Marcadores para cáncer endometrial.

Un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende detectar el nivel del biomarcador P4HB en una muestra de una paciente en el que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial

Marcadores para cáncer endometrial

Campo de la invención La invención se refiere al diagnóstico de detección, y al pronóstico de cáncer uterino. La invención se refiere al sorprendente hallazgo de que los biomarcadores correspondientes a ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, P4HB, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN se expresan de manera diferencial en muestras de control en comparación con muestras de pacientes que tienen cáncer endometrial y, por lo tanto, son útiles para detectar cáncer endometrial. En particular, estos biomarcadores que tienen excelente sensibilidad, especificidad, y/o la capacidad de separar personas afectadas de no afectadas. Además, los inventores descubrieron que la expresión diferencial de estos biomarcadores en tejido tumoral de cáncer endometrial primario se correlaciona con su nivel de expresión en muestras de fluido uterino en comparación con valores de control. Por tanto, estos biomarcadores son robustos ya que se encuentra que se expresan de manera diferencial en varios tipos diferentes de muestras de personas y afectadas.

Antecedentes de la invención Cada año en Europa hay aproximadamente 150.000 nuevos casos de cáncer endometrial y aproximadamente 46.000 mujeres mueren a partir de la enfermedad (Ferlay et al. (2007) Ann. Onc. 18:581-592) . En los Estados Unidos, se diagnostican cada año aproximadamente 41.000 nuevos casos de carcinoma endometrial y 7.300 mujeres mueren cada año (véanse las estadísticas de la American Cancer Society disponibles en Internet) . Las tasas de incidencia y de mortalidad del cáncer endometrial están en aumento.

El cáncer endometrial (CE) es el tumor invasivo más frecuente del aparato genital femenino y el cuarto más común en mujeres en los países occidentales (Jemal et al. (2008) CA Cancer J. Clin. 58:71-96) . Se necesitan nuevos procedimientos para el diagnóstico, pronóstico, y clasificación del cáncer endometrial para combatir esta enfermedad mortal.

A menudo, el cáncer endometrial se detecta de forma precoz, en sus fases iniciales, por la presentación de síntomas relacionados con la enfermedad. Desafortunadamente, un 20 % de las pacientes afrontan una invasión miometrial y/o afectación de los ganglios linfáticos, que son indicadores principales relacionados con un mal pronóstico, una disminución en la tasa de supervivencia, y una enfermedad más avanzada. La modalidad terapéutica primaria para el cáncer endometrial es el tratamiento quirúrgico.

Los síntomas comunes del cáncer uterino (por ejemplo, cáncer endometrial) incluyen hemorragia o leucorrea inusual, dificultad para orinar, dolor pélvico, y dolor durante el coito. El cáncer uterino se produce normalmente después de la menopausia. Otros factores de riesgo para el cáncer endometrial incluyen ser obeso, tomar un tratamiento de reemplazo hormonal sólo de estrógenos, tratamiento con tamixofeno y tener una predisposición genética al cáncer (por ejemplo, síndrome de Lynch) . El tratamiento estándar para el cáncer endometrial varía dependiendo de la fase de la enfermedad. Normalmente, el tratamiento implica cirugía para extirpar el útero, lo que se denomina histerectomía, aunque otras opciones incluyen tratamiento hormonal y radioterapia.

Los procedimientos usados de forma rutinaria en la clínica para diagnosticar el cáncer endometrial incluyen biopsia seguido de análisis citológico y/o ecografía transvaginal. Normalmente, el diagnóstico del carcinoma endometrial se realiza por examen anatomopatológico de un aspirado endometrial (20-30 %) , y por histeroscopia con biopsia dirigida (70-80 %) . La tasa de éxito del diagnóstico con histeroscopia es más del 90 %, con positivos falsos en el caso de lesiones precursoras del adenocarcinoma endometrial (hiperplasias) ; pólipos endometriales, que presentan un grado no despreciable de neoplasia maligna (0-4, 8 %) y que se deben extirpar a pesar de su apariencia benigna y asintomática; o en el caso de formas difusas de adenocarcinomas endometriales que son difíciles de diferenciar de una hiperplasia endometrial. Por tanto, existe una necesidad de obtener una prueba de diagnóstico menos invasiva basada en marcadores moleculares. Una prueba menos invasiva basada en marcadores moleculares de este tipo permitiría un cribado más rutinario del cáncer uterino. Una prueba de diagnóstico basada en marcadores moleculares obtenida de un modo menos invasivo y que tenga una sensibilidad y especificidad comparables a las de la biopsia endometrial puede evitar una histeroscopia innecesaria.

