Método para la predicción de recurrencia del cáncer de mama bajo tratamiento endocrino.

Un método para predecir el resultado del cáncer de mama en un tumor positivo para receptores de estrógeno y negativo para HER2 de un paciente con cáncer de mama,

comprendiendo dicho método:

(a) determinar en una muestra tumoral de dicho paciente los niveles de expresión de ARN de los siguientes 8 genes: UBE2C, BIRC5, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST, y MGP

(b) combinar matemáticamente los valores de los niveles de expresión para los genes de dicho conjunto cuyos valores se determinaron en la muestra tumoral para proporcionar una puntuación combinada, en donde dicha puntuación combinada es indicativa de una prognosis de dicho paciente.

Método para la predicción de recurrencia del cáncer de mama bajo tratamiento endocrino Campo técnico La presente invención se refiere a métodos, kits y sistemas para la prognosis del resultado de la enfermedad del cáncer de mama. Más específicamente, la presente invención se refiere a la prognosis del cáncer de mama basándose en mediciones de los niveles de expresión de genes marcadores en muestras tumorales de pacientes con cáncer de mama.

Antecedentes de la invención El cáncer de mama es una de las causas principales de muerte por cáncer en mujeres en los países occidentales. Más específicamente, el cáncer de mama se cobra la vida de aproximadamente 40.000 mujeres y se diagnostica en aproximadamente 200.000 mujeres anualmente solo en los Estados Unidos. A lo largo de las últimas décadas, la terapia sistémica coadyuvante ha conducido a una supervivencia marcadamente mejorada en el cáncer de mama temprano. Esta experiencia clínica ha conducido a recomendaciones consenso que ofrecen una terapia sistémica coadyuvante para la inmensa mayoría de los pacientes con cáncer de mama (EBCAG) . En el cáncer de mama se encuentra disponible una multitud de opciones de tratamiento que se pueden aplicar además de la eliminación quirúrgica del tumor realizada rutinariamente y la posterior radiación del lecho del tumor. Tres estrategias principales y conceptualmente diferentes son el tratamiento endocrino, la quimioterapia y el tratamiento con terapias dirigidas. El requisito previo para el tratamiento con agentes endocrinos es la expresión de receptores hormonales en el tejido tumoral, esto es, receptores de estrógeno, receptores de progesterona o ambos. Se encuentran disponibles varios agentes endocrinos con modos de acción diferentes y diferencias en el resultado de la enfermedad cuando se someten a ensayo en grandes cohortes de pacientes. El tamoxifeno ha sido el pilar del tratamiento endocrino durante las tres últimas décadas. Grandes pruebas clínicas demostraron que el tamoxifeno reduce significativamente el riesgo de recurrencia del tumor. Una opción de tratamiento adicional se basa en inhibidores de aromatasa que pertenecen a una nueva clase de fármacos endocrinos. En contraste con el tamoxifeno que es un inhibidor competitivo de la unión a estrógeno, los inhibidores de aromatasa bloquean la producción de estrógeno como tal, reduciendo de ese modo el estímulo de crecimiento de las células tumorales positivas para receptores de estrógeno. Aún así, algunos pacientes experimentan una recaída a pesar del tratamiento endocrino y en particular estos pacientes se podrían beneficiar de fármacos terapéuticos adicionales. Se ha demostrado que la quimioterapia con antraciclinas, taxanos y otros agentes resulta beneficiosa en la reducción de la recurrencia de la enfermedad en pacientes positivos para receptores de estrógeno así como negativos para receptores de estrógeno. El estudio de NSABP-20 comparó el tamoxifeno solo frente al tamoxifeno más quimioterapia en pacientes positivos para receptores de estrógeno con ganglios negativos y demostró que el tratamiento combinado era más eficaz que el tamoxifeno solo. Sin embargo, el estudio de IBCSG IX que comparaba el tamoxifeno solo con el tamoxifeno más quimioterapia no logró demostrar ningún beneficio significativo para la adición de agentes citotóxicos. Recientemente, se ha demostrado que un anticuerpo administrado sistémicamente dirigido contra el antígeno HER2/neu sobre la superficie de las células tumorales reduce el riesgo de recurrencia varias veces en pacientes con tumores que expresan en exceso Her2neu. Sin embargo, la mayoría, si no todos los diferentes tratamientos con fármacos tienen numerosos efectos adversos potenciales que pueden deteriorar gravemente la calidad de vida de los pacientes (Shapiro y Recht, 2001; Ganz et al., 2002) . Esto obliga a seleccionar la estrategia de tratamiento basándose en una evaluación cuidadosa del riesgo para que el paciente individual evite sobre- así como infratratamiento. Puesto que el beneficio de la quimioterapia es relativamente grande en los tumores HER2/neu positivos y en los caracterizados por la ausencia de la expresión de HER2/neu y receptores de estrógeno (tipo basal) , en comparación con los tumores negativos para HER2/neu y positivos para receptores de estrógeno (tipo luminal) , la decisión del tratamiento más complicada está relacionada con los tumores luminales para los cuales los factores clínicos clásicos como la gradación, el tamaño del tumor o la implicación de los ganglios linfáticos no proporcionan una respuesta clara a la cuestión de si utilizar quimioterapia o no. Se han desarrollado herramientas moleculares más novedosas como un análisis del gen 21, un análisis del índice de grado genómico y otros para abordar esta necesidad médica.

