Métodos de determinación de la respuesta del paciente por medición de la expresión HER-2.

Un método para determinar si es probable que un sujeto con cáncer responda al tratamiento con un agente anti-HER-2,

para predecir el curso temporal de la enfermedad y/o predecir la probabilidad de que se produzca un evento significativo en el curso temporal del cáncer del sujeto, donde el evento significativo es una reducción del tiempo transcurrido entre el diagnóstico de cáncer, y por lo menos uno de diagnóstico primario, progresión del cáncer de un estadio a otro más avanzado, progresión a enfermedad metastásica, recidiva, cirugía o defunción, comprendiendo los pasos de:

(a) medición de la expresión de HER2 en una muestra biológica procedente del cáncer del sujeto;

(b) determinar si la muestra biológica presenta un nivel bajo de HER2, un nivel moderadamente alto de HER2, o un nivel muy alto de HER2, donde el nivel bajo comprende tener una cantidad de HER2 igual o inferior a un primer nivel umbral de HER2, el nivel moderadamente alto comprende una cantidad de HER2 superior al primer nivel umbral de HER2 e inferior a un segundo nivel umbral de HER2, y el nivel muy alto comprende una cantidad de HER2 superior o igual al segundo nivel umbral de HER2, y donde el segundo nivel umbral de HER2 es superior al primer nivel umbral de HER2;

(c) correlacionar la cantidad de HER2 medida en la muestra biológica con al menos uno de la probabilidad de que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-HER2, el curso temporal de la enfermedad y/o la probabilidad de que se produzca un evento significativo en el curso temporal del cáncer del sujeto;

(d) indicar que es más probable que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-HER2, más probable que presente un curso temporal de la enfermedad largo, y/o menos probable que se registre un evento significativo si la cantidad de HER2 en la muestra biológica es moderadamente alta, comparado con si la cantidad de HER2 es baja o muy alta.

Métodos de determinación de la respuesta del paciente por medición de la expresión HER-2 Campo de la Invención

La presente invención proporciona métodos para determinar si es probable que un paciente con cáncer responda al tratamiento con un agente ant¡-HER2. Los métodos proporcionan el tiempo probable hasta la progresión de una subclase de pacientes HER2 positivos, estratificándolos nuevamente utilizando otro biomarcador, como es la presencia o ausencia de marcadores HER3.

Antecedentes de la Invención

Los niveles de expresión de los receptores de superficie celular Individuales, como el Her-2, se han utilizado como biomarcadores. Se ha usado el análisis convencionalde inmunohistoqulmica (IHC) o de hibridación fluorescente ¡n situ (FISH) para detectar la sobreexpresión de Her-2, para determinar si está justificado el tratamiento con un agente anti-Her-2, ej. trastuzumab. La patente EE.UU 4 968 63 describe también la expresión de Her-2 como un biomarcador del cáncer. No obstante, en dos estudios distintos, solamente el 2 o el 35 % de pacientes con sobreexpresión de Her-2 respondieron objetivamente al tratamiento con trastuzumab. Ver Baselga et al, 1996, J. Clin. Oncol.14: 737-44; Cobleigh et al.,1999, J- Clin. Oncol.17: 2639-48; y Vogel et al.,22, J. Clin Oncol.2: 719- 26. Además, en otros estudios sobre la combinación de trastuzumab más quimioterapia en el contexto del cáncer de mama metastásico, solo aproximadamente el 5 % de los pacientes con sobreexpresión de Her-2 respondieron objetivamente a la terapia de combinación con trastuzumab. Ver Slamon et al. N Engl J Med344: 783-92.

