Predicción de la probabilidad de recidiva de cáncer.

Método de predicción de la probabilidad de supervivencia libre de enfermedad de un paciente con cáncer de mama ductal invasivo,

de ganglios negativos, positivo para ER, que comprende determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN de STMY3 en una muestra de célula o tejido de cáncer de mama obtenida del paciente, normalizado frente al nivel de expresión de un conjunto de referencia de transcritos de ARN, comparar el nivel de expresión normalizado de STMY3 del paciente con un nivel de expresión normalizado de STMY3 en un conjunto de referencia de tejido de cáncer de mama que comprende pacientes que (a) estaban vivos sin recidiva de cáncer de mama local, regional o distante, (b) estaban vivos con recidiva de cáncer de mama contralateral, (c) estaban vivos con un segundo cáncer primario distinto de mama, o (d) murieron antes de la recidiva de cáncer de mama, en el que un nivel de expresión normalizado aumentado de STMY3 del paciente indica una probabilidad reducida de supervivencia libre de enfermedad.

Predicción de la probabilidad de recidiva de cáncer Antecedentes de la invención

Campo de la invención

La presente descripción proporciona conjuntos de genes cuya expresión es importante en el diagnóstico y/o pronóstico del cáncer.

Descripción de la técnica relacionada

Los oncólogos disponen de varias opciones de tratamiento, incluyendo diferentes combinaciones de fármacos quimioterápicos que se caracterizan como `tratamiento de referencia", y varios fármacos que no tienen una declaración en la etiqueta para un cáncer particular, pero para los que hay pruebas de eficacia en ese cáncer. La mejor probabilidad de un buen desenlace del tratamiento requiere que se asignen los pacientes al tratamiento contra el cáncer disponible óptimo, y que esta asignación se realice lo más rápidamente posible tras el diagnóstico.

Actualmente, las pruebas de diagnóstico usadas en la práctica clínica son de un único analito, y por tanto no capturan el posible valor de conocer relaciones entre docenas de marcadores diferentes. Además, con frecuencia las pruebas de diagnóstico no son cuantitativas, basándose en la inmunohistoquímica. Con frecuencia este método proporciona resultados diferentes en diferentes laboratorios, en parte porque los reactivos no están normalizados y en parte porque las interpretaciones son subjetivas y no pueden cuantificarse fácilmente. No se han usado pruebas basadas en ARN de manera frecuente debido al problema de la degradación del ARN a lo largo del tiempo y al hecho de que es difícil obtener muestras de tejido recientes de pacientes para su análisis. El tejido incrustado en parafina, fijado, está más fácilmente disponible y se han establecido métodos para detectar ARN en tejido fijado. Sin embargo, estos métodos normalmente no permiten el estudio de grandes números de genes (ADN o ARN) a partir de pequeñas cantidades de material. Por tanto, tradicionalmente el tejido fijado se ha usado con poca frecuencia salvo para la detección mediante inmunohistoquímica de proteínas.

En los últimos años, varios grupos han publicado estudios relacionados con la clasificación de diversos tipos de cáncer mediante análisis de expresión génica en micromatriz (véase, por ejemplo Golub ef al., Science 286:531-537 (1999); Bhattacharjae et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 98:1379-13795 (21); Chen-Hsiang et al., Bioinformatics 17 (sup. 1): S316-S322 (21); Ramaswamy et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 98:15149-15154 (21)). También se han notificado determinadas clasificaciones de cánceres de mama humanos basándose en patrones de expresión génica (Martin et al., Cancel Res. 6:2232-2238 (2); West et al., Proc. Nati. Acad. Sci. USA 98:11462-11467 (21); Sorlie et al., Proc. Nati. Acad Sci. USA 98:1869-1874 (21); Yan et al., Cáncer Res. 61:8375-838 (21)). Sin embargo, estos estudios se centran principalmente en mejorar y refinar la clasificación ya establecida de diversos tipos de cáncer, incluyendo cáncer de mama, y generalmente no proporcionan nuevos conocimientos sobre la relación de los genes expresados de manera diferencial, y no vinculan los hallazgos con estrategias de tratamiento con el fin de mejorar el desenlace clínico de la terapia contra el cáncer.

Ahmad et al., Am. J. Pathol. 152:721-728 (1998) dan a conocer estromelisina 3 como un factor de pronóstico independiente para la supervivencia libre de recidiva en cáncer de mama de ganglios positivos.

Engel et al., Int. J. Cáncer 58:83-835 (1994) dan a conocer una correlación entre el nivel de ARNm de estromelisina 3 y el desenlace en el cáncer de mama humano.

Chenard et al. Int. J. Cáncer 69:448-451 (1996) dan a conocer niveles altos de estromelisina 3 que se correlacionan con un mal pronóstico en pacientes con carcinoma de mama.

Nakopoulou et al. Modern Pathology 22; 15 (11 ):1154-1161 dan a conocer que la expresión de la proteína estromelisina 3 está asociada con una supervivencia global adversa en cáncer de mama invasivo.

Aunque la biología molecular y la bioquímica modernas han revelado cientos de genes cuyas actividades influyen sobre el comportamiento de células tumorales, el estado de su diferenciación y su sensibilidad o resistencia a determinados fármacos terapéuticos, con pocas excepciones, no se ha aprovechado el estado de estos genes para el fin de tomar decisiones clínicas de manera rutinaria sobre tratamientos farmacológicos. Una excepción notable es el uso de la expresión de la proteína receptora de estrógenos (ER) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes para un tratamiento con fármacos antiestrógenos, tales como tamoxifeno. Otro ejemplo excepcional es el uso de la expresión de proteína ErbB2 (Her2) en carcinomas de mama para seleccionar pacientes con el fármaco antagonista de Her2, Herceptin® (Genentech, Inc., South San Francisco, CA).

