MÉTODOS PARA LA PREDICCIÓN DE LA PROGRESIÓN A ENFERMEDAD DE UN SUJETO INFECTADO CON EL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA (VIH).

Métodos para la predicción de la progresión a enfermedad de un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH).

La invención proporciona un método in vitro para predecir si un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VHI) es lentoprogresor que comprende (i) determinar el perfil genético de al menos una variante génica humana asociada a la evolución de la infección por VIH presente en un gen en una muestra de dicho sujeto y obtener el perfil genético correspondiente, donde dichas variantes son HLA B*27, HLA B*5701, HLA (rs9264942) y CCR5δ32, y (ii) determinar la probabilidad de lentoprogresión para el perfil genético de la etapa (i) en función de un tiempo libre de enfermedad. También proporciona un método para seleccionar un sujeto infectado por VHI para una terapia personalizada.

MÉTODOS PARA LA PREDICCIÓN DE LA PROGRESIÓN A ENFERMEDAD DE UN SUJETO INFECTADO CON EL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA (VIH) 5

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La invención se relaciona con un método para predecir la progresión de un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) , así como con un método para seleccionar un sujeto infectado por VIH

para una terapia personalizada.

ANTECEDENTES

La evolución de los pacientes infectados con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) es muy

variable y depende tanto de factores propios del virus, como del ambiente y la carga genética del propio individuo. En la literatura científica se describen diversos marcadores asociados con la progresión o no de la enfermedad al síndrome de la inmunodeficiencia adquirida (SIDA) .

A lo largo de estos años, se han estudiado varios factores genéticos del hospedador que podrían influenciar la respuesta al VIH. Entre los factores genéticos que han sido fuertemente relacionados con la progresión en varias cohortes de pacientes, se encuentran los alelos del complejo mayor de histocompatibilidad (CMH) clase I. Entre los alelos que se han relacionado con la no-progresión o protección están HLA B27 y HLA B57. Se conoce que los portadores del antígeno HLA B27 presentan una menor incidencia de ciertas infecciones virales (virus Epstein-Barr, citomegalovirus, herpes simple tipo 2 y el virus influenza) , así como un efecto protector de la propia evolución natural de la infección por VIH. Además, se ha descrito que ciertos condicionantes genéticos son protectores de la infección, como HLA B*5701 ( Kristiansen et al., 2001, J Inmunol methods 252:147-51) , CCR2 64I, CCR5 Δ32 (Magierowska et al., 1999 Blood 93:936-41) , SDF1 3’A y HLA C; por el contrario, se ha relacionado la presencia de HLA B*35, HLA Cw04 (Carrington et al, 2003 Annu Rec Med 54:535-51) y Cx3CR1 con una progresión rápida (Cressey et al, 2007, Infection, genetics and evolution 7:333-42; Fellay et al., 2009, PLoS Genet 5:e1000791) .

Varios grupos han estudiado la relación de asociaciones de estos factores genéticos con la carga viral sérica y/o las tasas de progresión de la enfermedad. En Fellay et al. (2009, PLoS Genetics 5:e1000791) ,

los autores analizan el genoma completo de un grupo de más de 2.500 sujetos infectados por VIH con el objeto de evaluar la contribución de ciertas variantes genéticas sobre la carga viral sérica y las tasas de progresión de la enfermedad. Las variantes con mayor asociación con la progresión de la enfermedad fueron HCP5/B*5701 rs2395029 y HLA-C rs9264942, así como la variante CCR5 Δ32.

En WO 2008/118469, se describen métodos para determinar el riesgo de un paciente de VIH asintomático a progresar hacia SIDA mediante la determinación de la presencia de alelos menores de determinados SNPs. Estos polimorfismos incluyen los SNPs rs9264942, rs2395029, este último asociado significativamente con HLA-B*5701, y B27.

En Casado et al. (2010, PLoS ONE 5:e11079) , los autores han re-evaluado las definiciones clínicas de los patrones de progresión de la enfermedad por VIH de acuerdo a un número de marcadores genéticos del sujeto infectado por VIH y de factores virales. Como resultado del análisis de los marcadores genéticos, los autores han confirmado que los alelos protectores HLA-B+ (B*2705, *5701, *5101 y *1302) y de CCR5 (CCR5_H+/H+) están asociados significativamente con una progresión lenta, y que las variantes génicas 50 HLA-C-35 (rs9264942) y CCR5 Δ32 tienen una tendencia hacia la asociación. Los autores también observaron que los individuos lentoprogresores mantenían genotipos ancestrales de virus y baja carga viral.

