Biomarcadores para predecir la sensibilidad de células a compuestos inmunomoduladores durante el tratamiento del linfoma no Hodgkin.

Un método de predicción de la respuesta tumoral al tratamiento de un paciente con linfoma no Hodgkin (NHL),

que comprende:

cultivar células tumorales obtenidas del paciente en presencia o ausencia de un compuesto inmunomodulador;

medir la expresión de SPARC en las células tumorales; y

comparar el nivel de expresión de SPARC en células tumorales cultivadas en presencia de un compuesto inmunomodulador con el nivel de expresión de SPARC en células tumorales cultivadas en ausencia de un compuesto inmunomodulador;

en donde un nivel aumentado de expresión de SPARC en presencia de un compuesto inmunomodulador indica la probabilidad de una respuesta tumoral eficaz al compuesto inmunomodulador en el paciente, en donde el compuesto inmunomodulador es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina.

Biomarcadores para predecir la sensibilidad de células a compuestos inmunomoduladores durante el tratamiento del linfoma no Hodgkin

1. Campo

Se proporciona en la presente memoria el control de la expresión de un conjunto específicos de genes o proteínas antes y durante la terapia con un compuesto inmunomodulador para tratar el cáncer, p. ej., pacientes con linfoma no Hodgkin.

2. Antecedentes

Se han usado diferentes compuestos para tratar el cáncer y entre ellos, compuestos que son capaces de modular el sistema inmunitario. Algunos estudios se han centrado en un grupo de compuestos inmunomoduladores que se seleccionaron inicialmente por su capacidad para inhibir potencialmente la producción de TNF-a por CMSP estimuladas por LPS. L.G. Corral, et al., Ann. Rheum. Dis., 58 (suppl I): 117-1113 (1999). Los compuestos inmunomoduladores de Celgene Corporation, denominados IMiDs®, muestran no solo una potente inhibición del TNF-a sino también una inhibición notable de la producción de IL1 (3 e IL12 de monocitos inducida por LPS. Los ejemplos particulares de compuestos inmunomoduladores incluyen, pero no se limitan a 2-(2,6-dioxopiperidin-3- iljftalimidas sustituidas y 2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-1-oxoisoindoles sustituidos, descritos y reivindicados en las patentes de Estados Unidos n° 6.281.23 y 6.316.471, ambas de G.W. Muller, et al.

Uno de estos compuestos, la 1-oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina, es un fármaco antiangiogénico, antiproliferativo e inmunomodulador que está aprobado para el tratamiento de pacientes con anemia dependientes de transfusión debido al riesgo bajo o intermedio de MDS asociado con una anomalía citogenética del 5q con o sin anomalías citogenéticas adicionales. La 1-oxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina también está aprobada para usar en combinación con dexametasona para el tratamiento de pacientes con mieloma múltiple tratados previamente.

El documento US 27/117133 proporciona un método para predecir o determinar la respuesta de un tumor de mamífero a un agente quimioterapéutico y para tratar un tumor de mamífero, que comprende detectar y cuantificar la proteína SPARC o ARN en una muestra aislada del mamífero. El documento de Pellagatti et al, PNAS USA, 14(27), 27, 1146-11411 describe que la lenalidomida inhibe el clon maligno y regula por aumento el gen de SPARC que se encuentra en la región normalmente eliminada en pacientes con síndrome 5q. ZHANG et al, BLOOD, 11 (11 Parte 1), 27, 117A-118A describen que la lenalidomida presenta actividad celular contra linfomas no Hodgkin (NHL) asociada con una expresión potenciada de SPARC pero independiente de su capacidad para inhibir fuertemente la producción de VEGF de células NHL in vitro. ROBINSON et al, BMC BIOINFORMATICS, 8(1), 27, 449, se refieren a la reproducibilidad del nivel de sonda, exón y genes de duplicados técnicos y biológicos de cada una de las 3 plataformas. El documento US 26/41387 se refiere a la detección del cáncer y, en particular, a un sistema para usar en el diagnóstico temprano del cáncer usando tecnología de micromatriz de alta capacidad. El documento US 26/135423 se refiere a métodos y composiciones para el tratamiento o prevención de angiogénesis ocular y neovascularización asociados con enfermedad neovascular.

3. Compendio

Se proporciona en la presente memoria el uso de ARNm específicos y proteínas como biomarcadores para evaluar la eficacia y progreso del tratamiento por compuestos inmunomoduladores. Por ejemplo, los niveles de ARNm o

proteína de SPARC, p21, y ciclina D1, se pueden usar para determinar si es probable que un compuesto

inmunomodulador, tal como la 1-oxo-2- (2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina, tenga éxito en el tratamiento de determinados tipos de cáncer, tales como el NHL. Además, la expresión de estos genes o proteínas se puede usar para controlar el progreso de la eficacia del tratamiento en pacientes de NHL que están recibiendo tratamiento con compuestos inmunomoduladores.

