ZNF217, un nuevo biomarcador para el pronóstico y la predicción de fenotipos recurrentes, invasivos y metastásicos en el cáncer de mama.

Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente,

que comprende lassiguientes etapas:

a) ensayar una muestra previamente tomada de dicho paciente en busca de al menos un marcador depronóstico de cáncer de mama, y evaluar el nivel de expresión del gen ZNF217 en dicha muestra;

b) si la muestra presenta al menos un marcador de pronóstico que clasifica al cáncer de mama por tener unpronóstico favorable, reclasificar el cáncer de mama por tener un mal pronóstico si el gen ZNF217 estásobreexpresado en dicha muestra.

ZNF217, un nuevo biomarcador para el pronóstico y la predicción de fenotipos recurrentes, invasivos y metastásicos en el cáncer de mama.

La presente invención se refiere a procedimientos y kits para determinar el pronóstico de un cáncer de mama. Los procedimientos implican determinar el nivel de expresión del gen ZNF217 en una muestra tomada de un paciente en el que la sobreexpresión de ZNF217 está correlacionada con la probabilidad de metástasis y con la probabilidad de recaída/recidiva del cáncer.

El cáncer es una cuestión sanitaria importante, y mata a millones de personas a nivel mundial cada año. Los procedimientos de diagnóstico para el cáncer han mejorado y ahora es posible a menudo diagnosticar cánceres en etapas tempranas. A fin de que los tratamientos contra el cáncer sean eficaces, se requieren procedimientos exactos y simples para el pronóstico del cáncer.

El pronóstico del cáncer se determina a menudo basándose en datos histológicos y clínicos tales como el tamaño del tumor, la invasión, la extensión de los nódulos linfáticos o metástasis. Sin embargo, esta determinación es a menudo difícil de realizar en cánceres que se diagnostican en etapas tempranas, cuando los síntomas clínicos y los datos histológicos no están disponibles o no son evidentes.

Los marcadores del cáncer de mama tales como ER alfa (ER) (detectado mediante inmunohistoquímica) y ERBB2/HER2 (detectado mediante inmunohistoquímica y/o FISH) se han usado clásicamente para el pronóstico del cáncer, y los tumores de mama negativos a ER y/o positivos a ERBB2/HER2 son tumores con un mal pronóstico. Sin embargo, ≈60-70% de los cánceres de mama son ER+, y los cánceres de mama ERBB2/HER2+ representan sólo ≈15-20% de todos los cánceres de mama. De este modo, existe una urgente necesidad de nuevos biomarcadores de pronóstico para añadir un nuevo valor de pronóstico/predictivo a los biomarcadores actualmente usados, o para predecir la recaída/recidiva del cáncer, en particular en aquellos cánceres de mama considerados actualmente como “cánceres con un mejor pronóstico”, es decir, en cánceres de mama positivos a ER, y en particular en cánceres de mama positivos a ER y negativos a HER2.

Recientemente, los parámetros inmunohistológicos (ER, PR, HER2, KI67) y/o clínicos (SBR) se han propuesto para clasificar cánceres de mama en subtipos que son biológicamente distintos y se comportan diferentemente (Blows et al., 2010; Cheang et al., 2009; Hugh et al., 2009; Millar et al., 2009; Nguyen et al., 2008) . El pronóstico y sensibilidad a la quimioterapia de los diferentes subgrupos moleculares son diferentes. Los cánceres semejantes al luminal son ER+ y/o positivos a PR (receptor de progesterona) , y por lo tanto son sensibles a terapia endocrina, y pueden tener un pronóstico más favorable que los subtipos HER2+ y Triple negativos, incluso en la ausencia de cualquier terapia. El subtipo luminal B es equivalente a aquellos que expresan HER2 o que poseen un fenotipo muy proliferativo dado por KI67 o SBR (que tiene en cuenta el número de mitosis observadas) (Cheang et al., 2009; Hugh et al., 2009; Millar et al., 2009; Nguyen et al., 2008; Voduc et al., 2010) . Se ha demostrado que los cánceres de mama luminal B tienen una supervivencia a largo plazo menos favorable que los cánceres de mama luminal B (Blows et al., 2010; Cheang et al., 2009; Hugh et al., 2009; Nguyen et al., 2008; Voduc et al., 2010) . Se da entonces la máxima importancia a marcadores dirigidos a reestratificar las subclases luminales, en particular la subclase luminal A.

