Retrovirus endógenos regulados por aumento en el cáncer de próstata.

Un procedimiento para diagnosticar cáncer de próstata, en el que el procedimiento comprende la etapa dedetectar la presencia o ausencia de un producto de expresión de un retrovirus endógeno HML-2 en una muestra deun paciente,

en el que la muestra del paciente contiene células de próstata y/o en el que se sospecha que elpaciente tiene cáncer de próstata en el que la regulación por aumento de la expresión de al menos 150 % respecto aun control negativo es indicativa de cáncer de próstata.

Retrovirus endógenos regulados por aumento en el cáncer de próstata Campo de la técnica La presente invención se refiere al diagnóstico de cáncer, particularmente cáncer de próstata. En concreto, se refiere 5 a un subgrupo de retrovirus endógenos humanos (HERV) que muestran regulación por aumento de la expresión en tumores, en particular en tumores de próstata.

Técnica anterior

El cáncer de próstata es el tipo más frecuente de cáncer en varones en EE.UU. La hiperplasia prostática benigna (HPB) es el crecimiento anormal de células prostáticas benignas en el que la próstata crece y presiona contra la uretra y la vejiga urinaria, bloqueando el flujo normal de orina. Más de la mitad de los varones en EE.UU. con edades comprendidas entre 60-70 y hasta el 90% con edades comprendidas entre 70-90 tienen síntomas de HPB. Aunque esta afección rara vez es una amenaza para la vida puede requerir tratamiento para aliviar los síntomas.

El cáncer que comienza en la próstata se denomina cáncer prostático primario (o cáncer prostático) . El cáncer de próstata puede permanecer en la glándula prostática o se puede diseminar a los ganglios linfáticos cercanos y 15 también puede diseminarse a los huesos, la vejiga urinaria, el recto y otros órganos. El cáncer de próstata se diagnostica midiendo los niveles de antígeno específico de la próstata (PSA) y de la fosfatasa ácida prostática (PAP) en sangre. El nivel de PSA en sangre puede elevarse en varones que tienen cáncer de próstata, HPB, o una infección en la próstata. El nivel de PAP se eleva por encima de lo normal en muchos pacientes de cáncer de próstata, especialmente si el cáncer se ha diseminado más allá de la próstata. No obstante, no se puede diagnosticar el cáncer de próstata con estos ensayos únicamente debido a que los niveles elevados de PSA o PAP pueden indicar también otros problemas no cancerosos.

Con el fin de ayudar a determina si las afecciones de la próstata son benignas o malignas normalmente se realizan otros ensayos, tales como ultrasonografía transrectal, pielograma intravenoso, y citoscopia. Si los resultados de estos ensayos sugieren que puede haber cáncer, el paciente debe someterse a una biopsia como único medio seguro de diagnóstico del cáncer de próstata. En consecuencia, es deseable proporcionar un ensayo sencillo y directo para la detección y el diagnóstico precoz del cáncer de próstata sin tener que experimentar múltiples sesiones de incómodos procedimientos de ensayo. También es deseable y necesario proporcionar composiciones y procedimientos para la prevención y/o el tratamiento del cáncer de próstata.

Es un objeto de la invención proporcionar materiales que se pueden usar en la prevención, tratamiento y diagnóstico del cáncer de próstata. Es otro objeto proporcionar mejoras en la prevención, tratamiento y diagnóstico del cáncer de próstata.

Divulgación de la invención Se ha descubierto que los retrovirus endógenos humanos (HERV) del subgrupo de HML-2 de la familia HERV-K muestran aumento de la expresión en tumores prostáticos. Este hallazgo se puede usar en la detección selectiva,

diagnóstico y terapia del cáncer de próstata.