Las pautas de tratamiento son desarrolladas normalmente por expertos reconocidos en la técnica. En Europa las pautas de St. Gallen desde el año 2009 recomiendan la quimioterapia para pacientes con cáncer de mama positivo para HER2 así como para pacientes con enfermedad negativa para HER2 y negativa para ER. La incertidumbre acerca de la utilidad de la quimioterapia se presenta en pacientes con enfermedad negativa para HER2 y positiva para ER. Con el fin de tomar una decisión de tratamiento equilibrada para el individuo, se utiliza la probabilidad de recurrencia del cáncer como el criterio más útil. Los criterios clínicos como el estado de los ganglios linfáticos, la gradación del tumor, el tamaño del tumor y otros son provechosos puesto que proporcionan información sobre el riesgo de recurrencia. Más recientemente, se ha demostrado que los análisis de múltiples genes proporcionan información superior o adicional a los factores de riesgo clínicos convencionales. Generalmente se reconoce, que los marcadores de proliferación parecen proporcionar la información prognóstica dominante. Los ejemplos prominentes de esos predictores son el ensayo Mammaprint de Agendia, el Relapse Score de Veridex y el Genomic Grade Index, desarrollado en el instituto Jules Bordet y con licencia para Ipsogen. Todos estos análisis se basan en la determinación de los niveles de expresión de al menos 70 genes y todos se han desarrollado para ARN no

severamente degradado por la fijación con formalina y la inclusión en parafina, pero aislado de tejido fresco (enviado en RNALaterTM) . Otro análisis de múltiples genes prominente es el ensayo Recurrence Score de Genomic Health Inc. El ensayo determina el nivel de expresión de 16 genes relacionados con el cáncer y 5 genes de referencia tras la extracción de ARN de muestras de tejido fijadas con formalina e incluidas en parafina.

Sin embargo, las herramientas corrientes adolecen de una carencia de validez y utilidad clínicas en el grupo de riesgo clínico más importante, esto es, aquellos pacientes con cáncer de mama con un riesgo intermedio de recurrencia basado en parámetros clínicos convencionales. Por lo tanto, se necesitan mejores herramientas para optimizar las decisiones de tratamiento basándose en el prognóstico del paciente. Por la utilidad clínica de evitar la quimioterapia, se necesita un ensayo con una sensibilidad elevada y un valor predictivo negativo elevado, con el fin de no infratratar a un paciente que eventualmente desarrolla una metástasis distante después de la cirugía.

Con respecto a la continua necesidad de materiales y métodos útiles en la toma de decisiones clínicas sobre una terapia coadyuvante, la presente invención satisface la necesidad de métodos avanzados para la prognosis del cáncer de mama basándose en datos clínicos y experimentales fácilmente accesibles.

El documento WO2006/119593 A describe un método para predecir el resultado del cáncer de mama luminal mediante la determinación de los niveles de expresión de numerosos genes. El cáncer de mama luminal es positivo para receptores de estrógenos y negativo para HER2. El conjunto de marcadores incluye p. ej. UBE2C y BIRC5. También se describe una firma de la expresión génica que se puede utilizar para predecir el resultado en el cáncer de mama luminal. Los marcadores incluyen UBE2C y BIRC5.