En el momento actual puede ser problemático determinar si es probable o improbable que un sujeto con cáncer responda al tratamiento con un agente anti Her-2, como trastuzumab. Determinar si es probable que tales pacientes respondan a trastuzumab y/u otros agentes anti Her, evitaría suministrar a esos pacientes un tratamiento costoso pero no efectivo. Por ejemplo, puede utilizarse también un ensayo para determinar la sensibilidad del paciente a los agentes anti Her-2, para identificar a pacientes que probablemente no respondan a un agente quimioterapéutico además del agente anti Her-2, permitiendo así al sujeto evitar los potenciales efectos tóxicos del agente quimioterapéutico. También puede utilizarse un ensayo para determinar la sensibilidad del paciente a los agentes anti-Her-2, para predecir el curso temporal de la enfermedad, o la probabilidad de un evento importante en la enfermedad de los pacientes Her-2 positivos. Por tanto, se requiere un método para determinar si un paciente con cáncer va a responder a los agentes anti-Her-2, para maximizar la terapia para el paciente.

Resumen de la Invención

La presente invención proporciona métodos para determinar si es probable que un sujeto con cáncer responda al tratamiento con un agente anti-Her-2, como se especifica en las reivindicaciones anexas. Por ejemplo, en determinadas realizaciones, la presente divulgación comprende métodos para correlacionar los niveles relativos de la cantidad de por lo menos un agente de Her-2 total (H2T) u homodímeros de Her-2 en una muestra biológica de un sujeto, con un pronóstico sobre la probabilidad de que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-Her-2, comprendiendo: (a) detectar en una muestra biológica del cáncer del sujeto la cantidad de por lo menos un agente de Her-2 u homodímeros de Her-2; y (b) correlacionar la cantidad de Her-2 u homodímeros de Her-2 para un pronóstico sobre la probabilidad de que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-Her-2.

En determinadas realizaciones, la divulgación proporciona también métodos para la predicción del curso temporal de la enfermedad y/ o la probabilidad de un evento significativo en el curso temporal de la enfermedad en un sujeto con cáncer, en base a la sensibilidad prevista de un paciente a un agente anti-Her-2. En ciertas realizaciones, los métodos comprenden la detección de un biomarcador o combinación de biomarcadores asociados a la capacidad de respuesta al tratamiento con un agente anti-Her-2, como se describe a continuación, y determinar si es probable que el sujeto responda al tratamiento con el agente anti-Her-2. En detrminadas realizaciones, los métodos comprenden la detección de un biomarcador o combinación de biomarcadores, y la predicción del curso temporal asociado a la progresión de la enfermedad, o la probabilidad de un evento significativo en el curso temporal de la enfermedad, en un sujeto con cáncer.

Por ejemplo, en determinadas realizaciones, la divulgación comprende métodos para predecir si es probable que un sujeto con cáncer tratado con un agente anti-Her-2 experimente un evento significativo comprendiendo los pasos de: (a) detectar en una muestra biológica procedente del cáncer del sujeto la cantidad de por lo menos un agente de Her-2 u homodímeros de Her-2; y (b) correlacionar la cantidad de Her-2 u homodímeros de Her-2 con la probabilidad de que el sujeto experimente un evento significativo.

En otros aspectos, la invención se refiere a un método para determinar si es probable que un sujeto con cáncer responda al tratamiento con un agente anti-Her-2. En otro aspecto, la invención se refiere a un método para predecir el curso temporal de la enfermedad. En otro aspecto, el método se refiere a un método para predecir la probabilidad de un evento significativo en el curso temporal de la enfermedad.

En determinadas realizaciones de cada uno de los métodos, el método comprende la detección en una muestra biológica procedente del cáncer del sujeto la cantidad de Her-2 y/u homodímeros de Her-2, y determinar si el Her-2 y/o homodímeros de Her-2 se correlacionan con un nivel bajo o alto de expresión de Her-2.