La invención proporciona un procedimiento para diagnosticar cáncer, especialmente cáncer de próstata, en el que el procedimiento comprende la etapa de detectar la presencia o ausencia de un producto de expresión de un retrovirus endógeno HML-2 en una muestra de un paciente, en el que la muestra del paciente contiene células de próstata y para el que se sospecha que el paciente tiene cáncer de próstata en el que la regulación por aumento de la expresión de al menos 150 % respecto a un control negativo es indicativa de cáncer de próstata.

La expresión del producto de HML-2 que se detectar es un tránscrito de ARNm o un polipéptido traducido de dicho tránscrito. Estos productos de expresión se pueden detectar directa o indirectamente. Un ensayo directo usa un ensayo que detecta ARN o polipéptido de de HML-2 en una muestra de paciente. Un ensayo indirecto usa un ensayo que detecta biomoléculas que no se expresan directamente in vivo a partir de HML-2, por ejemplo un ensayo 45 para detector ADNc que se ha transcrito de forma inversa a partir de un ARNm de HML-2 o un ensayo para detector un anticuerpo que se ha elevado en respuesta a un polipéptido de HML-2.

A – La muestra del paciente

Cuando el procedimiento de diagnóstico de la invención está basado en la detección de ARNm de HML-2, la muestra del paciente comprenderá generalmente células, preferentemente células de próstata. Estas pueden estar

presentes en una muestra de tejido, preferentemente tejido de la próstata, o pueden ser células, preferentemente células de próstata, que han escapado en la circulación (por ejemplo, durante la metástasis) . En vez de, o así como, comprende células de próstata, la muestra puede comprender viriones que contienen ARNm de HML-2.

Cuando el procedimiento de diagnóstico de la invención está basado en la detección de polipéptidos de HML-2, la muestra del paciente puede comprender células, preferentemente células de próstata, y/o viriones (como se ha

descrito anteriormente para el ARNm) o pueden comprender anticuerpos que reconocen los polipéptidos de HML-2. Típicamente, dichos anticuerpos estarán presentes en la circulación.

Por tanto, en general, la muestra del paciente es muestra de tejido (p. ej., una biopsia) , preferentemente una muestra de próstata (p. ej., una biopsia) o una muestra de sangre.

Generalmente, el paciente es un ser humano, preferentemente un varón humano y, más preferentemente, un varón humano adulto.

Los productos de expresión se pueden detectar en la propia muestra del paciente o se pueden detectar en material derivado de la muestra (p. ej., el sobrenadante de un lisado celular o un extracto de ARN o ADNc generado a partir de un extracto de ARN o polipéptidos traducidos de un extracto de ARN o células derivadas del cultivo de células extraídas de un paciente etc.) . Estas todavía se consideran “muestras de paciente” dentro del significado de la presente invención.

Los procedimientos de la invención se pueden realizar in vitro o in vivo.

Otras posibles fuentes de muestras del paciente incluyen células aisladas, tejidos completos o fluidos corporales (p. ej., sangre, plasma, suero, orina, derrames pleurales, líquido cefalorraquídeo etc.) .

B – Producto de expresión del ARNm

Cuando el procedimiento de diagnóstico de la invención está basado en la detección de ARNm normalmente implica la detección de un ARN que comprende seis regiones básicas. De 5’ a 3’ estas son:

