Marcadores de expresión génica para el pronóstico de cáncer colorrectal.

Método de predicción del desenlace clínico para un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer colorrectal tras la resección quirúrgica del cáncer,

que comprende:

determinar un nivel de expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN, o un producto de expresión del mismo, en una muestra biológica que comprende células de cáncer colorrectal obtenidas del sujeto humano; y

predecir la probabilidad de un desenlace clínico positivo para el sujeto humano basándose en dicho nivel de expresión normalizada, en el que un aumento de la expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN, o un producto de expresión del mismo, se correlaciona negativamente con una probabilidad aumentada de un desenlace clínico positivo.

Marcadores de expresión génica para el pronóstico de cáncer colorrectal Campo de la invención

La presente invención proporciona un BGN, cuyos niveles de expresión son útiles para predecir el desenlace de cáncer colorrectal.

Descripción de la técnica relacionada

El cáncer colorrectal es la causa número dos de muerte relacionada con cáncer en los Estados Unidos y la Unión Europea, representando el 1% de todas las muertes relacionadas con cáncer. Aunque el cáncer de colon y el cáncer pueden representar una enfermedad idéntica o similar al nivel molecular, la cirugía para el cáncer rectal es complicada por cuestiones anatómicas. Posiblemente por este motivo, la tasa de recidiva local para cáncer rectal es significativamente mayor que para cáncer de colon, y por tanto el enfoque de tratamiento es significativamente diferente. Se diagnostican aproximadamente 1. nuevos casos de cáncer de colon cada año en los Estados Unidos, diagnosticándose aproximadamente el 65% de estos como cáncer colorrectal en estadio ll/lll tal como se comenta a continuación.

El refinamiento de un diagnóstico de cáncer colorrectal implica evaluar el estado de progresión del cáncer usando criterios de clasificación convencionales. Se han usado ampliamente dos sistemas de clasificación en cáncer colorrectal, el sistema de estadificación de Astler-Coller o Duke modificado (estadios A-D) (Astler VB, Coller FA., Ann Surg 1954; 139:846-52), y más recientemente la estadificación TNM (estadios l-IV) desarrollado por el American Joint Committee on Cáncer (AJCC Cáncer Staging Manual, 6a edición, Springer-Verlag, Nueva York, 22). Ambos sistemas aplican medidas de la diseminación del tumor primario a través de las capas de la pared del recto o el colon a los órganos adyacentes, ganglios linfáticos y sitios distantes para evaluar la progresión tumoral. Las estimaciones del riesgo de recidiva y las decisiones de tratamiento en cáncer de colon se basan principalmente en la actualidad en el estadio del tumor.

Hay aproximadamente 33. cánceres colorrectales en estadio II recién diagnosticados cada año en los Estados Unidos. Casi todos estos pacientes se tratan mediante resección quirúrgica del tumor y, además, aproximadamente el 4% se tratan actualmente con quimioterapia basada en 5-fluorouracilo (5-FU). La decisión de si administrar quimioterapia adyuvante no es sencilla. La tasa de supervivencia a cinco años para pacientes con cáncer de colon en estadio II tratados con cirugía sola es de aproximadamente el 8%. El tratamiento adyuvante convencional con 5- FU + leucovorina (ácido folínico) demuestra un beneficio absoluto de sólo el 2-4% en esta población y muestra toxicidad significativa, incluyendo una tasa de muerte tóxica por quimioterapia de hasta el 1%. Por tanto, un gran número de pacientes reciben terapia tóxica de la que sólo unos cuantos se benefician.

Una prueba que pueda producir un pronóstico tras la cirugía en pacientes con cáncer colorrectal en estadio II sería de gran beneficio para guiar las decisiones de tratamiento para estos pacientes.

