Predicción de respuesta a terapia antiviral.

Un método para determinar la probabilidad de que un sujeto que tiene una infección viral en el hígadoresponderá a terapia antiviral que incluye la estimulación de la actividad de Interferón (IFN),

comprendiendo elmétodo:

(a) analizar una muestra del sujeto para el nivel de expresión de un miR-122 y/o miR-296-5p y

(b) comparar el nivel de expresión de miR-122 y/o miR-296-5p en la muestra de tejido del sujeto que tiene lainfección viral en el nivel de expresión de miR-122 y/o miR-296-5p en una muestra de tejido de control de unsujeto sin infección viral,

en donde un nivel significativamente inferior de miR-122 en la muestra del sujeto que tiene la infección viral encomparación con el niel de miR-122 en la muestra de control de un individuo que no está sufriendo de unainfección viral del hígado indica que el sujeto que tiene la infección viral no va a responder probablemente a dichaterapia antiviral; y

en donde u nivel significativamente más alto de miR-296-5p en la muestra del sujeto que tiene la infección viralen comparación con el nivel de miR-296-5p en la muestra de control del sujeto sin infección viral indica que elsujeto que tiene la infección viral probablemente no va a responder a dicha terapia antiviral.

Predicción de respuesta a terapia antiviral

La presente invención se refiere a un método para determinar si las terapias antivirales serán efectivas.

Las infecciones virales representan una seria amenaza para la salud y son conocidas por ser la mayor causa de morbilidad en animales y el hombre. Por ejemplo, la infección con virus de hepatitis C (HCV) es una causa principal de enfermedad crónica del hígado a nivel mundial. Un aspecto importante y sorprendente de la hepatitis C es su tendencia a la cronicidad. En más del 70% de individuos infectados, la HCV establece una infección persistente en décadas que puede conducir a cirrosis y carcinoma hepatocelular.

Una hipótesis interesante en la biología de la HCV propone que la proteasa viral NS3-4A no procesa solamente proteínas sino también escinde e inactiva componentes de las trayectorias sensoriales intracelulares que detectan la infección viral e inducen la activación transcripcional de interferones tipo l (IFN) . Una de las metas de NS3-4A es TRIF (adaptadora que contiene el dominio TIR que induce IFN1) , un vínculo esencial entre detección de dsADN en endosomas por TLR3 (receptor tipo toll 3) y la inducción de IFN1. Más recientemente, el gen l inducible por ácido retinoico (RIG-l) y MDA5 (helicard) fueron identificados como sensores intracelulares de dsARN. Ambos sensores señalizan a través de Cardif (conocida también como IPS-1, MAVS, VISA) para inducir la producción de IFN1. Cardif puede ser inducida e inactivada mediante HCV NS3-4A. Dos helicasas de ARN, RIG-l y MDA5, identificadas como sensores intracelulares de dsARN actúan a través de Cardif para inducir la producción de IFN1.

Los IFNs tipo l no son solamente componentes cruciales del sistema inmuno innato, sino son también los componentes más importantes de las terapias actuales contra CHC. La terapia normal actual consiste de IFNa pegilado (pegIFNa) inyectado una vez por semana de manera subcutánea y toma diaria de agente antiviral ribavirin oral. Este régimen alcanza una respuesta virológica sostenida (SVR) global en 55% de los pacientes, con diferencias significativas entre genotipos. Una VSR se define como la pérdida de ARN de HCV detectable durante el tratamiento y su ausencia continua durante por lo menos 6 meses después de detener la terapia. Varios estudios de seguimiento a largo plazo en pacientes quienes lograron una SVR demuestran que esta respuesta es durable en más de 95% de pacientes. La probabilidad de una SVR depende fuertemente de la respuesta temprana al tratamiento. Pacientes quienes no muestran una respuesta virológica temprana (EVR) , definida como una disminución de la carga viral en por lo menos 2 log10 después de 12 semanas de terapia, son altamente improbables que desarrollen una SVR y se puede detener el tratamiento en estos pacientes. Por otra parte, pacientes con una EVR tienen una buena oportunidad de ser curados, con 65% de ellos que alcanzan una SVR. La prognosis es aún mejor para pacientes quienes tienen una rápida respuesta virológica (RVR) , definida como ARN de HCV en suero indetectable después de 4 semanas de tratamiento. Más de 85% de ellos alcanzarán una SVR. Desafortunadamente, menos de 20% de pacientes con genotipo l y aproximadamente 60% de pacientes con genotipos 2 o 3 muestran una RVR. No se conocen actualmente los factores del huésped que son importantes para una respuesta temprana a la terapia.