En determinadas realizaciones de cada uno de los métodos, una expresión alta de Her-2 es un log1H2T (Iog1 de Her-2 total) > aprox. 1,14-1,125. En determinadas realizaciones de cada uno de los métodos divulgados aquí, la expresión alta de Her-2 comprende una expresión que es muy alta y/o moderadamente alta. En determinadas realizaciones de cada uno de los métodos divulgados aquí, la expresión muy alta de Her-2 es un log1H2T > aprox. 1,84-2,21. En determinadas realizaciones de cada uno de los métodos divulgados aquí, una expresión de Her-2 moderadamente alta se sitúa entre un log1H2T entre aprox. 1,14-1,25 y 1,84-2,21 (es decir, > 1,14-1,25 y < 1,84- 2,21). O pueden utilizarse otros rangos dependiendo de la cohorte del paciente y/o el evento significativo que se monitoriza. Así, cada uno de los valores umbral y/o rangos umbral que se describen aquí pueden variar en ,5 unidades log si se describen en una escala Iog1, o aproximadamente en un 25 % en una escala lineal o menos (es decir, ser < 25 % mayor y/o < 25 % menor que los rangos específicos divulgados aquí), o en aproximadamente un 2 % o menos, o en aproximadamente un 15 % o menos, o en aproximadamente un 1 % o menos o en aproximadamente un 5 % o menos.

En determinadas realizaciones, si la cantidad de Her-2 y/u homodímeros de Her-2 es alta, es probable que el paciente responda al agente anti-Her-2, y/o el paciente tenga un curso temporal largo.

En algunas realizaciones, si la cantidad de Her-2 y/u homodímeros de Her-2 es moderadamente alta, es probable que el paciente responda al agente anti-Her-2, y/o el paciente presente un curso temporal largo. También en algunas realizaciones, si la cantidad de Her-2 y/u homodímeros de Her-2 es muy alta y/o baja, es improbable que el paciente responda al agente anti-Her-2, y/o el paciente presente un curso temporal corto.

Así, en determinadas realizaciones, si la cantidad de por lo menos uno del Her-2 u homodímeros de Her-2 está por encima de un primer nivel umbral (ej. "alto"), el pronóstico del sujeto es que es probable que responda al agente anti- Her-2. Adicional y/o alternativamente, en determinadas realizaciones, y como se debate aquí en más detalle, si la cantidad de por lo menos un agente de Her-2 u homodímeros de Her-2 está por encima de un segundo nivel umbral superior al primer nivel umbral (ej. "muy alto"), el pronóstico del sujeto es que es improbable que responda al agente anti-Her-2. En determinadas realizaciones, el cáncer es cáncer de mama. En algunas realizaciones, el cáncer de mama es metastásico. En algunas realizaciones, el cáncer de mama es cáncer de mama en estadio precoz (es decir, adyuvante). En determinadas realizaciones, el agente anti-Her-2 es trastuzumab. En determinadas realizaciones, el método se lleva a cabo con un ensayo VERATAG®. En determinadas realizaciones, la probabilidad de respuesta se mide respecto al índice de supervivencia general, el tiempo hasta la progresión y/o utilizando RECIST... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar si es probable que un sujeto con cáncer responda al tratamiento con un agente antl- HER-2, para predecir el curso temporal de la enfermedad y/o predecir la probabilidad de que se produzca un evento significativo en el curso temporal del cáncer del sujeto, donde el evento significativo es una reducción del tiempo transcurrido entre el diagnóstico de cáncer, y por lo menos uno de diagnóstico primario, progresión del cáncer de un estadio a otro más avanzado, progresión a enfermedad metastásica, recidiva, cirugía o defunción, comprendiendo los pasos de:

(a) medición de la expresión de HER2 en una muestra biológica procedente del cáncer del sujeto;

(b) determinar si la muestra biológica presenta un nivel bajo de HER2, un nivel moderadamente alto de HER2, o un nivel muy alto de HER2, donde el nivel bajo comprende tener una cantidad de HER2 igual o inferior a un primer nivel umbral de HER2, el nivel moderadamente alto comprende una cantidad de HER2 superior al primer nivel umbral de HER2 e inferior a un segundo nivel umbral de HER2, y el nivel muy alto comprende una cantidad de HER2 superior o iqual al sequndo nivel umbral de HER2, y donde el segundo nivel umbral de HER2 es superior al primer nivel umbral de HER2;

(c) correlacionar la cantidad de HER2 medida en la muestra biológica con al menos uno de la probabilidad de que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-HER2, el curso temporal de la enfermedad y/o la probabilidad de que se produzca un evento significativo en el curso temporal del cáncer del sujeto;

(d) indicar que es más probable que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-HER2, más probable que presente un curso temporal de la enfermedad largo, y/o menos probable que se registre un evento significativo si la cantidad de HER2 en la muestra biológica es moderadamente alta, comparado con si la cantidad de HER2 es baja o muy alta.

