno de los seis eventos clave comunes del cáncer (Cell 100 (2000) 57-70) . La expresión de los genes que codifican la telomerasa (TERT y TERC) se ha propuesto como un marcador molecular para el diagnóstico, monitorización y pronóstico del cáncer.

El documento WO 2004/031412 desvela a SENP1 como uno de los 605 genes regulados negativamente en cáncer pancreático. El documento EP 1 108 789 desvela métodos para cuantificar la expresión del ARN de hTERT que es útil para el diagnóstico y pronóstico del cáncer.

El documento WO 01/22920 desvela un alto número de secuencias de polinucleótidos (4277) relacionadas con cáncer de colon y colon; sin embargo, no proporciona indicaciones sobre cuáles de las 4277 secuencias de polinucleótidos es un polinucleótido relacionado con colon y cuales es un polinucleótido relacionado con cáncer de colon. Adicionalmente, en dicho documento no se indica la sensibilidad de detección o idoneidad como marcador para el cáncer de colon para ninguna de estas secuencias de polinucleótidos.

Sin embargo, no todos los tumores de un tipo de cáncer determinado contienen niveles detectables de actividad telomerasa. Véase, por ejemplo, Shay, J.W. y Bacchetti, S. Eur. J. Cancer, 33 (1997) 787-791) ; Yan, P. et al. Cancer Res. 59 (1999) 3166-3170. Por lo tanto es importante identificar marcadores moleculares que identifiquen tumores inmortalizados por un mecanismo independiente de telomerasa.

Breve sumario de la invención La presente invención proporciona datos que demuestran que hay una asociación entre el cáncer de colon y la cantidad de expresión de SENP1. Por tanto, SENP1 proporciona un marcador útil para la detección de cáncer de 45 colon.

En algunas realizaciones, el método comprende adicionalmente obtener la muestra biológica del individuo.

En algunas realizaciones, se determina la secuencia del polinucleótido. En algunas realizaciones, la etapa de detección comprende amplificar el polinucleótido en una reacción de amplificación. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende al menos dos oligonucleótidos diferentes que comprenden una secuencia al menos 90 % idéntica a al menos 10 nucleótidos contiguos de la SEC ID Nº: 1, o un complemento de la misma, de tal manera que durante la reacción de amplificación los oligonucleótidos ceban la amplificación de al menos un fragmento de la SEC ID Nº: 1. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción de 55 amplificación cuantitativa. En algunas realizaciones, el producto de amplificación de la reacción de amplificación se detecta en una etapa que comprende hibridar un oligonucleótido marcado de manera detectable con el producto. En algunas realizaciones, el oligonucleótido marcado de manera detectable comprende un resto fluorescente. En algunas realizaciones, el oligonucleótido marcado de manera detectable comprende un resto inactivador. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación comprende una polimerasa de ácido nucleico dependiente de molde con actividad exonucleasa 5’-3’ en condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido marcado de manera detectable. En algunas realizaciones, la reacción de amplificación es una reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) . En algunas realizaciones, la reacción RT-PCR es una reacción RT-PCR cuantitativa. En algunas realizaciones, la cantidad de polinucleótido se normaliza.

En algunas realizaciones, la cantidad de SENP1 se determinada detectando un polipéptido SENP1 en la muestra. En algunas realizaciones, el polipéptido se detecta poniendo en contacto el polipéptido con un anticuerpo.

En algunas realizaciones, SENP1 se detecta detectando la actividad SENP1.

En algunas realizaciones, el método comprende adicionalmente determinar la cantidad de telomerasa en la muestra biológica. En algunas realizaciones, la telomerasa se detecta detectando la actividad telomerasa. En algunas 5 realizaciones, la actividad telomerasa se detecta detectando la elongación de un oligonucleótido que comprende dos o más repeticiones de TTAGG.

En algunas realizaciones, la telomerasa se detecta detectando un componente de telomerasa en la muestra. En algunas realizaciones, el componente es ARN de telomerasa (TERC) humana. En algunas realizaciones, el componente es proteína telomerasa transcriptasa inversa (TERT) humana. En algunas realizaciones, la telomerasa se detecta detectando ARNm de proteína telomerasa transcriptasa inversa (TERT) humana. En algunas realizaciones, el método comprende amplificar un polinucleótido de SENP1 y un polinucleótido de telomerasa en una reacción de amplificación múltiple. En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARN de telomerasa (TERC) humana. En algunas realizaciones, el polinucleótido de telomerasa es ARNm de proteína telomerasa transcriptasa inversa (TERT) humana. En algunas realizaciones, el método también comprende comparar la cantidad de SENP1 y de telomerasa en la muestra con un patrón de SENP1 y un patrón de telomerasa, respectivamente, en el que el patrón de SENP1 representa SENP1 en células no cancerosas y el patrón de telomerasa representa cantidades de telomerasa en células no cancerosas. En algunas realizaciones, los patrones son valores predeterminados.