En Hendel et al. (1999, J Immunol 162:6942-46) , los autores han identificado alelos de HLA asociados 55 con progresión rápida o lenta hacia SIDA. Sus resultados demuestran un efecto protector de alelos HLA comparable con el ejercido por CCR5 Δ32, e independiente del mismo. Se trata de los alelos B14 y C16, así como de B27, B57 y C14, pero éstos con un efecto menos significativo.

En Poropatich & Sullivan (2011, J Gen Virol 92:247-68) , los autores realizan una revisión de los 60 determinantes virales, genéticos e inmunológicos de sujetos infectados por VIH-1 clasificados como noprogresores de larga duración. Entre ellos se encuentran los polimorfismos CCR5 Δ32, y los alelos HLA-B5701 y B5703, y HLA-B27. Sin embargo, el alelo HLA-B27 no está significativamente asociado cuando se trata de grupos de pacientes grandes.

A pesar de que se conoce la influencia de determinados marcadores en la evolución de los pacientes infectados por VIH, no existe un algoritmo de análisis que permita darle un peso específico a cada marcador genético en la determinación de la progresión de la enfermedad. Además, dado que para clasificar a un sujeto como lentoprogresor debe disponerse de 8 o más años de seguimiento, tampoco existe ningún mecanismo para evaluar la condición de un paciente respecto a la lentoprogresión en sujetos con tiempo de seguimiento insuficiente.

DESCRIPCIÓN BREVE DE LA INVENCIÓN

En un primer aspecto, la presente invención se relaciona con un método in vitro para predecir si un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) es lentoprogresor que comprende:

i) determinar el perfil genético de al menos una variante génica humana asociada a la evolución de la infección por VIH presente en un gen en una muestra de dicho sujeto y 15 obtener el perfil genético correspondiente; y

ii) determinar la probabilidad P (LP / Z, T > t) mediante la ecuación [1]:

P LP ( /) Z

( /,  t)  [1]

PLP ZT

(  t /)

PT Z

donde P (LP / Z, T > t) representa la probabilidad de lentoprogresión (LP) para el perfil genético determinado en la etapa (i) en función de un tiempo libre de enfermedad T mayor que cierto tiempo t ; P (LP / Z) representa la probabilidad de lentoprogresión (LP) para el perfil genético determinado en la etapa (i) ; y

P (T > t / Z) representa la probabilidad de que el tiempo libre de enfermedad (T) sea mayor que cierto tiempo t para el perfil genético determinado en la etapa (i) ,

en donde si dicha probabilidad P (LP / Z, T > t) es mayor que 0, 5 entonces el sujeto es clasificado como lentoprogresor.

En un segundo aspecto, la presente invención se relaciona con un método para seleccionar un sujeto infectado por VIH para una terapia personalizada, que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor de acuerdo al método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en donde dicho sujeto es seleccionado para dicho tratamiento si es clasificado como no lentoprogresor.

En un tercer aspecto, la presente invención se relaciona con un método para seleccionar una terapia personalizada para un sujeto infectado por VIH en necesidad de tratamiento, que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor de acuerdo al método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en donde se selecciona una terapia personalizada para dicho sujeto si este es clasificado como no 45 lentoprogresor.

En un cuarto aspecto, la invención se relaciona con un kit que comprende los reactivos necesarios para genotipar múltiples variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH, en donde dichas variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH se seleccionan del

grupo formado por HLA B*27, HLA B*5701, HLA C (rs9264942) , CCR5 Δ32, y combinaciones de las mismas.

En un quinto aspecto, la presente invención se relaciona con el uso de un kit según el cuarto aspecto de la invención, para predecir si un sujeto infectado por VIH es lentoprogresor.

En un sexto aspecto, la presente invención se relaciona con el uso de un kit según el cuarto aspecto de la invención, para seleccionar un sujeto infectado por VIH para una terapia individual que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor, en el que la clasificación de dicho sujeto como lentoprogresor selecciona a dicho sujeto para dicha terapia individual.

DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN

Los autores de la presente invención han desarrollado un método para determinar la probabilidad de que un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) sea lentoprogresor. Dicho método

se basa en la combinación de perfiles genéticos particulares asociados a la evolución de la infección por VIH con el tiempo libre de enfermedad. Dichos perfiles genéticos se determinan a partir de los resultados obtenidos del genotipado de... [Seguir leyendo]

1. Un método in vitro para predecir si un sujeto infectado con el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) es lentoprogresor que comprende: 5

i) determinar el perfil genético de variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH presente en genes en una muestra de dicho sujeto y obtener el perfil genético correspondiente; y

ii) determinar la probabilidad P (LP / Z, T > t) mediante la ecuación [1]:

P LP ( /)

Z

( / ,  t)  [1]

