Predictores de la respuesta de pacientes al tratamiento con inhibidores del receptor del EGF.

Un procedimiento para predecir una probabilidad de que un paciente humano con un cáncer colorrectal queexpresa EGFR presente una respuesta beneficiosa a un inhibidor del EGFR usando un modelo de 4 genes basadoen niveles de expresión de AREG,

EREG, DUSP6 y SLC26A3, que comprende:

medir, en una muestra tumoral obtenida del paciente, niveles de transcritos de ARN, o sus productos deexpresión, de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3,

normalizar los niveles de los transcritos de ARN, o sus productos de expresión, de AREG, EREG, DUSP6 ySLC26A3, para obtener niveles de expresión normalizados de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3; y

usar los niveles de expresión normalizados de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3 para determinar laprobabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa a un inhibidor del EGFR,

en el que los niveles de expresión normalizados aumentados de AREG, EREG y SLC26A3 se correlacionanpositivamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al inhibidor del EGFR;y

en el que el nivel de expresión normalizado aumentado de DUSP6 se correlaciona negativamente con laprobabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al inhibidor del EGFR.

Predictores de la respuesta de pacientes al tratamiento con inhibidores del receptor del EGF

Campo técnico

La presente divulgación proporciona genes y conjuntos de genes cuyos niveles de expresión son útiles para predecir la respuesta de pacientes con cáncer a un tratamiento con un inhibidor del receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) .

Introducción El receptor del factor de crecimiento epidérmico (EGFR) , también conocido como ERBB y HER1, es un gen que codifica un proteína receptora que se encuentra sobre la superficie de algunas células y a la que se une un factor de crecimiento epidérmico, provocando la división de la célula. El EGFR es un miembro de la familia de receptores HER, y la dimerización del EGFR y el homólogo 2 del oncogén de la leucemia eritroblástica vírica v-erb-b2 (ERBB2) , también conocido como HER2, es un estímulo importante para el crecimiento del cáncer de mama en cánceres de mama positivos para ERBB2. En un subconjunto de cánceres de mama los niveles de expresión del EGFR están amplificados y la sobreexpresión resultante del receptor contribuye a la etiología del cáncer de mama.

Debido a que el cáncer se caracteriza por células que proliferan rápidamente, la mayoría de los fármacos antineoplásicos atacan de manera indiscriminada a las células que se dividen rápidamente y, como consecuencia, con frecuencia presentaban un alto grado de toxicidad. En la mayoría de los casos, se sabe poco sobre los mecanismos de acción de estos fármacos citotóxicos. Lo inhibidores del EGFR dirigidos, p. ej., han demostrado actividad contra una serie de tipos de cáncer. Los anticuerpos monoclonales anti-EGFR han mostrado actividad antitumoral en cáncer colorrectal avanzado, en carcinomas de células escamosas de la cabeza y el cuello, cáncer de pulmón no microcítico (CPNM) y carcinomas de células renales (Baselga J y Arteaga CL (2005) J Clin Oncol 24452459. Existen ensayos clínicos en marcha en cáncer en etapas tempranas y en otros tipos de tumores y se espera que muestren actividad en tipos de cáncer donde se expresa el EGFR y donde los ligandos del EGFR promueven el crecimiento y la progresión de tumores.

Dada la importancia de la selección del tratamiento, se ha realizado un esfuerzo para desarrollar fármacos en concierto con las pruebas de diagnóstico que los acompañan, que pueden identificar pacientes sensibles. Estos diagnósticos abordarían las situaciones donde algunos pacientes que se podrían beneficiar del tratamiento no reciben el fármaco y otros pacientes que es poco probable que se beneficien se exponen innecesariamente a efectos secundarios tóxicos, incurren en gastos innecesarios y/o experimentan un retraso para ser tratados con fármacos alternativos que podrían resultar más eficaces. El documento WO 2007/025044 divulga 39 marcadores y conjuntos de los mismos para predecir la respuesta a un inhibidor del EGFR.

Sumario La presente divulgación proporciona procedimientos y composiciones para facilitar la determinación de si un cáncer que expresa el EGFR en un individuo es un cáncer que responde a inhibidores del EGFR, así como procedimientos para determinar la probabilidad de que un paciente que tiene un cáncer que expresa el EGFR presente una respuesta beneficiosa a un tratamiento inhibidor del EGFR. En general, los procedimientos implican determinar un nivel de expresión normalizado del producto de un gen que se correlaciona con el grado de respuesta a inhibidores del EGFR. Los procedimientos de la invención se divulgan en las reivindicaciones 1-15 adjuntas.