En algunas realizaciones, el individuo es un ser humano. En algunas realizaciones, el método también comprende registrar un pronóstico para el tratamiento del cáncer y/o para la supervivencia del individuo. En algunas realizaciones, el método también comprende registrar la progresión del cáncer en el individuo.

La presente descripción también proporciona métodos para identificar un antagonista de SENP1. En algunas realizaciones, el método comprende poner en contacto una pluralidad de agentes con una célula que exprese SENP1, en el que la célula no exprese telomerasa y la célula exprese un fenotipo neoplásico, y seleccionar un agente que inhiba un fenotipo neoplásico, identificando de este modo un antagonista de SENP1. En algunas realizaciones, la célula no expresa TERT. En algunas realizaciones, el método también comprende ensayar el efecto del agente seleccionado en células cancerosas seleccionadas del grupo que consiste en, cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer de riñón, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer pancreático, y cáncer de intestino delgado. En algunas realizaciones, el fenotipo neoplásico es crecimiento celular neoplásico. En algunas realizaciones, el fenotipo neoplásico es la expresión de un polipéptido o ARN asociado con crecimiento neoplásico. En algunas realizaciones, la célula expresa de manera endógena SENP1. En algunas realizaciones, la célula comprende un casete de expresión exógeno que codifica SENP1.

La presente descripción también proporciona métodos de tratamiento de un individuo que tiene un cáncer. En algunas realizaciones, los métodos comprenden administrar a un ser humano una cantidad terapéutica de un antagonista de SENP1, en el que el individuo tiene un cáncer caracterizado por expresión aumentada de SENP1 en comparación con células no cancerosas. En algunas realizaciones, el cáncer se selecciona del grupo que consiste en cáncer de vejiga, cáncer de mama, cáncer de colon, cáncer de riñón, cáncer de pulmón, cáncer de ovario, cáncer pancreático, y cáncer de intestino delgado. En algunas... [Seguir leyendo]

1. Un método de detección de la expresión de SENP1 en una muestra biológica, comprendiendo el método,

determinar la cantidad de SENP1 y de TERT o TERC en una muestra biológica obtenida de un individuo que tiene o 5 que se sospecha que tiene cáncer de colon.

2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en el que el método comprende adicionalmente registrar un diagnóstico de cáncer de colon.

3. El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 2, en el que la cantidad de SENP1 se determina detectando un polinucleótido que codifica SENP1 en la muestra.

4. El método de acuerdo con la reivindicación 3, en el que la etapa de detección comprende amplificar el

polinucleótido en una reacción de amplificación. 15

5. El método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que la reacción de amplificación comprende al menos dos oligonucleótidos diferentes que comprenden una secuencia al menos 90 % idéntica a al menos 10 nucleótidos contiguos de la SEC ID Nº: 1, o un complemento de la misma, de tal manera que durante la reacción de amplificación los oligonucleótidos ceban la amplificación de al menos un fragmento de la SEC ID Nº: 1.

6. El método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el producto de amplificación de la reacción de amplificación se detecta en una etapa que comprende hibridar un oligonucleótido marcado de manera detectable con el producto.

7. El método de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que la reacción de amplificación comprende una polimerasa de ácido nucleico dependiente de molde con actividad exonucleasa 5’-3’ en condiciones que permiten que la polimerasa fragmente el oligonucleótido marcado de manera detectable.

8. El método de acuerdo con la reivindicación 7, en el que el método comprende adicionalmente comparar la cantidad de SENP1 y de TERT o TERC en una muestra con un patrón de SENP1 y un patrón de TERT o TERC respectivamente, en el que el patrón de SENP1 representa SENP1 en células no cancerosas y el patrón de TERT o TERC representa cantidades de TERT o TERC en células no cancerosas.

9. Un método para detectar la expresión de SENP1 de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en 35 el que la muestra biológica se selecciona del grupo que consiste en una biopsia de colon y una muestra de heces.