En algunas realizaciones, se proporciona un método para predecir la respuesta tumoral al tratamiento en un paciente con linfoma no Hodgkin (NHL). El método comprende obtener células tumorales del paciente, cultivar las células en presencia o ausencia de un compuesto inmunomodulador, medir la expresión de SPARC en las células tumorales, y comparar los niveles de expresión de SPARC en células tumorales cultivadas en presencia de un compuesto inmunomodulador con aquellos en células tumorales cultivadas en ausencia de un compuesto inmunomodulador, en donde un nivel aumentado de la expresión de SPARC en presencia de un compuesto

inmunomodulador indica la probabilidad de una respuesta tumoral del paciente eficaz al compuesto

inmunomodulador.

En otra realización, se proporciona un método para controlar la respuesta tumoral al tratamiento en un paciente con linfoma no Hodgkin (NHL). El método comprende obtener una muestra biológica del paciente, medir la expresión de SPARC en la muestra biológica, administrar un compuesto inmunomodulador al paciente, obteniendo después una segunda muestra biológica del paciente, medir la expresión de SPARC en la segunda muestra biológica, y comparar los niveles de expresión de PARC, en donde un nivel aumentado de la expresión de SPARC después de

tratamiento indica la probabilidad de una respuesta tumoral eficaz.

En otra realización más, se proporciona un método para controlar la observancia del paciente con un protocolo de tratamiento con fármaco. El método comprende obtener una muestra biológica del paciente, medir el nivel de expresión de al menos uno de p21, D1 o SPARC en la muestra, y determinar si el nivel de expresión es mayor o menor en la muestra del paciente comparado con el nivel de expresión en una muestra de control no tratada, en donde una expresión mayor o menor indica la observancia del paciente con el protocolo de tratamiento con fármaco. En una realización, la expresión de p21 o SPARC es mayor.

La expresión controlada puede ser, por ejemplo, la expresión de ARNm o la expresión de protelna. La expresión en la muestra tratada puede aumentar, por ejemplo, en aproximadamente 1,5X, 2,X, 3X, 5X, o más. El compuesto inmunomodulador es la 1,3 -dioxo-2-(2,6-dioxoplper¡d¡n-3 -ll)-4-aminoisoindollna.

Se describe en la presente memoria un método para predecir la sensibilidad al tratamiento con un compuesto inmunomodulador en un paciente con NHL, específicamente, un linfoma de células del manto (MCL). El método comprende obtener una muestra biológica del paciente, opcionalmente aislar o purificar el ARNm de la muestra biológica, amplificar los transcritos de ARNm, por ejemplo, por RT-PCR, donde un nivel basal mayor de ciclina D1 (evaluado, por ejemplo, determinando el número de ciclos al que la fluorescencia pasa el nivel umbral (CT) de la expresión de ARNm de la ciclina D1) indica una probabilidad mayor de que el cáncer sea sensible al tratamiento con un compuesto Inmunomodulador.

También se describe un kit útil para predecir la probabilidad de un tratamiento eficaz del NHL con un compuesto inmunomodulador. El kit comprende un soporte sólido, ácidos nucleicos en contacto con el soporte, donde los ácidos nucleicos son complementarlos de al menos 2, 5, 1, 2, 35, o más bases de ARNm de ciclina D1, y un medio para detectar la expresión del ARNm en una muestra biológica.

En una realización adicional, se proporciona un kit útil para predecir la probabilidad de un tratamiento eficaz del NHL o para controlar la eficacia de un tratamiento con un compuesto inmunomodulador. El kit comprende un soporte sólido, al menos un ácido nucleico en contacto con el soporte, donde el ácido nucleico es complementario de al menos 2, 5, 1, 2, 35, 5 o más bases de ARNm de SPARC, y un medio para detectar la expresión del ARNm en una muestra biológica.

En una realización adicional, se proporciona un kit útil para predecir la probabilidad de un tratamiento eficaz del NHL o para controlar el tratamiento con un compuesto inmunomodulador. El kit comprende un soporte sólido y un medio para detectar la expresión de proteínas de al menos una de SPARC y p21 en una muestra biológica.