Los carcinomas endometriales se pueden clasificar en de escasa malignidad (tipo I) y de gran malignidad (tipo 2) . El cáncer endometrial endometrioide de tipo I (a veces denominado dependiente de estrógenos) , que representan aproximadamente el 80 % de los nuevos casos, son tumores de gran malignidad asociados con una estimulación de estrógenos, desarrollados normalmente en mujeres peri-o posmenopáusicas, y están precedidos normalmente de hiperplasia endometrial con o sin atipia. El cáncer endometrial no endometrioide de tipo II afecta normalmente a mujeres mayores, son menos diferenciados y de peor pronóstico, no están asociados con estimulación de estrógenos, y están relacionados con un endometrio atrófico o, de forma ocasional, con pólipos endometriales.

Típicamente, los cánceres de tipo I son conocidos porque tienen alteraciones en PTEN, KRAS2, defectos en la reparación de los errores de emparejamiento del ADN, CTNNB1, y tienen un cariotipo casi diploide. Típicamente, los cánceres de tipo II tienen mutaciones de TP53 y sobreexpresión de ErBB2 y son mayormente no diploides. Sugiyama

et al. ( (2003) Clin. Can. Res. 9:5589-5600) informaron de que determinados genes se regulan por incremento o por disminución de forma selectiva en cánceres endometriales de tipo I frente a los de tipo II. Por ejemplo, descubrieron que MLH1 se regulaba por disminución en cánceres de tipo I así como otros genes relacionados con la señalización y reparación de lesiones en el ADN como O6-metil-guanina-ADN metiltransferasa, subunidad catalítica de ADN polimerasa α, y antígeno Ku (p70/p80) . Se descubrió que VEGF-C se regulaba por incremento en cánceres de tipo I en el nivel de proteína y ARNm en comparación con los cánceres de tipo II. Se descubrió que KRAS se regulaba por incremento en cánceres de tipo II. STAT1 se regulaba por incremento en cánceres de tipo I y STAT2 se regulaba por incremento en cánceres de tipo II. Konecny et al. ( (2009) British Journal of Cancer 100, 89-95) informa que la tasa de amplificación del gen HER2 medida por hibridación in situ con fluorescencia fue mayor en cánceres de tipo II mientras que la expresión de EGFR medida por técnicas de IHC fue significativamente menor en cánceres de tipo II. Deng et al. ( (2005) Clin. Can. Res. Vol. 11, nº 23:8258-8264) informan que EIG121 es un marcador para cánceres asociados con estrógenos de tipo I.

Los cánceres uterinos también se clasifican histológicamente de acuerdo con tipo de célula. El tipo de célula más común se denomina endometrioide y representa alrededor del 80 % de los casos recién diagnosticados. Otros cánceres uterinos menos comunes se denominan carcinomas de células serosas y de células claras. La mayoría de los cánceres de tipo I son del tipo celular endometrioide mientras que lo más probable es que los cánceres de tipo II sean cánceres uterinos no endometrioides. Lo más probable es que los cánceres de tipo II metastaticen y tengan un pronóstico peor que los cánceres de tipo I. Típicamente, los cánceres de tipo I tienen un mejor pronóstico y responden mejor al tratamiento.

Varios estudios han examinado los perfiles de expresión génica para clasificar los cánceres uterinos. Sugiyama et al. ( (2003) Clin. Canc. Res. 9:5589-5600) informan de que entre los cánceres de tipo I y II se expresaron altamente 45 genes en cánceres de tipo I y se expresaron altamente 24 en cánceres de tipo I. Risinger et al. ( (2003) Canc. Res. 63:6-11) informan de que el análisis con micromatrices de diferentes subtipos histológicos de cáncer endometrial tienen distintos perfiles de expresión génica. Descubrieron que 191 genes presentaron una diferencia de más de 2 veces en la expresión entre cánceres endometriales endometrioides y no endometrioides.

Se han identificado varios biomarcadores de cáncer endometrial para el cáncer endometrial. Los niveles elevados de CA 125, CA 15-3, y CA 19-9 están asociados con un tiempo de supervivencia más corto. CA 125 se correlaciona con el tamaño y la fase del tumor y es un factor predisponente independiente de la diseminación extrauterina.

En la literatura se ha informado de marcadores... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento de diagnóstico in vitro para el diagnóstico de cáncer endometrial que comprende detectar el nivel del biomarcador P4HB en una muestra de una paciente en el que un incremento en el nivel de P4HB en comparación con un valor de control indica la existencia de cáncer endometrial.

2. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de GMIP, IKBKE, o EFEMP2.

3. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de FASTKD1.

4. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de DDR1.

5. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de SIRT6.

6. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de PHKG2.

7. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 1, que comprende además detectar el nivel de un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, SOCS2, y DCN.

8. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que dicha paciente tiene un factor de riesgo para cáncer endometrial o se la está sometiendo a un cribado para cáncer endometrial.

9. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente con hemorragia uterina anormal.

10. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 9, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente que tiene un incremento en el grosor del endometrio.

11. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 10, en el que dicha muestra de dicha paciente es de una paciente premenopáusica, perimenopáusica, o posmenopáusica.

12. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 11, en el que dicha paciente es posmenopáusica.

13. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 12, en el que dicha muestra se elige de una muestra de tejido, sangre y/o suero, y fluido uterino.

14. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 13, en el que dicha muestra es una muestra de fluido uterino.

15. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 14, en el que dicha muestra de fluido uterino se obtiene por aspiración.

16. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que el nivel del biomarcador P4HB, y opcionalmente, un biomarcador elegido de GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN, se determina con un anticuerpo.

17. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que el nivel del biomarcador P4HB, y opcionalmente, un biomarcador elegido de GMIP, IKBKE, FASTKD1, DDR1, SIRT6, PHKG2, ACAA1, AP1M2, EPS8L2, P2RX4, PPFIBP2, PPP1R16A, CGN, RASSF7, RNF183, TJP3, EFEMP2, SOCS2, y DCN, se determina por RT-PCR.

18. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 2 a 17, en el que se detectan de 2 a 20 marcadores.

19. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 18, en el que se detectan uno o más biomarcadores adicionales.

20. El procedimiento de diagnóstico in vitro de la reivindicación 19, en el que dichos uno o más biomarcadores adicionales se eligen de biomarcadores de diagnóstico diferencial, biomarcadores de pronóstico, biomarcadores útiles para detectar cáncer endometrial, biomarcadores para clasificar cáncer endometrial y biomarcadores auxiliares para detectar cáncer endometrial.

21. El procedimiento de diagnóstico in vitro de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15 y 17 a 20, que comprende proporcionar una muestra de fluido uterino obtenida de una paciente con un dispositivo Pipelle o jeringuilla, en el que la paciente tiene un factor de riesgo o síntoma de cáncer endometrial;

poner en contacto dicha muestra con un agente que puede preservar, prevenir, o reducir la degradación de ARN en dicha muestra de fluido uterino;

determinar en dicha muestra el nivel de expresión de ARNm correspondiente a dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, y uno o más genes endógenos usando PCR cuantitativa; normalizar el nivel de expresión de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, con los uno o más genes endógenos;

comparar el nivel normalizado de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, con un valor de control en el que la expresión diferencial de dicho biomarcador P4HB y, opcionalmente, un biomarcador elegido de ACAA1, AP1M2, CGN, DDR1, EPS8L2, FASTKD1, GMIP, IKBKE, P2RX4, PHKG2, PPFIBP2, PPP1R16A, RASSF7, RNF183, SIRT6, TJP3, EFEMP2, SOCS2 y DCN, indica cáncer endometrial o un incremento en la probabilidad de cáncer endometrial.

22. El procedimiento de la reivindicación 21, en el que dichos uno o más genes endógenos se eligen de POLR2A, B2M y PFN1.

23. Uso de un ácido nucleico que es ARNm de P4HB, ADNc, o un complementario del mismo para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

24. Uso de un ácido nucleico que es un cebador para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

25. Uso de un ácido nucleico que es una sonda para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

26. Uso de un anticuerpo para P4HB para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

27. Uso de un kit que comprende un cebador para P4HB como se define en la reivindicación 24, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

28. Uso de un kit que comprende la sonda como se define en la reivindicación 25, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

29. Uso de un kit que comprende el anticuerpo como se define en la reivindicación 26, para diagnosticar cáncer endometrial in vitro.

FIG. 1

Expresión génica de aspirados frente a tumores primarios

Calculado usando RT-PCR con 64 genes en 9 muestras

Media de expresión génica relativa a aspirado □ Media de la expresión \ Regresión lineal Media de la expresión

FIG. 2A

GEN

FIG. 2B

GEN

FIG. 3 Datos de RNF183

FIG. 4 AP1M2

FIG. 5 CGN

FIG. 6 FASTKD1

FIG. 7 IKBKE

FIG. 8 P4HB

FIG. 9 SOCS2

FIG. 10

FIG. 11

FIG. 12

FIG. 13

FIG. 14

FIG. 15

FIG. 16

FIG. 17

FIG. 18

FIG. 19