La divulgación proporciona procedimientos para predecir la probabilidad de que un paciente humano con un cáncer que expresa el EGFR presente una respuesta beneficiosa a un tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR basado en los niveles de expresión de uno o más genes indicadores de respuesta en un muestra biológica obtenida de un tumor del paciente. Específicamente, el procedimiento conlleva medir un nivel de expresión de al menos un gen indicador de respuesta, o su producto de expresión. El gen indicador de respuesta es uno o más seleccionados de un grupo que consiste en ATP5E, TITF1, CLTC, BRCA1, AREG, PTP4A3, EREG, VAV3, SATB2, CEACAM6, EGFR, CHN2, FGFR3, C13ºrf18, QPRT, AMACR1, CKMT2, ID1, SORBS1, SLC26A3, ErbB3, DUSP6, VDAC2, ANXA2P2, SERPINA B1, NT5E, GPC3, DUSP4, PHLDA1, K-ras, DR5, VIL2, LAMC2, SFN, ANXA1, EPHA2, P14ARF, CA9, KRT17, p14ARF, maspina, PLAUR, LAMA3 y GCNT3. Se normaliza el nivel de expresión y se usa el nivel de expresión normalizado para determinar o predecir la probabilidad de una respuesta beneficiosa, en la que se miden niveles de expresión normalizados aumentados de uno o más de los siguientes: ATP5E, TITF1, CLTC, BRCA1, AREG, PTP4A3, EREG, VAV3, SATB2, CEACAM6, EGFR, CHN2, FGFR3, C13ºrf18, QPRT, AMACR1, CKMT2, ID1, SORBS1, SLC26A3 y ErbB3 se correlacionan de positivamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR; y los niveles de expresión normalizados aumentados de DUSP6, VDAC2, ANXA2P2, SERPINA B1, NT5E, GPC3, DUSP4, PHLDA1, K-ras, DR5, VIL2, LAMC2, SFN, ANXA1, EPHA2, P14ARF, CA9, KRT17, p14ARF, maspina, PLAUR, LAMA3 y GCNT3 se correlacionan negativamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al

tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR. Se genera un informe basado en la probabilidad de respuesta determinada.

La divulgación proporciona procedimientos para predecir una probabilidad de que un paciente humano con un cáncer que expresa el EGFR, negativo para KRAS presente una respuesta beneficiosa a un tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR basado en los niveles de expresión de uno o más genes indicadores de respuesta en un muestra biológica obtenida de un tumor del paciente. Específicamente, el procedimiento conlleva medir un nivel de expresión de al menos un gen indicador de respuesta, o su producto de expresión, seleccionado de un grupo que consiste en EGF, ADAM17, PTP4A3, ADAM15, QPRT, SATB2, RASSF1, VAV3, CEACAM6, EREG, AREG, TITF1, SORBS1, C13ºrf18, CKMT2, BTC, ATP5E, catenina B, CCNE1, EGFR, Bclx, BRCA1, CDC25B, CHN2, ID1, SLC26A3, VDAC2, SERPINA B1, PHLDA1, ANXA2P2, KRT17, EPHA2, DUSP4, CGA, CA9, maspina, NEDD8, DUSP6, GPC3, NT5E, VIL2 y P14ARF. Se normaliza el nivel de expresión y se usa el nivel de expresión normalizado para determinar o predecir la probabilidad de una respuesta beneficiosa, en la que se miden niveles de expresión normalizados aumentados de uno o más de los siguientes: EGF, ADAM17, PTP4A3, ADAM15, QPRT, SATB2, RASSF1, VAV3, CEACAM6, EREG, AREG, TIT1, SORBS1, C13ºrf18, CKMT2, BTC, ATP5E, catenina B, CCNE1, EGFR, Bclx, BRCA1, CDC25B, CHN2, ID1 y SLC26A3 se correlacionan positivamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR; y los niveles de expresión normalizados aumentados de VDAC2, SERPINA B1, PHLDA1, ANXA2P2, KRT17, EPHA2, DUSP4, CGA, CA9, maspina, NEDDB, DUSP6, GPC3, NT5E, VIL2 y P14ARF se correlacionan negativamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al tratamiento antineoplásico inhibidor del EGFR.