Dicho kit puede usar, por ejemplo, una tira reactiva, una membrana, un chip, un disco, una tira de ensayo, un filtro, una microesfera, un portaobjetos, una placa de múltiples pocilios, o una fibra óptica. El soporte sólido del kit puede ser, por ejemplo, un plástico, silicio, un metal, una resina, vidrio, una membrana, una partícula, un precipitado, un gel, un polímero, una lámina, una esfera, un polisacárido, una capilar, una película, una placa o un portaobjetos. La muestra biológica puede ser, por ejemplo, un cultivo celular,... [Seguir leyendo]

1. Un método de predicción de la respuesta tumoral al tratamiento de un paciente con linfoma no Hodgkin (NHL), que comprende:

cultivar células tumorales obtenidas del paciente en presencia o ausencia de un compuesto inmunomodulador; medir la expresión de SPARC en las células tumorales; y

comparar el nivel de expresión de SPARC en células tumorales cultivadas en presencia de un compuesto inmunomodulador con el nivel de expresión de SPARC en células tumorales cultivadas en ausencia de un compuesto inmunomodulador;

en donde un nivel aumentado de expresión de SPARC en presencia de un compuesto inmunomodulador indica la probabilidad de una respuesta tumoral eficaz al compuesto inmunomodulador en el paciente,

en donde el compuesto inmunomodulador es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina.

2. Un método de control de la respuesta tumoral al tratamiento de un paciente con linfoma no Hodgkin (NHL), que comprende:

medir la expresión de SPARC en una muestra biológica obtenida del paciente;

medir la expresión de SPARC en una segunda muestra biológica obtenida del paciente después de la administración de un compuesto inmunomodulador al paciente; y

comparar los niveles de expresión de SPARC;

en donde un nivel aumentado de expresión de SPARC después del tratamiento indica la probabilidad de una respuesta tumoral eficaz,

en donde el compuesto inmunomodulador es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina.

3. Un método de control de la observancia del paciente de un protocolo de tratamiento con fármaco en el tratamiento del linfoma no Hodgkin (NHL), que comprende:

medir el nivel de expresión de SPARC en una muestra biológica obtenida de dicho paciente; y

determinar si el nivel de expresión es mayor en la muestra del paciente comparado con el nivel de expresión en una muestra de control no tratada;

en donde una expresión aumentada indica la observancia del paciente de dicho protocolo de tratamiento con fármaco,

en donde el fármaco es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina.

4. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en donde la expresión es la expresión de ARNm o expresión de proteína.

5. El método de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en donde la expresión en la muestra tratada aumenta

1,5x, 2x, 3x, 5x o más.

6. Uso de un kit para predecir la probabilidad de un tratamiento eficaz del NHL con un compuesto inmunomodulador, en donde el kit comprende:

un soporte sólido;

un ácido nucleico en contacto con dicho soporte, en donde dicho ácido nucleico es complementario con al menos 2, 5, 1, 2, 35 o más bases de al menos uno del ARNm de p21 o ARNm de SPARC; y

un medio para detectar la expresión de dicho ARNm en una muestra biológica;

en donde el compuesto inmunomodulador es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidin-3-il)-4-aminoisoindolina.

7. Uso de un kit para predecir la probabilidad de un tratamiento eficaz del NHL con un compuesto inmunomodulador o para controlar el tratamiento del NHL con un compuesto inmunomodulador, en donde el kit comprende:

un soporte sólido; y

un medio para detectar la expresión de proteína de al menos uno de SPARC y p21 en una muestra biológica;

en donde el compuesto inmunomodulador es la 1,3-dioxo-2-(2,6-dioxopiperidln-3-il)-4-amino¡so¡ndol¡na.

8. El uso de las reivindicaciones 6 o 7, en donde el kit usa una tira reactiva, una membrana, un chip, un disco, una tira de ensayo, un filtro, una microesfera, un portaobjetos, una placa de múltiples pocilios o una fibra óptica.

9. El uso de una cualquiera de las reivindicaciones 6 a 8, en donde dicho soporte sólido comprende un 5 componente seleccionado del grupo que consiste en plástico, silicio, metal, resina, vidrio, membrana, partícula,

precipitado, gel, polímero, lámina, esfera, polisacárido, capilar, película, placa y portaobjetos.

1. El uso de una cualquiera de las reivindicaciones 6 a 9, en donde dicha muestra biológica se selecciona del grupo que consiste en un lisato celular, un cultivo celular, una línea celular, un tejido, un órgano, un orgánulo, un fluido biológico, una muestra de sangre, una muestra de orina y una muestra de piel.

11. El uso de una cualquiera de las reivindicaciones 6 a 1, en donde dicha muestra biológica es una biopsia

de ganglio linfático, una biopsia de médula ósea, o una muestra de células tumorales de sangre periférica.

12. El uso de la reivindicación 1, en donde el tejido es un tejido oral o un tejido gastrointestinal.