El beneficio de la quimioterapia en cáncer de colon en estadio III es más evidente que en estadio II. Una gran proporción de los 31. pacientes a los que se les diagnostica anualmente cáncer de colon en estadio III reciben quimioterapia adyuvante basada en 5-FU, y el beneficio absoluto de 5-FU + leucovorina en este entorno es de alrededor del 18-24%, dependiendo del régimen particular empleado. El tratamiento quimioterápico de referencia actual para pacientes con cáncer de colon en estadio III (5-FU + leucovorina o 5-FU + leucovorina + oxaliplatino) es moderadamente eficaz, logrando una mejora en la tasa de supervivencia a 5 años de desde aproximadamente el 5% (cirugía sola) hasta aproximadamente el 65% (5-FU + leucovorina) o el 7% (5-FU + leucovorina + oxaliplatino). El tratamiento con 5-FU + leucovorina solos o en combinación con oxaliplatino va acompañado de una gama de efectos secundarios adversos, incluyendo muerte tóxica en aproximadamente el 1% de los pacientes tratados. Además, la tasa de supervivencia a tres años para pacientes con cáncer de colon en estadio III tratados con cirugía sola es de aproximadamente el 47% y no se ha establecido si existe un subconjunto de pacientes en estadio III para los que el riesgo de recidiva se asemeja al observado para pacientes en estadio II.

Una prueba que cuantifique el riesgo de recidiva basándose en marcadores moleculares en vez de en el estadio tumoral solo sería útil para identificar un subconjunto de pacientes en estadio III que pueden no requerir terapia adyuvante para lograr desenlaces aceptables.

La estadificación de tumores rectales se lleva a cabo basándose en criterios similares que para la estadificación de tumores de colon, aunque hay algunas diferencias que resultan por ejemplo de diferencias en la disposición de los ganglios linfáticos drenantes. Como resultado, los tumores rectales en estadio ll/lll soportan una correlación razonable con tumores de colon en estadio ll/lll en cuanto a su estado de progresión. Tal como se indicó anteriormente, la tasa de recidiva local y otros aspectos del pronóstico difieren entre cáncer rectal y cáncer de colon, y estas diferencias pueden surgir de dificultades en el logro de la resección total de los tumores rectales. No obstante, no hay ninguna prueba convincente de que haya una diferencia entre cáncer de colon y cáncer rectal en

cuanto a las características moleculares de los respectivos tumores. Pruebas de pronóstico para cáncer rectal tendrían utilidad similar en la naturaleza tal como se describe para pruebas de pronóstico de cáncer de colon y podrían aplicarse los mismos marcadores de pronóstico a ambos tipos de cáncer.

Además, hay una clara necesidad de fármacos más seguros y más eficaces para el tratamiento de cáncer de colon. La quimioterapia actual para cáncer de colon se basa en el enfoque relativamente rudimentario de administrar fármacos que interfieren generalmente con la proliferación de células en división. Estudios clínicos recientes han demostrado la viabilidad del desarrollo de fármacos mejorados basados en una comprensión molecular detallada de los tipos y subtipos de cáncer particulares. Por ejemplo, el gen HER2 (ERBB2) está amplificado y se sobreexpresa la proteína HER2 en un subconjunto de cánceres de mama; HERCEPTIN® (Genentech, Inc.) un fármaco seleccionado para seleccionar como diana HER2, está indicado sólo para los pacientes que tienen un número de copias superior al normal de HER2 tal como se demuestra mediante hibridación in situ fluorescente (FISH) o un alto nivel de expresión de HER2 tal como se demuestra mediante inmunohistoquímica. Los genes cuya expresión está asociada con el desenlace clínico en pacientes con cáncer humanos son un recurso valioso para la selección de dianas para el examen de compuestos farmacológicos y actividades de desarrollo de fármacos adicionales.