Sorlie et al. describen en PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES (PNAS) , NATIONAL ACADEMY OF SCIENCE, US, vol. 98, núm. 19, 11 Septiembre 2001 () , páginas 10869-10874 un conjunto de 264 genes que se correlaciona con el resultado del cáncer de mama en el paciente en diversas categorías de muestras, una de las cuales es cáncer de mama luminal, esto es, cáncer de mama positivo para receptores de estrógeno y negativo para HER2. El conjunto de genes prognósticos, incluye, p. ej. proteína portadora de ubiquitina (UBE2C) y receptor de estrógeno 1 (ESR1) .

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1. Un método para predecir el resultado del cáncer de mama en un tumor positivo para receptores de estrógeno y negativo para HER2 de un paciente con cáncer de mama, comprendiendo dicho método:

(a) determinar en una muestra tumoral de dicho paciente los niveles de expresión de ARN de los siguientes 8 genes: UBE2C, BIRC5, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST, y MGP

(b) combinar matemáticamente los valores de los niveles de expresión para los genes de dicho conjunto cuyos valores se determinaron en la muestra tumoral para proporcionar una puntuación combinada, en donde dicha puntuación combinada es indicativa de una prognosis de dicho paciente.

2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, en donde dicho paciente ha recibido terapia endocrina o se contempla que vaya a recibir tratamiento endocrino.

3. El método de la reivindicación 2, en donde dicha terapia endocrina comprende tamoxifeno o inhibidor de aromatasa.

4. El método de acuerdo con las reivindicaciones 1 a 3 en donde se predice el riesgo de desarrollar recurrencia del cáncer de mama o muerte relacionada con el cáncer de mama.

5. El método de acuerdo con cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en donde dicho nivel de expresión se determina en forma de nivel de expresión de ARN Mensajero.

6. El método de acuerdo con la reivindicación 5, en donde dicho nivel de expresión se determina mediante al menos uno de

un método basado en PCR,

un método basado en micromatriz, y

un método basado en hibridación.

7. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde dicha determinación de los niveles de expresión es en una muestra tumoral fijada con formalina incluida en parafina o en una muestra tumoral recién congelada.

8. El método de cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde se determina el nivel de expresión de al menos un gen marcador en forma de un patrón de expresión relativo a al menos un gen de referencia o a un valor de expresión medio computado.

9. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde dicha etapa de combinación matemática comprende una etapa de aplicación de un algoritmo a valores representativos de los niveles de expresión de genes dados, en particular en donde dicho algoritmo es una combinación lineal de dichos valores representativos de los niveles de expresión de genes dados.

10. El método de la reivindicación 9, en donde un valor para un valor representativo de un nivel de expresión de un gen dado se multiplica por un coeficiente.

11. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde uno, dos o más umbrales se determinan para dicha puntuación combinada, que discriminan en riesgo elevado y bajo, riesgo elevado, intermedio y bajo, o más grupos de riesgo aplicando el umbral sobre la puntuación combinada en particular en donde una puntuación combinada elevada es indicativa de los beneficios de la quimioterapia citotóxica.

12. El método de una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en donde la información referente al estado ganglionar del paciente se procesa en la etapa de combinación matemática de los valores de los niveles de expresión para los genes para proporcionar una puntuación combinada.

13. El método de la reivindicación 11 o 12, en donde dicha información referente al estado ganglionar es un valor numérico si dicho estado ganglionar es negativo y dicha información es un valor numérico diferente si dicho estado ganglionar es positivo y un número diferente o idéntico si dicho estado ganglionar es desconocido.

14. El uso de un kit para llevar a cabo un método de cualquiera de las reivindicaciones 1 a 13, comprendiendo dicho kit un conjunto de oligonucleótidos capaz de unirse específicamente a secuencias o a secuencias de fragmentos de los genes en una combinación de genes, en donde

dicha combinación comprende los 8 genes: UBE2C, BIRC5, DHCR7, STC2, AZGP1, RBBP8, IL6ST, y MGP.