1. Una secuencia que tiene una identidad de secuencia de al menos un 75 % con la SEC ID 155 (p.ej., identidad del 76 %, 77 %, 78 %, 79 %, 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, 99, 5 %, 99, 9 %, 100 %) ; o una secuencia que tiene una identidad de secuencia de al menos un 50 % con la SEC ID 155 (p.ej., identidad del 51 %, 52 %, 53 %, 54 %, 55 %, 56 %, 57 %, 58 %, 59 %, 60 %, 61 %, 62 %, 63 %, 64 %, 65 %, 66 %, 67 %, 68 %, 69 %, 70 %, 71 %, 72 %, 73 %, 74 %, 75 %, 76 %, 77 %, 78 %, 79 %, 80 %, 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, 99, 5 %, 99, 9 %, 100 %) y se expresa al menos 1, 5 veces (p.ej., 2, 2, 5, 5, 10, 20, 50, etc., veces) el nivel mayor con respecto a la expresión en una célula normal (es decir, no cancerosa) con al menos un nivel de confianza del 95 %; o una secuencia que tiene una identidad de al menos 80 % (p.ej., identidad del 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, 99, 5 %, 99, 9 %, 100 %) con un fragmento de al menos 20 nucleotídicos contiguos (p.ej., 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, etc., nucleótidos contiguos) de la SEC ID 155; o una secuencia que tiene una identidad de al menos 80 % (p.ej., una identidad del 81 %, 82 %, 83 %, 84 %, 85 %, 86 %, 87 %, 88 %, 89 %, 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 %, 99, 5 %, 99, 9 %, 100 %) con un fragmento de al menos 20 nucleotídicos contiguos (p.ej., 25, 30, 35, 40, 45, 50, 55, 60, 65, 70, 75, 80, 85, 90, 95, 100, 110, 115, 120, 125, 130, 135, 140, 145, etc., nucleotídicos contiguos) de la SEC ID 155 y se expresa al menos 1, 5 veces (p.ej., 2, 2, 5, 5, 10, 20, 50, etc., veces) el nivel más alto respecto a la expresión en una célula normal (es decir, no cancerosa) con un nivel de confianza de al menos un 95... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para diagnosticar cáncer de próstata, en el que el procedimiento comprende la etapa de detectar la presencia o ausencia de un producto de expresión de un retrovirus endógeno HML-2 en una muestra de un paciente, en el que la muestra del paciente contiene células de próstata y/o en el que se sospecha que el paciente tiene cáncer de próstata en el que la regulación por aumento de la expresión de al menos 150 % respecto a un control negativo es indicativa de cáncer de próstata.

2. El procedimiento de la reivindicación 1, en el que el producto de expresión es un ARN o un polipéptido.

3. El procedimiento de cualquier reivindicación precedente, en el que la muestra del paciente es una muestra de próstata o una muestra de sangre.

4. El procedimiento de cualquier reivindicación precedente, en el que el producto de expresión es un ARN que tiene la siguiente fórmula: N1-N2-N3-N4-N5-poliA, en la que: N1 tiene una identidad de secuencia de al menos un 75 % con la SEC ID 155; N2 tiene una identidad de secuencia de al menos un 75 % con la SEC ID 156; N3 tiene una identidad de secuencia de al menos un 75 % con la SEC ID 6; N4 comprende cualquier secuencia de ARN; N5 tiene una identidad de secuencia de al menos un 75 % con la SEC ID 5; y al menos uno de N1 o N5 está presente, pero N2, N3, N4 y poliA son opcionales.

5. El procedimiento de la reivindicación 4, en el que el ARN comprende N1.

6. El procedimiento de la reivindicación 5, en el que N1 está en el extremo 5’ del ARN.

7. El procedimiento de la reivindicación 4, en el que N4 comprende una secuencia de codificación del polipéptido.

8. El procedimiento de la reivindicación 2, en el que el polipéptido está codificado por un ARNm que tiene la siguiente fórmula: N1-N2-N3-N4-N5-poliA, como se define en la reivindicación 4.

9. El procedimiento de la reivindicación 8, en el que el ARNm codifica uno o más de los siguientes polipéptidos de HML-2: gag, prt, pol, env, cORF, tat.

10. El procedimiento de la reivindicación 8 o la reivindicación 9, en el que el polipéptido se detecta usando un anticuerpo.

11. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, en el que dicha etapa está precedida por una etapa de enriquecer el ARN en la muestra del paciente.

12. El procedimiento de una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6 u 11, en el que el producto de expresión se detecta usando PCR, SDA, SSSR, LCR, TMA o NASBA.

13. El procedimiento de la reivindicación 12, en la que la PCR es RT-PCR.