Los procedimientos de la presente divulgación contemplan el uso de un nivel de expresión normalizado para determinar o predecir la probabilidad de respuesta beneficiosa, basándose en el/los nivel (es) de expresión normalizado (s) para genes indicadores de respuesta individuales y/o conjuntos de varios genes. Se divulgan conjuntos de varios genes ejemplares. Los valores de expresión se normalizan con respecto a un nivel de expresión de uno o más genes de referencia. La divulgación permite la medida de nivel (es) de expresión normalizado (s) del producto de al menos un gen indicador de respuesta. Para todos los aspectos de la presente divulgación, los procedimientos pueden incluir además la determinación de los niveles de expresión de al menos dos de dichos genes, o sus productos de expresión. Se contempla además que los procedimientos de la presente divulgación pueden incluir adicionalmente la determinación de los niveles de expresión de al menos tres de dichos genes, o sus productos de expresión. Se contempla que los procedimientos de la presente divulgación pueden incluir adicionalmente la determinación de los niveles de expresión de al menos cuatro de dichos genes, o sus productos de expresión. Se contempla que los procedimientos de la presente divulgación pueden incluir adicionalmente la determinación de los niveles de expresión de al menos cinco de dichos genes, o sus productos de expresión. Se contempla que los procedimientos de la presente divulgación pueden incluir adicionalmente la determinación de los niveles de... [Seguir leyendo]

1. Un procedimiento para predecir una probabilidad de que un paciente humano con un cáncer colorrectal que expresa EGFR presente una respuesta beneficiosa a un inhibidor del EGFR usando un modelo de 4 genes basado en niveles de expresión de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3, que comprende:

medir, en una muestra tumoral obtenida del paciente, niveles de transcritos de ARN, o sus productos de expresión, de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3,

normalizar los niveles de los transcritos de ARN, o sus productos de expresión, de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3, para obtener niveles de expresión normalizados de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3; y

usar los niveles de expresión normalizados de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3 para determinar la 15 probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa a un inhibidor del EGFR,

en el que los niveles de expresión normalizados aumentados de AREG, EREG y SLC26A3 se correlacionan positivamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al inhibidor del EGFR; y

en el que el nivel de expresión normalizado aumentado de DUSP6 se correlaciona negativamente con la probabilidad de que el paciente presente una respuesta beneficiosa al inhibidor del EGFR.

2. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 1, en el que el cáncer colorrectal que expresa EGFR 25 es un cáncer colorrectal que expresa EGFR negativo para KRAS.

3. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 1 o 2, en el que la muestra tumoral se obtiene a partir de una biopsia de tejido.

4. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 1, 2 o 3, en el que el inhibidor del EGFR es un anticuerpo específico para el EGFR.

5. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 4, en el que el inhibidor del EGFR es cetuximab.

6. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 1, 2 o 3, en el que el inhibidor del EGFR es una molécula pequeña.

7. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 6, en el que la molécula pequeña es un inhibidor

tirosina cinasa selectivo de EGFR. 40

8. Un procedimiento como se reivindica en cualquier reivindicación anterior, en el que se determinan los niveles de expresión normalizados con relación a un nivel de expresión de al menos un gen de referencia.

9. Un procedimiento como se reivindica en cualquier reivindicación anterior, en el que se mide el nivel de los 45 transcritos de ARN de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3.

10. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 9, en el que se mide el nivel de los transcritos de ARN de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3 mediante la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa (RT-PCR) .

11. Un procedimiento como se reivindica en cualquiera de las reivindicaciones 1 a 8, en el que se miden los niveles de proteína de AREG, EREG, DUSP6 y SLC26A3.

12. Un procedimiento como se reivindica en la reivindicación 11, en el que los niveles de proteína se miden por 55 técnicas de inmunohistoquímica o proteómica.

13. Un procedimiento como se reivindica en cualquier reivindicación anterior, en el que la respuesta beneficiosa se expresa en términos de tasa de respuesta global (TRG) o control de la enfermedad (CE) .

14. Un procedimiento como se reivindica en cualquier reivindicación anterior, en el que se pondera el nivel de expresión normalizado por su contribución a la respuesta al inhibidor del EGFR.

15. Un procedimiento como se reivindica en cualquier reivindicación anterior, que comprende además la etapa de crear un informe que resume dicha predicción. 65