El documento WO 98/02539 describe genes de una región de amplificación en el cromosoma 20 asociado con cánceres. Los genes descritos se pueden usar como sondas específicas para el amplicón 20q13 para monitorizar la copia relativa de secuencias correspondientes en el genoma de células tumorales. Según este documento, el gen ZABC-1 (gen ZNF217) se localiza en el núcleo del amplicón 20q13.2 y está sobreexpresado en tumores primarios y estirpes celulares de cáncer de mama que tienen la amplificación 20q13.2. Según el documento WO 98/02539, la presencia o ausencia y/o el nivel de expresión de las proteínas 20q13 puede ser indicativo de la presencia, ausencia o grado de un cáncer. Sin embargo, en el documento WO 98/02539, los niveles de expresión del gen ZABC-1 (gen ZNF217) no se miden en muestras de tumores, y una supervivencia más corta libre de la enfermedad sólo está correlacionada con una amplificación de 20q13 de nivel elevado.

El documento WO 2006/065940 describe una nueva diana de pronóstico y terapéutica, el gen HTPAP, que, cuando se amplifica, confiere un mal pronóstico en pacientes con cáncer de mama. La amplificación del gen HTPAP puede estar asociada con la detección de otras amplificaciones, tales como el amplicón ZNF217.

Sun Guiqin et al. (2008) describen la influencia del silenciamiento de ZNF217 en el comportamiento biológico de una estirpe celular de cáncer ovárico humano (Sun et al., 2008) .

Según Li Jing et al. (2006) , la amplificación de ZNF217 está asociada significativamente con cáncer ovárico (Li et al., 2006) .

Quinlan et al. (2007) se centra en la prueba de que ZNF217 es un oncogén que está amplificado en diversos cánceres (Quinlan et al., 2007) .

Huang Guiqing et al. (2005) proporciona experimentos de laboratorio que muestran que ZNF217 suprime la muerte celular asociada con quimioterapia y disfunción telomérica (Huang et al., 2005) .

El documento WO 03/079748 se refiere a la potenciación de terapias contra el cáncer mediante la inhibición de ZNF217.

Se encuentran amplificaciones de 20q13 de nivel elevado en 6, 8% (Tanner et al., 2000) 8% (Ginestier et al., 2006; Plevova et al., 2010) y 19% (Letessier et al., 2006) de cánceres de mama. Sin embargo, puesto que varios estudios han mostrado que el nivel de amplificación de un gen o de una región cromosómica puede tener, en algunos casos, impacto sustancial sobre el nivel de expresión del gen o de los genes en muestras tumorales, otros mecanismos tales como mecanismos epigenéticos, transcripcionales o post-transcripcionales son también sucesos importantes que contribuyen a la expresión génica. Esto es también cierto para la amplificación de ZNF217 y niveles de expresión de ZNF217, puesto que se pudieron observar niveles de expresión de ZNF217 elevados en tumores de mama y estirpes celulares de mama que no poseen la amplificación (Collins et al., 1998; Collins et al., 2001) . Además, Mackay et al. (2009) no encontraron ninguna correlación significativa entre la expresión de ZNF217 y el número de copias del gen ZNF217 (Mackay et al., 2009) .

Adicionalmente, no está claro hasta qué grado está correlacionada la amplificación de 20q13 con un mal pronóstico en cáncer de mama. Letessier et al. (2006) no encontraron ninguna asociación entre la amplificación de 20q13 de nivel elevado y un mal resultado en cánceres de mama (Letessier et al., 2006) . Contrariamente, otro estudio pudo observar el valor de pronóstico de la amplificación de 20q13 en cáncer de mama, pero sólo con la amplificación de 20q13 de nivel elevado y no con la amplificación de 20q13 de nivel bajo/intermedio (Tanner et al., 1995) . Notablemente, la amplificación de 20q13 puede estar asociada con un buen pronóstico o con un mal pronóstico en cáncer de mama. Ginestier et al. (2006) observaron dos tipos de amplificación. En el primer tipo, el locus de ZNF217 se amplificó, pero la amplificación no se detectó en los otros dos loci de 20q13 (Ginestier et al., 2006) . En el segundo tipo, la región amplificada pareció más grande, e implicó dos o tres loci entre ZNF217, MYBL2 y STK6. Los dos tipos mostraron perfiles de expresión génica diferentes, y estaban asociados con diferentes características histoclínicas, incluyendo estado de ganglios linfáticos y supervivencia. Los tumores con amplificación en dos o tres loci estaban asociados con un buen pronóstico, mientras que los tumores con la amplificación en ZNF217 sólo estaban asociados más frecuentemente con un mal pronóstico. Ginestier et al. confirmaron además que no hubo ninguna correlación estadística entre los niveles de expresión de ARNm de ZNF217 y la amplificación de ZNF217 en los tumores amplificados solamente en ZNF217, y que los niveles de expresión de ARNm de ZNF217 no fueron capaces de discriminar estos tumores de los tumores sin ninguna amplificación (Ginestier et al., 2006) .

