Método in vitro y kit para el pronóstico o predicción de la respuesta por parte de pacientes con artritis reumatoide al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFalfa.

Método in vitro y kit para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFa por parte de pacientes con artritis reumatoide,

que comprende la determinación en una muestra de sangre de dichos pacientes del nivel de expresión de al menos uno de los ocho genes seleccionado del grupo: HLA-DRB3, EAT2, GNLY, CAMP, SLC2A3, IL2RB, MXD4 y TLR5 o decombinaciones de los mismos y la comparación de dicho nivel de expresión con respecto a los valores de expresión obtenidos de pacientes respondedores al tratamiento y no respondedores al mismo.

MÉTODO IN VITRO Y KIT PARA EL PRONÓSTICO O PREDICCIÓN DE LA RESPUESTA POR PARTE DE PACIENTES CON ARTRITIS REUMATOIDE AL TRATAMIENTO CON AGENTES BLOQUEANTES DEL FACTOR 5 TNFa

CAMPO DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere a un método in vitro (en adelante método de la invención) para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor necrosis tumoral alfa (TNFa), como por ejemplo infliximab o adalimumab, por parte de pacientes con artritis reumatoide. Así, la presente invención puede englobarse dentro del campo de la medicina personalizada, de la reumatología o de la genética humana como campo que estudia las enfermedades de base genética.

ESTADO DE LA TÉCNICA

La artritis reumatoide (AR) es una de las enfermedades autoinmunes más frecuentes en el mundo (prevalencia mundial ~ 1%). La AR conduce a la inflamación crónica de las articulaciones sinoviales y al desarrollo de daño articular 2 progresivo que puede dar lugar a una marcada incapacidad funcional. Además, la AR es una enfermedad muy heterogénea y compleja en todos sus aspectos, incluyendo tanto sus manifestaciones clínicas como la variabilidad en su respuesta a las diferentes terapias.

Fruto de la intensa investigación llevada a cabo durante los últimos años, se han identificado varios tratamientos para el 25 control de la AR. Durante la última década las terapias biológicas que inhiben el TNFa han tenido un mayor desarrollo, con respecto al control de la AR, en comparación con terapias basadas en DMARD (medicamentos antirreumáticos modificadores de la enfermedad).

Actualmente el infliximab es una de las terapias más usadas para el tratamiento de la AR. El infliximab es un anticuerpo 3 monoclonal quimérico (IgG) derivado de un ADN recombinante de origen humano y murino, que se une y neutraliza al TNFa, logrando interrumpir la cascada secuencial de activación de las vías inflamatorias mediadas por esta citoquina.

Sin embargo, existe un porcentaje de pacientes que no responden al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFa y deben ser redirigidos hacia terapias alternativas. Por lo tanto, los métodos para el pronóstico o predicción de los 35 pacientes que se pueden beneficiar de este tratamiento y su diferenciación de los pacientes no respondedores a dicho tratamiento que serán focalizados hacia terapias alternativas, son una necesidad creciente dirigida hacia el reto que supone la medicina individualizada.

En el documento [Gene profiling in white blood cells predicts infliximab responsiveness in rheumatoid arthritis. Thierry 4 Lequerré et al.] se divulga el estudio del perfil de expresión génico (mediante la cuantificación del nivel de ARNm) en células mononucleares periféricas (PBMCs) (lo que supone una fracción de menos del 6% de las células de la sangre), como base para la predicción de la respuesta a infliximab por parte de pacientes con AR. Se determinaron un grupo de genes correlacionados con la respuesta al tratamiento. Los genes estudiados se muestran en las diferentes tablas y figuras de este documento, siendo el listado más completo el comprendido en la Tabla 4.

En el documento ["Effect of infliximab therapy on gene expression levels of tumor necrosis factor alpha, tristetraprolin, T cell intracellular antigen 1, and Hu antigen R in patients with rheumatoid arthritis. Sugihara, Makoto et al.] se llevó a cabo la identificación de parámetros que puedan predecir, en pacientes con AR, la eficacia de la terapia anti-TNFa. Para ello se analizó el nivel de expresión de los genes TNFa, TTP, TIA-1 y FluR concluyendo que las diferencias de expresión 5 en genes ABP (TTP, TIA-1 y FluR) puede afectar a la expresión del gen TNFa. Un ratio de expresión TIA-1:FluR elevado podría estar relacionado con la respuesta del paciente al tratamiento con infliximab.

En el documento [Effect of infliximab on mRNA expression profiles in synovial tissue of rheumatoid arthritis patients". Johan Lindberg et al.] se divulga el examen realizado del perfil de expresión génica de pacientes aquejados con AR 55 para investigar si dichos perfiles pueden ser utilizados para predecir la respuesta de los pacientes al tratamiento con infliximab. Para ello se estudió el perfil de expresión de una serie de genes como MMP-3 y otros citados en la página 5 (columna izquierda segundo párrafo). Los documentos W27/135568 y W27/3851 divulgan genes para la predicción de la respuesta a agentes bloqueantes de TNFa en muestras de sangre.

Ninguno de los documentos localizados en el estado de la técnica describe ninguno de los ocho genes, cuyo nivel de expresión es analizado en la presente invención: FILA-DRB3 (NCBI: 3125), EAT2 (NCBI: 117157), GNLY (NCBI: 1578), CAMP (NCBI: 82), SLC2A3 (NCBI: 6515), IL2RB (NCBI: 356), MXD4 (NCBI: 168) y TLR5 (NCBI: 71). Por lo tanto, no existe en el estado de la técnica ninguna evidencia relacionada con la utilización de los ocho genes arriba citados, los cuales tal y como se explica en la descripción de la invención han sido específicamente seleccionados en la 65 presente invención mediante un exhaustivo proceso de cribado entre miles de genes.