Los IFNs tipo l alcanzan sus efectos antivirales potentes a través de la regulación de cientos de genes (ISG, genes estimulados por interferón) . La activación transcripcional de ISGs induce proteínas que usualmente no son sintetizadas en células en reposo y que establecen un estado antiviral no específico de virus en la célula. Los interferones inducen su síntesis mediante la activación de la trayectoria Jak-STAT, un paradigma de señalización celular usado por muchas citoquinas y factores de crecimiento. Todos los IFNs tipo l se enlazan en el mismo receptor de superficie celular (IFNAR) y activan los miembros Jack1 y Tyk2 de la familia de quinasas Janus asociadas al receptor. Las quinasas fosforilan y activan entonces la señal de transductor y de activador de transcripción 1 (STAT1) y STAT2. Los STATs activados translocan en el núcleo donde enlazan elementos específicos de ADN en los promotores de ISGs. Muchos de los ISGs tienen actividad antiviral, pero otros están involucrados en el metabolismo de lípidos, la apoptosis, la degradación de proteínas y respuestas antiinflamatorias celulares. Como es el caso con muchos virus, el HCV interfiere con el sistema de IFN, probablemente en niveles múltiples. La señalización de Jak-STAT inducida por IFN es inhibida en células y ratones transgénicos que expresan proteínas de HCV y en biopsias del hígado de pacientes con CHC. In vitro, las proteínas NS5A y E2 de HCV enlazan e inactivan proteína quinasa R (PKR) , una proteína antiviral no específica importante. Sin embargo, los mecanismos moleculares que son importantes para la respuesta a IFN aplicado terapéuticamente en pacientes con CHC son actualmente conocidos. (Sarasin-Filipowicz et al., 2008, PNAS, 105 (19) :7034-7039) .

La capacidad de HCV para interferir con la trayectoria de IFN en muchos niveles diferentes es un mecanismo que subyace probablemente al éxito de HCV para establecer una infección crónica (Gale, M., Jr. & Foy, E. M., Nature 436, 939-945 (2005) . Sin embargo, de manera muy paradójica, en chimpancés infectados aguda o crónicamente 2

con HCV se inducen cientos de ISGs en el hígado (7 Bigger, C.B., et al. J Virol 78, 13779-13792 (2004) ) . Sin embargo, a pesar de la activación del sistema de IFN endógeno, no es despejado el virus de animales infectados crónicamente. El resultado obtenido con chimpancés son difíciles de extrapolar para humanos puesto que hay algunas diferencias importantes en la patobiología de la infección con HCV entre estas especies. Mientras que la mayoría de los chimpancés infectados de manera aguda con HCV despejan los virus espontáneamente, las infecciones en hombres se vuelven crónicas en la mayoría de los casos. Por otra parte, los chimpancés infectados de manera crónica raramente pueden ser curados con IFN, mientras que más de la mitad de los pacientes con CHC son tratados exitosamente.

Se encontró también que la inducción de ISGs en biopsias de hígado pre-tratado de muchos pacientes con CHC, demuestra otra vez que la infección con HCV puede conducir a la activación del sistema de IFN endógeno (Chen, L., et al. Gastroenterology 128, 1437-1444 (2005) ) . De manera notable, pacientes con expresión pre-elevada de ISGs tendieron a responder pobremente a la terapia cuando se compararon con pacientes que tienen baja expresión inicial (Chen, L., et al. Gastroenterology 128, 1437-1444 (2005) ) . La causa de esta respuesta diferencial a la terapia no está entendida.