A pesar de los recientes avances, el desafío del tratamiento contra el cáncer sigue siendo dirigir regímenes de tratamiento específicos a tipos de tumores patogénicamente diferenciados, y en última instancia personalizar el

tratamiento contra el tumor con el fin de maximizar el desenlace. Por tanto, existe la necesidad de pruebas que proporcionen simultáneamente información predictiva sobre las respuestas del paciente a la variedad de opciones de tratamiento. Esto es particularmente cierto para el cáncer de mama, cuya biología no se entiende mucho. Queda claro que la clasificación del cáncer de mama en unos pocos subgrupos, tales como subgrupo ErbB2+, y subgrupos caracterizados por una expresión génica de baja a ausente del receptor de estrógenos (ER) y unos pocos factores transcripcionales adicionales (Perou et al., Nature 46:747-752 (2)) no refleja la heterogenicidad celular y molecular del cáncer de mama, y no permite el diseño de estrategias de tratamiento que maximicen la respuesta del paciente.

En particular, una vez que a un paciente se le diagnostica cáncer, tal como cáncer de mama o de ovarios, existe una gran necesidad de métodos que le permitan al médico predecir la evolución esperada de la enfermedad, incluyendo la probabilidad de recidiva de cáncer, la supervivencia a largo plazo del paciente, y similares, y seleccionar en consecuencia la opción de tratamiento más apropiada.

Sumario de la invención

Según un aspecto de la presente invención, se proporciona un método de predicción de la probabilidad de supervivencia libre de enfermedad de un paciente con cáncer de mama ductal invasivo, positivo para ER, de ganglios negativos, sin la recidiva de cáncer, tal como se especifica en la reivindicación 1.

En una realización, el ARN comprende ARN intrónico.

En una realización de este método, el ARN se aísla de una muestra de tejido de cáncer de mama incrustada en cera, fijada, del paciente.

En otra realización, el ARN se aísla de tejido de biopsia con aguja gruesa o células de aspirado con aguja fina.

En otra realización, el tejido de mama se obtiene de una muestra de biopsia incrustada en parafina, fijada, en la que el ARN puede estar fragmentado.

Un informe puede incluir predicción de la probabilidad de supervivencia libre de enfermedad del paciente y/o una recomendación de una modalidad de tratamiento de dicho paciente.

Descripción detallada de la realización preferida

A. DEFINICIONES

A menos que se defina lo contrario, los términos técnicos y científicos usados en el presente documento tienen el mismo significado que el entendido comúnmente por un experto habitual en la técnica a la que pertenece esta invención. Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2- ed., J. Wiley & Sons (Nueva York, NY 1994), y March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4a ed, John Wiley & Sons (Nueva York, NY 1992), proporciona a un experto en la técnica una guía general a muchos de los términos usados en la presente solicitud.

Un experto en la técnica reconocerá muchos métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en el presente documento, que pueden usarse en la práctica de la presente invención. De hecho, la presente invención no se limita de ninguna manera a los métodos y materiales descritos. Para fines de la presente invención, a continuación se definen los siguientes términos.

El término "micromatriz" se refiere a una disposición ordenada de elementos de matriz hibridables, preferiblemente sondas polinucleotídicas, sobre un sustrato.

El término "polinucleótido", cuando se usa en singular o en plural, se refiere de manera general a cualquier polirribonucleótido o polidesoxirribonucleótido, que puede ser ARN o ADN sin modificar o ARN o ADN modificados. Por tanto, por ejemplo, los polinucleótidos... [Seguir leyendo]

1. Método de predicción de la probabilidad de supervivencia libre de enfermedad de un paciente con cáncer de mama ductal invasivo, de ganglios negativos, positivo para ER, que comprende determinar el nivel de expresión del transcrito de ARN de STMY3 en una muestra de célula o tejido de cáncer de mama obtenida del paciente, normalizado frente al nivel de expresión de un conjunto de referencia de transcritos de ARN, comparar el nivel de expresión normalizado de STMY3 del paciente con un nivel de expresión normalizado de STMY3 en un conjunto de referencia de tejido de cáncer de mama que comprende pacientes que (a) estaban vivos sin recidiva de cáncer de mama local, regional o distante, (b) estaban vivos con recidiva de cáncer de mama contralateral, (c) estaban vivos con un segundo cáncer primario distinto de mama, o (d) murieron antes de la recidiva de cáncer de mama, en el que un nivel de expresión normalizado aumentado de STMY3 del paciente indica una probabilidad reducida de supervivencia libre de enfermedad.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dicho ARN comprende ARN intrónico.

3. Método según la reivindicación 1 ó 2, en el que dicho ARN se aísla de una muestra de tejido de cáncer de mama incrustada en cera, fijado, de dicho paciente.

4. Método según la reivindicación 1, 2 ó 3, en el que dicho ARN se aísla de tejido de biopsia con aguja gruesa.

5. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que dicho ARN se aísla de células de aspirado con aguja fina.

6. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el nivel de expresión de dicho transcrito de ARN se determina mediante el uso de una matriz que comprende un polinucleótido que se híbrida con el gen inmovilizado sobre una superficie sólida.

7. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el nivel de expresión de dicho transcrito de ARN se determina mediante reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR).

8. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el ARN está fragmentado.

9. Método según cualquier reivindicación anterior, que comprende además crear un informe que resume los datos obtenidos mediante dicho análisis de expresión génica.

1. Método según la reivindicación 9, en el que el informe incluye una predicción de la probabilidad de supervivencia libre de enfermedad.

11. Método según la reivindicación 9 ó 1, en el que el informe incluye una recomendación para una modalidad de tratamiento de dicho paciente.