Es importante hacer notar que aunque en la presente invención el modelo predictor óptimo es el que considera la expresión del conjunto de los ocho genes arriba citados a la vez, cada uno de estos ocho genes tiene potencial predictivo por sí mismo. Por lo tanto en el método divulgado podría utilizarse, con suficientes visos de efectividad, cualquiera de los ochos genes arriba mencionados, cualquier sub-combinación de los ocho genes con un número de genes > 2 o el conjunto de los ocho genes, en su totalidad.

Además, otra diferencia importante del método de la invención con respecto a los métodos divulgados en el estado de la técnica se refiere a la naturaleza de la muestra biológica usada para el análisis de la expresión génica. En la presente invención y a diferencia del estado de la técnica, se aísla y se analiza el ARNm de sangre total, sin realizar ningún fraccionamiento previo. El perfil de expresión, por tanto, incluye todas las poblaciones celulares de la sangre. Este aspecto adquiere importancia al tener en cuenta que cada tipo o población celular pueden tener asociados diferentes perfiles de expresión génica.

El tipo de muestra tomada en la presente Invención (sangre total) hace que el método sea muy poco invasivo para el paciente y constituye otra diferencia respecto a algunos de los métodos conocidos donde se realizan biopsias sinoviales para la extracción de las muestras.

DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN

BREVE DESCRIPCIÓN DE LA INVENCIÓN

La presente invención se refiere a un método in vitro para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFa por parte de pacientes con artritis reumatoide, como se divulga en las reivindicaciones adjuntas 1-1. Además en el presente documento se describen dichos métodos, que comprenden la determinación en una muestra de sangre de dichos pacientes y mediante la cuantificación del nivel de expresión transcripcional (ARNm), de al menos uno de los ocho genes seleccionado del grupo: HLA-DRB3 (NCBI: 3125), EAT2 (NCBI: 117157), GNLY (NCBI: 1578), CAMP (NCBI: 82), SLC2A3 (NCBI: 6515), IL2RB (NCBI: 356), MXD4 (NCBI: 168) y TLR5 (NCBI: 71); y la comparación de dicho nivel de expresión con respecto a los valores de expresión previamente obtenidos de pacientes que demostraron ser respondedores al tratamiento o no respondedores al mismo.

Además la presente divulgación se refiere a un kit para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFa por parte de pacientes con artritis reumatoide, que comprende al menos una sonda que hlbrlde con al menos una de las secuencias nucleotídicas de los siguientes genes: FILA-DRB3 (NCBI: 3125), EAT2 (NCBI: 117157), GNLY (NCBI: 1578), CAMP (NCBI: 82), SLC2A3 (NCBI: 6515), IL2RB (NCBI: 356), MXD4 (NCBI: 168) y TLR5 (NCBI: 71).

Las sondas comprendidas en el kit se caracterizan por las secuencias SEQ ID NO: 1-8.

Tal y como se observa en las Figuras 2-9, debe tenerse en cuenta que los genes sobreexpresados en pacientes no respondedores antes de iniciar el tratamiento son: MXD4, FILA-DRB3, IL2RB, EAT2, GNLY y los genes sobreexpresados en pacientes respondedores antes de iniciar el tratamiento son: TLR5, CAMP, SLC2A3.

Por otro lado comentar que los genes HLA-DRB3, EAT2, GNLY, CAMP, IL2RB y TLR5, están todos ellos relacionados con la respuesta inmune.

Así, el problema técnico resuelto por la presente Invención se refiere a un método in vitro para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor... [Seguir leyendo]

1. Método in vitro para el pronóstico o predicción de la respuesta al tratamiento con agentes bloqueantes del factor TNFa por parte de pacientes con artritis reumatoide, que comprende la determinación en una muestra de sangre de dichos pacientes, el nivel de expresión del gen GNLY y la comparación de dicho nivel de expresión con respecto a los valores de expresión obtenidos de pacientes respondedores y no respondedores que mostraron, respectivamente, respuesta al tratamiento y aquellos que no mostraron respuesta al mismo.

2. Método in vitro, según la reivindicación 1, que además comprende la determinación del nivel de expresión conjunto del grupo de genes que consiste en: HLA-DRB3, EAT2, CAMP, SLC2A3, IL2RB, MXD4 y TLR5; o el nivel de expresión de cualquier combinación de los mismos.

3. Método in vitro, según la reivindicación 1, que comprende la determinación del nivel de expresión conjunto del grupo de seis genes que consiste en: GNLY, HLA-DRB3, EAT2, CAMP, IL2RB y TLR5.

4. Método in vitro, según la reivindicación 3, que además comprende la determinación del nivel de expresión del gen: SLC2A3.

5. Método in vitro, según cualquiera de las reivindicaciones 3 ó 4, que además comprende la determinación del nivel de expresión del gen: MXD4.

6. Método in vitro, según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque los genes GNLY, MXD4, HLA-DRB3, IL2RB y EAT2 están sobreexpresados en pacientes no respondedores antes de iniciar el tratamiento y los genes TLR5, CAMP y SLC2A3 están sobreexpresados en pacientes respondedores antes de iniciar el tratamiento.

7. Método in vitro, según cualquiera de las reivindicaciones anteriores, caracterizado porque el nivel de expresión de los genes es determinado mediante la cuantificación del nivel de ARNm en la muestra de sangre.

8. Método in vitro, según la reivindicación 1, caracterizado porque el agente bloqueante del factor TNFa es un anticuerpo anti-TNFa.

9. Método in vitro, según la reivindicación 8, caracterizado porque el agente bloqueante del factor TNFa es infliximab.

1. Método in vitro, según la reivindicación 8, caracterizado porque el agente bloqueante del factor TNFa es adalimumab.