PLP ZT

(  t /)

PT Z

donde P (LP / Z, T > t) representa la probabilidad de lentoprogresión (LP) para el perfil genético determinado en la etapa (i) en función de un tiempo libre de enfermedad T mayor que cierto tiempo t ; P (LP / Z) representa la probabilidad de lentoprogresión (LP) para el perfil genético determinado en la etapa (i) ; y P (T > t / Z) representa la probabilidad de que el tiempo libre de enfermedad (T) sea mayor que cierto tiempo t para el perfil genético determinado en la etapa (i) ,

en donde si dicha probabilidad P (LP / Z, T > t) es mayor que 0, 5 entonces el sujeto es clasificado como lentoprogresor, y en donde dichas variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH son HLA B*27, HLA B*5701, HLA C (rs9264942) y CCR5Δ32.

2. Método según la reivindicación 1, en el que dicha muestra es una muestra de sangre periférica.

3. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, en el que dicha probabilidad de

lentoprogresión (LP) para un perfil genético determinado [P (LP / Z) ] se determina mediante regresión 35 logística.

4. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que la probabilidad de que el tiempo libre de enfermedad sea mayor que cierto tiempo t para un perfil genético determinado [P (T > t / Z) ] se determina mediante análisis de supervivencia con datos censurados.

5. Método para seleccionar un sujeto infectado por VIH para una terapia personalizada, que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor de acuerdo al método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en donde dicho sujeto es seleccionado para dicho tratamiento si es clasificado como no lentoprogresor.

6. Método para seleccionar una terapia personalizada para un sujeto infectado por VIH en necesidad de tratamiento, que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor de acuerdo al método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en donde se selecciona una terapia personalizada para dicho sujeto si este es clasificado como no lentoprogresor.

7. Kit que comprende los reactivos necesarios para genotipar múltiples variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH, en donde dichas variantes génicas humanas asociadas a la evolución de la infección por VIH son HLA B*27, HLA B*5701, HLA C (rs9264942) y CCR5Δ32, y en donde dichos reactivos son los oligonucleótidos de secuencia SEQ ID NO: 1-10.

8. Kit según la reivindicación 7, que además comprende los reactivos necesarios para genotipar una o más variantes génicas adicionales asociadas a una infección viral distinta de VIH.

9. Uso de un kit según cualquiera de las reivindicaciones 7 u 8, para predecir si un sujeto infectado por VIH es lentoprogresor.

10. Uso de un kit según cualquiera de las reivindicaciones 7 a 9, para seleccionar un sujeto infectado por VIH para una terapia individual que comprende determinar si dicho sujeto es lentoprogresor, en el que la clasificación de dicho sujeto como lentoprogresor selecciona a dicho sujeto para dicha terapia

individual.

SEQUENCE LISTING

<110> Fundación Biomédica del Complexo Hospitalario Universitario

de Vigo Servizo Galego de Saude (SERGAS) Universidade de Vigo

<120> MÉTODOS PARA LA PREDICCIÓN DE LA PROGRESIÓN A ENFERMEDAD DE UN SUJETO INFECTADO CON EL VIRUS DE LA INMUNODEFICIENCIA HUMANA (VIH)

<130> P7756ES00

<160> 12

<170> PatentIn version 3.5

<210> 1

<211> 18

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*27

<400> 1 ctacgtggac gacacgct 18

<210> 2

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*27

<400> 2 agtctgtgcc ttggccttgc 20

<210> 3

<211> 18

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*5701

<400> 3 gtctcacatc atccaggt

<210> 4

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*5701

<400> 4

atccttgccg tcgtaggcgg 20

<210> 5

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*5701

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atccttgccg tcgtaggcag 20

<210> 6

<211> 20

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA B*5701

<400> 6

cgcctcccac ttgcgctggg 20

<210> 7

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA C (rs9264942)

<400> 7

cacagtccca attccttgat tcag 24

<210> 8

<211> 21

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify HLA C (rs9264942)

<400> 8

ctgtggaagg caggctgaga c 21

<210> 9

<211> 24

<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify CCR5delta32

<400> 9

caaaaagaag gtcttcatta cacc 24

<210> 10

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<212> DNA

<213> Artificial Sequence

<220>

<223> Primer specific to amplify CCR5delta32

<400> 10

cctgtgcctc ttcttctcat ttcg 24

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<212> DNA

<213> Artificial Sequence

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<223> Primer specific to amplify the HGH gene

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cagtgccttc ccaaccattc cctta 25

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<212> DNA

<213> Artificial Sequence

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<223> Primer specific to amplify the HGH gene

<400> 12

atccactcac ggatttctgt tgtgtttc 28