Pueden desarrollarse fármacos dirigidos molecularmente, tales como HERCEPTIN® (Genentech, Inc.), y comercializarse conjuntamente con una prueba de diagnóstico que puede identificar pacientes que es probable que se beneficien del fármaco; un aspecto de una prueba de este tipo es la identificación de los pacientes que es probable que tengan un desenlace positivo sin ningún tratamiento distinto de cirugía sola. Por ejemplo, el 8% de los pacientes con cáncer de colon en estadio II sobreviven cinco años o más cuando se tratan con cirugía sola. Marcadores génicos que identifiquen pacientes que es más probable que estén entre el 2% cuyo cáncer experimentará recidiva sin tratamiento adicional son útiles en el desarrollo de fármacos, por ejemplo en la selección de pacientes para su inclusión en un ensayo clínico.

Sumario de la invención

Según un primer aspecto de la presente invención, se proporciona un método de predicción del desenlace clínico para un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer colorrectal tras la resección quirúrgica del cáncer tal como se especifica en la reivindicación 1.

El desenlace clínico del método de la invención puede expresarse, por ejemplo, en términos de intervalo libre de recidiva (ILR), supervivencia global (SG), supervivencia libre de enfermedad (SLE), o intervalo libre de recidiva a distancia (ILRD).

En una realización, el cáncer es cáncer colorrectal Duke B (estadio II) o Duke C (estadio III).

Para todos los aspectos del método de la invención, la determinación del nivel de expresión puede ser, por ejemplo, mediante un método de obtención del perfil de expresión génica. El método de obtención del perfil de expresión génica puede ser, por ejemplo, un método basado en PCR.

1. Método de predicción del desenlace clínico para un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer colorrectal tras la resección quirúrgica del cáncer, que comprende:

determinar un nivel de expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN, o un producto de expresión del mismo, en una muestra biológica que comprende células de cáncer colorrectal obtenidas del sujeto humano; y

predecir la probabilidad de un desenlace clínico positivo para el sujeto humano basándose en dicho nivel de expresión normalizada, en el que un aumento de la expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN, o un producto de expresión del mismo, se correlaciona negativamente con una probabilidad aumentada de un desenlace clínico positivo.

2. Método según la reivindicación 1, en el que el cáncer colorrectal es cáncer colorrectal Duke B (estadio II) o Duke C (estadio III).

3. Método según la reivindicación 2, en el que el cáncer colorrectal es cáncer de colon Duke B (estadio II) o Duke C (estadio III).

4. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el nivel de expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN se determina usando un método basado en PCR.

5. Método según cualquier reivindicación anterior, en el que el nivel de expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN se normaliza en relación con el nivel de expresión de un transcrito de ARN de al menos un gen de referencia.

6. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que el nivel de expresión normalizada de un producto de expresión de un transcrito de ARN de BGN se normaliza en relación con el nivel de expresión de un producto de expresión de un transcrito de ARN de al menos un gen de referencia.

7. Método según cualquiera de las reivindicaciones 2-6, que comprende:

determinar el nivel de expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN en una muestra biológica que comprende células de cáncer colorrectal obtenidas del sujeto humano, y

predecir la probabilidad de recidiva de cáncer colorrectal para el sujeto humano basándose en el nivel de expresión normalizada, en el que un aumento de la expresión normalizada de un transcrito de ARN de BGN se correlaciona positivamente con una probabilidad aumentada de recidiva de cáncer colorrectal.

8. Método según cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en el que el desenlace clínico se expresa en términos de intervalo libre de recidiva (ILR), supervivencia global (SG), supervivencia libre de enfermedad (SLE) o intervalo libre de recidiva a distancia (ILRD).

9. Método según cualquier reivindicación anterior, que comprende además la etapa de crear un informe que resume dicha predicción.

1. Método de determinación de si un sujeto humano al que se le ha diagnosticado cáncer colorrectal debe someterse a terapia adicional tras la resección quirúrgica del cáncer, que comprende llevar a cabo un método según cualquiera de las reivindicaciones 3 a 8, en el que si la probabilidad de recidiva de cáncer colorrectal aumenta, se le recomienda al paciente terapia adicional tras la resección quirúrgica.

11. Método según la reivindicación 1, en el que la terapia adicional es quimioterapia.

12. Método según la reivindicación 1 u 11, en el que la terapia adicional es radioterapia.