La presente invención se basa en estudios en los cuales los inventores investigaron la señalización inducida de IFN y la inducción de ISG en muestras pares de biopsias de hígado y células mononucleares sanguíneas periféricas (PBMCs) de pacientes con hepatitis crónica antes y durante la terapia con pegIFNa. Además correlacionan datos bioquímicos y moleculares con la respuesta al tratamiento. Su trabajo se expone en mayor detalle en el ejemplo adjunto.

En un estudio previo, los inventores establecieron que algunos sujetos con una infección viral del hígado están en un estado de “pre-activación”, de manera que la trayectoria de señalización de IFN está en un estado de estimulación con ISGs activados (Sarasin-Filipowicz et al., 2008, PNAS, 105 (19) 7034-7039) . Los inventores han encontrado que tales individuos, cuando se trataron subsiguientemente con IFN y un agente antiviral, tuvieron una respuesta deficiente o nula al tratamiento antiviral. En contraste, otro grupo de sujetos infectados no parecieron tener estimulación previa de receptores de IFN (y estimulación de ISGs) y este grupo respondió bien a la terapia antiviral (es decir, tuvieron una respuesta virológica rápida (RVR) ) . Además, es posible determinar si un sujeto sería un respondedor deficiente al tratamiento o tendría una RVR de acuerdo con el nivel de expresión de un número de genes específicos, algunos de los cuales son genes ISG. En otras palabras, los inventores identificaron un grupo de genes que son marcadores genéticos prognósticos, cuyos niveles de expresión predicen si un sujeto responderá al tratamiento antiviral.

En un estudio más usando muestras en pares de biopsias de hígado y células mononucleares de sangre periféricas (PBMCs) de pacientes con hepatitis crónica antes y durante la terapia con pegIFNa, los inventores presentes investigaron los microARNs (miR) de... [Seguir leyendo]

1. Un método para determinar la probabilidad de que un sujeto que tiene una infección viral en el hígado responderá a terapia antiviral que incluye la estimulación de la actividad de Interferón (IFN) , comprendiendo el método:

(a) analizar una muestra del sujeto para el nivel de expresión de un miR-122 y/o miR-296-5p y

(b) comparar el nivel de expresión de miR-122 y/o miR-296-5p en la muestra de tejido del sujeto que tiene la infección viral en el nivel de expresión de miR-122 y/o miR-296-5p en una muestra de tejido de control de un sujeto sin infección viral,

en donde un nivel significativamente inferior de miR-122 en la muestra del sujeto que tiene la infección viral en comparación con el niel de miR-122 en la muestra de control de un individuo que no está sufriendo de una infección viral del hígado indica que el sujeto que tiene la infección viral no va a responder probablemente a dicha terapia antiviral; y

en donde u nivel significativamente más alto de miR-296-5p en la muestra del sujeto que tiene la infección viral en comparación con el nivel de miR-296-5p en la muestra de control del sujeto sin infección viral indica que el

sujeto que tiene la infección viral probablemente no va a responder a dicha terapia antiviral.

2. El método de cualquiera de las reivindicaciones previas, en donde la terapia individual incluye IFNa pegilado (pegIFNa) , combinado opcionalmente con ribavirin.

3. El método de cualquiera de las reivindicaciones previas, en donde la infección viral es infección con virus de hepatitis B o con virus de hepatitis C.

4. El método de la reivindicación 3, en donde el virus es virus de hepatitis C.

5. El método de cualquiera de las reivindicaciones previas, en donde la muestra de tejido del sujeto que tiene la infección viral comprende tejido de hígado.

6. El método de cualquiera de las reivindicaciones previas, en donde el sujeto es humano.