2. El método de la reivindicación 1, donde el método comprende además los pasos de:

(e) medir la expresión de HER3 en la muestra biológica;

(f) determinar si la cantidad de HER3 en la muestra biológica es baja o alta, donde un nivel bajo comprende una cantidad de HER3 inferior a un nivel umbral de HER3, y un nivel alto comprende una cantidad de HER3 igual o superior al nivel umbral de HER3;

(g) correlacionar la cantidad de HER3 medida en la muestra biológica con por lo menos uno de la probabilidad relativa de que el sujeto responda al tratamiento con un agente anti-HER2, el curso temporal de la enfermedad y/o la probabilidad de que se registre un evento significativo en el curso temporal del cáncer del sujeto; e

(h) indicar que es más probable que el sujeto responda al tratamiento con un agente ant¡-HER2, más probable que presente un curso temporal de la enfermedad largo, y/o menos probable que se registre un evento significativo si la cantidad de HER2 en la muestra biológica es moderadamente alta y la cantidad de HER3 es baja.

3. El método de cualquiera de las reivindicaciones 1 o 2, donde la expresión de HER2 comprende HER2 total y/u homodímeros de HER2.

4. El método de las reivindicaciones 2 o 3, donde la expresión de HER3 comprende HER3 total, homodímeros de HER3 o heterodímeros de HER3.

5. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el cáncer del sujeto comprende un carcinoma, un linfoma, un blastoma, un sarcoma o una leucemia.

6. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el cáncer del sujeto comprende una cáncer de célula escamosa, un cáncer de pulmón, un cáncer gastrointestinal, un cáncer de páncreas, un glioblastoma, un cáncer cervical, un cáncer de ovario, un cáncer de hígado, un cáncer de vejiga, un hepatoma, un cáncer de mama, un cáncer de colon, un cáncer colorrectal, un carcinoma de endometrio, un carcinoma de glándula salival, un cáncer renal, un cáncer de próstata, un cáncer vulvar, un cáncer de tiroides, un carcinoma hepático y/o un cáncer de cabeza y cuello.

7. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el cáncer del sujeto comprende cáncer metastásico o cáncer de mama en estadio precoz primario.

8. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el cáncer comprende un cáncer HER2 positivo.

9. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde se mide la probabilidad de respuesta respecto al índice de supervivencia global, el tiempo hasta la progresión, y/o usando los criterios de respuesta RECIST u otros.

1. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el sujeto es tratado con un agente anti- HER2.

11. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde el agente anti- HER2 comprende por lo menos uno de trastuzumab, lapatinib, AEE-788 o 4D5.

12. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde la muestra biológica comprende una muestra fijada con formalina e incluida en parafina (FFPE).

13. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde la cantidad de HER2 y/o la expresión

de FIER3 es medida utilizando un ensayo VERATAG®, un ensayo FRET, un ensayo BRET y/o un ensayo de complementación biomoleculary de ligación de proximidad.

14. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde la cantidad de la expresión de HER2 y/o HER3 se mide mediante un ensayo capaz de medir y/o cuantificar una cantidad de interacciones proteína-

proteína en una muestra.

15. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde la expresión de HER3 comprende heterodímeros de FIER2/FIER3.

16. El método de cualquiera de las reivindicaciones precedentes, donde la cantidad de la expresión de HER2 y/o HER3 se mide por contacto de la muestra biológica con un compuesto ligante específico para HER2 o HER3,

donde cada compuesto ligante tiene una etiqueta molecular unida al mismo mediante un enlace escindible, y una sonda de escisión con un fracción inductora de escisión, y se detecta si la etiqueta molecular correspondiente al compuesto ligante específico para HER2 y/o HER3 es liberada.