Finalmente, dos estudios encontraron la amplificación de ZNF217 asociada con el estado ER- y PR- (Letessier et al., 2006; Plevova et al., 2010) .

El valor de pronóstico de la amplificación de ZNF217 y del nivel de expresión de ZNF217 en... [Seguir leyendo]

1. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente, que comprende las siguientes etapas:

a) ensayar una muestra previamente tomada de dicho paciente en busca de al menos un marcador de pronóstico de cáncer de mama, y evaluar el nivel de expresión del gen ZNF217 en dicha muestra;

b) si la muestra presenta al menos un marcador de pronóstico que clasifica al cáncer de mama por tener un pronóstico favorable, reclasificar el cáncer de mama por tener un mal pronóstico si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

2. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según la reivindicación 1, en el que dicho marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable se determina mediante un sistema de clasificación histológica, un sistema de clasificación inmunohistoquímica y/o detección de la amplificación de ERBB2.

3. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1-2, en el que dicho marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable se selecciona de entre el grupo constituido por ER+, PR+, HER2-, índice proliferativo bajo, ninguna/poca invasión de ganglios linfáticos (≤3) , luminal y luminal A.

4. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en el que dicho al menos un marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable permite la clasificación del subtipo del cáncer de mama entre los subtipos que consisten en ER+ y/o PR+, HER2-, ER+/HER2-, SBR1 y/o SBR2, ninguna/poca invasión de ganglios linfáticos (≤3) , ER+ y/o PR+/SBR1 y/o SBR2, ER+/HER2-/SBR1 y/o SBR2, ER+/HER2-/SBR1 y/o SBR2/ninguna/poca invasión de ganglios linfáticos (≤3) , luminal A.

5. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en el que el cáncer se reclasifica como propenso a recaer y/o propenso a desarrollar un fenotipo invasivo o metastásico si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

6. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el cáncer se reclasifica por tener un mal pronóstico para la supervivencia libre de recaídas si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

7. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en el que el cáncer se reclasifica por tener un mal pronóstico para la supervivencia global si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

8. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que el cáncer se reclasifica por tener un mal pronóstico bajo terapia endocrina si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

9. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 7, en el que el cáncer se reclasifica por tener un mal pronóstico bajo quimioterapia y/o terapia endocrina si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

10. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente, que comprende las siguientes etapas:

a) ensayar una muestra tomada previamente de dicho paciente en busca de al menos un marcador de pronóstico de cáncer de mama,

b) evaluar el nivel de expresión del gen ZNF217 si la muestra presenta al menos un marcador que clasifica al cáncer de mama por tener un pronóstico favorable,

c) clasificar el cáncer de mama por tener un mal pronóstico si el gen ZNF217 está sobreexpresado en dicha muestra.

11. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según la reivindicación 10, en el que dicho marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable se determina mediante un sistema de clasificación histológica, un sistema de clasificación inmunohistoquímica y/o detección de la amplificación de ERBB2.

12. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según las reivindicaciones 10 y 11, en el que dicho marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable se selecciona en el grupo constituido por ER+, PR+, HER2-, índice proliferativo bajo, ninguna/poca invasión de

ganglios linfáticos (≤3) , luminal, luminal A.

13. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 10 a 12, en el que dicho al menos un marcador de pronóstico que clasifica el cáncer de mama por tener un pronóstico favorable permite la clasificación del subtipo del cáncer de mama entre los subtipos que consisten en ER+ y/o PR+, HER2-, ER+/HER2-, SBR1 y/o SBR2, ninguna/poca invasión de ganglios linfáticos (≤3) , ER+ y/o PR+/SBR1 y/o SBR2, ER+/HER2-/SBR1 y/o SBR2, ER+/HER2-/SBR1 y/o SBR2/ninguna/poca invasión de ganglios linfáticos (≤3) , luminal A.

14. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las 15 reivindicaciones 1 a 13, en el que el nivel de expresión del gen ZNF217 se compara con una muestra de control.

15. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 14, en el que la muestra de control es el nivel de expresión de la mediana de ZNF217 en muestras tomadas de pacientes que tienen cánceres de mama.

16. Procedimiento para determinar el pronóstico de un cáncer de mama en un paciente según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 15, en el que la muestra es una muestra de tumor de mama.

17. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 16, que comprende medir el nivel de expresión del 25 gen ZNF217 en una muestra mediante cuantificación del ARNm del gen ZNF217.

18. Procedimiento según cualquiera de las reivindicaciones 1 a 17, que comprende medir el nivel de expresión del gen ZNF217 en una muestra mediante cuantificación del polipéptido o polipéptidos codificados por el gen ZNF217.